New junction evidence | |||||||||||
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seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | CP000730 | 2529098 = | 16 (0.540) | 3 (0.110) | 3/276 | 1.3 | 18.9% | coding (840/1551 nt) | adcA | ABC superfamily ATP binding cassette transporter, binding protein |
? | CP000730 | 2529151 = | 11 (0.400) | coding (787/1551 nt) | adcA | ABC superfamily ATP binding cassette transporter, binding protein | |||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
AATGATTGATACGTAATATTATCTTTTTTCTGTTGTTCTTTATTTAAAGACTCCATGTTGTAGAATTTTAAAGGCTTCGCATCTGTTTCTTTACGAATTGTTTCAGTCACTTTATTCGCAACATTATCTTCGTAAAGAATATATTTAGCATTGCTATCTCTAATTTCTTTAACAATTTTAGTTAATTCTTTTTGTGATGGATCTTCAGCATTCATGTTTTGAATACCTTTTTGAACAAAACCATAACAATCAGCTAAGTATCCAATTGATTCATGTGAAATGAATACTG > CP000730/2529012‑2529300 | tattcaaaacatgaatgctgaagatccatcacaaaaagaattaactaaaattgttaaagaaattagagatagcaatgctaaatataTTCTTTACGAATTGTTTCAGTCACTTTATTCGCAACATTATCTTCGTAAAGAATATATTTAGCAt > 2:17244‑M1/87‑151 (MQ=255) ttatCTTTTTTCTGTTGTTCTTTATTTAAAGACTCCATGTTGTCGAATTTTAAAGGCTTCGCATCTGTTTCTTTACGAATTGTTTCAGTCACTTTATTCGCAACATTATCTTCGTAAAGAATATATTTAGCATTGCTATCTCTAATTTCtt < 2:425755/151‑1 (MQ=255) ttgttCTTTATTTAAAGACTCCATGTTGTAGAATTTTAAAGGCTTCGCATCTGTTTCTTTACGAATTGTTTCAGTCACTTTATTCGCAACATTATCTTCGTAAAGAATATATTTAGCATTGCTATCTCTAATTTCTTTAACAATTTTAGtt < 2:99304/151‑1 (MQ=255) cTTTATTTAAAGACTCCATGTTGTAGAATTTTAAAGGCTTCGCATCTGTTTCTTTACGAATTGTTTCAGTCACTTTATTCGCAACATTATCTTCGTAAAGAATATATTTAGCATTGCTATCTCTAATTTCTTTAACAATTTTAGTTAATTc > 2:51083/1‑151 (MQ=255) tttatttaAAGACTCCATGTTGTAGAATTTTAAAGGCTTCGCATCTGTTTCTTTACGAATTGTTTCAGTCACTTTATTCCCAACATTATCTTCGTAAAGAATATATTTAGCATTGCTATCTCTAATTTCTTTAACAATTTTAGTTAATTCt > 2:195381/1‑151 (MQ=255) ttaAAGACTCCATGTTGTAGAATTTTAAAGGCTTCGCATCTGTTTCTTTACGAATTGTTTCAGTCACTTTATTCGCAACATTATCTTCGTAAAGAATATATTTAGCATTGCTATCTCTAATTTCTTTAACAATTTTAGTTAATTCTTTTtg > 1:190173/1‑151 (MQ=255) aaaGGCTTCGCATCTGTTTCTTTACGAATTGTTTCAGTCACTTTATTCGCAACATTATCTTCGTAAAGAATATATTTAGCATTGCTATCTCTAATTTCTTTAACAATTTTAGTTAATTCTTTTTGTGCTGGATCTTCAGCATTCATGtttt > 1:442452/1‑151 (MQ=255) atgctaaatatattctttacgaagataatgttgcgaataaagtgactgaaacaattcgtaaagaaTATATTTAGCATTGCTATCTCTAATTTCTTTAACAATTTTAGTTAATTCTTTTTGTGATGGATCTTCAGCATTCATGTTTTGAATa > 2:17244‑M2/66‑151 (MQ=255) tCGCATCTGTTTCTTTACGAATTGTTTCAGTCACTTTATTCGCAACATTATCTTCGTAAAGAATATATTTAGCATTGCTATCTCTAATTTCTTTAACAATTTTAGTTAATTCTTTTTGTGATGGATCTTCAGCATTCATGTTTTGAATAcc < 2:133644/151‑1 (MQ=255) gTTTCTTTACGAATTGTTTCAGTCACTTTATTCGCAACATTATCTTCGTAAAGAATATATTTAGCATTGCTATCTCTAATTTCTTTAACAATTTTAGTTAATTCTTTTTGTGATGGATCTTCAGCATTCATGTTTTGAATACCTTTTTGaa > 1:355769/1‑151 (MQ=255) TACGAATTGTTTCAGTCACTTTATTCGCAACATTATCTTCGTAAAGAATATATTTAGCATTGCTATCTCTAATTTCTTTAACAATTTTAGTTAATTCTTTTtgtg < 1:210611‑M1/105‑1 (MQ=255) TACGAATTGTTTCAGTCACTTTATTCGCAACATTATCTTCGTAAAGAATATATTTAGCATTGCTATCTCTAATTTCTTTAACAATTTTAGTTAATTCTTTTtgtg > 2:210611‑M1/1‑105 (MQ=255) acgaagataatgttgcgaataaagtgactgaaacaattcgtaaagaaTATATTTAGCATTGCTATCTCTAATTTCTTTAACAATTTTAGTTAATTCTTTTTGTGATGGATCTTCAGCATTCATGTTTTGAATACCTTTTTGAACAAAACCa > 1:5646‑M2/48‑151 (MQ=255) GAATTGTTTCAGTCACTTTATTCGCAACATTATCTTCGTAAAGAATATATTTAGCATTGCTATCTCTAATTTCTTTAACAATTTTAGTTAATTCTTTTTGTGATGGATCTTCAGCATTCATGTTTTGAATACCTTTTTGAACAAAACCATa < 1:341730‑M1/151‑1 (MQ=255) ATTGTTTCAGTCACTTTATTCGCAACATTATCTTCGTAAAGAATATATTTAGCATTGCTATCTCTAATTTCTTTAACAATTTTAGTTAATTCTTTTTGTGATGGATCTTCAGCATTCATGTTTTGAATACCTTTTTGAACAAAACCATAAc < 2:454684‑M1/151‑1 (MQ=255) aTTCGCAACATTATCTTCGTAAAGAATATATTTAGCATTGCTATCTCTAATTTCTTTAACAATTTTAGTTAATTCTTTTTGTGATGGATCTTCAGCATTCATGTTTTGAATACCTTTTTGAACAAAACCATAACAATCAGCTAAGTATCCa < 1:64777/151‑1 (MQ=255) gtgactgaaacaattcgtaaagaaTATATTTAGCATTGCTATCTCTAATTTCTTTAACAATTTTAGTTAATTCTTTTTGTGATGGATCTTCAGCATTCATGTTTTGAATACCTTTTTGAACAAAACCATAACAATCAGCTAAGTATCCAAt < 1:17244‑M2/127‑1 (MQ=255) aCATTATCTTCGTAAAGAATATATTTAGCATTGCTATCTCTAATTTCTTTAACAATTTTAGTTAATTCTTTTTGTGATGGATCTTCAGCATTCATGTTTTGAATACCTTTTTGAACAAAACCATAACAATCAGCTAAGTATCCAATTGAtt > 1:188994/1‑151 (MQ=255) tATCTTCGTAAAGAATATATTTAGCATTGCTATCTCTAATTTCTTTAACAATTTTAGTTAATTCTTTTTGTGATGGATCTTCAGCATTCATGTTTTGAATACCTTTTTGAACAAAACCATAACAATCAGCTAAGTATCCAATTGATTCAtg < 1:396021/151‑1 (MQ=255) taaagaaTATATTTAGCATTGCTATCTCTAATTTCTTTAACAATTTTAGTTAATTCTTTTTGTGATGGATCTTCAGCATTCATGTTTTGAATACCTTTTTGAACAAAACCATAACAATCAGCTAAGTATCCAATTGATTCATGTGAAATGa > 2:292223‑M2/8‑151 (MQ=255) aaagaaTATATTTAGCATTGCTATCTCTAATTTCTTTAACAATTTTAGTTAATTCTTTTTTTTTTGTATTTTCAGCATTCATGTTTTGAACACCTTTTTGCACAAAACCATAACAATCAGCTAAGTATCCAATTGATCCATGTGAAATaaa > 2:1303‑M2/7‑151 (MQ=255) aaTATATTTAGCATTGCTATCTCTAATTTCTTTAACAATTTTAGTTAATTCTTTTTGTGATGGATCTTCAGCATTCATGTTTTGAATACCTTTTTGAACAAAACCATAACAATCAGCTAAGTATCCAATTGATTCATGTGAAATGAATACt > 2:166686‑M2/3‑151 (MQ=255) aTATATTTAGCATTGCTATCTCTAATTTCTTTAACAATTTTAGTTAATTCTTTTTGTGATGGATCTTCAGCATTCATGTTTTGAATACCTTTTTGAACAATTCCATAACAATCAGCTAAGTATCCAATTGATTCATGTGAAATGAATACTg > 2:206893‑M2/2‑151 (MQ=255) | AATGATTGATACGTAATATTATCTTTTTTCTGTTGTTCTTTATTTAAAGACTCCATGTTGTAGAATTTTAAAGGCTTCGCATCTGTTTCTTTACGAATTGTTTCAGTCACTTTATTCGCAACATTATCTTCGTAAAGAATATATTTAGCATTGCTATCTCTAATTTCTTTAACAATTTTAGTTAATTCTTTTTGTGATGGATCTTCAGCATTCATGTTTTGAATACCTTTTTGAACAAAACCATAACAATCAGCTAAGTATCCAATTGATTCATGTGAAATGAATACTG > CP000730/2529012‑2529300 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |