New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_000913 | = 2757417 | 219 (1.280) | 6 (0.040) | 6/550 | 20.8 | 2.8% | intergenic (+17/+227) | intA/yfjH | CP4‑57 prophage; integrase/CP4‑57 prophage; uncharacterized protein |
? | NC_000913 | = 2757421 | 208 (1.260) | intergenic (+21/+223) | intA/yfjH | CP4‑57 prophage; integrase/CP4‑57 prophage; uncharacterized protein | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Rejected: Frequency below cutoff threshold. |
Only 100 of 220 total aligned reads displayed.
GCAGCACTCAAGCGTGCTGGCTTAGGAGGTGTACTTGTTTCACACGGCTTGCGTTCTATCGCCAGTACGGCACTCAATGAGGAAGGATTTCCACCTGATGTCATTGAAGCAGCGC‑TTGCTCATGTAGACAAAAATGAGGTGCGTCGC‑GCTTATAACCGCAGTGATTATCTTGAGCAACGTCGTCCGATGATGCAATGGTGGGCTGATCTCGTAAAAGCAGCAGATAGTGGTAGCATCGTTTTAACTCATTTGAGCAAAATTCGTCTTGTCGGATAAAATATTTATCAGCCCAGCTCTC‑TGGGCTGATATTTCTAAAAGATCGCACTAAATAGCTACGCGGAATAGTGCTCTACTTTCGTTTAGCCCTTTCAGAGGTAAGACATTAGGGCAATTTCACTGTATGACTGCGCAGTCATCGAGTCTGTGGGGTGTTGCTCCTTTTGCAACGTATCACTTGTCAATAAATAGAAAGTGTAGATGTATTAGGCGCAGCTATTTAGTCTATATGGCAAGTAGTAATTATTTACTTCTTTTTTTTCTACGAACAGCGCTATCGAAAGCTTGTTTTACATCTTCATTTTTTAAAGACCATT > NC_000913/2757125‑2757717 | gcagcaCTCAAGCGTGCTGTGTTAGGAGGTGTACTTTTTTCACACGGATTGCGTTCTATCGCCAGTACGGCACTCAATGAGGAAGGAGTTCCACCTGATGTCATTGAAGCAGCGC‑TTGCTCATGTAGACAAAAATGAGGTGCGTCGC‑GCTTATAACCGCAGTGATTATCTTGAGCAACGTCGTCCGATGATGCAATGGTGGGCCGATCTCGTAAAAGCAGCAGATAGTGGTAGCATCGTTTTAACTCATTTGAGCAAAATTCGTCTTGTCGGATAAAATATTTATCAGCCCAGCTCTC‑Tgg < 2:1389977/301‑1 (MQ=255) gcagcaCTCAAGCGTGCTGGCTTAGGAGGTGTACTTGTTTCACACGGCTTGCGTTCTATCGCCAGTACGGCACTCAATGAGGAAGGATTTCCACCTGATGTCATTGAAGCAGCGC‑TTGCTCATGTAGACAAAAATGAGGTGCGTCGC‑GCTTATAACCGCAGTGATTATCTTGAGCAACGTCGTCCGATGATGCAATGGTGGGCTGATCTCGTAAAAGCAGCAGATAGTGGTAGCATCGTTTTAACTCATTTGAGCAAAATTCGTCTTGTCGGATAAAATATTTATCAGCCCAGCTCTC‑Tg < 2:140857/300‑1 (MQ=255) ccagcaCTCCAGCGTGCTGGCTTAGGAGGTGTACTTGTTTCGCACGGCTTGCGTTCTATCGCCAGTTCGGCACGCAATGAGGAAGGATTTCCACCGGATGGCATTGAAGCAGCGC‑TTGCTCATGTAGACAAAAATGAGGTGCGTCGC‑GCTTATCACCGCAGTGATTATCTTGAGCAACGTCGTCCGATGATGCAATGGTGGGCTGATCTCGTAAAAGCAGCAGATAGTGGTAGCATCGTTTTAACTCATTTGAGCAAAATTCGTCTTGTCGGATAAAATATTTATCAGCCCAGCTCTC‑Tgg < 2:447744/300‑1 (MQ=255) tGCTGTCTTAGGGTGTGTCCTTGTTTCACACGGCTTGCGTTGTCTCGCCAGTACGGCACTCAATGAGGAAGGATTTCCACCTGATCTCATTGAAGCAGCGC‑TTGCTCATGTATACAAAAATGAGGTGCGTCGC‑TCTTATAACCGCAGTGATTATCTTGAGCAACGTCGTCCGATGATGCAATGGTGGGCTGATCTCGTAAAAGCAGCAGATAGTGGTAGCATCGTTTTAACTCATTTGAGCAAAATTCGTCTTGTCGGATAAAATATTTATCAGCCCAGCTCTC‑TGGGCTGATATTTc < 2:1493080/298‑1 (MQ=255) ggCTTAGGAGGTGTACTTGTTTCACACGGCTTGCGTTCTATCGCCAGTACGGCACTCAATGAGGAAGGATTTCCACCTGATGTCATTGAAGCAGCGC‑TTGCTCATGTAGACAAAAATGAGGTGCGTCGC‑GCTTATAACCGCAGTGATTATCTTGAGCAACGTCGTCCGATGATGCAATGGTGGGCTGATCTCGTAAAAGCAGCAGATAGTGGTAGCATCGTTTTAACTCATTTGAGCAAAATTCGTCTTGTCGGATAAAATATTTATCAGCCCAGCTCTC‑TGGGCTGATATTTCTAAAAg < 1:1251221/300‑1 (MQ=255) ttaagcggtttccTTGTTTCACACGGTTTGCTGTCTATCGCCAGTACGGCACTCAATGAGGAAGGATTTCCACCTGATGTACTTGAAGCAGCGC‑TTGCTCATGTAGACAAAAATGAGGTGCGTCGC‑GCTTATAACCGCAGTGATTATCTTGAGCAACGTCGTCCGATGATGCAATGGTGGGCTGATCTCGTAAAAGCAGCAGATAGTGGTAGCATCGTTTTAACTCATTTGAGCAAAATTCGTCTTGTCGGATAAAATATTTATCAGCCCAGCTCTC‑TGGGCTGATATTTCTAAAAGATc < 2:793994/288‑1 (MQ=255) aggcggTTTACTTGTTTCACCCGGCTTGCGTTCTAACGCCAGTACGGGACTCAATTAGGAAGGATTTACACCTGATGTCAGTGAAGCAGCGC‑TTGCTCATGTAGACAAAAATGAGGTGCGTCGC‑GCTTATAACCGCAGTGATTATCTTGAGCAACGTCGTCCGATGATGCAATGGTGGGCTGATCTCGTAAAAGCAGCAGATAGTGGTAGCATCGTTTTAACTCATTTGAGCAAAATTCGTCTTGTCGGATAAAATATTTATCAGCCCAGCTCTC‑TGGGCTGATATTTCTAAAAGATCGc < 2:28493/300‑1 (MQ=255) gaggTGTACTTGTTTCACACGGCTTGCGTTCTATCGCCAGTACGGCACTCAATGAGGAAGGATTTCCACCTGATGTCATTGAAGCAGCGC‑TTGCTCATGTAGACAAAAATGAGGTGCGTCGC‑GCTTATAACCGCAGTGATTATCTTGAGCAACGTCGTCCGATGATGCAATGGTGGGCTGATCTCGTAAAAGCAGCAGATAGTGGTAGCATCGTTTTAACTCATTTGAGCAAAATTCGTCTTGTCGGATAAAATATTTATCAGCCCAGctct < 1:1180831/272‑1 (MQ=255) aggTGTACTTGTTTCACACGGCTTGCGTTCTATCGCCAGTACGGCACTCAATGAGGAAGGATTTCCACCTGATGTCATTGAAGCAGCGC‑TTGCTCATGTAGACAAAAATGAGGTGCGTCGC‑GCTTATAACCGCAGTGATTATCTTGAGCAACGTCGTCCGATGATGCAATGGTGGGCTGATCTCGTAAAAGCAGCAGATAGGGGTAGCATCGTTTTAACTCATTTGAGCAAAATTCGTCTTGTCGGATAAAATATTTATCAGCCCAGCTCTC‑TGGGCTGATATTTCTAAAAGATCGCACt > 1:272463/1‑300 (MQ=255) gtgtACTTGTTTCACACGGCTTGCGTTCTATCGCCAGTACGGCACTCAATGAGGAAGGATTTCCACCTGATGTCATTGAAGCAGCGC‑TTGCTCATGTAGACAAAAATGAGGTGCGTCGC‑GCTTATAACCGCAGTGATTATCTTGAGCAACGTCGTCCGATGATGCAATGGTGGGCTGATCTCGTAAAAGCAGCAGCTAGGGGTAGCATAGTTTTAACTCATTTGGGCAAAATTCGTCTTGTCGGATAAAATATTTATCAGCCACGC‑CTCATGGGCTGATTTTTATAAAAgttgtaactaa > 2:1352376/1‑290 (MQ=255) tACTTGTTTCACACGGCTTGCGTTCTATCGCCAGTACGGCACTCAATGAGGAAGGATTTCCACCTGATGTCATTGAAGCAGCGC‑TTGCTCATGTAGACAAAAATGAGGTGCGTCGC‑GCTTATAACCGCAGTGATTATCTTGAGCAACGTCGTCCGATGATGCAATGGTGGGCTGATCTCGTAAAAGCAGCAGATAGTGGTAGCATCGTTTTAACTCATTTGAGCAAAATTCGTCTTGTCGGATAAAATATTTATCAGCCCAGCTCTC‑TGGGCTGATATTTCTAAAAGATCGCACTAAAt > 1:1551663/1‑299 (MQ=255) cacaCGGCTTGCGTTCTATCGCCAGTACGGCACTCAATGAGGAAGGATTTCCACCTGATGTCATTGAAGCAGCGC‑TTGCTCATGTAGACAAAAATGAGGTGCGTCGC‑GCTTATAACCGCAGTGATTATCTTGAGCAACGTCGTCCGATGTTGCAATGGTGGGCTGTTCTCGTAAAAGCAGCAGATAGTGATAGCATTGTTTTAACTCATTTGAGCCAAATTCGTCTTGTCGGATAAAATATTTATCAGCCCATTTCTT‑TGGGTTGATATTTCTTAAAGAACGCACTAAATAGCTAAGCgg > 2:355984/1‑300 (MQ=255) tgtgTTCAATCGCCAGTACGGCAATTTGTGAGGAAGGATGTCCACCTGATGTCTTTGAAGCAGCGC‑GTGGTCATGTAGACAAAAATGAGGTGCGTTGC‑GCTTATAACCGCAGTGATTATCTTGAGCAACGTCGTCCGATGATGCAATGGTGGGCTGATCTCGTAACAGCAGCAGATAGTGGTAGCATCGTTTTAACTCATTTGAGCAAAATTCGTCTTGTCGGATAAAATATTTATCAGCCCAGCTCTC‑TGGGCTGATATTTCTAAAAGATCGCACTAAATAGCTACGCGGAATAGTGc < 1:1161145/296‑1 (MQ=255) tGCGTTCTATCGCCAGTACGGCACTCAATGAGGAAGGATTTCCACCTGATGTCATTGAAGCAGCGC‑TTGCTCATGTAGACAAAAATGAGGTGCGTCGC‑GCTTATAACCGCAGTGATTATCTTGAGCAACGTCGTCCGATGATGCCATGGTGGGCTGATCTCGTAAAAGCAGCAGATAGTGGTAGCATCGTGTTAACAAATTTGCGCAAAATTCGTCTTGTCGGATAAAATATTTATCAGCCAATCGCTC‑TGGGGTGAGATGTAGAAAAGATAGAACTAAATAGCTATGCTAAATAGttact > 1:576293/1‑297 (MQ=255) cGTTCTATCGCCAGTACGGCACTCAATGAGGAAGGATTTCCACCTGATGTCATTGAAGCAGCGC‑TTGCTCATGTAGACAAAAATGAGGTGCGTCGC‑GCTTATAACCGCAGTGATTATCTTGAGCAACGTCGTCCGATGATGCAATGGTGGGCTGATCTCGTAAAAGCAGCAGATAGTGGTTGCATCGTTTTAACTCATTTGAGCAAAACTCGTCTTGTCGGATAAAATATTTATCAGCCCAGCTCTC‑TGGGCTGATATTTCTTAATGATTGCACTAAATAgtacagatgaatagtgttctt > 2:218834/1‑281 (MQ=255) cGCCAGTACGGCACTCAATGAGGAAGGATTTCCACCTGATGTCATTGAAGCAGCGC‑TTGCTCATGTAGACAAAAATGAGGTGCGTCGC‑GCTTATAACCGCAGTGATTATCTTGAGCAACGTCGTCCGATGATGCAATGGTGGGCTGATCTCGTAAAAGCAGCAGATAGTGGTAGCATCGTTTTAACTCATTTGAGCAAAATTCGTCTTGTCGGATAAAATATTTATCAGCCCAGCTCTC‑TGGGCTGATATTTCTAAAAGATCGCACTAAATAGCTACGCGGAATAGTGCTCTACTTTCGtt > 1:1473075/1‑301 (MQ=255) tCAATGAGGAAGGATTTCCACCTGATGTCATTGAAGCAGCGC‑TTGCTCATGTAGACAAAAATGAGGTGCGTCGC‑GCTTATAACCGCAGTGATTATCTTGAGCAACGTCGTCCGATGATGCAATGGTGGGCTGATCTCGTAAAAGCAGCAGATAGTGGTAGCATCGTTTTAACTCATTTGAGCAAAATTCGTCTTGTCGGATAAAATATTTATCAGCCCAGCTCTC‑TGGGCTGATATTTCTAAAAGATCGCACTAAATAGCTACGCGGAATATTTCTCTACTTTCGTTTCGCCtttgaag > 2:739817/1‑295 (MQ=255) cAATGAGGAAGGATTTCCACCTGATTTCATTGAAGCAGCGC‑TTGCTCATGTAGACAAAAATGAGGTGCGTCGC‑GCTTATAACCGCAGTGATTATCTTGAGCAACGTCGTCCGATGATGCAATGGTGGGCTGATCTCGTAAAAGCAGCAGATAGTGGTAGCATCGTTTTAACTCATTTGAGCAAAATTCGTCTTGTCGGATAAAATATTTATCAGCCCAGCTCTC‑TGGGCTGATATTTCTAAAAGATCGCACTAAATAGCTACGCGGAATAGTGCTCTACTTTCGTTTAGCCCTTTCagag < 1:961142/300‑1 (MQ=255) ggaaggaTTTCCACCTGATGTCATTGAAGCAGCGC‑TTGCTCATGTAGACAAAAATGAGGTGCGTCGC‑GCTTATAACCGCAGTGATTATCTTGAGCAACGTCGTCCGATGATGCAATGGTGGGCTGATCTCGTAAAAGCAGCAGATAGTGGTAGCATCGTTTTAACTCATTTGAGCAAAATTCGTCTTGTCGGATAAAATATTTATCAGCCCAGCTCTC‑TGGGCTGATATTTCTAAAAGATCGCACTAACTCGCTACGCGAAATAGTTCTCTACTTTCGTTTAGCTCTTTCAGAGGTAAGAc > 1:173122/1‑301 (MQ=255) ggaaggaTTTCCACCTGATGTCATTGAAGCAGCGC‑TTGCTCATGTAGACAAAAATGAGGTGCGTCGC‑GCTTATAACCGCAGTGATTATCTTGAGCAACGTCGTCCGATGATGCAATGGTGGGCTGATCTCGTAAAAGCAGCAGATAGTGGTAGCATCGTTTTAACTCATTTGAGCAAAATTCGTCTTGTCGGATAAAATATTTATCAGCCCAGCTCTC‑TGGGCTGATATTTCTAAAAGATCGCACTAAATAGCTACGCGGAATAGTGCTCTACTTTCGTTTa > 1:1511609/1‑282 (MQ=255) aaggaTTTCCACCTGATGTCATTGAAGCAGCGC‑TTGCTCATGTAGACAAAAATGAGGTGCGTCGC‑GCTTATAACCGCAGTGATTATCTTGAGCAACGTCGTCCGATGATGCAATGGTGGGCTGATCTCGTAAAAGCAGCAGATAGTGGTAGCATCGTTTTAACTCATTTGAGCAAAATTCGTCTTGTCGGATAAAATATTTATCAGCCCAGCTCTC‑TGGGCTGATATTTCTAAAAGATCGCACTAAATAGCTACGCGGAATAGTGCTCTACTTTCGTTTAGTCCTTTAAGAGGTAAGACAt > 1:1021556/1‑301 (MQ=255) aTTTCCACCTGATGTCATTGAAGCAGCGC‑TTGCTCATGTAGACAAAAATGAGGTGCGTCGC‑GCTTATAACCGCAGTGATTATCTTGAGCAACGTCGTCCGATGATGCAATGGTGGGCTGATCTCGTAAAAGCAGCAGATAGTGGTAGCATCGTTTTAACTCATTTGAGCAAAATTCGTCTTGTCGGATAAAATATTTATCAGCCCAGCTCTC‑TGGGCTGATATTTCTAAAAGATCGCACTAAATAGCTACGCGGAATAGTGCTCTACTTTCGTTTAGCCCTTTCAGAGGTAAGACATTAgg > 1:1020018/1‑301 (MQ=255) 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gCCCAGCTCTC‑TGGGCTGATATTTCTAAAAGATCGCACTAAATAGCTACGCGGAATAGTGCTCTACTTTCGTTTAGCCCTTTCAGAGGTAAGACATTAGGGCAATTTCACTGTATGACTGCGCAGTCATCGAGTCTGTGGGGTGTTGCTCCTTTTGCAACGTATCACTTGTCAATAAATAGAAAGTGTAGATGTATTAGGCGCAGCTATTTAGTCTATATGGCAAGTAGTAATTATTTACTTCTTTTTTTTCTACGAACAGCTCTATCGAAAGCTTTTTTTACATCTTATTTTTTTaa > 1:967299/1‑298 (MQ=255) aGCTCTC‑TAGGCTGATATTTATAAAAGTTCGCACTAAATAGCTACGCGGAATAGTGCTCTACTTTCGTTTAGCCCTTTCAGAGGTAAGACATTAGGGCAATTTCACTTTATGACTGCGCAGTCATCGAGTCTGTTGGGTGTTGCTCCTTTTGCAACGTATCACTTGTCAATAAATAGAAAGTGTAGATGTATTAGGCGCAGCTATTTAGTCTATATGGCAAGTAGTAATTATTTACTTCTTTTTTTTCTACGAACAGCGCTATCGAAAGCTTGTTTTACATCTTCATTTTTTAAAGACCAt < 1:1516917/301‑1 (MQ=255) gCTCTC‑TGGGCTGATATTTCTAAAAGATCGCACTAAATAGCTACGCGGAATAGTGCTCTACTTTCGTTTAGCCCTTTCAGAGGTAAGACATTAGGGCAATTTCACTGTATGACTGCGCAGTCATCGAGTCTGTGGGGTGTTGCTCCTTTTGCAACGTCTCACTTGTCAATAAATAGAAAGTGTAGATGTATTAGGCGCAGCTATTTAGTCTATATGGCAAGTAGTAATTATTTACTTCTTTTTTTTCTACGAACAGCTCTATCGAAACCTTGTTTTACATCGTACTTTTTTAAATCCCAtt > 1:526044/1‑301 (MQ=255) | GCAGCACTCAAGCGTGCTGGCTTAGGAGGTGTACTTGTTTCACACGGCTTGCGTTCTATCGCCAGTACGGCACTCAATGAGGAAGGATTTCCACCTGATGTCATTGAAGCAGCGC‑TTGCTCATGTAGACAAAAATGAGGTGCGTCGC‑GCTTATAACCGCAGTGATTATCTTGAGCAACGTCGTCCGATGATGCAATGGTGGGCTGATCTCGTAAAAGCAGCAGATAGTGGTAGCATCGTTTTAACTCATTTGAGCAAAATTCGTCTTGTCGGATAAAATATTTATCAGCCCAGCTCTC‑TGGGCTGATATTTCTAAAAGATCGCACTAAATAGCTACGCGGAATAGTGCTCTACTTTCGTTTAGCCCTTTCAGAGGTAAGACATTAGGGCAATTTCACTGTATGACTGCGCAGTCATCGAGTCTGTGGGGTGTTGCTCCTTTTGCAACGTATCACTTGTCAATAAATAGAAAGTGTAGATGTATTAGGCGCAGCTATTTAGTCTATATGGCAAGTAGTAATTATTTACTTCTTTTTTTTCTACGAACAGCGCTATCGAAAGCTTGTTTTACATCTTCATTTTTTAAAGACCATT > NC_000913/2757125‑2757717 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |