| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000730 | 1747122 = | 44 (0.670) | 3 (0.050) | 3/230 | NT | 7.2% | intergenic (+83/+47) | USA300HOU_1635/secDF | hypothetical protein/RND superfamily resistance‑nodulation‑cell division protein:proton (H+) antiporter |
| ? | CP000730 | 1747161 = | 38 (0.650) | intergenic (+122/+8) | USA300HOU_1635/secDF | hypothetical protein/RND superfamily resistance‑nodulation‑cell division protein:proton (H+) antiporter | |||||
TTTCCAAAAGACATTATATCTAAAATTACTTTAAATAAAAAGCACTTATCTAAATAATCAAGACTTTAATTATACCATTTTTTAAAAATGAATGCGGGAACTTATTTATATATATTTTGTTAAATTTAAATAAAGTAAAAAGCGGTATGTGAACTCTTTATTGTTTCACATACCGCTTAATTCATTTTAAACTAAAATCTTTTCATCGTTCGATTTCTTTTCTTTATATACAACTAATTTGTGTTTCGGCGATTTTTTCAACTGACGTTTTTTCATTATT > CP000730/1746983‑1747262 | tattctcttcaatcttcattgccgttccgctatggggaataatgaaaaaacgtcagttgaaaaaatcgccgaaacacaaattagttgtatataaagaaaagaaatcgaacgatgaaaagattttagtttaaaatgaattaa > 1:177983‑M1/140‑141 (MQ=255) ttCCAAAAGACATTATATCTAAAATTACTTTAAATAAAAAGCACTTATCTAAATAATCAAGACTTTAATTATACCATTTTTTAAAAATGAATGCGGGAACTTATTTATATATATTTTGTTAAATTTAAATAAAGTAAAAAg < 2:289502/141‑1 (MQ=255) attctcttcaatcttcattgccgttccgctatggggaataatgaaaaaacgtcagttgagaaaatcgccgaaacacaaattagttgtatataaagaaaagaaatcgaacgatgaaaagattttagtttaaaatgaattAAg > 1:137972‑M1/139‑141 (MQ=255) ttctcttcaatcttcattgccgttccgctatggggaataatgaaaaaacgtcagttgaaaaaatcgccgaaacacaaattagttgtatataaagaaaagaaatcgaacgatgaaaagattttagtttaaaatgaattAAGc > 2:492842‑M1/138‑141 (MQ=255) ctcttcaatcttcattgccgttccgctatggggaataatgaaaaaacgtcagttgaaaaaatcgccgaaacacaaattagttgtatataaagaaaagaaatcgaacgatgaaaagattttagtttaaaatgaattAAGCgg > 2:83051‑M1/136‑141 (MQ=255) ctcttcaatcttcattgccgttccgctatggggaataatgaaaaaacgtcagttgaaaaaatcgccgaaacacaaattagttgtatataaagaaaagaaatcgaacgatgaaaagattttagtttaaaatgaattAAGCgg < 2:602795‑M1/6‑1 (MQ=255) cAAAAGACATTATATCTAAAATTACTTTAAATAAAAAGCACTTATCTAAATAATCAAGACTTTAATTATACCATTTTTTAAAAATGAATGCGGGAACTTATTTATATATATTTGGTTAAATTTAAATAAAGTANAAAGCgg > 2:589524/1‑141 (MQ=255) cttcaatcttcattgccgttccgctatggggaataatgaaaaaacgtcagttgaaaaaatcgccgaaacacaaattagttgtatataaagaaaagaaatcgaacgatgaaaagattttagtttaaaatgaattAAGCGGTa < 1:495054‑M1/8‑1 (MQ=255) aaGACATTATATCTAAAATTACTTTAAATAAAAAGCACTTATCTAAATAATCAAGACTTTAATTATACCATTTTTTATAAATTATTGAGGGAACTTATTTATATATATTTTGTTAAATTTAAATAAAGTAGAAAGAGGTAt > 2:776164/1‑141 (MQ=255) gACATTATATCTAAAATTACTTTAAATAAAAAGCACTTATCTAAATAATCAAGACTTTAATTATACCATTTTTTAAAAATGAATGCGGGAACTTATTTATATATATTTTGTTAAATTTAAATAAAGTAAAAAGCGGTAtgt > 1:9990/1‑141 (MQ=255) caatcttcattgccgttccgctatggggaataatgaaaaaacgtcagttgaaaaaatcgccgaaacacaaattagttgtatataaagaaaagaaatcgaacgatgaaaagattttagtttaaaatgaattAAGCGGTAtgt > 1:42219‑M1/131‑141 (MQ=255) aatcttcattgccgttccgctatggggaataatgaaaaaacgtcagttgaaaaaatcgccgaaacacaaattagttgtatataaagaaaagaaatcgaacgatgaaaagattttagtttaaaatgaattAAGCGGTAtgtg > 2:332410‑M1/130‑141 (MQ=255) aCATTATATCTAAAATTACTTTAAATAAAAAGCACTTATCTAAATAATCAAGACTTTAATTATACCATTTTTTAAAAATGAATGCGGGAACTTATTTATATATATTTTGTTAAATTTAAATAAAGTAAAAAGCGGTAtgtg < 1:332150/141‑1 (MQ=255) aCAGTATATCTATAAAGACTGTAAATAAAAAGCACTTATCTAAATAATCAAGACTTTAATTATACCATTTTTTAAAAATTAATGCTATAACTTATTTATATAGATTTTTTTAAATTTAAATAAAGTAAAAAGCTGTAtttg < 2:72211/141‑1 (MQ=255) atcttcattgccgttccgctatgggtaataatgaaaaaacgtcagttgaaaaaatcgccgaaacacaaattagttgtatataaagaaaagaaatcgaacgatgaaaagattttagtttaaaatgaattAAGCGGTATGTGa > 1:661559‑M1/129‑141 (MQ=255) 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1:488266/1‑141 (MQ=255) aGCACTTATCTAAATAATCAAGACTTTAATTATACCATTTTTTAAAAATGAATGCGGGAACTTATTTATATATATTTTGTTAAATTTAAATAAAGTAAAAAGCGGTATGTGGACTCTTTATCGTTTCACCTACCGCTaaaa > 1:342647/1‑140 (MQ=255) aGCACTTATCTAAATAATCAAGACTTTAATTATACCATTTTTTAAAAATGAATGCGGGAACTTATTTATATATATTTTGTTAAATTTAAATAAAGTAAAAAGCGGTATGTGAACTCTTTATTGTTTCACATACCGCTTAAt > 1:446539/1‑141 (MQ=255) gCACTTATCTAAATAATCAAGACTTTAATTATACCATTTTTTAAAAATGAATGCGGGAACTTATGTATAGATAGTGTGATAAGTGTAAATAAAGTAAAAAGCGGTATGGGAACTCTTTATTGTTTCACATACCGCTTAAtt > 1:196411/1‑141 (MQ=255) aCTTATCTAAATAATCAAGACTTTAATTATACCATTTTTTATTTTTTAATGCGGGAACTTATTTATATATATTTTGTTAAATTTAAATAAAGTAAAAAGCGGTATGTGAACTCTTTATTGTTTCACATACCGCTTAATTCa > 2:532823/1‑141 (MQ=255) aCTTATCTAAATAATCAAGACTTTAATTATACCATTTTTTAAAAATGAATGCGGGAACTTATTTATATATATTTTGTTAAATTTAAATAAAGTAAAAAGCGGTATGTGAACTCTTTATTGTTTCACATACCGCTTAATTCa > 2:225263/1‑141 (MQ=255) cTTATCTAAATAATCAAGACTTTAATTATACCATTTTTTAAAAATGAATGCGGGAACTTATTTATATATATTTTGTTAAATTTAAATAAAGTAAAAAGCGGTATGTGAACTCTTTATTGTTTCACATACCGCTTAATTCAt > 1:429030/1‑141 (MQ=255) ttATCTAAATAATCAAGACTTTAATTATACCATTTTTTAAAAATGAATGCGGGAACTTATTTATATATATTTTGTTAAATTTAAATAAAGTAAAAAGCGGTATGTGAACTCTTTATTGTTTCACATACCGCTTAATTCAtt > 2:530581/1‑141 (MQ=255) aTCTAAATAATCAAGACTTTAATTATACCATTTTTTAAAAATGAATGCGGGAACTTATTTATATATATTTTGTTAAATTTAAATAAAGTAAAAAGCGGTATGTGAACTCTTTATTGTTTCACATACCGCTTAATTCAtttt > 1:253320/1‑141 (MQ=255) cTAAATAATCAAGACTTTAATTATACCATTTTTTAAAAATGAATGCGGGAACTTATTTATATATATTTTGTTAAATTTAAATAAAGTAAAAAGCGGTATGTGAACTCTTTATTGTTTCACATACCGCTTAATTCATTTTaa > 1:404566/1‑141 (MQ=255) taatCAAGACTTTAATTATACCATTTTTTAAAAATGAATGCGGAAACTTATTTATATATATTTTGTTAAATTTAAATAAAGTAAAAAGCGGTATGTGAACTCTTTATTGTTTCACATACCGCTTAATTCATTTTAAACTaa < 2:382884/141‑1 (MQ=255) agcAAGACTTTAATTATACCATTTTTTAAAAATGAATGCGGGAACTTATTTATATATATTTTGTTAAATTTAAATAAAGTAAAAAGCGGTATGTGAACTCTTTATTGTTTCACATACCGCTTAATTCATTTTagtttaaaa < 2:391834/139‑9 (MQ=255) cAAGACTTTAATTATACCATTTTTTAAAAATGAATGCGGGAACTTATTTATATATATTTTGTTAAATTTAAATAAAGTAAAAAGCGGTATGTGAACTCTTTATTGTTTCACATACCGCTTAATTCATTTTAAACTAAAATc > 1:723422/1‑141 (MQ=255) gACTTTAATTATACCATTTTTTAAAAATTAATGCGGGAACTTATTTATATATATTTTGTTAAATTTAAATAAAGTAAAAAGCGGTATGTGAACTCTTTATTGTTTCACATACCGCTTAATTCATTTTAAACTAAAATCttt > 2:305371/1‑141 (MQ=255) tttAATTATACCATTTTTTAAAAATGAATGCGGGAACTTATTTATATATATTTTGTTAAATTTAAATAAAGTAAAAAGCGGTATGTGAACTCTTTATTGTTTCACATACCGCTTAATTCATTTTAAACTAAAATCTTTTCa < 2:342396/141‑1 (MQ=255) tttAATTATACCATTTTTTAAAAATGAATGCGGGAACTTATTTATATATATTTTGTTAAATTTAAATAAAGTAAAAAGCGGTATGTGAACTCTTTATTGTTTCACATACCGCTTAATTCATTTTAAACTAAAATCTTTTCa < 1:368001/141‑1 (MQ=255) tAATTATACCATTTTTTAAAAATGAATGCGGGAACTTATTTATATATATTTTGTTAAATTTAAATAAAGTAAAAAGCGGTATGTGAACTCTTTATTGTTTCACATACCGCTTAATTCATTTTAAACTAAAATCTTTTCATc > 1:341544/1‑141 (MQ=255) ataCCATTTTTTAAAAATGAATGCGGGAACTTATTTATATATATTTTGTTAAATTTAAATAAAGTAAAAAGCGGTATGTGAACTCTTTATTGTTTCACATACCGCTTAATTCATTTTAAACTAAAATCTTTTCATCGTTCg > 2:784235/1‑141 (MQ=255) taCCATTTTTTAAAAATGAATGCGGGAACTTATTTATATATATTTTGTTAAATTTAAATAAAGTAAAAAGCGGTATGTGAACTCTTTATTGTTTCACATACCGCTTAATTCATTTTAAACTAAAATCTTTTCATCGTTCGa < 2:291371/141‑1 (MQ=255) ccATTTTTTAAAAATGAATGCGGGAACTTATTTATATATATTTTGTTAAATTTAAATAAAGTAAAAAGCGGTATGTGAACTCTTTATTGTTTCACATACCGCTTAATTCATTTTAAACTAAAATCTTTTCATCGTTCGAtt < 1:179252/141‑1 (MQ=255) ccATTTTTTAAAAATGAATGCGGGAACTTATTTATATATATTTTGTTAAATTTAAATAAAGTAAAAAGCGGTATGTGAACTCTTTATTGTTTCACATACCGCTTAATTCATTTTAAACTAAAATCTTTTCATCGTTCGAtt < 1:435221/141‑1 (MQ=255) cATTTTTTAAAAATGAATGCGGGAACTTATTTATATATATTTTGTTAAATTTAAATAAAGTAAAAAGCGGTATGTGAACTCTTTATTGTTTCACATACCGCTTAATTCATTTTAAACTAAAATCTTTTCATCGTTCGAttt > 1:476934/1‑141 (MQ=255) aaaaTGAATGCGGGAACTTATTTATATATATTTTGTTAAATTTAAATAAAGTAAAAAGCGGTATGTGAACTCTTTATTGTTTCACATACCGCTTAATTCATTTTAAACTAAAATCTTTTCATCGTTCGATTtcttttcttt > 1:578611/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) taaaGTAAAAAGCGGTATGTGAACTCTTTATTGTTTCACATACCGCTTAATTCATTTTAAACTAAAATCTTTTCATCGTTCGATTTCTTTTCTTTATATACAACTAATTTGTGTTTCGGCGATTTTTTCACCTGACGtttt > 2:414069/1‑141 (MQ=255) aaaGTAAAAAGCGGTATGTGAACTCTTTATTGTTTCACATACCGCTTAATTCATTTTAAACTAAAATCTTTTCATCGTTCGATTTCTTTTCTTTATATACAACTAATTTGTGTTTCGGCGATTTTTTCAACTGACGttttt < 2:163442/141‑1 (MQ=255) aGTAAAAAGCGGTATGTGAACTCTTTATTGTTTCACATACCGCTTAATTCATTTTAAACTAAAATCTTTTCATCGTTCGATTTCTTTTCTTTATATACAACTAATTTGTGTTTCGGCGATTTTTTCAACTGACGTTTTTTc < 2:66817/141‑1 (MQ=255) aaaGCGGTATGTGAACTCTTTATTGTTTCACATACCGCTTAATTCATTTTAAACTAAAATCTTTTCATCGTTCGATTTCTTTTCTTTATATACAACTAATTAGTGTTTCGGCGATTTTTTCAACTGACGTTTTTTCattat > 1:580106/1‑141 (MQ=255) aaaGCGGTATGTGAACTCTTTATTGTTTCACATACCGCTTAATTAGTTGTAAACTAAAATCTTTTCATCGTTCGATTTCTTTTCTTTTTATACAACTAATTTGTTTTTCGGCGATTTTTTCTACTGACGTTTTTTTatttt > 2:137801/1‑139 (MQ=255) AAGCGGTATGTGAACTCTTTATTGTTTCACATACCGCTTAATTCATTTTAAACTAAAATCTTTTCATCGTTCGATTTCTTTTCTTTATATACAACTAATTTGTGTTTCGGCGATTTTTTCAACTGACGTTTTTTCattatt > 2:375193‑M1/1‑141 (MQ=255) AAGCGGTATGTGAACTCTTTATTGTTTCACATACCGCTTAATTCATTTTAAACTAAAATCTTTTCATCGTTCGATTTCTTTTCTTTATATACAACTAATTTGTGTTTCGGCGATTTTTTCAACTGACGTTTTTTCattatt > 2:375201‑M1/1‑141 (MQ=255) AAGCGGTATGTGAACTCTTTATTGTTTCACATACCGCTTAATTCATTTTAAACTAAAATCTTTTCATCGTTCGATTTCTTTTCTTTATATACAACTAATTTGTGTTTCGGCGATTTTTCCAACTGACGTTTTTTCattatt < 1:551130‑M1/141‑1 (MQ=255) | TTTCCAAAAGACATTATATCTAAAATTACTTTAAATAAAAAGCACTTATCTAAATAATCAAGACTTTAATTATACCATTTTTTAAAAATGAATGCGGGAACTTATTTATATATATTTTGTTAAATTTAAATAAAGTAAAAAGCGGTATGTGAACTCTTTATTGTTTCACATACCGCTTAATTCATTTTAAACTAAAATCTTTTCATCGTTCGATTTCTTTTCTTTATATACAACTAATTTGTGTTTCGGCGATTTTTTCAACTGACGTTTTTTCATTATT > CP000730/1746983‑1747262 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |