New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | CP000730 | 2529098 = | 16 (0.540) | 3 (0.110) | 3/276 | 1.3 | 18.9% | coding (840/1551 nt) | adcA | ABC superfamily ATP binding cassette transporter, binding protein |
? | CP000730 | 2529151 = | 11 (0.400) | coding (787/1551 nt) | adcA | ABC superfamily ATP binding cassette transporter, binding protein | |||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
GTCGTCTTTCACTTTAACACCACTGTCTAAAGCTTTACCGATATTTTCAATATTAGATTTCATTAATGATTGATACGTAATATTATCTTTTTTCTGTTGTTCTTTATTTAAAGACTCCATGTTGTAGAATTTTAAAGGCTTCGCATCTGTTTCTTTACGAATTGTTTCAGTCACTTTATTCGCAACATTATCTTCGTAAAGAATATATTTAGCATTGCTATCTCTAATTTCTTTAACAATTTTAGTTAATTCTTTTTGTGATGGATCTTCAGCATTCATGTTTTGAATACCTTTTTGAA > CP000730/2528948‑2529246 | gtcgtcTTTCACTTTAACACCACTGTCTAAAGCTTTACCGATATTTTCAATATTAGATTTCATTAATGATTGATACGTAATATTATCTTTTTTCTGTTGTTCTTTATTTAAAGACTCCATGTTGTAGAATTTTAAAGGCTTCGCATCTGtt > 2:123473/1‑151 (MQ=255) cagtattcatttcacatgaatcaattggatacttagctgattgttatggaattgttcaaaaaggtattcaaaacatgaatgctgaagatccatcacaaaaagaattaactaaaattgttaaagaaattagagatagcaatgctaaatatat > 2:206893‑M1/151‑151 (MQ=255) agtattcatttcacatgaatcaattggatacttagctgattgttatggttttgttcaaaaaggtattcaaaacatgaatgctgaagatccatcacaaaaagaattaactaaaattgttaaagaaattagagatagcaatgctaaatatatt > 2:166686‑M1/150‑151 (MQ=255) tttatttcacatggatcaattggatacttagctgattgttatggttttgtgcaaaaaggtgttcaaaacatgaatgctgaaaatacaaaaaaaaaagaattaactaaaattgttaaagaaattagagatagcaatgctaaatataTTCttt > 2:1303‑M1/146‑151 (MQ=255) tttCACTTTAACACCACTGTCTAAAGCTTTACCGATATTTTCAATATTAGATTTCATTAATGATTGATACGTAATATTATCTTTTTTCTGTTGTTCTTTATTTAAAGACTCCATGTTGTAGAATTTTAAAGGCTTCGCATCTGTTTCTTTa < 1:350442/151‑1 (MQ=255) tcatttcacatgaatcaattggatacttagctgattgttatggttttgttcaaaaaggtattcaaaacatgaatgctgaagatccatcacaaaaagaattaactaaaattgttaaagaaattagagatagcaatgctaaatataTTCTTTa > 2:292223‑M1/145‑151 (MQ=255) attggatacttagctgattgttatggttttgttcaaaaaggtattcaaaacatgaatgctgaagatccatcacaaaaagaattaactaaaattgttaaagaaattagagatagcaatgctaaatataTTCTTTACGAATTGTTTCAGTCAc < 1:17244‑M1/24‑1 (MQ=255) tACCGATATTTTCAATATTAGATTTCATTAATGATTGATACGTAATATTATCTTTTTTCTGTTGTTCTTTATTTAAAGACTCCATGTTGTAGAATTTTAAAGGCTTCGCATCTGTTTCTTTACGAATTGTTTCAGTCACTTTATTCGCAAc < 2:436154/151‑1 (MQ=255) tACCGATATTTTCAATATTAGATTTCATTAATGATTGATACGTAATATTATCTTTTTTCTGTTGTTCTTTATTTAAAGACTCCATGTTGTAGAATTTTAAAGGCTTCGCATCTGTTTCTTTACGAATTGTTTCAGTCACTTTATTCGCAAc < 1:245547/151‑1 (MQ=255) caaacctttCAATATTATATTTCATTAATGATTGATACGTAATATTATCTTTTTTTTGTTGTTCTTTAATTAAAGACTCCATGTTGTAGAATTTTAAAGACTTCGCATCTATTTCTTTACGAATTCTTTCAGACACTTTATTCGCAACAtt > 2:151766/7‑151 (MQ=255) cGATATTTTCAATATTAGATTTCATTAATGATTGATACGTAATATTATCTTTTTTCTGTTGTTCTTTATTTAAAGACTCCATGTTGTAGAATTTTAAAGGCTTCGCATCTGTTTCTTTACGAATTGTTTCAGTCACTTTATTCGCAACAtt < 1:259942/151‑1 (MQ=255) tttCAATATTAGATTTCATTAATGATTGATACGTAATATTATCTTTTTTTTTTTGTTTTTTATTTAAAGACTCCATGTTGTATAATTTTAAAGTCTTCGCTTCTGTTTCTTTACGAATTGTTTCATTCACTTTACTCGCAATATTATCttt > 2:404442/1‑150 (MQ=255) tggttttgttcaaaaaggtattcaaaacatgaatgctgaagatccatcacaaaaagaattaactaaaattgttaaagaaattagagatagcaatgctaaatataTTCTTTACGAATTGTTTCAGTCACTTTATTCGCAACATTATCTTCGt > 1:5646‑M1/105‑151 (MQ=255) tatTAGATTTCATTAATGATTGATACGTAATATTATCTTTTTTCTGTTGTTCTTTATTTAAAGACTCCATGTTGTAGAATTTTAAAGGCTTCGCATCTGTTTCTTTACGAATTGTTTCAGTCACTTTATTCGCAACATTATCTTCGTAAAg < 1:199740/151‑1 (MQ=255) tattcaaaacatgaatgctgaagatccatcacaaaaagaattaactaaaattgttaaagaaattagagatagcaatgctaaatataTTCTTTACGAATTGTTTCAGTCACTTTATTCGCAACATTATCTTCGTAAAGAATATATTTAGCAt > 2:17244‑M1/87‑151 (MQ=255) ttatCTTTTTTCTGTTGTTCTTTATTTAAAGACTCCATGTTGTCGAATTTTAAAGGCTTCGCATCTGTTTCTTTACGAATTGTTTCAGTCACTTTATTCGCAACATTATCTTCGTAAAGAATATATTTAGCATTGCTATCTCTAATTTCtt < 2:425755/151‑1 (MQ=255) ttgttCTTTATTTAAAGACTCCATGTTGTAGAATTTTAAAGGCTTCGCATCTGTTTCTTTACGAATTGTTTCAGTCACTTTATTCGCAACATTATCTTCGTAAAGAATATATTTAGCATTGCTATCTCTAATTTCTTTAACAATTTTAGtt < 2:99304/151‑1 (MQ=255) cTTTATTTAAAGACTCCATGTTGTAGAATTTTAAAGGCTTCGCATCTGTTTCTTTACGAATTGTTTCAGTCACTTTATTCGCAACATTATCTTCGTAAAGAATATATTTAGCATTGCTATCTCTAATTTCTTTAACAATTTTAGTTAATTc > 2:51083/1‑151 (MQ=255) tttatttaAAGACTCCATGTTGTAGAATTTTAAAGGCTTCGCATCTGTTTCTTTACGAATTGTTTCAGTCACTTTATTCCCAACATTATCTTCGTAAAGAATATATTTAGCATTGCTATCTCTAATTTCTTTAACAATTTTAGTTAATTCt > 2:195381/1‑151 (MQ=255) ttaAAGACTCCATGTTGTAGAATTTTAAAGGCTTCGCATCTGTTTCTTTACGAATTGTTTCAGTCACTTTATTCGCAACATTATCTTCGTAAAGAATATATTTAGCATTGCTATCTCTAATTTCTTTAACAATTTTAGTTAATTCTTTTtg > 1:190173/1‑151 (MQ=255) aaaGGCTTCGCATCTGTTTCTTTACGAATTGTTTCAGTCACTTTATTCGCAACATTATCTTCGTAAAGAATATATTTAGCATTGCTATCTCTAATTTCTTTAACAATTTTAGTTAATTCTTTTTGTGCTGGATCTTCAGCATTCATGtttt > 1:442452/1‑151 (MQ=255) tCGCATCTGTTTCTTTACGAATTGTTTCAGTCACTTTATTCGCAACATTATCTTCGTAAAGAATATATTTAGCATTGCTATCTCTAATTTCTTTAACAATTTTAGTTAATTCTTTTTGTGATGGATCTTCAGCATTCATGTTTTGAATAcc < 2:133644/151‑1 (MQ=255) gTTTCTTTACGAATTGTTTCAGTCACTTTATTCGCAACATTATCTTCGTAAAGAATATATTTAGCATTGCTATCTCTAATTTCTTTAACAATTTTAGTTAATTCTTTTTGTGATGGATCTTCAGCATTCATGTTTTGAATACCTTTTTGaa > 1:355769/1‑151 (MQ=255) | GTCGTCTTTCACTTTAACACCACTGTCTAAAGCTTTACCGATATTTTCAATATTAGATTTCATTAATGATTGATACGTAATATTATCTTTTTTCTGTTGTTCTTTATTTAAAGACTCCATGTTGTAGAATTTTAAAGGCTTCGCATCTGTTTCTTTACGAATTGTTTCAGTCACTTTATTCGCAACATTATCTTCGTAAAGAATATATTTAGCATTGCTATCTCTAATTTCTTTAACAATTTTAGTTAATTCTTTTTGTGATGGATCTTCAGCATTCATGTTTTGAATACCTTTTTGAA > CP000730/2528948‑2529246 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |