| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000730 | = 2501187 | 21 (0.280) | 51 (0.770) | 36/256 | 0.9 | 69.4% | intergenic (+1198/‑290) | USA300HOU_2363/USA300HOU_2364 | hypothetical protein/AraC transcriptional regulator |
| ? | CP000730 | 2504202 = | 26 (0.390) | intergenic (+620/‑138) | USA300HOU_2364/USA300HOU_2365 | AraC transcriptional regulator/hypothetical protein | |||||
CCTATCAAAATCGATTTATAACACAAAGTGTATATAGGAAATAACTTTTATGAATTCTAGATATAACAATGTTAAATACTTAAAATAACTCGCTATAATTAAAGTGTTTAATATGTTTACAATTCAATTTGCAATGTATTGTTTTTTAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAATATAAATACTGCATTTGCAAACTGTTGCACTTTTAGGTATAACAGAATTAACTACATTTAAGGAGATTGATGAACCATGAA > CP000730/2504055‑2504344 | ccTATCAAAATCGATTTATAACACAAAGTGTATATAGGAAATAACTTTTATGAATTCTAGATATAACAATGTTAAATACTTAAAATAACTCGCTATAATTAAAGTGTTTAATATGTTTACAATTCAATTTGCAATGTATTGTTTTTTAg < 2:130899/149‑1 (MQ=255) aaaaTCGATTTATAACACAAAGTGTATATAGGAAATAACTTTTATGAATTCTAGATATAACAATGTTAACTACTTAAAATAACTCGCTATAATTAAAGTGTTTAATATGTTTACAATTCAATTTGCAATGTATTGTTTTTTAGacacac > 2:388156/1‑149 (MQ=255) gataaaatttaagtcatgggtacatttaatgttttttgattcaaacttccattttggtcaatttgctttttttataacatagttgaatatcaataaaagattagcaagttagttcaaaatggctatgtattgttttttAg < 1:531478‑M2/2‑1 (MQ=255) atttaagttatgagtaaatttaatattttttattacaaacttccacttaggtcaattcgctttttttataacatagttgaatatcaataaaagattagcaagttagttcaaaatggctatgtattgttttttAGacacac < 1:1774‑M2/8‑1 (MQ=255) atttaagtcatgggtacatttaatgttttttgattcaaacttccattttggtcaatttgctttttttataacatagttgaatatcaataaaagattagcaagttagttcaaaatggctatgtattgttttttagacaccc > 1:148541‑M2/133‑138 (MQ=255) taACACAAAGTGTATATAGGAAATAACTTTTATGAATTCTAGATATAACAATGTTAAATACTTAAAATAACTCGCTATAATTAAAGTGTTTAATATGTTTACAATTCAATTTGCAATGTATTTTTTTTTAGACACACTTTATTCACAtt > 2:102323/1‑149 (MQ=255) gtcatgggtacatttaatgttttttgattcaaacttccattttggtcaatttgctttttttataacatagttgaatatcaataaaagattagcaagttagttcaaaatggctatgtattgttttttAGACACACTTTAtt < 1:248008‑M2/14‑1 (MQ=255) aGTGTATATAGGAAATAACTTTTATGAATTCTAGATATAACAATGTTAAATACTTAAAATAACTCGCTATAATTAAAGTGTTTAATATGTTTACAATTCAATTTGCAATGTATTGTTTTTTAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGa < 2:341734/149‑1 (MQ=255) aGTGTATATAGGAAATAACTTTTATGAATTCTAGATATAACAATGTTAAATACTTAAAATAACTCGCTATAATTAAAGTGTTTAATATGTTTACAATTCAATTTGCAATGTATTGTTTTTTAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGa < 2:220143/149‑1 (MQ=255) 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1:137721‑M2/50‑1 (MQ=255) ccattttggtcaatttgctttttttataacatagttgaatatcaataaaagattagcaagttagttcaaaatggctatgtattgttttttAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTTTGTCTTTTTAagtt > 1:424653‑M2/91‑140 (MQ=255) ccattttggtcaatttgctttttttataacatagttgaatatcaataaaagattagcaagttagttcaaaatggctatgtattgttttttAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAaatt < 1:145994‑M2/50‑1 (MQ=255) ccattttggtcaatttgctttttttataacatagttgaatatcaataaaagattagcaagttagttcaaaatggctatgtattgttttttAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAaatt > 1:844466‑M2/91‑140 (MQ=255) ccattttggtcaatttgctttttttataacatagttgaatatcaataaaagattagcaagttagttcaaaatggctatgtattgttttttAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAaatt < 1:718674‑M2/50‑1 (MQ=255) ccattttggtcaatttgctttttttataacatagttgaatatcaataaaacattagcaagttagttcaaaatggctatgtattgttttttAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAaatt > 1:668293‑M2/91‑140 (MQ=255) 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2:104958/148‑1 (MQ=255) tgctttttttataacatagttgaatatcaataaaagattagcaagttagttcaaaatggctatgtattgttttttAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAatat < 1:427553‑M2/65‑1 (MQ=255) aaTACTTAAAATAACTCGCTATAATTAAAGTGTTTAATATGTTTACAATTCAATTTGCAATGTATTGTTTTTTAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTTTGTAATATAAGTACTTCAt > 2:493756/1‑149 (MQ=255) ttttataacttagttgaatattaataaaagattagcaagttagttcaaaatggctatgtattgttttttAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAATATAAATAc < 1:202141‑M2/71‑1 (MQ=255) ttttataacatagttgaatatcaataaaagattagcaagttagttcaaaatggctatgtattgttttttAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAATATAAATAc < 1:121059‑M2/71‑1 (MQ=255) ttataacatagttgaatatcaataaaagattagcaagttagttcaaaatggctatgtattgttttttAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAATTTAAAtacgg > 1:74282‑M2/68‑138 (MQ=255) 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1:416531‑M2/36‑140 (MQ=255) ttttACAATTCAATTTGCAATGTATTGTTTTTTAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAATATAAATACTGCATTTGCAAACTGTTGCACTTTTAGGTATAACAGAATTAACTa < 2:204361/148‑1 (MQ=255) gTTTACAATTCAATTTGCAATTTATTGTTTTTTAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAATATAAATACTGCATTTGCAAACTGTTGCACTTTTAGGTATAACAGAATTAACTa < 2:241848/149‑1 (MQ=255) aagttagttcaaaatggctatgtattgttttttAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAATATAAATACTGCATTTGCAAACTGTTGCACTTTTAGGTATAACAg < 1:822836‑M2/107‑1 (MQ=255) tttACAATTCAATTTGCAATGTATTGTTTTTTAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAATATAAATACTGCATTTGCAAACTGTTGCACTTTTAGGTATAACAGAATTAACTAc > 2:43440/1‑149 (MQ=255) agttagttcaaaatggctatggattgttttttAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAATATAAATACTGCATGTGCAAACTGTTGCACTTTTAGGTATAACAGa < 1:199221‑M2/108‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |