| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000730 | = 2746384 | 25 (0.910) | 5 (0.190) | 5/242 | NT | 17.4% | intergenic (+7/+53) | USA300HOU_2601/acsA2 | hypothetical protein/acetate‑‑CoA ligase |
| ? | CP000730 | = 2746433 | 24 (0.930) | intergenic (+56/+4) | USA300HOU_2601/acsA2 | hypothetical protein/acetate‑‑CoA ligase | |||||
GTTTTTATTAAACTGGGATATTCGAGGTTTAACATCTTATATTTTCTCATTCTTAATACTGGTTGCGCTTGTTTCTAAACTAATTTTAATATTTATAACTAGACGACAAAGAACATCATAAATAAACAAGCAGTCCAGTGCGTATCATCATACCTTACGCATTGGACTGCTTTGCTATGTTTATTGATTGCTATCTTTTTGTTGTTGCCATTTTTCTATTTCAGCATCTCGTAGTTCAACACGACGAATTTTACCTGAGTTTGTTT > CP000730/2746257‑2746522 | gtTTTTATTAAACTGGGATATTCGAGGTTTAACATCTTATATTTTCTCATTCTTAATACTGGTTGCGCTTGTTTCTAAACTAATTTTAATATTTATAACTAGACGACAAAGAACATCATAAATAAACAAGCAGTCCAGTGc < 1:3634/141‑1 (MQ=255)gtTTTTATTAAACTGGGATATTCGAGGTTTAACATCTTATATTTTCTCATTCTTAATACTGGTTGCGCTTGTTTCTAAACTAATTTTAATATTTATAACTAGACGACAAAGAACATCATAAATAAACAAGCAGTCCAGTGc > 2:166127/1‑141 (MQ=255) tttttATTAAACTGGGATATTCGAGGTTTAACATCTTATATTTTCTCATTCTTAATACTGGTTGCGCTTGTTTCTAAACTAATTTTAATATTTATAACTAGACGACAAAGAACATCATAAATAAACAAGCAGTCCAGTGCg < 2:135016/141‑1 (MQ=255) ttattaAACTGGGATATTCGAGGTTTAACATCTTATATTTTCTCATTCTTAATACTGGTTGCGCTTGTTTCTAAACTAATTTTAATATTTATAACTAGACGACAAAGAACATCATAAATAAACAAGCAGTCCAGTGCGTat < 1:40378/141‑1 (MQ=255) taAACTGGGATATTCGAGGTTTAACATCTTATATTTTCTCATTCTTAATACTGGTTGCGCTTGTTTCTAAACTAATTTTAATATTTATAACTAGACGACAAAGAACATCATAAATAAACAAGCAGTCCAGTGCGTatcatc < 2:191528/141‑1 (MQ=255) aaCTGGGATATTCGAGGTTTAACATCTTATATTTTCTCATTCTTAATACTGGTTGCGCTTGTTTCTAAACTAATTTTAATATTTATAACTAGACGACAAAGAACATCATAAATAAACAAGCAGTCCAGTGCGTATcatcat > 1:330690/1‑141 (MQ=255) gATATTCGAGGTTTAACATCTTATATTTTCTCATTCTTAATACTGGTTGCGCTTGTTTCTAAACTAATTTTAATATTTATAACTAGACGACAAAGAACATCATAAATAAACAAGCAGTCCAGTGCGTATCATCATACCTTa < 2:113144/141‑1 (MQ=255) ttCGAGGTTTAACATCTTATATTTTCTCATTCTTAATACTGGTTGCGCTTGTTTCTAAACTAATTTTAATATTTATAACTAGACGACAAAGAACATCATAAATAAACagcagtccaatgcgtaaggtatgatgatacgca < 1:225460‑M1/141‑34 (MQ=255) ttCGAGGTTTAACATCTTATATTTTCTCATTCTTAATACTGGTTGCGCTTGTTTCTAAACTAATTTTAATATTTATAACTAGACGACAAAGAACATCATAAATAAACAtagcaaagcagtccaatgcgtaaggtatgatga < 1:281998‑M1/141‑34 (MQ=255) ggTTTAACATCTTATATTTTCTCATTCTTAATACTGGTTGCGCTTGTTTCTAAACTAATTTTAATATTTATAACTAGACGACAAAGAACATCATAAATAAACAAGCAGTCCAGTGCGTATCATCATACCTTACGCATTGGa > 2:93228/1‑141 (MQ=255) gTTTAACATCTTATATTTTCTCATTCTTAATACTGGTTGCGCTTGTTTCTAAACTAATTTTAATATTTATAACTAGACGACAAAGAACATCATAAATAAACagcagtccaatgcgtaaggtatgatgatacgcactggac < 2:40138‑M1/141‑40 (MQ=255) tAACATCTTATATTTTCTCATTCTTAATACTGGTTGCGCTTGTTTCTAAACTAATTTTAATATTTATAACTAGACGACAAAGAACATCATAAATAAACAAGCAGTCCAGTGCGTATCATCATACCTTACGCATTGGACTGc > 1:169143/1‑141 (MQ=255) cATCTTATATTTTCTCATTCTTAATACTGGTTGCGCTTGTTTCTAAACTAATTTTAATATTTATAACTAGACGACAAAGAACATCATAAATAAACAAGCAGTCCAGTGCGTATCATCATACCTTACGCATTGGACTGtttt > 2:204689/1‑141 (MQ=255) tatTTTCTCATTCTTAATACTGGTTGCGCTTGTTTCTAAACTAATTTTAATATTTATAACTAGACGACAAAGCACATCATAGATAAACAAGCAGTCCAGTGCGTAGCATCATACCTTACGCATTGGACTGCTTTGCTAtgt < 1:64172‑M2/141‑4 (MQ=255) tatTTTCTCATTCTTAATACTGGTTGCGCTTGTTTCTAAACTAATTTTAATATTTATAACTAGACGACAAAGAACATCATAAATAAACAAGCAGTCCAGTGCGTATCATCATACCTTACGCATTGGACTGCTTTGCTAtgt > 2:75290‑M2/1‑138 (MQ=255) tCTTAATACTGGTTGCGCTTGTTTCTAAACTAATTTTAATATTTATAACTAGACGACAAAGAACATCATAAATAAACAAGCAGTCCAGTGCGTATCATCATACCTTACGCATTGGCCTGCTTTGCTATGTTTATTGATTGc < 1:215242/141‑1 (MQ=255) tCTTAATACTGGTTGCGCTTGTTTCTAAACTAATTTTAATATTTATAACTAGACGACAAAGAACATCATAAATAAACAAGCAGTCCAGTGCGTATCATCATACCTTACGCATTGGACTGCTTTGCTATGTTTATTGATTGc < 2:255747/141‑1 (MQ=255) cTGGTTGCGCTTGTTTCTAAACTAATTTTAATATTTATAACTAGACGACAAAGAACATCATAAATAAACAAGCAGTCCAGTGCGTATCATCATACCTTACGCATTGGACTGCTTTGCTATGTTTATTGATTGCTATCtttt > 2:7118/1‑141 (MQ=255) cTTGTTTCTAAACTAATTTTAATATTTATAACTAGACGACAAAGAACATCATAAATAAACAAGCAGTCCAGTGCGTATCATCATACCTTACGCATTGGACTGCTTTGCTATGTTTATTGATTGCTATCTTTTTGTTGTTGc < 2:221046/141‑1 (MQ=255) aaCTAATTTTAATATTTATAACTAGACGACAAAGAACATCATAAATAAACAAGCAGTCCAGTGCGTATCATCATACCTTACGCATTGGACTGTTTTGCTATGTTTATTGATTGCTATCTTTTTGTTGTTGCCATTTTTCTa < 1:204689/141‑1 (MQ=255) tAATTTTAATATTTATAACTAGACGACAAAGAACATCATAAATAAACAAGCAGTCCAGTGCGTATCATCATACCTTACGCATTGGACTGCTTTGCTATGTTTATTGATTGCTATCTTTTTGTTGTTGCCATTTTTCTAttt < 1:88698/141‑1 (MQ=255) aaTATTTATAACTAGACGACAAAGAACATCATAAATAAACAAGCAGTCCAGTGCGTATCATCATACCTTACGCATTGGACTGCTTTGCTATGTTTATTGATTGCTATCTTTTTGTTGTTGCCATTTTTCTATTTCAGCAtc > 1:209467/1‑141 (MQ=255) atatTTATAACTAGACGACAAAGAACATCATAAATAAACAAGCAGTCCAGTGCGTATCATCATACCTTACGCATTGGACTGCTTTGCTATGTTTATTGATTGCTATCTTTTTGTTGTTTCCATTTTTCTGTTTCAGCAtct > 1:231159/1‑141 (MQ=255) atatTTATAACTAGACGACAAAGAACATCATAAATAAACAAGCAGTCCAGTGCGTATCATCATACCTTACGCATTGGACTGCTTTGCTATGTTTATTGATTGCTATCTTTTTGTTGTTGCCATTTTTCTATTTCAGCAtct > 2:109469/1‑141 (MQ=255) tatTTATAACTAGACGACAAAGAACATCATAAATAAACAAGCAGTCCAGTGCGTATCATCATACCTTACGCATTGGACTGCTTTGCTATGTTTATTGATTGCTATCTTTTTGTTGTTGCCATTTTTCTATTTCAGCAtctc < 1:90052/141‑1 (MQ=255) cTAGACGACAAAGAACATCATAAATAAACAtagcaaagcagtccaatgcgtaaggtatgatgatacgcactggactgcttgtttatttatgatgttctttgtcgtctag < 1:5680‑M1/109‑80 (MQ=255) cTAGACGACAAAGAACATCATAAATAAACAtagcaaagcagtccaatgcgtaaggtatgatgatacgcactggactgcttgtttatttatgatgttctttgtcgtctag > 2:5680‑M1/1‑30 (MQ=255) cTAGACGACAAAGAACATCATAAATAAACAAGCAGTCCAGTGCGTATCATCATACCTTACGCATTGGACTGCTTTGCTAtgtttatttatgatgttctttgtcgtctag > 2:5680‑M2/1‑79 (MQ=255) cTAGACGACAAAGAACATCATAAATAAACAAGCAGTCCAGTGCGTATCATCATACCTTACGCATTGGACTGCTTTGCTAtgtttatttatgatgttctttgtcgtctag < 1:5680‑M2/109‑31 (MQ=255) gacAAAGAACATCATAAATAAACAAGCAGTCCAGTGCGTATCATCATACCTTACGCATTGGACTGCTTTGCTATGTTTATTGATTGCTATCTTTTTGTTGTTGCCATTTTTCTATTTCAGCATCTCGTAGTTCAACacgac > 1:38019/1‑141 (MQ=255) gacAAAGAACATCATAAATAAACAAGCAGTCCAGTGCGTATCATCATACCTTACGCATTGGACTGCTTTGCTATGTTTATTGATTGCTATCTTTTTGTTGTTGCCATTTTTCTATTTCAGCATCTCGTAGTTCAACacgac < 1:268276/141‑1 (MQ=255) aaGAACATCATAAATAAACAAGCAGTCCAGTGCGTATCATCATACCTTACGCATTGGACTGCTTTGCTATGTTTATTGATTGCTATCTTTTTGTTGTTGCCATTTTTCTATTTCAGCATCTCGTAGTTCAACACGACGAAt < 2:6580/141‑1 (MQ=255) aaGAACATCATAAATAAACAAGCAGTCCAGTGCGTATCATCATACCTTACGCATTGGACTCCTTTGCTATGTTTATTGATTGCTATCTTTTTGTTGTTGCCATTTTTCTATTTCAGCATCTCGTAGTTCAACACGACGaaa > 1:170537/1‑140 (MQ=255) taaataaaCATGCAGTCCAGTGCGTATCATCATACCTTACGCATTGGACTGCTTTGCTATGTTTATTGATTGCTATCTTTTTGTTGTTGCCATTTTTCTATTTCAGCATCTCGTAGTTCAACACGACGAATTTTACCTGAg < 1:195723/141‑1 (MQ=255) aCAtagcaaagcagtccaatgcgtaaggtatgatgctacgcactggactgcttgtttatctatgatgtgctttgtcgtctagttataaatattaaaattagtttagaaacaagcgcaaccagtattaagaatgagaaaata < 1:64172‑M1/141‑139 (MQ=255) aCAtagcaaagcagtccaatgcgtaaggtatgatgatacgcactggactgcttgtttatttatgatgttctttgtcgtctagttataaatattaaaattagtttagaaacaagcgcaaccagtattaagaatgagaaaata > 2:75290‑M1/1‑3 (MQ=255) | GTTTTTATTAAACTGGGATATTCGAGGTTTAACATCTTATATTTTCTCATTCTTAATACTGGTTGCGCTTGTTTCTAAACTAATTTTAATATTTATAACTAGACGACAAAGAACATCATAAATAAACAAGCAGTCCAGTGCGTATCATCATACCTTACGCATTGGACTGCTTTGCTATGTTTATTGATTGCTATCTTTTTGTTGTTGCCATTTTTCTATTTCAGCATCTCGTAGTTCAACACGACGAATTTTACCTGAGTTTGTTT > CP000730/2746257‑2746522 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |