New junction evidence
		seq id	position	reads (cov)	reads (cov)	score	skew	freq	annotation	gene	product
*	?	CP000730	760026 =	41 (1.490)	3 (0.120)	3/230	NT	7.6%	coding (1674/1674 nt)	cydC	ABC superfamily ATP binding cassette transporter, ABC protein
	?	CP000730	760070 =	36 (1.470)					intergenic (+44/+83)	cydC/USA300HOU_0709	ABC superfamily ATP binding cassette transporter, ABC protein/possible MarR family transcriptional regulator

AAAATAGTTGAAAAGGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTACTTTAATTGTCATGACAAAAGTTAATTATTTTTCCTTTGTTTCATCAAATGCATGAATGACTTTACCTAATAAGCGATTAAG  >  CP000730/759946‑760209                                                                                                                             |                                                                                                                                            agaataatTGAAAAGGGAAACTATCAACAAGTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGACTAAGAAACTTTTCAAGAAGTTTTTTAAATAAGAGGATTAcgc                                                                                                                             >  2:273972/3‑141 (MQ=255)   aaTAGTTGAAAAGGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGt                                                                                                                           >  1:102145/1‑141 (MQ=255)     tAGTTGAAAAGGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGc                                                                                                                         >  2:293479/1‑141 (MQ=255)      aGTTGAAAAGGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCt                                                                                                                        <  2:223536/141‑1 (MQ=255)       gTTGAAAAGGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTa                                                                                                                       <  2:160516/141‑1 (MQ=255)            aaaGGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGACACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGt                                                                                                                  <  1:246766/141‑1 (MQ=255)            aaaGGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGt                                                                                                                  >  1:290589/1‑141 (MQ=255)            aaaGGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGt                                                                                                                  <  1:131795/141‑1 (MQ=255)                ggAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGttttt                                                                                                              <  1:168623/141‑1 (MQ=255)                 gAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTc                                                                                                             <  1:151040/141‑1 (MQ=255)                 gAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTc                                                                                                             >  1:307011/1‑141 (MQ=255)                  aaaCTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAACGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCt                                                                                                            >  1:88597/1‑141 (MQ=255)                    aCTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTAt                                                                                                          >  1:127078/1‑141 (MQ=255)                        aatgtttagaatttattaagaatagaaaaacaattagcacgcgtaagcttgttagttaaaaaactgcttgataggctaagaaacctttcaagcagttttttAACTAACAAGCTTACGCGTg                                                                                                                          >  1:130370‑M2/102‑121 (MQ=255)                        aatgtttagaatttattaagaatagaaaaacaattagcacgcgtaagcttgttagttaaaaaactgcttgataggctaagaaacctttcaagcagttttttAACTAACAAGCTTACGCGTg                                                                                                                          <  2:130370‑M2/20‑1 (MQ=255)                          aacaaTTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTtaa                                                                                                    >  2:4635/1‑141 (MQ=255)                            caaTTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTtaata                                                                                                  <  2:31948/141‑1 (MQ=255)                                 aCTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTc                                                                                             <  2:278944/141‑1 (MQ=255)                                           cAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTAc                                                                                   <  1:280253/141‑1 (MQ=255)                                             aGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTACtt                                                                                 <  1:253477/141‑1 (MQ=255)                                             aGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTACtt                                                                                 <  2:245686/141‑1 (MQ=255)                                              ggTGCTTTATGGCATCTGCTACACTATAATGCACAAAACCACTGCTTGCTAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATACTTAATAAATAATAAACATTACttt                                                                                >  2:281404/1‑141 (MQ=255)                                              ggTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTACttt                                                                                >  2:92127/1‑141 (MQ=255)                                                 gCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTACTTTAAt                                                                             >  1:72342/1‑141 (MQ=255)                                                 gCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTACTTTAAt                                                                             >  1:72350/1‑141 (MQ=255)                                                     tATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTACTTTAATTGTc                                                                         <  1:141862/141‑1 (MQ=255)                                                             cacgcgtaagcttgttagttAAAAAACTGCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTATCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACAtt                                                                                     <  2:130370‑M1/101‑1 (MQ=255)                                                             cacgcgtaagcttgttagttAAAAAACTGCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTATCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACAtt                                                                                     >  1:130370‑M1/21‑121 (MQ=255)                                                                         aaTGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTACTTTAATTGTCATGACAAAAGTTAATTAttt                                                     <  1:133647/141‑1 (MQ=255)                                                                          aTGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTACTTTAATTGTCATGACAAAAGTTAATTAtttt                                                    >  2:88076/1‑141 (MQ=255)                                                                           tGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTACTTTAATTGTCATGACAAAAGTTAATTAttttt                                                   >  1:211679/1‑141 (MQ=255)                                                                            gCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTACTTTAATTGTCATGACAAAAGTTAATTATTTTTc                                                  >  1:69806/1‑141 (MQ=255)                                                                            gCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTACTTTAATTGTCATGACAAAAGTTAATTATTTTTc                                                  <  2:328268/141‑1 (MQ=255)                                                                             cATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTACTTTAATTGTCATGACAAAAGTTAATTATTTTTcc                                                 >  1:252998/1‑141 (MQ=255)                                                                                aaaaaaaCTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTACTTTAATTGTCATGACAAAAGTTAATTATTTTTCCttt                                              >  1:159202/1‑141 (MQ=255)                                                                                aaaaaaaCTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAAAATTACTTTAATTGTCATGACACAAGTTAATTATTTTTCCttt                                              >  1:104434/1‑141 (MQ=255)                                                                                     AACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTACTTTAATTGTCATGACAAAAGTTAATTATTTTTCCTTTGTTtc                                         >  1:15978‑M1/1‑141 (MQ=255)                                                                                       CTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTACTTTAATTGTCATGACAAAAGTTAATTATTTTTCCTTTGTTtcat                                       <  1:24014‑M1/141‑1 (MQ=255)                                                                                          CTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTACTTTAATTGTCATGACAAAAGTTAATTATTTTTCCTTTGTTTCATCaa                                    >  1:291589‑M1/1‑141 (MQ=255)                                                                                             GATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTACTTTAATTGTCATGACAAAAGTTAATTATTTTTCCTTTGTTTCATCAAATg                                 >  1:92127‑M1/1‑141 (MQ=255)                                                                                                   tttcttagcctatcaagcagttttttAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTACTTTAATTGTCATGACAAAAGTTAATTATTTTTCCTTTGTTTCATCAAATGCatgaa                           >  1:44328‑M2/27‑141 (MQ=255)                                                                                                     aaGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTACTTTAATTGTCATGACAAAAGTTAATTATTTTTCCTTTGTTTCATCAAATGCatgaatg                         >  2:298716/1‑141 (MQ=255)                                                                                                     aaGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTACTTTAATTGTCATGACAAAAGTTAATTATTTTTCCTTTGTTTCATCAAATGCatgaatg                         <  2:72350/141‑1 (MQ=255)                                                                                                     aaGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTACTTTAATTGTCATGACAAAAGTTAATTATTTTTCCTTTGTTTCATCAAATGCatgaatg                         <  2:72342/141‑1 (MQ=255)                                                                                                        aaaCCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTACTTTAATTGTCATGACAAAAGTTAATTATTTTTCCTTTGTTTCATCAAATGCATGAATGACt                      >  1:38526/1‑141 (MQ=255)                                                                                                           ccTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTACTTTAATTGTCATGACAAAAGTTGATTATTTTTCCTTTGTTTCATCAAATGCATGAATGACTTTa                   >  1:7545/1‑141 (MQ=255)                                                                                                               tcaagcagttttttAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTACTTTAATTGTCATGACAAAAGTTAATTATTTTTACTTTGTTTCATCAAATGCATGAATGACTTTACCta               >  1:84566‑M2/15‑141 (MQ=255)                                                                                                                   gcagttttttAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTACTTTAATTGTCATGACAAAAGTTAATTATTTTTCCTTTGTTTCATCAAATGCATGAATGACTTTACCtaataa           >  2:108771‑M2/11‑141 (MQ=255)                                                                                                                   gcagttttttAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTACTTTAATTGTCATGACAAAAGTTAATTATTTTTCCTTTGTTTCATCAAATGCATGAATGACTTTACCtaataa           <  2:69806‑M2/131‑1 (MQ=255)                                                                                                                     agttttttAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTACTTTAATTGTCATGACAAAAGTTAATTATTTTTCCTTTGTTTCATCAAATGCATGAATGACTTTACCTAATAAGc         <  2:252998‑M2/133‑1 (MQ=255)                                                                                                                     agttttttAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTACTTTAATTGTCATGACAAAAGTTAATTATTTTTCCTTTGTTTCATCAAATGCATGAATGACTTTACCTAATAAGc         >  1:144422‑M2/9‑141 (MQ=255)                                                                                                                        tttttAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTACTTTAATTGTCATGACAAAAGTTCATTATTTTTCCTTTGTTTCATCAAATGCATGAATGACTTTACCTAATAAGCGAt      <  2:40593‑M2/136‑1 (MQ=255)                                                                                                                         ttttAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTACTTTAATTGTCATGACAAAAGTTAATTATTTTTCCTTTGTTTCATCAAATGCATGAATGACTTTACCTAATAAGCGAtt     <  2:108825‑M2/137‑1 (MQ=255)                                                                                                                           ttAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTACTTTAATTGTCATGACAAAAGTTAATTATTTTTCCTTTGTTTCATCAAATGCATGAATGACTTTACCTAATAAGCGATTaa   >  2:128702‑M2/3‑141 (MQ=255)                                                                                                                           ttAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTACTTTAATTGTCATGACAAAAGTTAATTATTTTTCCTTTGTTTCATCAAATGCATGAATGACTTTACCTAATAAGCGATTaa   >  1:34129‑M2/3‑141 (MQ=255)                                                                                                                            tAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTACTTTAATTGAAAAGACAAAAGTTAATTATTTTTCCTTTGTTTCATCAAATGCATGAATGACTTTACCTAATAAGCGATTAAg  <  2:102145‑M2/140‑1 (MQ=255)                                                                                                                             |                                                                                                                                            AAAATAGTTGAAAAGGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTACTTTAATTGTCATGACAAAAGTTAATTATTTTTCCTTTGTTTCATCAAATGCATGAATGACTTTACCTAATAAGCGATTAAG  >  CP000730/759946‑760209

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑
Reads not counted as support for junction
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint.
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication.