| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000730 | = 2713224 | 72 (1.100) | 4 (0.070) | 4/240 | NT | 5.5% | intergenic (‑322/+286) | isaA/USA300HOU_2565 | immunodominant antigen A/hypothetical membrane protein |
| ? | CP000730 | = 2713244 | 70 (1.150) | intergenic (‑342/+266) | isaA/USA300HOU_2565 | immunodominant antigen A/hypothetical membrane protein | |||||
TTTTATACTGTAATGTGAAATATGTGCCCTTTAGAATCCAATCAACCCTTGAAATAGTCTTTAACACATAAGATTTTTACTATATTTAGCTCAACTATTACAGCTTTCGTAATATTACAGATTGTATTTTTGTTACATAGCTGTAATATATCTGACATGTAACTTCTCTTATTTTCGTACATTAAACGCAATTAAAAAGCAATCAACAAATATGTTTCTACACATGTATTGATTGCTATTATTGTTGTATATTCAAAGTTTTAAAACACACATCTTTTGT > CP000730/2713105‑2713384 | ttttATACTGTAATGTGAAATATGTGCCCTTTAGAATCCAATCAACCCTTGAAATAGTCTTTAACACATAAGATTTTTACTATATTTAGCTCAACTATTACAGCTTTCGTAATATTACAGATTGTATTTTTGTTACATAGc > 1:360844‑M2/1‑140 (MQ=255) ataCTGTAATGTGAAATATGTGCCCTTTAGAATCCAATCAACCCTTGAAATAGTCTTTAACACATAAGATTTTTACTATATTTAGCTCAACTATTACAGCTTTCGTAATATTACAGATTGTATTTTTGTTACATAGctgta < 1:168022‑M2/141‑6 (MQ=255) taCTGTAATGTGAAATATGTGCCCTTTAGAATCCAATCAACCCTTGAAATAGTCTTTAACACATAAGATTTTTACTATATTTAGCTCAACTATTACAGCTTTCGTAATATTACAGATTGTATTTTTGTTACATAGctgtaa > 2:780518‑M2/1‑135 (MQ=255) taCTGTAATGTGAAATATGTGCCCTTTAGAATCCAATCAACCCTTGAAATAGTCTTTAACACATAAGATTTTTACTATATTTAGCTCAACTATTACAGCTTTCGTAATATTACAGATTGTATTTTTGTTACATAGctgtaa > 2:613753‑M2/1‑135 (MQ=255) tGTAATGTGAAATATGTGCCCTTTAGAATCCAATCAACCCTTGAAATAGTCTTTAACACATAAGATTTTTACTATATTTAGCTCAACTATTACAGCTTTCGTAATATTACAGATTGTATTTTTGTTACATAGctgtaatat > 2:574818‑M2/1‑132 (MQ=255) tGTAATGTGAAATATGTGCCCTTTAGAATCCAATCAACCCTTGAAATAGTCTTTAACACATAAGATTTTTACTATATTTAGCTCAACTATTACAGCTTTCGTAATATTACAGATTGTATTTTTGTTACATAGctgtaatat > 2:272358‑M2/1‑132 (MQ=255) tGTAATGTGAAATATGTGCCCTTTAGAATCCAATCAACCCTTGAAATAGTCTTTAACACATAAGATTTTTACTATATTTAGCTCAACTATTACAGCTTTCGTAATATTACAGATTGTATTTTTGTTACATAGctgtaatat > 2:373986‑M2/1‑132 (MQ=255) aTGTGAAATATGTGCCCTTTAGAATCCAATCAACCCTTGAAATAGTCTTTAACACATAAGATTTTTACTATATTTAGCTCAACTATTACAGCTTTCGTAATATTACAGATTGTATTTTTGTTACATAGCTGTAATATATCt > 2:21307/1‑141 (MQ=255) aTGTGAAATATGTGCCCTTTAGAATCCAATCAACCCTTGAAATAGTCTTTAACACATAAGATTTTTACTATATTTAGCTCAACTATTACAGCTTTCGTAATATTACAGATTGTATTTTTGTTACATAGCTGTAATATATCt > 2:394821/1‑141 (MQ=255) gtgAAATATGTGCCCTTTAGAATCCAATCAACCCTTGAAGTAGTCTTTAACACATAAGATTTTTACTATATTTAGCTCAACTATTACAGCTTTCGTAATATTACAGATTGTATTTTTGTTACATAGCTGTAATATATCTGa > 1:21359/1‑141 (MQ=255) gAAATATGTGCCCTTTAGAATCCAATCAACCCTTGAAATAGTCTTTAACACATAAGATTTTTACTATATTTAGCTCAACTATTACAGCTTTCGTAATATTACAGATTGTATTTTTGTTACATAGCTGTAATATATCTGACa < 1:249743/141‑1 (MQ=255) aaaTATGTGCCCTTTAGAATCCAATCAACCCTTGAAATAGTCTTTAACACATAAGATTTTTACTATATTTAGCTCAACTATTACAGCTTTCGTAATATTACAGATTGTATTTTTGTTACATAGCTGTAATATATCTGACAt > 1:660160/1‑141 (MQ=255) aaaTATGTGCCCTTTAGAATCCAATCAACCCTTGAAATAGTCTTTAACACATAAGATTTTTACTATATTTAGCTCAACTATTACAGCTTTCGTAATATTACAGATTGTATTTTTGTTACATAGCTGTAATATATCTGACAt > 2:558243/1‑141 (MQ=255) tatGTGCCCTTTAGAATCCAATCAACCCTTGAAATAGTCTTTAACACATAAGATTTTTACTATATTTAGCTCAACTATTACAGCTTTCGTAATATTACAGATTGTATTTTTGTTACATAGCTGTAATATATCTGACATGTa < 1:673965/141‑1 (MQ=255) tatGTGCCCTTTAGAATCCAATCAACCCTTGAAATAGTCTTTAACACATAAGATTTTTACTATATTTAGCTCAACTATTACAGCTTACGTAATATTACAGATTGTATTTTTGTTACATAGCTGTAATATATCTGACATGTa < 2:716628/141‑1 (MQ=255) atGTGCCCTTTAGAATCCAATCAACCCTTGAAATAGTCTTTAACACATAAGATTTTTACTATATTTAGCTCAACTATTACAGCTTTCGTAATATTACAGATTGTATTTTTGTTACATAGCTGTAATATATCTGACATGTaa > 1:649888/1‑141 (MQ=255) tgtgCCCTTTAGAATCCAATCAACCCTTGAAATAGTCTTTAACACATAAGATTTTTACTATATTTAGCTCAACTATTACAGCTTTCGTAATATTACAGATTGTATTTTTGTTACATAGCTGTAATATATCTGACATGTAAc > 1:227723/1‑141 (MQ=255) gCCCTTTAGAATCCAATCAACCCTTGAAATAGTCTTTAACACATAAGATTTTTACTATATTTAGCTCAACTATTACAGCTTTCGTAATATTACAGATTGTATTTTTGTTACATAGCTGTAATATATCTGACATGTAACTtc > 1:506797/1‑141 (MQ=255) gCCCTTTAGAATCCAATCAACCCTTGAAATAGTCTTTAACACATAAGATTTTTACTATATTTAGCTCAACTATTACAGCTTTCGTAATATTACAGATTGTATTTTTGTTACATAGCTGTAATATATCTGACATGTAACTtc < 1:308773/141‑1 (MQ=255) cccTTTAGAATCCAATCAACCCTTGAAATAGTCTTTAACACATAAGATTTTTACTATATTTAGCTCAACTATTACAGCTTTCGTAATATTACAGATTGTATTTTTGTTACATAGCTGTAATATATCTGACATGTAACTtct < 1:263546/141‑1 (MQ=255) tttAGAATCCAATCAACCCTTGAAATAGTCTTTAACACATAAGATTTTTACTATATTTAGCTCAACTATTACAGCTTTCGTAATATTACAGATTGTATTTTTGTTACATAGCTGTAATATATCTGACATGTAACTTCTCtt < 1:778061/141‑1 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tGAAATAGTCTTTAACACATAAGATTTTTACTATATTTAGCTCAACTATTACAGCTATCGTAATATTACAGATTGTATTTTTGTTACATAGctgtaatattacgaaagctgtaatagttgagctaaatatagtaaaaatct < 1:225670‑M2/141‑51 (MQ=255) gAAATAGTCTTTAACACATAAGATTTTTACTATATTTAGCTCAACTATTACAGCTTTCGTAATATTACAGATTGTATTTTTGTTACATAGCTGTAATATATCTGACATGTAACTTCTCTTATTTTCGTACATTAAACGCaa > 1:499685/1‑141 (MQ=255) aaTAGTCTTTAACACATAAGATTTTTACTATATTTAGCTCAACTATTACAGCTTTCGTAATATTACAGATTGTATTTTTGTTACATAGCTGTAATATCTCTGACATGTAACTTCTCTTATTTTCGTACATTAAACGCAAtt > 1:599885/1‑141 (MQ=255) tAGTCTTTAACACATAAGATTTTTACTATATTTATCTCAACTATTACAGCTTTCGTAATATTACAGATTGTATTTTTGTTACATAGCTGTAATATATCTGACATGTAACTTCTCTTATTTTCGTACATTAAACGCAATTaa < 1:477344/141‑1 (MQ=255) tAGTCTTTAACACATAAGATTTTTACTATATTTAGCTCAACTATTACAGCTTTCGTAATATTACAGATTGTATTTTTGTTACATAGCTGTAATATATCTGACATGTAACTTCTCTTATTTTCGTACATTAAACGCAATTaa < 2:113707/141‑1 (MQ=255) gTCTTTAACACATAAGATTTTTACTATATTTAGCTCAACTATTACAGCTTTCGTAATATTACAGATTGTATTTTTGTTACATAGCTGTAATATATCTGACATGTAACTTCTCTTATTTTCGTACATTAAACGCAATTaaaa > 1:431307/1‑141 (MQ=255) tCTTTAACACATAAGATTTTTACTATATTTAGCTGAACTATTACAGCTTTCGTAATATTACAGATTGTATTTTTGTTACATAGCTGTAATATATCTGACATGTAACTTCTCTTATTTTCGTACATTAAACGCAATTaaaaa < 1:726318/141‑1 (MQ=255) tCTTTAACACATAAGATTTTTACTATATTTAGCTCAACTATTACAGCTTTCGTAATATTACAGATTGTATTTTTGTTACATAGCTGTAATATATCTGACATGTAACTTCTCTTATTTTCGTACATTAAACGCAATTaaaaa < 1:539911/141‑1 (MQ=255) aaCACATAAGATTTTTACTATATTTAGCTCAACTATTACAGCTTTCGTAATATTACAGATTGTATTTTTGTTACATAGCTGTAATATATCTGACATGTAACTTCTCTTATTTTCGTACATTAAACGCAATTAAAAAGCAAt > 1:203397/1‑141 (MQ=255) acaTAAGATTTTTACTATATTTAGCTCAACTATTACAGCTTTCGTAATATTACAGATTGTATTTTTGTTACATAGCTGTAATATATCTGACATGTAACTTCTCTTATTTTCGTACATTAAACGCAATTAAAAAGCAATcaa < 2:371503/141‑1 (MQ=255) acaTAAGATTTTTACTATATTTAGCTCAACTATTACAGCTTTCGTAATATTACAGATTGTATTTTTGTTACATAGCTGTAATATATCTGACATGTAACTTCTCTTATTTTCGTACATTAAACGCAATTAAAAAGCAATcaa < 1:133690/141‑1 (MQ=255) tAAGATTTTTACTATATTTAGCTCAACTATTACAGCTTTCGTAATATTACAGATTGTATTTTTGTTACATAGctgtaatattacgaaagctgtaatagttgagctaaatatagtaaaaatctaatgtgttaaagactattt < 1:260540‑M2/141‑70 (MQ=255) aaGATTTTTACTATATTTAGCTCAACTATTACAGCTTTCGTAATATTACAGATTGTATTTTTGTTACATAGCTGTAATATATCTGACATGTAACTTCTCTTATTTTCGTACATTAAACGCAATTAAAAAGCAATCAACaaa > 2:185774/1‑141 (MQ=255) aGATTTTTACTATATTTAGCTCAACTATTACAGCTTTCGTAATATTACAGATTGTATTTTTGTTACATAGctgtaatattacgaaagctgtaatagttgagctaaatatagtaaaaatcttatgtgttaaagactatttca > 2:225670‑M2/1‑70 (MQ=255) aGATTTTTACTATATTTAGCTCAACTATTACAGCTTTCGTAATATTACAGATTGTATTTTTGTTACATAGCTGTAATATATCTGACATGTAACTTCTCTTATTTTCGTACATTAAACGCAATTAAAAAGCAATCAACAAat < 2:647010/141‑1 (MQ=255) tttACTATATTTAGCTCAACTATTACAGCTTTCGTAATATTACAGATTGTATTTTTGTTACATAGCTGTAATATATCTGACATGTAACTTCTCTTATTTTCGTACATTAAACGCAATTAAAAAGCAATCAACAAATATGtt > 2:65210/1‑141 (MQ=255) tACTATATTTAGCTCAACTATTACAGCTTTCGTAATATTACAGATTGTATTTTTGTTACATAGCTGTAATATATCTGACATGTAACTTCTCTTATTTTCGTACATTAAACGCAATTAAAAAGCAATCAACAAATATGtttt > 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TTTTATACTGTAATGTGAAATATGTGCCCTTTAGAATCCAATCAACCCTTGAAATAGTCTTTAACACATAAGATTTTTACTATATTTAGCTCAACTATTACAGCTTTCGTAATATTACAGATTGTATTTTTGTTACATAGCTGTAATATATCTGACATGTAACTTCTCTTATTTTCGTACATTAAACGCAATTAAAAAGCAATCAACAAATATGTTTCTACACATGTATTGATTGCTATTATTGTTGTATATTCAAAGTTTTAAAACACACATCTTTTGT > CP000730/2713105‑2713384 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |