New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | CP000730 | 760026 = | 41 (1.490) | 3 (0.120) | 3/230 | NT | 7.6% | coding (1674/1674 nt) | cydC | ABC superfamily ATP binding cassette transporter, ABC protein |
? | CP000730 | 760070 = | 36 (1.470) | intergenic (+44/+83) | cydC/USA300HOU_0709 | ABC superfamily ATP binding cassette transporter, ABC protein/possible MarR family transcriptional regulator |
CATTTGATGAAACAAAGGAAAAATAATTAACTTTTGTCATGACAATTAAAGTAATGTTTAGAATTTATTAAGAATAGAAAAACAATTAGCACGCGTAAGCTTGTTAGTTAAAAAACTGCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTATCAAGCAGTTTTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP000730/760178‑760026 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tcaagcagttttttAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTACTTTAATTGTCATGACAAAAGTTAATTATTTTTCCTTTGTTTCATCAAATGCATGAATGACTTTACCTAATAAGCGATTAAG > CP000730/760070‑760209 CATTTGATGAAACAAAGGAAAAATAATTAACTTTTGTCATGACAATTAAAGTAATGTTTAGAATTTATTAAGAATAGAAAAACAATTAGCACGCGTAAGCTTGTTAGTTAAAAAACTGCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTATC > 1:92127/1‑141 TTGATGAAACAAAGGAAAAATAATTAACTTTTGTCATGACAATTAAAGTAATGTTTAGAATTTATTAAGAATAGAAAAACAATTAGCACGCGTAAGCTTGTTAGTTAAAAAACTGCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTATCAAG > 1:291589/1‑141 ATGAAACAAAGGAAAAATAATTAACTTTTGTCATGACAATTAAAGTAATGTTTAGAATTTATTAAGAATAGAAAAACAATTAGCACGCGTAAGCTTGTTAGTTAAAAAACTGCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTATCAAGCAG < 1:24014/141‑1 GAAACAAAGGAAAAATAATTAACTTTTGTCATGACAATTAAAGTAATGTTTAGAATTTATTAAGAATAGAAAAACAATTAGCACGCGTAAGCTTGTTAGTTAAAAAACTGCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTATCAAGCAGTT > 1:15978/1‑141 AATGTTTAGAATTTATTAAGAATAGAAAAACAATTAGCACGCGTAAGCTTGTTAGTTAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTG > 1:130370/1‑121 AATGTTTAGAATTTATTAAGAATAGAAAAACAATTAGCACGCGTAAGCTTGTTAGTTAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTG < 2:130370/121‑1 TTTCTTAGCCTATCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTACTTTAATTGTCATGACAAAAGTTAATTATTTTTCCTTTGTTTCATCAAATGCATGAA > 1:44328/1‑141 TCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTACTTTAATTGTCATGACAAAAGTTAATTATTTTTACTTTGTTTCATCAAATGCATGAATGACTTTACCTA > 1:84566/1‑141 GCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTACTTTAATTGTCATGACAAAAGTTAATTATTTTTCCTTTGTTTCATCAAATGCATGAATGACTTTACCTAATAA < 2:69806/141‑1 GCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTACTTTAATTGTCATGACAAAAGTTAATTATTTTTCCTTTGTTTCATCAAATGCATGAATGACTTTACCTAATAA > 2:108771/1‑141 AGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTACTTTAATTGTCATGACAAAAGTTAATTATTTTTCCTTTGTTTCATCAAATGCATGAATGACTTTACCTAATAAGC > 1:144422/1‑141 AGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTACTTTAATTGTCATGACAAAAGTTAATTATTTTTCCTTTGTTTCATCAAATGCATGAATGACTTTACCTAATAAGC < 2:252998/141‑1 TTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTACTTTAATTGTCATGACAAAAGTTCATTATTTTTCCTTTGTTTCATCAAATGCATGAATGACTTTACCTAATAAGCGAT < 2:40593/141‑1 TTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTACTTTAATTGTCATGACAAAAGTTAATTATTTTTCCTTTGTTTCATCAAATGCATGAATGACTTTACCTAATAAGCGATT < 2:108825/141‑1 TTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTACTTTAATTGTCATGACAAAAGTTAATTATTTTTCCTTTGTTTCATCAAATGCATGAATGACTTTACCTAATAAGCGATTAA > 2:128702/1‑141 TTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTACTTTAATTGTCATGACAAAAGTTAATTATTTTTCCTTTGTTTCATCAAATGCATGAATGACTTTACCTAATAAGCGATTAA > 1:34129/1‑141 TAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTACTTTAATTGAAAAGACAAAAGTTAATTATTTTTCCTTTGTTTCATCAAATGCATGAATGACTTTACCTAATAAGCGATTAAG < 2:102145/141‑1 CATTTGATGAAACAAAGGAAAAATAATTAACTTTTGTCATGACAATTAAAGTAATGTTTAGAATTTATTAAGAATAGAAAAACAATTAGCACGCGTAAGCTTGTTAGTTAAAAAACTGCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTATCAAGCAGTTTTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP000730/760178‑760026 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tcaagcagttttttAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTACTTTAATTGTCATGACAAAAGTTAATTATTTTTCCTTTGTTTCATCAAATGCATGAATGACTTTACCTAATAAGCGATTAAG > CP000730/760070‑760209 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |