| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000730 | 760026 = | 41 (1.490) | 3 (0.120) | 3/230 | NT | 7.6% | coding (1674/1674 nt) | cydC | ABC superfamily ATP binding cassette transporter, ABC protein |
| ? | CP000730 | 760070 = | 36 (1.470) | intergenic (+44/+83) | cydC/USA300HOU_0709 | ABC superfamily ATP binding cassette transporter, ABC protein/possible MarR family transcriptional regulator | |||||
GCTACACACGATTTAACTTTATTGTCACGTTTTGAGACCATCATTGTGATGATAAATGGTAAAATAGTTGAAAAGGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTACTTTAATTGTCATGACAAAAGTTAATTATTTTTCCTTT > CP000730/759886‑760165 | cttaatcgcttattaggtaaagtcattcatgcatttgatgaaacaaaggaaaaataattaacttttgtcttttcaattaaagtaatgtttagaatttattaagaatagaaaaacaattagcacgcgtaagcttgttagtta < 2:102145‑M1/1‑1 (MQ=255) ttaatcgcttattaggtaaagtcattcatgcatttgatgaaacaaaggaaaaataattaacttttgtcatgacaattaaagtaatgtttagaatttattaagaatagaaaaacaattagcacgcgtaagcttgttagttaa > 1:34129‑M1/140‑141 (MQ=255) ttaatcgcttattaggtaaagtcattcatgcatttgatgaaacaaaggaaaaataattaacttttgtcatgacaattaaagtaatgtttagaatttattaagaatagaaaaacaattagcacgcgtaagcttgttagttaa > 2:128702‑M1/140‑141 (MQ=255) aatcgcttattaggtaaagtcattcatgcatttgatgaaacaaaggaaaaataattaacttttgtcatgacaattaaagtaatgtttagaatttattaagaatagaaaaacaattagcacgcgtaagcttgttagttaaaa < 2:108825‑M1/4‑1 (MQ=255) atcgcttattaggtaaagtcattcatgcatttgatgaaacaaaggaaaaataatgaacttttgtcatgacaattaaagtaatgtttagaatttattaagaatagaaaaacaattagcacgcgtaagcttgttagttaaaaa < 2:40593‑M1/5‑1 (MQ=255) gcttattaggtaaagtcattcatgcatttgatgaaacaaaggaaaaataattaacttttgtcatgacaattaaagtaatgtttagaatttattaagaatagaaaaacaattagcacgcgtaagcttgttagttAAAAAACt > 1:144422‑M1/134‑141 (MQ=255) gcttattaggtaaagtcattcatgcatttgatgaaacaaaggaaaaataattaacttttgtcatgacaattaaagtaatgtttagaatttattaagaatagaaaaacaattagcacgcgtaagcttgttagttAAAAAACt < 2:252998‑M1/8‑1 (MQ=255) cGATTTAACTTTATTGTCACGTTTTGAGACCATCATTGTGATGATAAATGGTAAAATAGTTGAAAAGGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTg < 1:99457/141‑1 (MQ=255) ttattaggtaaagtcattcatgcatttgatgaaacaaaggaaaaataattaacttttgtcatgacaattaaagtaatgtttagaatttattaagaatagaaaaacaattagcacgcgtaagcttgttagttAAAAAACTGc < 2:69806‑M1/10‑1 (MQ=255) ttattaggtaaagtcattcatgcatttgatgaaacaaaggaaaaataattaacttttgtcatgacaattaaagtaatgtttagaatttattaagaatagaaaaacaattagcacgcgtaagcttgttagttAAAAAACTGc > 2:108771‑M1/132‑141 (MQ=255) taggtaaagtcattcatgcatttgatgaaacaaagtaaaaataattaacttttgtcatgacaattaaagtaatgtttagaatttattaagaatagaaaaacaattagcacgcgtaagcttgttagttAAAAAACTGCTTGa > 1:84566‑M1/128‑141 (MQ=255) aaCTTTATTGTCACGTTTTGAGACCATCATTGTGATGATAAATGGTAAAATAGTTGAAAAGGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGAt > 2:162470/1‑141 (MQ=255) aCTTTATTGTCACGTTTTGAGACCATCATTGTGATGATAAATGGTAAAATAGTTGAAAAGGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATa < 1:54790/141‑1 (MQ=255) aTTGTCACGTTTTGAGACCATCATTGTGATGATAAATGGTAAAATAGTTGAAAAGGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTa > 2:225076/1‑141 (MQ=255) tGTCACGTTTTGAGACCATCATTGTGATGATAAATGGTAAAATAGTTGAAAAGGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAg < 2:84189/141‑1 (MQ=255) ttcatgcatttgatgaaacaaaggaaaaataattaacttttgtcatgacaattaaagtaatgtttagaatttattaagaatagaaaaacaattagcacgcgtaagcttgttagttAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGaaa > 1:44328‑M1/116‑141 (MQ=255) aCGTTTTGAGACCATCATTGTGATGATAAATGGTAAAATAGTTGAAAAGGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAAc > 1:115468/1‑141 (MQ=255) aCGTTTTGAGACCATCATTGTGATGATAAATGGTAAAATAGTTGAAAAGGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAAc > 1:131722/1‑141 (MQ=255) ttttGAGACCATCATTGTGATGATAAATGGTAAAATAGTTGAAAAGGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCtt < 2:152301/141‑1 (MQ=255) tttgGAGACCATCATTGTGATAATAAAGGTTAAAATAGTTGAAAAGGGAAACTAGCAACAATTACGAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCtt < 1:265778/141‑1 (MQ=255) ttGAGACCATCATTGTGATGATAAATGGTAAAATAGTTGAAAAGGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTc > 1:328268/1‑141 (MQ=255) ttaCCATGATTGTGATTATAAATGGTAAAATAGTTGAAAAGGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCAGAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAg < 2:112809/139‑1 (MQ=255) agaCCATCATTGTGATGATAAATGGTAAAATAGTTGAAAAGGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAg < 2:170400/141‑1 (MQ=255) ccATCATTGTGATGATAAATGGTAAAATAGTTGAAAAGGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAg < 1:199946/141‑1 (MQ=255) ccATCATTGTGATGATAAATGGTAAAATAGTTGAAAAGGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTCACAAGCAg > 2:303763/1‑141 (MQ=255) agaataatTGAAAAGGGAAACTATCAACAAGTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGACTAAGAAACTTTTCAAGAAGTTTTTTAAATAAGAGGATTAcgc > 2:273972/3‑141 (MQ=255) aaTAGTTGAAAAGGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGt > 1:102145/1‑141 (MQ=255) tAGTTGAAAAGGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGc > 2:293479/1‑141 (MQ=255) aGTTGAAAAGGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCt < 2:223536/141‑1 (MQ=255) gTTGAAAAGGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTa < 2:160516/141‑1 (MQ=255) aaaGGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGACACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGt < 1:246766/141‑1 (MQ=255) aaaGGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGt > 1:290589/1‑141 (MQ=255) aaaGGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGt < 1:131795/141‑1 (MQ=255) ggAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGttttt < 1:168623/141‑1 (MQ=255) gAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTc < 1:151040/141‑1 (MQ=255) gAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTc > 1:307011/1‑141 (MQ=255) aaaCTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAACGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCt > 1:88597/1‑141 (MQ=255) aCTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTAt > 1:127078/1‑141 (MQ=255) aacaaTTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTtaa > 2:4635/1‑141 (MQ=255) caaTTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTtaata < 2:31948/141‑1 (MQ=255) aCTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTc < 2:278944/141‑1 (MQ=255) cAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTAc < 1:280253/141‑1 (MQ=255) aGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTACtt < 1:253477/141‑1 (MQ=255) aGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTACtt < 2:245686/141‑1 (MQ=255) ggTGCTTTATGGCATCTGCTACACTATAATGCACAAAACCACTGCTTGCTAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATACTTAATAAATAATAAACATTACttt > 2:281404/1‑141 (MQ=255) ggTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTACttt > 2:92127/1‑141 (MQ=255) gCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTACTTTAAt > 1:72342/1‑141 (MQ=255) gCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTACTTTAAt > 1:72350/1‑141 (MQ=255) tATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTACTTTAATTGTc < 1:141862/141‑1 (MQ=255) cacgcgtaagcttgttagttAAAAAACTGCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTATCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACAtt > 1:130370‑M1/21‑121 (MQ=255) cacgcgtaagcttgttagttAAAAAACTGCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTATCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACAtt < 2:130370‑M1/101‑1 (MQ=255) aaTGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTACTTTAATTGTCATGACAAAAGTTAATTAttt < 1:133647/141‑1 (MQ=255) aTGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTACTTTAATTGTCATGACAAAAGTTAATTAtttt > 2:88076/1‑141 (MQ=255) tGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTACTTTAATTGTCATGACAAAAGTTAATTAttttt > 1:211679/1‑141 (MQ=255) gCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTACTTTAATTGTCATGACAAAAGTTAATTATTTTTc < 2:328268/141‑1 (MQ=255) gCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTACTTTAATTGTCATGACAAAAGTTAATTATTTTTc > 1:69806/1‑141 (MQ=255) cATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTACTTTAATTGTCATGACAAAAGTTAATTATTTTTcc > 1:252998/1‑141 (MQ=255) aaaaaaaCTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTACTTTAATTGTCATGACAAAAGTTAATTATTTTTCCttt > 1:159202/1‑141 (MQ=255) aaaaaaaCTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAAAATTACTTTAATTGTCATGACACAAGTTAATTATTTTTCCttt > 1:104434/1‑141 (MQ=255) | GCTACACACGATTTAACTTTATTGTCACGTTTTGAGACCATCATTGTGATGATAAATGGTAAAATAGTTGAAAAGGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTACTTTAATTGTCATGACAAAAGTTAATTATTTTTCCTTT > CP000730/759886‑760165 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |