| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 1240065 | 280 (1.050) | 10 (0.040) | 10/528 | 31.1 | 3.6% | intergenic (+116/+270) | dadX/cvrA | alanine racemase, catabolic, PLP‑binding/putative cation/proton antiporter |
| ? | NC_000913 | = 1240072 | 274 (1.070) | intergenic (+123/+263) | dadX/cvrA | alanine racemase, catabolic, PLP‑binding/putative cation/proton antiporter | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 287 total aligned reads displayed.
GGGGACCGTCTCGATGGATATGCTAGCGGTCGATTTAACGCCTTGCCCGCAGGCGGGTATTGGTACGCCGGTTGAGCTGTGGGGCAAGGAGATCAAAATTGATGATGTCGCCGCCGCTGCCGGAACGGTGGGCTATGAGTTGATGTGCGCGCTGGCGCTACGCGTCCCGGTTGTGACGGTGTAACTTGTTGTAAGCCGGATCGGAGGCAACGTCTTCTGGGTGCAAAAAAATCATCCATCCGGCTGGTCAGCAACTGTAGTTGTTAATGTGACAGAGCCATTGCCCATGATAGTGTCCATTAAAAGGATGGACACTATTTCCCCGGAACCTGAACTCACCGCACAGGCGTTCTACATAAAACGCTTACGCTTCATTGTTGACTCGAACTCGACTTCAGATAAATCACGCTTTACCCTTGATGGAGCCTGTACATAGATTTGTGTAATTGCCTGATTTTGATATGTTCAATTCAACATCAAATGAAGGTTAAATTATGGACGACAAACAATTGCAGGCTCAGGCTGCGTTCAGCAAAGCATCGCAACCGGCGATAGATGCTTCATTAAATTTAAGATTCAGCTTCCTCTTCAGCCACCCG > NC_000913/1239766‑1240364 | ggggACCGTCTCGATGGATATGCTAGCGGTCGATTTAACGCCTTGCCCGCAGGCGGGTATTGGTACGCCGGTTGAGCTGTGGGGCAAGGAGATCAAAATTGCTGATGTCGCAGCCGCTGCCGGAACGGTGGGCTATGAGTTGATGTTCGCGCTGGCGCTACGCGTCCCGGTTGTGACGGAGTAACTTGTTGTTAGCCGGCTTGGTGGCGACGGCTTCTGGGTGCAAAAAAATCATCCATACGGCTGGTTAGTACATGTAGTTGGTAATGTGACAGTGTCTTTGGCCATGAGTGTGTCCAtt > 1:138702/1‑301 (MQ=255)ggggACCGTCTCGATGGATATGCTAGCGGTCGATTTAACGCCTTGCCCGCAGGCGGGTATTGGTACGCCGGTTGAGCTGTGGGGCAAGGAGATCAAAATTGATGATGTCGCCGCCGCTGCCGGAACGGTGGGCTATGAGTTGATGTTCGCGCTGGCGCTACGCCTCCCGGCTGTGACGGTGTAACTTGTTGTAAGCCGGGTCGGAGGCAACGGCTTCTGGGTGCAAAAAAATCATCCATCCGGCCGGTCAGCAACTGTCGTTGTTAATTGGACAGACCCATTGCCCATGATAGTGTCCAt > 2:1204491/1‑300 (MQ=255) ccgtctggtggggtgtgggaGCGTTGGATTTATCGCCTTGCCCGCAGGGGGGGATGGGTACGCCGGTTGAGCGGGGGGGCAAGGAGATCAAAATTGATGATGTCGCCGCCGCTGCCGGAACGGTGGGCTATGAGTTGATGTGCGCGCTGGCGCTACGCGTCCCGGTTGTGACGGTGTAACTTGTTGTAAGCCGGATCGGAGGCAACGTCTTCTGGGTGCAAAAAAATCATCCATCCGGCTGGTCAGCAACTGTAGTTGTTAATGTGACAGAGCCATTGCCCATGATAGTGTCCATTAAAAg < 2:1704426/282‑1 (MQ=255) cGATGGATATGCTAGCGGTCGATTTAACGCCTTGCCCGCAGGCGGGTATTGGTACGCCGGTTGAGCTGTGGGGCAAGGAGATCAAAATTGATGATGTCGCCGCCGCTGCCGGAACGGTGGGCTATGAGTTGATGTGCGCGCTGGCGCTACGCGTCCCGGTTGTGACGGTGTAACTTGTTGTAAGCCGGATCGGAGGCAACGTCCTCTGGGTGCAAAAAAATCATCCATCCGGCTGGGCAGCACCTGTAGTTGTTAATGTGACAGAGCCATTTCCCATGCTAGTGTCCATTAAAAGGTTgg > 2:801507/1‑300 (MQ=255) cGATGAGTATGCTAGCGGTCGATTTAACGCCTTGCCCGCAGGCGGGTATTGGTACGCCGGTTGAGCTGTGGGGCAAGGAGATCAAAATTGATGATGTCGCCGCCGCTGCCGGAACGGTGGGCTATGAGTTGATGTGCGCGCTGGCGCTACGCGTCCCGGTTGTGACGGTGTAACTTGTTGTAAGCCGGATCGGAGGCAACGTCTTCTGGGTGCAAAAAAATCATCCATTCGGCTGGTCAGCAACTGTAGTTGTTAATGTGACAGAGCCATTGCCCATGATAGTGTCCATTAAAAGGATgg < 1:1774561/300‑1 (MQ=255) tGCTAGCGGTCGATTTAACGCCTTGCCCGCAGGCGGGTATTGGTACGCCGGTTGAGCTGTGGGGCAAGGAGATCAAAATTGATGATGTCGCCGCCGCTGCCGGAACGGTGGGCTATGAGTTGATGTGCGCGCTGGCGCTACGCGTCCCGGTTGTGACGGTGTAACTTGTTGTAAGCCGGATCGGAGGCAACGTCTTCTGGGTGCAAAAAAATCATCCATCCGGCTGGTCAGCAACTGTAGTTGTTAATGTGACAGAGCCATTGCCCCTGATAGTGGCCCATAAAAGGATGGACACTAtttt > 1:2245647/1‑300 (MQ=255) tctaTTTAACGCCTGGCCCGCAGGGTGGTATTGGTACGCCGGTGGGGCGGTGGGGCAAGGGGATCAAAATTGTTGATGTCGCCGCCGCTGCCGGAACGGTGGGCTATGAGTTGATGTGCGCGCTGGCGCTACACGGCCCGGTTGTGACGGTGTAACTTGTTGTAAGCCGGATCGGAGGCAACGTCTTCTGGGTGCAAAAAAATCATCCATCCGGCTGGTCAGCAACTGTAGTTGTTAATGTGACAGAGCCATTGCCCATGATAGTGTCCATTAAAAGGATGGACACTATTTCCCCGGAAc < 2:1873833/297‑1 (MQ=255) taaccctgtgccgcgcggCGGGTATTGGTAGCCCGGTTGGGGTGTGGGGCAAGGGGATCAAAATTGATGATGTCGCCGCCGCTGCCGGAACGGTGGGCTATGGGTTGATGTGCGCGCTGGCGCTACGCGTCCCGGTTGTGACGGTGTAACTTGTTGTAAGCCGGATCGGAGGCAACGTCTTCTGGGTGCAAAAAAATCATCCATCCGGCTGGTCAGCAACTGTAGTTGTTAATGTGACAGAGCCATTGCCCATGATAGTGTCCATTAAAAGGATGGACACTATTTCCCCGGAACCTGAAc < 2:957669/284‑1 (MQ=255) tGCCCGCAGGCGGGTATTGGTACGCCGGTTGAGCTGTGGGGCAAGGAGATCAAAATTGATGATGTCGCCGCCGCTGCCGGAACGGTGGGCTATGAGTTGATGTGCGCGCTGGCGCTACGCGTCCCGGTTGTGACGGTGTAACTTGTTGTAAGCCGGATCGGAGGCAACGTCTTCTGGGTGCAAAAAAATCATCCATCCGGCTGGTCAGCAACTGTAGTTGTTAATGTGACAGAGCCATTGCCCATGATAGTTGCCATTAAAAGGATGGACACTATTTCCCCGGAACCTGAACTCACCGcac > 1:2530007/1‑301 (MQ=255) gCCCGCAGGCGGGTATTGGTACGCCGGTTGAGCTGTGGGGCAAGGAGATCAAAATTGATTATGTCGCCGCCGCTGCCGGAACGGTGGGCTATGCGTTGATGTGCGCGCTGGCGCTACGCGTCCCGGTTGTGACGGTGTAACTTTTTGTAAGCCGGATCGGAGGCAAAGTCTTCTGGGGTCACAAAAATCATCCATCCGGCTGGTCAGCAACTGTAGTTGTTAATGTGCCAGAGCCATTGCCCATGATATTGTCCATTACAAGTATGGCCCCTGTTTCTCCGGAACCTGACATCACCgagcc > 1:1183212/1‑297 (MQ=255) gggggggtttGGTACGCCGGTTGGGGTGTGGGGAAAGGAGATCGAAAGTGATGGTGTCGCCGCCGCGGCCGGAACGGTGGGCTATGAGTTGGTGTGCGCGCTGGCGCTACGCGGCCCGGTTGTGACGGTGTAACTTGTTGTAAGCCGGATCGGAGGCCACGTCTTCTGGGTGCAAAAAAATCATCCATCCGGCTGGTCAGCAACTGTAGTTGTTAATGTGACAGAGCCATTGCCCATGATAGTGTCCATTAAAAGGATGGACACTATTTCCCCGGAACCTGAACTCACCGCACAGGCGTTc < 2:2368344/293‑1 (MQ=255) ttGGTACGCCGGTTGAGCTGTGGGGCAAGGAGATCAAAATTGATGATGTCGCCGCCGCTGCCGGAACGGTGGGCTATGAGTTGATGTGCGCGCTGGCGCTACGCGTCCCGGTTGTGACGGTGTAACTTGTTGTAAGCCGGATCGGAGGCAACGTCTTCTGGGTGCAAAAAAATCATCCATCCGGCTGGTCAGCAACTGTAGTTGTTAATGTGACAGAGCCATTGCCCATGATAGTGTCCATTAAAAGGATGGACACTATTTc > 1:782178/1‑262 (MQ=255) ggTACGCCGGTTGAGCTGTGGGGCAAGGAGATCAAAATTGATGATGTCGCCGCCGCTGCCGGAACGGTGGGCTATGAGTTGATGTGCGCGCTGGCGCTACGCGTCCCGGTTGTGACGGTGTAACTTGTTGTAAGCCGGATCGGAGGCAACGTCTTCTGGGTGCAAAAAAATCATCCATCCGGCTGGTCAGCAACTGTAGTTGTTAATGTGACAGAGCCATTGCCCATGATAGTGTCCATTAAAAGGATg < 1:1339159/249‑1 (MQ=255) 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cGCCGGTTGAGCTGTGGGGCAAGGAGATCAAAATTGATGATGTCGCCGCCGCTGCCGGAACGGTGGGCTATGAGTTGATGTGCGCGCTGGCGCTACGCGTCCCGGTTGTGACGGTGTAACTTGTTGTAAGCCGGATCGGAGGCAACGTCTTCTGGGTGCAAAAAAATAATCCATCCGGCTGGTCAGCAACTGTCGTTGTTAATGTGACAGAGCCATTCGCCATGCTAATGTCCATGAAAAGGATGGGTACTATTTTCCCGGAACCTGACCTCACCGCACAGGGGTTCTACATCACacgctt > 1:478834/1‑301 (MQ=255) ccgtttgggtggtggtgCAAGGAAATCAAAATGGTTGAGGTCGCCGCCGCTGCCGGAACGGTGGGCTATGAGTTGATGTGCGGGCTGGCGCTACGCGTCCCGGTGGTGACGGTGTAACTTGTTGTAAGCCGGATCGGAGGCAACGTCTTCTGGGTGCAAAAAAATCATCCATCCGGCTGGTCAGCAACTGTAGTTGTTAATGTGACAGAGCCATTGCCCATGATAGTGTCCATTAAAAGGATGGACACTATTTCCCCGGAACCTGAACTCACCGCACAGGCGTTCTACATAAAacgcttac < 2:2560597/290‑1 (MQ=255) ccGGTTGAGCTGTGGGGCAAGGAGATCAAAATTGATGATGTCGCCGCCGCTGCCGGAACGGTGGGCTATGAGTTGATGTGCGCGCTGGCGCTACGCGTCCCGGTTGTGACGGTGTAACTTGTTGTAAGCCGGATCGGAGGCAACGTCTTCTGGGTGCAAAAAAATCATCCATCCGGCTGGTCAGCAACTGTAGTTGTTAATGTGACAGAGCCATTGCCCATGATAGTGTCCATTAAAAGGATg > 1:1866063/1‑243 (MQ=255) 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gggggCAAGGAGATGAAAATTGATTTTGTCGCCGCCGCGGCCGGACCGGTGGTCTGTGAGTTGGTGTGCGCGCTGGCGCTACGCGTCCCGGTTGTGACGGTGTAACTTGTTGTAAGCCGGATCGGAGGCAACGTCTTCTGGGTGCAAAAAAATCATCCATCCGGCTGGTCAGCAACTGTAGTTGTTAATGTGACAGAGCCATTGCCCATGATAGTGTCCATTAAAAGGATGGACACTATTTCCCCGGAACCTGAACTCACCGCACAGGCGTTCTACATAAAACGCTTACGCTTCAttgttg < 2:1496225/300‑1 (MQ=255) ggggCAAGGAGATCAAAATTGATGATGTCGCCGCCGCTGCCGTAACGGTGGGCTATGAGTTGATGTGCGCGCTGGCGCTACGCGTCCCGGTTGTGACGGTGTAACTTGTTGTAAGCCGGATCGGAGGCAACGTCTTCTGGGTGCAAAAAAATCATCCATCCGGCTGGTCAGCAACTGTAGTTGTTAATGTGACAGAGCCATTGCCCATGATAGTGTCCATTAAAAGGATGGACACTATTTCCCCGGAACCTGAACTCACCGCACAGGCGTTCTACATAAAACGCTTACGCTTCATTGTTGa < 1:418699/301‑1 (MQ=255) ggggCAAGGAGATCAAAATTGATGATGTCGCCGCCGCTGCCGGAACGGTGGGCTATGAGTTGATGTGCGCGCTGGCGCTACGCGTCCCGGTTGTGACGGTGTAACTTGTTGTAAGCCGGATCGGAGGCAACGTCTTCTGGGTGCAAAAAAATCATCCATCCGGCTGGTCAGCAACTGTAGTTGTTAATGTGACAGAGCCATTGCCCATGATAGTGTCCATTAAAAGGATGGACACTATTTCCCCGGAACCTGAACTCACCGCACAGGCGTGCTACATAAAACGCTTACGCTTAAttgttg > 1:968568/1‑300 (MQ=255) 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aaaTTGATGATGTCGCCGCCGCTGCCGGAACGGTGGGCTATGAGTTGATGTGCGCGCTGGCGCTACGCGTCCCGGTTGTGACGGTGTAACTTGTTGTAAGCCGGATCGGAGGCAACGTCTTCTGGGTGCAAAAAAATCATCCATCCGGCTGGTCAGCAACTGTAGTTGTTAATGTGACAGAGCCATTGCCCATGATAGTGTCCATTAAAAGGATGGACACTATTTCCCCGGAACCTGAACTCACCGCACAGGCGTTCTACATAAAACGCTTACGCTTCATTGTTGACTCGAACTCGACTTc > 1:1990242/1‑301 (MQ=255) aatggatgtgggcgccgcgggTGCCGGAACGGGGGGGGTTGAGTTGATGTGCGCGGTGGCGCTACGGGTCCCTGTTGTGAAGGTGTAACGTGTTGTAAGCCGGATCGGAGGCAACGTCTTCTGGGTGCAAAAAAATCATCCATCCGGCTGGTCAGCAACTGTAGTTGTTAATGTGACAGAGCCATTGCCCATGATAGTGTCCATTAAAAGGATGGACACTATTTCCCCGGAACCTGAACTCACCGCACAGGCGTTCTACATAAAACGCTTACGCTTCATTGTTGACTCGAACTCGACTTCa < 2:677223/289‑1 (MQ=255) gatgatGTCGCCGACGCTGCCGGAACGGTGGGCTATGAGTTGATGTGCGCGCTGGCGCTACGCGTCCCGGTTGTGACGGTGTAACTTGTTGTAAGCCGGATCGGAGGCAACGTCTTCTGGGTGC‑AAAAAATCATCCATCCGGCTGGTCAGCAACTGTAGTTGTTAATGTGACAGAGCCATTGCCCATGATAGTGTCCATTAAAAGGATGGACAATATTTACCCGGAACCTGAACTCACCGACCAGGTGTTCTACATAAAACGCTTACGCTTCCTTGTTGACTCGAACTCGACTTCAGATa > 2:832622/1‑300 (MQ=255) 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aTTAAAAGGATGGACACTATTTCCCCGGAACCTGAACTCACCGCACAGGCGTTCTACATAAAACGCTAACGCTTCATTGTTGACTCGAACTCGACTTCAGATAAATCACGCTTTACCCTTGATGGAGCCTGTACATAGATTTGTGTAATTGCCTGATTTTGATATGTTCAATTCAACATCAAATGAAGGTTAAATTATGGACGACAAACAATTGCAGGCTCAGGCTGCGTTCAGCAAAGCATCGCAACCGGCGATAGATGCTTCATTAAATTTAAGATTCAGCTTCCTCTTCAGCCACCCg < 2:593746/301‑1 (MQ=255) ttAAAAGGATGGACACTATTTCCCCGGAACCTGAACTCACCGCACAGGCGTTCTACATAAAACGCTTACGCTTCATTGTTGACTCGAACTCGACTTCAGATAAATCACGCTTTACCCTTGATGGAGCCTGTACATAGATTTGTGTAATTGCCTGATTTTGATATGTTCAATTCAACATCAAATGAAGGTTAAATTATGGACGACAAACAATTGCAGGCTCAGGCTGCGTTCAGCAAAGCATCGCAACCGGCGATAGATGCTGCATTAAATTTAAGAt > 1:2403779/1‑277 (MQ=255) | GGGGACCGTCTCGATGGATATGCTAGCGGTCGATTTAACGCCTTGCCCGCAGGCGGGTATTGGTACGCCGGTTGAGCTGTGGGGCAAGGAGATCAAAATTGATGATGTCGCCGCCGCTGCCGGAACGGTGGGCTATGAGTTGATGTGCGCGCTGGCGCTACGCGTCCCGGTTGTGACGGTGTAACTTGTTGTAAGCCGGATCGGAGGCAACGTCTTCTGGGTGCAAAAAAATCATCCATCCGGCTGGTCAGCAACTGTAGTTGTTAATGTGACAGAGCCATTGCCCATGATAGTGTCCATTAAAAGGATGGACACTATTTCCCCGGAACCTGAACTCACCGCACAGGCGTTCTACATAAAACGCTTACGCTTCATTGTTGACTCGAACTCGACTTCAGATAAATCACGCTTTACCCTTGATGGAGCCTGTACATAGATTTGTGTAATTGCCTGATTTTGATATGTTCAATTCAACATCAAATGAAGGTTAAATTATGGACGACAAACAATTGCAGGCTCAGGCTGCGTTCAGCAAAGCATCGCAACCGGCGATAGATGCTTCATTAAATTTAAGATTCAGCTTCCTCTTCAGCCACCCG > NC_000913/1239766‑1240364 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |