New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | CP000730 | 2365752 = | 53 (0.810) | 4 (0.070) | 4/240 | NT | 8.2% | coding (200/318 nt) | rplX | ribosomal protein L24 |
? | CP000730 | 2365784 = | 40 (0.660) | coding (168/318 nt) | rplX | ribosomal protein L24 |
GGATCCTCCTTTCAACTTGTTATTAATTATTAGATTTAATTTCTTCGCCAGATTTTTTAGCGATACGAACTTTTTTACCATCAACAAATTTGTAACCTACACGAGTTGGTTCGTTTGTTTTAGGGTCCAATAATTGTACATTAGAAACATGGATTGCTGCCTCTGTTTCTAAGATTCCACCTTCAGGATTTAATTGAGTTGGTTTTTGGTGTTTTTTCATAATGTTAACACCTTCCACAACGACACGGTCTTTTTTAGGTAGAGTAGCAATTACTTTAC > CP000730/2365612‑2365890 | aagttatcgcaggtaaagacaaaggcaaagaaggtaaagtaattgctactctacctaaaaaagaccgtgtcgttgtggaaggtgttaacattatgaaaaaacaccaaaaaccaactcaattaaatcctgaagatggaatct < 2:785537‑M1/1‑1 (MQ=255) gttatcgcaggtaaagacaaaggtaaagaaggtaaagtaattgctactctacctaaaaaagaccgtgtcgttgtggaaggtgttaacattatgaaaaaacaccaaaaaccaactcaattaaatcctgaaggtggaatcTTa < 1:647480‑M1/3‑1 (MQ=255) ttatcgcaggtaaagacaaaggtaaagaaggtaaagtaattgctactctacctaaaaaagaccgtgtcgttgtggaaggtgttaacattatgaaaaaacaccaaaaaccaactcaattaaatcctgaaggtggaatcTTAg > 1:22120‑M1/138‑141 (MQ=255) cctcctTTCAACTTGTTATTAATTATTAGATTTAATTTCTTCGCCAGATTTTTTAGCGATACGAACTTTTTTACCATCAACAAATTTGTAACCTACACGAGTTGGTTCGTTTGTTTTAGGGTCCAATAATTGTACATTAGa > 2:407272/1‑141 (MQ=255) ctcctTTCAACTTGTTATTAATTATTAGATTTAATTTCTTCGCCAGATTTTTTAGCGATACGAACTTTTTTACCATCAACAAATTTGTAACCTACACGAGTTGGTTCGTTTGTTTTAGGGTCCAATAATTGTACATTAGaa > 2:400420/1‑141 (MQ=255) ctcctTTCAACTTGTTATTAATTATTAGATTTAATTTCTTCGCCAGATTTTTTAGCGATACGAACTTTTTTACCATCAACAAATTTGTAACCTACACGAGTTGGTTCGTTTGTTTTAGGGTCCAATAATTGTACATTAGaa < 2:435350/141‑1 (MQ=255) atcgcaggtaaagacaaaggtaaagaaggtaaagtaattgctactctacctaaaaaagaccgtgtcgttgtggaaggtgttaacattatgaaaaaacaccaaaaaccaactcaattaaatcctgaaggtggaatcTTAGaa < 1:3469‑M1/6‑1 (MQ=255) ttCAACTTGTTATTAATTATTAGATTTAATTTCTTCGCCAGATTTTTTAGCGATACGAACTTTTTTACCATCAACAAATTTGTAACCTACACGAGTTGGTTCGTTTGTTTTAGGGTCCAATAATTGTACATTAGAAACATg > 1:191349/1‑141 (MQ=255) cAACTTGTTATTAATTATTAGATTTAATTTCTTCGCCAGATTTTTTAGCGATACGAACTTTTTTACCATCAACAAATTTGTAACCTACACGAGTTGGTTCGTTTGTTTTAGGGTCCAATAATTGTACATTAGAAACATGGa < 1:210715/141‑1 (MQ=255) aCTTGTTATTAATTATTAGATTTAATTTCTTCGCCAGATTTTTTAGCGATACGAACTTTTTTACCATCAACAAATTTGTAACCTACACGAGTTGGTTCGTTTGTTTTAGGGTCCAATAATTGTACATTAGAAACATGGAtt < 2:103095/141‑1 (MQ=255) cTTGTTATTAATTATTAGATTTAATTTCTTCGCCAGATTTTTTAGCGATACGAACTTTTTTACCATCAACAAATTTGTAACCTACACGAGTTGGTTCGTTTGTTTTAGGGTCCAATAATTGTACATTAGAAACATGGATtg < 1:495364/141‑1 (MQ=255) gTTATTAATTATTAGATTTAATTTCTTCGCCAGATTTTTTAGCGATACGAACTTTTTTACCATCAACAAATTTGTAACCTACACGAGTTGGTTCGTTTGTTTTAGGGTCCAATAATTGTACATTAGAAACATGGATtgctg > 1:653522/1‑141 (MQ=255) tattaATTATTAGATTTAATTTCTTCGCCAGATTTTTTAGCGATACGAACTTTTTTACCATCAACAAATTTGTAACCTACACGAGTTGGTTCGTTTGTTTTAGGGTCCAATAATTGTACATTAGAAACATGGATTGCTGcc < 2:38406/141‑1 (MQ=255) tattaATTATTAGATTTAATTTCTTCGCCAGATTTTTTAGCGATACGAACTTTTTTACCATCAACAAATTTGTAACCTACACGAGTTGGTTCGTTTGTTTTAGGGTCCAATAATTGTACATTAGAAACATGGATTGCTGcc > 2:698054/1‑141 (MQ=255) attaattaTTAGATTTAATTTCTTCGCCAGATTTTTTAGCGATACGAACTTTTTTACCATCAACAAATTTGTAACCTACACGAGTTGGTTCGTTTGTTTTAGGGTCCAATAATTGTACATTAGAAACATGGATTGCTGCct < 1:503606/141‑1 (MQ=255) aggtaaagaaggtaaagtaattgctactctacctaaaaaagaccgtgtcgttgtggaaggtgttaacattatgaaaaaacaccaaaaaccaactcaattaaatcctgaaggnggaatcTTAGAANCATGGATTGCTGCctc > 1:732707‑M1/119‑141 (MQ=255) aattaTTAGATTTAATTTCTTCGCCAGATTTTTTAGCGATACGAACTTTTTTACCATCAACAAATTTGTAGCCTACACGAGTTGGTTCGTTTGTTTTAGGGTCCAATAATTGTACATTAGAAACATGGATTGCTGCCTCTg < 1:154834/141‑1 (MQ=255) attattAGATTTAATTTCTTCGCCAGATTTTTTAGCGATACGAACTTTTTTACCATCAACAAATTTGTAACCTACACGAGTTGGTTCGTTTGTTTTAGGGTCCAATAATTGTACATTAGAAACATGGATTGCTGCCTCTGt > 2:336039/1‑141 (MQ=255) ttaGATTTAATTTCTTCGCCAGATTTTTTAGCGATACGAACTTTTTTACCATCAACAAATTTGTAACCTACACGAGTTGGTTCGTTTGTTTTAGGGTCCAATAATTGTACATTAGAAACATGGATTGCTGCCTCTGTTTCt < 1:57882/141‑1 (MQ=255) ttaGATGTAATTGCGTCGCCAGATTTTTTAGCGATACGAGCTGTTTTACCATCAACAAATTTGTAACCTACACGAGTTGGTTCGTTTGTTTTAGGGTCCAATAATTGTACATTAGAAACATGGATTGCTGCCTCTGTTTCt < 2:397772/141‑1 (MQ=255) aGATTTAATTTCTTCGCCAGATTTTTTAGCGATACGAACTTTTTTACCATCAACAAATTTGTAACCTACACGAGTTGGTTCGTTTGTTTTAGGGTCCAATAATTGTACATTAGAAACATGGATTGCTGCCTCTGTTTCTaa > 1:327994/1‑141 (MQ=255) gATTTAATTTCTTCGCCAGATTTTTTAGCGATACGAACTTTTTTACCATCAACAAATTTGTAACCTACACGAGTTGGTTCGTTTGTTTTAGGGTCCAATAATTGTACATTAGAAACATGGATTGCTGCCTCTGTTTCTAAg > 1:720335/1‑141 (MQ=255) aTTTAATTTCTTCGCCAGATTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTACCATCAACAAATTTTTAATTTACTTGGTTTGGTTCGTTTGTTTTCGGGTCCAATTATTGTACATTAGATATATTGTTTTCTGCCTtttttttttatt > 2:705574/1‑135 (MQ=255) tttAATTTCTTCGCCAGATTTTTTAGCGATACGAACTTTTTTACCATCAACAAATTTGTAACCTACACGAGTTGGTTCGTTTGTTTTAGGGTCCAATAATTGTACATTAGAAACATGGATTGCTGCCTCTGTTTCTAAGAt < 2:155560/141‑1 (MQ=255) ttAATTTCTTCGCCAGATTTTTTCGCTATACGAACTTTTTTACCATCAACAAATTTGTAACCTACACGATTTTTTTCGTTTGTTTTAGGGTCCAATAATTGTACATTAGAAACATCGATTCCTGCCTCTGTTTCTAATAtt < 2:360056/141‑1 (MQ=255) ttAATTTCTTCGCCAGATTTTTTAGCGATACGAACTTTTTTACCATCAACAAATTTGTAACCTACACGAGGTGGTTAGTTTGTTTTAGGGTCCAATAATTGTACATTAGAAACATGGATTGCTGCCTCTGTTTCTAAGAtt > 1:286079/1‑141 (MQ=255) tcttcGCCAGATTTTTTAGCGATACGAACTTTTTTACCATCAACAAATTTGTAACCTACACGAGTTGGTTCGTTTGTTTTAGGGTCCAATAATTGTACATTAGAAACATGGATTGCTGCCTCTGTTTCTAAGATTCCACCt > 1:725022/1‑141 (MQ=255) attgctactctacctaaaaaagaccgtgtcgttgtggaaggtgttaacattatgaaaaaacaccaaaaaccaactcaattaaatcctgaaggtggaatcTTAGAAACATGGATTGCTGCCTCTGTTTCTAAGATTCCACCt > 1:246603‑M1/100‑141 (MQ=255) cttcGCCAGATTTTTTAGCGATACGAACTTTTTTACCATCAACAAATTTGTAACCTACACGAGTTGGTTCGTTTGTTTTAGGGTCCAATAATTGTACATTAGAAACATGGATTGCTGCCTCTGTTTCTAAGATTCCACCtt > 2:497244/1‑141 (MQ=255) cGCCAGATTTTTTAGCGATACTAACTTTTTTACCATCAACAAATTTGTAACCTACACGAGTTGGTTCGTTTGTTTTAGGGTCCAATAATTGTACATTAGAAACATTGATTGCTGCCTCTGTTTCTAAGATTCCACCTTCAg < 1:521906/141‑1 (MQ=255) cGCCAGATTTTTTAGCGATACGAACTTTTTTACCATCAACAAATTTGTAACCTACACGAGTTGGTTCGTTTGTTTTAGGGTCCAATAATTGTACATTAGAAACATGGATTGCTGCCTCTGTTTCTAAGATTCCACCTTCAg < 2:302969/141‑1 (MQ=255) gCCAGATTTTTTAGCGATACGAACTTTTTTACCATCAACAAATTTGTAACCTACACGAGTTGGTTCGTTTGTTTTAGGGTCCAATAATTGTACATTAGAAACATGGATTGCTGCCTCTGTTTCTAAGATTCCACCTTCAgg > 1:94809/1‑141 (MQ=255) tttttAGCGATACGAACTTTTTTACCATCAACAAATTTGTAACCTACACGAGTTGGTTCGTTTGTTTTAGGGTCCAATAATTGTACATTAGAAACATGGATTGCTGCCTCTGTTTCTAAGATTCCACCTTCAGGATTTAAt < 2:344820/141‑1 (MQ=255) tttAGCGATACGAACTTTTTTACCATCAACAAATTTGTAACCTACACGAGTTGGTTCGTTTGTTTTAGGGTCCAATAATTGTACATTAGAAACATGGATTGCTGCCTCTGTTTCTAAGATTCCACCTTCAGGATTTAATTg < 1:774181/141‑1 (MQ=255) aGCGATACGAACTTTTTTACCATCAACAAATTTGTAACCTACACGAGTTGGTTCGTTTGTTTTAGGGTCCAATAATTGTACATTAGAAACATGGATTGCTGCCTCTGTTTCTAAGATTCCACCTTCAGGATTTAATTGAGt < 2:242677/141‑1 (MQ=255) aGCGATACGAACTTTTTTACCATCAACAAATTTGTAACCTACACGAGTTGGTTCGTTTGTTTTAGGGTCCAATAATTGTACATTAGAAACATGGATTGCTGCCTCTGTTTCTAAGATTCCACCTTCAGGATTTAATTGAGt > 1:292113/1‑141 (MQ=255) gATACGAACTTTTTTACCATCAACAAATTTGTAACCTACACGAGTTGGTTCGTTTGTTTTAGGGTCCAATAATTGTACATTAGAAACATTGATTGCTGCCTCTGTTTCTAAGATTCCACCTTCAGGATTTAATTGAGTTgg > 2:699822/1‑141 (MQ=255) gAACTTTTTTACCATCAACAAATTTGTAACCTACACGAGTTGCTTCGTTTGTTTTAGGGTCCAATAATTGTACATTAGAAACATGGATTGCTGCCTCTGTTTCTAAGATTCCACCTTCAGGATTTAATTGAGTTGGttttt < 2:751570/141‑1 (MQ=255) cTTTTTTACCATCAACAAATTTGTAACCTACACGAGTTGGTTCGTTTGTTTTAGGGTCCAATAATTGTACATTAGAAACATGGATTGCTGCCTCTGTTTCTAAGATTCCACCTTCAGGATTTAATTGAGTTGGTTTTTGgt > 2:479553/1‑141 (MQ=255) cTTTTTTACCATCAACAAATTTGTAACCTACACGAGTTGGTTCGTTTGTTTTAGGGTCCAATAATTGTACATTAGAAACATGGATTGCTGCCTCTGTTTCTAAGATTCCACCTTCAGGATTTAATTGAGTTGGTTTTTGgt > 2:6821/1‑141 (MQ=255) tACCATCAACAAATTTGTAACCTACACGANTTGGTTCGTTTGTTTTAGGGTCCAATAATTGTACATTAGAAACATGGATTGCTGCCTCTGTTTCTAAGATTCCACCTTCAGGATTTAATTGAGTTGGTTTTTGGGGtgttt > 1:504696/1‑141 (MQ=255) aTCAACAAATTTGTAACCTACACGAGTTGGTTCGTTTGTTTTAGGGTCCAATAATTGTACATTAGAAACATGGATTGCTGCCTCTGTTTCTAAGATTCCACCTTCAGGATTTAATTGAGTTGGTTTTTGGTGTTTTTTCAt < 2:187030/141‑1 (MQ=255) tCAACAAATTTGTAACCTACACGAGTTGGTTCGTTTGTTTTAGGGTCCAATAATTGTACATTAGAAACATGGATTGCTGCCTCTGTTTCTAAGATTCCACCTTCAGGATTTAATTGAGTTGGTTTTTGGTGTTTTTTCATa > 1:719873/1‑141 (MQ=255) tCAACAAATTTGTAACCTACACGAGTTGGTTCGTTTGTTTTAGGGTCCAATAATTGTACATTAGAAACATGGATTGCTGCCTCTGTTTCTAAGATTCCACCTTCAGGATTTAATTGAGTTGGTTTTTGGTGTTTTTTCATa > 1:192480/1‑141 (MQ=255) aaaTTTGTAACCTACACGAGTTGGTTCGTTTGTTTTAGGGTCCAATAATTGTACATTAGAAACATGGATTGCTGCCTCTGTTTCTAAGATTCCACCTTCAGGATTTAATTGAGTTGGTTTTTGGTGTTTTTTCATAATGtt < 1:545550/141‑1 (MQ=255) aaaTTTGTAACCTACACGAGTTGGTTCGTTTGTTTTAGGGTCCAATAATTGTACATTAGAAACATGGATTGCTGCCTCTGTTTCTAAGATTCCACCTTCAGGATTTAATTGAGTTGGTTTTTGGTGTTTTTTCATAATGtt < 1:428116/141‑1 (MQ=255) aaaTTTGTAACCTACACGAGTTGGTTCGTTTGTTTTAGGGTCCAATAATTGTACATTAGAAACATGGATTGCTGCCTCTGTTTCTAAGATTCCACCTTCAGGATTTAATTGAGTTGGTTTTTGGTGTTTTTTCATAATGtt < 2:42719/141‑1 (MQ=255) tttGTAACCTACACGAGTTGGTTCGTTTGTTTTAGGGTCCAATAATTGTACATTAGAAACATGGATTGCTGCCTCTGTTTCTAAGATTCCACCTTCAGGATTTAATTGAGTTGGTTTTTGGTGTTTTTTCATAATGTTAac < 2:493964/141‑1 (MQ=255) tggTAATCGACTCGAGTAGGTTCGTTTGTTTTGGGGTCCGATAATTGTACATGAGAATCATGGATTGGTGCCTCTGTTTCTAAGATTCCACCTTCAGGATTTTATTGTGTTGGTTTTTGGTGTTTTTTCATTATGTTagcc < 2:252172/139‑4 (MQ=255) tGTAACCTACACGAGTTGGTTCGTTTGTTTTAGGGTCCAATAATTGTACATTAGAAACATGGATTGCTGCCTCTGTTTCTAAGATTCCACCTTCAGGATTTAATTGAGTTGGTTTTTGGTGTTTTTTCATAATGTTAacac < 2:286226/141‑1 (MQ=255) gTAACCTACACGAGTTGGTTCGTTTGTTTTAGGGTCCAATAATTGTACATTAGAAACATGGATTGCTGCCTCTGTTTCTAAGATTCCACCTTCAGGATTTAATTGAGTTGGTTTTTGGTGTTTTTTCATAATGTTAACAcc < 1:538220/141‑1 (MQ=255) cTACACGAGTTGGTTCGTTTGTTTTAGGGTCCAATAATTGTACATTAGAAACATGGATTGCTGCCTCTGTTTCTAAGATTCCACCTTCAGGATTTAATTGAGTTGGTTTTTGGTGTTTTTTCATAATGTTAACACCTTCca > 2:723506/1‑141 (MQ=255) acacGAGTTGGTTCGTTTGTTTTAGGGTCCAATAATTGTACATTAGAAACATGGATTGCTGCCTCTGTTTCTAAGATTCCACCTTCACGATTTAATTGAGTTGGTTTTTGGTGTTTTTTCATAATGTTAACACCTTCcaca < 1:400420/141‑1 (MQ=255) aGTTGGTTCGTTTGTTTTAGGGTCCAATAATTGTACATTAGAAACATGGATTGCTGCCTCTGTTTCTAAGATTCCACCTTCAGGATTTAATTGAGTTGGTTTTTGGTGTTTTTTCATAATGTTAACACCTTCCACAACGac < 1:679594/141‑1 (MQ=255) aGTTGGTTCGTTTGTTTTAGGGTCCAATAATTGTACATTAGAAACATGGATTGCTGCCTCTGTTTCTAAGATTCCACCTTCAGGATTTAATTGAGTTGGTTTTTGGTGTTTTTTCATAATGTTAACACCTTCCACAACGac < 1:52081/141‑1 (MQ=255) tGGTTCGTTTGTTTTAGGGTCCAATAATTGTACATTAGAAACATGGATTGCTGCCTCTGTTTCTAAGATTCCACCTTCAGGATTTAATTGAGTTGGTTTTTGGTGTTTTTTCATAATGTTAACACCTTCCACAACGACACg < 1:637662/141‑1 (MQ=255) ttttAGGGTCCAATAATTGTACATTAGAAACATGGATTGCTGCCTCTGTTTCTAAGATTCCACCTTCAGGATTTAATTGAGTTGGTTTTTGGTGTTTTTTCATAATGTTAACACCTTCCACAACGACACGGTCTTTTTTAg > 1:549701/1‑141 (MQ=255) aaatcctgaaggtggaatcTTAGAAACATGGATTGCTGCCTCTGTTTCTAAGATTCCACCTTCAGGAttt < 2:415806‑M1/51‑1 (MQ=255) aaatcctgaaggtggaatcTTAGAAACATGGATTGCTGCCTCTGTTTCTAAGATTCCACCTTCAGGAttt > 1:415806‑M1/20‑70 (MQ=255) aGGGTCCAATAATTGTACATTAGAAACATGGATTGCTGCCTCTGTTTCTAAGATTCCACCTTCAGGATTTAATTGAGTTGGTTTTTGGTGTTTTTTCATAATGTTAACACCTTCCACAACGACACGGTCTTTTTTAGGTag > 2:240788/1‑141 (MQ=255) ccAATAATTGTACATTAGAAACATGGATTGCTGCCTCTGTTTCTAAGATTCCACCTTCAGGATTTAATTGAGTTGGTTTTTGGTGTTTTTTCATAATGTTAACACCTTCCACAACGACACGGTCTTTTTTAGGTAGAGTAg > 2:347637/1‑141 (MQ=255) taatTGTACATTAGAAACATGGATTGCTGCCTCTGTTTCTAAGATTCCACCTTCAGGATTTAATTGAGTTGGTTTTTGGTGTTTTTTCATAATGTTAACACCTTCCACAACGACACGGTCTTTTTTAGGTAGAGTAGCAAt < 1:394582/141‑1 (MQ=255) aCATTAGAAACATGGATTGCTGCCTCTGTTTCTAAGATTCCACCTTCAGGATTTAATTGAGTTGGTTTTTGGTGTTTTTTCATAATGTTAACACCTTCCACAACGACACGGTCTTTTTTAGGTAGAGTAGCAATTActtta > 1:677489/1‑141 (MQ=255) cATTAGAAACATGGATTGCTGCCTCTGTTTCTAAGATTCCACCTTCAGGATTTAATTGAGTTGGTTTTTGGTGTTTTTTCATAATGTTAACACCTTCCACAACGACACGGTCTTTTTTAGGTAGAGTAGCAATTActttac < 1:597340/141‑1 (MQ=255) | GGATCCTCCTTTCAACTTGTTATTAATTATTAGATTTAATTTCTTCGCCAGATTTTTTAGCGATACGAACTTTTTTACCATCAACAAATTTGTAACCTACACGAGTTGGTTCGTTTGTTTTAGGGTCCAATAATTGTACATTAGAAACATGGATTGCTGCCTCTGTTTCTAAGATTCCACCTTCAGGATTTAATTGAGTTGGTTTTTGGTGTTTTTTCATAATGTTAACACCTTCCACAACGACACGGTCTTTTTTAGGTAGAGTAGCAATTACTTTAC > CP000730/2365612‑2365890 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |