| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000730 | = 2484170 | 79 (1.210) | 7 (0.120) | 5/230 | NT | 8.6% | intergenic (+32/+34) | USA300HOU_2347/mqo | hypothetical membrane protein/malate dehydrogenase (acceptor) |
| ? | CP000730 | = 2484183 | 79 (1.360) | intergenic (+45/+21) | USA300HOU_2347/mqo | hypothetical membrane protein/malate dehydrogenase (acceptor) | |||||
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CACAATTATCTTCATTGTGGTTTATGTATTAATTTGGATAATTCAATTCTTTAAAAACAAGAACTACGTAGACACTATTAACAAGCAACTGAAACAATTAAAATGATTTTTATTAACCACTAAAAAACGGTAATGTCTATCACATTAAAAAAGACATTACCGTTTCGTTTATTATTTAACTTGTAAATACTTAGTTACTTCTTCATTAATTTTATGATATAAATCCTCATGATCTGTTAAGCGATAACCAAATGACGGCACCATTTCTTTAATCTTTG > CP000730/2484033‑2484310 | cacaATTATCTTCATTGTGGTTTATGTATTAATTTGGATAATTCAATTCTTTAAAAACAAGAACTACGTAGACACTATTAACAAGCAACTGAAACAATTAAAATGATTTTTATTAACCACTAAAAAACGGTAATGTCTATc > 2:39320/1‑141 (MQ=255) acaATTATCTTCATTGTGGTTTATGTATTAATTTGGATAATTCAATTCTTTAAAAACAAGAACTACGTAGACACTATTAACAAGCAACTGAAACAATTAAAATGATTTTTATTAACCACTAAAAAACGGTAATGTCTATca < 2:381308/141‑1 (MQ=255) caATTATCTTCATTGTGGTTTATGTATTAATTTGGATAATTCAATTCTTTAAAAACAAGAACTACGTAGACACTATTAACAAGCAACTGAAACAATTAAAATGATTTTTATTAACCACTAAAAAACGGTAATGTCTATcac < 2:122165/141‑1 (MQ=255) caATTATCTTCATTGTGGTTTATGTATTAATTTGGATAATTCAATTCTTTAAAAACAAGAACTACGTAGACACTATTAACAAGCAACTGAAACAATTAAAATGATTTTTATTAACCACTAAAAAACGGTAATGTCTATcac > 1:627350/1‑141 (MQ=255) caATTATCTTCATTGTGGTTTATGTATTAATTTGGATAATTCAATTCTTTAAAAACAAGAACTACGTAGACACTATTAACAAGCAACTGAAACAATTAAAATGATTTTTATTAACCACTAAAAAACGGTAATGTCTATcac < 1:643133/141‑1 (MQ=255) aTCTTCATTGTGGTTTATGTATTAATTTGGATAATTCAATTCTTTAAAAACAAGAACTACGTAGACACTATTAACAAGCAACTGAAACAATTAAAATGATTTTTATTAACCACTAAAAAACGGTAATGTCTATCACATTaa > 2:663422/1‑141 (MQ=255) aTCTTCATTGTGGTTTATGTATTAATTTGGATAATTCAATTCTTTAAAAACAAGAACTACGTAGACACTATTAACAAGCAACTGAAACAATTAAAATGATTTTTATTAACCACTAAAAAACGGTAATGTCTATCACATTaa > 1:742160/1‑141 (MQ=255) tCTTCATTGTGGTTTATGTATTAATTTGGATAATTCAATTCTTTAAAAACAAGAACTACGTAGACACTATTAACAAGCAACTGAAACAATTAAAATGATTTTTATTAACCACTAAAAAACGGTAATGTCTATCACATTaaa > 1:190540/1‑141 (MQ=255) tCTTCATTGTGGTTTATGTATTAATTTGGATAATTCAATTCTTTAAAAACAAGAACTACGTAGACACTATGAACAAGCAACTGAAACAATTAAAATGATTTTTATTAACCACTAAAAAACGGTAATGTCTATCACATTaaa > 1:396488/1‑141 (MQ=255) tCTTCATTGTGGTTGATGTATTAATTTGGATAATTCAATTCTTTAAAAACAAGAACTACGTAGACACTATTAACAAGCAACTGAAACAATTAAAATGATTTTTATTAACCACTAAAAAACAGTAATGTCTATCACATTaaa > 2:669273/1‑141 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tAATTTGGATAATTCAATTCTTTAAAAACAAGAACTACGTAGACACTATTAACAAGCAACTGAAACAATTAAAATGATTTTTATTAACCACTAAAAAACGGTAATGTCTATCACATTAAAAAAGACATTACcgtttcgttt < 1:345357/141‑1 (MQ=255) aaTTTGGATAATTCAATTCTTTAAAAACAAGAACTACGTAGACACTATTAACAAGCAACTGAAACAATTAAAATGATTTTTATTAACCACTAAAACACGGTAATGTCTATCACATTAAAAAAGACATTACCGTTTCGTtta < 2:147672/141‑1 (MQ=255) ggATAATTCAATTCTTTAAAAACAAGAACTACGTAGACACTATTAACAAGCAACTGAAACAATTCAAATGATTTTTATTAACCACTAAAAAACGGTAATGTCTATCACATTAAAAAAGACATTACCGTTTCGTTTattatt < 1:276201/141‑1 (MQ=255) ggATAATTCAATTCTTTAAAAACAAGAACTACGTAGACACTATTAACAAGCAACTGAAACAATTAAAATGATTTTTATTAACCACTAAAAAACGGTAATGTCTATCACATTAAAAAAGACATTACCGTTTCGTTTattatt > 1:242485/1‑141 (MQ=255) ggATAATTCAATTCTTTAAAAACAAGAACTACGTAGACACTATTAACAAGCAACTGAAACAATTAAAATGATTTTTATTAACCACTAAAAAACGGTAATGTCTATCACATTAAAAAAGACATTACCGTTTCGTTTattatt < 1:458328/141‑1 (MQ=255) ggATAATTCAATTCTTTAAAAACAAGAACTACGTAGACACTATTAACAAGCAACTGAAACAATTAAAATGATTTTTATTAACCACTAAAAAACGGTAATGTCTATCACATTAAAAAAGACATTACCGTTTCCTTTattatt < 1:689664/141‑1 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1:166967/2‑141 (MQ=255) tAAAAACAAGAACTACGTAGACACTATTAACAAGCAACTGAAACAATTAAAATGATTTTTATTAACTACTAAAAAACGGTAATGTCTATCACATTAAAAAAGACATTACCGTTTCGTTTATTATTTAATTTCTAAATACtt > 2:152017/1‑141 (MQ=255) tAAAAACAAGAACTACGTAGACACTATTAACAAGCAACTGAAACAATTAAAATGATTTTTATTAACCACTAAAAAACGGTAATGTCTATCACATTAAAAAAGACATTACCGTTTCGTTTATTATTTAACTTGTAAATACtt < 2:229134/141‑1 (MQ=255) aaaaCAAGAACTACGTAGACACTATTAACAAGCAACTGAAACAATTAAAATGATTTTTATTAACCACTAAAAAACGGTAATGTCTATCACATTAAAAAAGACATTACCGTTTCGTTTATTATTTAACTTGTAAATACTTAg > 1:450392/1‑141 (MQ=255) aaaCAAGAACTACGTAGACACTATTAACAAGCAACTGAAACAATTAAAATGATTTTTATTAACCACTAAAAAACGGTAATGTCTATCACATTAAAAAAGACATTACCGTTTCGTTTATTATTTAACTTGTAAATACTTAGt < 1:671634/141‑1 (MQ=255) aaCAAGAACTACGTAGACACTATTAACAAGCAACTGAAACAATTAAAATGATTTTTATTAACCACTAAAAAACGGTAATGTCTATCACATTAAAAAagacattaccgttttttagtgattaataaaaaaaattttaattct < 2:611425‑M2/141‑46 (MQ=255) 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2:605603‑M1/141‑140 (MQ=255) tATCACATTAAAAAagacattaccgttttttagtggttaataaaaatcattttaattgtttcagttgcttgttaatagtgtctacgtagttcttgtttttaaagaattgaattatccaaattaatacataaaccacaatga < 2:684520‑M2/141‑128 (MQ=255) tATCACATTAAAAAagacattaccgttttttagtggttaataaaaatcattttaattgtttcagttgcttgttaatagtgtctacgtagttcttgtttttaaagaagtgaattatccaaattaatacataaaccacaatga < 1:727035‑M2/141‑128 (MQ=255) tATCACATTAAAAAAGACATTACCGTTTCGTTTATTATTTAACTTGTAAATACTTAGTTACTTCTTCATTAATTTTATGATATAAGTCCTCATGATCTGTTAAGCGATAACCAAATGACGGCACCATTTCTTTAATCTTTg > 1:96323/1‑141 (MQ=255) tATCACATTAAAAAAGACATTACCGTTTCGTTTATTATTTAACTTGTAAATACTTAGTTACTTCTTCATTAATTTTATGATATAAATCCTCATGATCTGTTAAGCGATAACCAAATGACGGCACCATTTCTTTAATCTTTg < 1:260299/141‑1 (MQ=255) | CACAATTATCTTCATTGTGGTTTATGTATTAATTTGGATAATTCAATTCTTTAAAAACAAGAACTACGTAGACACTATTAACAAGCAACTGAAACAATTAAAATGATTTTTATTAACCACTAAAAAACGGTAATGTCTATCACATTAAAAAAGACATTACCGTTTCGTTTATTATTTAACTTGTAAATACTTAGTTACTTCTTCATTAATTTTATGATATAAATCCTCATGATCTGTTAAGCGATAACCAAATGACGGCACCATTTCTTTAATCTTTG > CP000730/2484033‑2484310 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |