| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 998447 | 250 (1.140) | 8 (0.040) | 7/560 | 27.0 | 3.2% | intergenic (+40/‑43) | elfA/elfD | laminin‑binding fimbrin subunit/putative periplasmic pilin chaperone |
| ? | NC_000913 | = 998451 | 246 (1.160) | intergenic (+44/‑39) | elfA/elfD | laminin‑binding fimbrin subunit/putative periplasmic pilin chaperone | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 253 total aligned reads displayed.
ACCTTTAATGGCACTGCGGATACTACTCAGATTACAGCGTTTGCTAACCAGGCCTCATCTGATGCTGCTACAAACGTGGCCCTGCAAATGTATATGAATGATGGTACAACGGCCATCACGCCAGACACAGAAACCGGGAACATTTTGTTGCAGGATGGAGATCAGACGTTGACTTTTAAAGTTGATTATATCGCTACGGGGAAAGCGACTTCAGGTAATGTGAATGCGGTAACAAATTTCCATATTAACTATTATTAATAGAACTCATTAATTGTTTTATTAATTAGTACCCCTCCAGT‑GTTCTGGAGGGGATA‑TTCATATTTTTTAAGAGTGACTATTTATGAAAACTTGCATAACAAAGGGAATTGTGACCGTAAGTTTAACGGCAATATTACTCAGCTGCTCATCCGCATGGGCGGCAGGTAAAGGCGGGATTGGACTTGCAGCAACACGTCTTGTTTATTCAGA‑AGGTGAAGAGCAAATTTCACTGGGTGTACGTAACACCAGTCCGGATGTTCCTTATCTTATTCAGTCATGGGTGATGACCCCAGATAATAAAAAATCAGCAGACTTTATTATTACACCACCGCTATTTGTG > NC_000913/998150‑998747 | aaaggCACTGCGGATACTACTCAGAGTACAGCGTTTGCTAACCAGGCCTCATCTGATGCTGCTACAAACGTGGCCCTGCAAATGTATATGAATGATGGTACAACGGCCATCACGCCAGACACAGAAACCGGGAACATTTTGTTGCAGGATGGAGATCAGACGTTGACTTTTAAAGTTGATTATATCGCTACGGGGAAAGCGACTTCAGGTAATGTGAATGCGGTAACAAATTTCCATATTAACTATTATTAATAGAACTCATTAATTGTTTTATTAATTAGTACCCCTCCAGT‑GTTCTGGa < 2:476069/298‑1 (MQ=255) aaTGGCACTGCGTGTAATACTCAGATTACAGCGTTTGCTAAACAGGCCTCATCTGATGCTGCTACAAACGTGGCACTGCAAATGTATATGAATGATGGTACAACGGCCATCACGCCAGACACAGAAACCGGGAACATTTTGTTGCAGGATGGAGATCAGACGTTGACTTTTAAAGTTGATTATATCGCTACGGGGAAAGCGACTTCAGGTAATGTGAATGCGGTAACAAATTTCCATATTAACTATTATTAATAGAACTCATTAATTGTTTTATTAATTAGTACCCCTCCAGT‑GTTCTGGa < 1:532424/301‑1 (MQ=255) tGGCACTGCGGATACTACTCAGATTACAGCGTTTGCTAACCAGGCCTCATCTGATGCTGCTACAAACGTGGCCCTGCAAATGTATATGAATGATGGTACAACGGCCATCACGCCAGACACTGAAACCGGGAACATTTTGTTGCAGGATGGAGATCAGACGTTGACTTTTAAAGTTGATTATATCGCTACGGGGAAAGCGACTTCAGGTAATGTGAATGCGGTAACAAATTTCCATATTAACTCTTATTAATAGAACTCATTAATTGTTTTATTAATTAGTACCCCTTCTGT‑TTTCTTGAgg > 1:494214/1‑301 (MQ=255) cACTGCGGATACTACTCAGGTTACAGCGTTTGCTAACCAGGCCTCATCTGATGCTGCTACAAACGTGGCCCTGCAAATGTATATGAATGATGGTACAACGGCCATCACGCCAGACACAGAAACCGGGAACATTTTGTTGCAGGATGGAGATCAGACGTTGACTTTTAAAGTTGATTATATCGCTACGGGGAAAGCGACTTCAGGTAATGTGAATGCGGTAACAAATTTCCATATTAACTATTATTAATAGAACTCATTAATTGTTTTATTAATTAGTACCCCTCCAGT‑GTTCTGGAGGGGa < 2:1486720/301‑1 (MQ=255) ggATACTACTCAGATTACAGCGTTTGCTAACCAGGCCTCATCTGATGCTGCTACAAACGTGGCCCTGCAAATGTATATGAATGATGGTACAACGGCCATCACGCCAGACACAGAAACCGGGAACATTTTGTTGCAGGATGGAGATCAGACGTTGACTTTTAAAGTTGATTATATCGCTACGGGGAAAGCGACTTCAGGTAATGTGAATGCGGTAACAAATTTCCATATTAACTATTATTAATAGAACTCATTAATTGTTTTATTAATTAGTACCCCTCCAGT‑GTTCTGGAGGGGATA‑TTCa < 2:755168/301‑1 (MQ=255) aTACTACTCAGATTACAGCGTTTGCTAACCAGGCCTCATCTGATGCTGCTACAAACGTGGCCCTGCAAATGTATATGAATGATGGTACAACGGCCATCACGCCAGACACAGAAACCGGGAACATTTTGTTGCAGGATGGAGATCAGACGTTGACTTTTAAAGTTGATTATATCGCTACGGGGAAAGCGACTTCAGGTAATGTGAATGCGGTAACAAATTTCCATATTAACTATTATTAATAGAAATCATTAATTGTTTTATTAATTAGTACCCCTCCAGT‑GTTATGGTGGGGATT‑TTcttt > 2:856571/1‑298 (MQ=255) tactacTCAGATTACAGCGTTTGCTAACCAGGCCTCATCTGATGCTGCTACAAACGTGGCCCTGCAAATGTATATGAATGATGGTACAACGGCCATCACGCCAGACACAGAAACCGGGAACATTTTGTTGCAGGATGGAGATCAGACGTTGACTTTTAAAGTTGATTATATCGCTACGGGGAAAGCGACTTCAGGTAATGTGAATGCGGTAACAAATTTCCATATTAACTATTATTAATAGAACTCATTAATTGTTTTATTAATTAGTACCCCTCCAGT‑GTTCTGGAGGGGATA‑TTCatat > 2:173099/1‑301 (MQ=255) aagcAGATTACAGCGTTTGCTAACCAGGCCTAATCTGATGCTACTACAAACGTGGCCCTGCAAATGTATATGAATGATGGTACAACGGCCATCACGCCAGACACAGAAACCGGGAACATTTTGTTGCAGGATGGAGATCAGACGTTGACTTTTAAAGTTGATTATATCGCTACGGGGAAAGCGACTTCAGGTAATGTGAATGCGGTAACAAATTTCCATATTAACTATTATTAATAGAACTCATTAATTGTTTTATTAATTAGTACCCCTCCAGT‑GTTCTGGAGGGGATA‑TTCATAttt < 1:765607/296‑1 (MQ=255) cAGATTACAGTGTTTGCTAACCAGGCCTCAGCTGATGCTGCTACAAACGTGGCCCTGCAAATGTATATGAATGATGGTACAACGGCCATCACGCCAGACACAGAAACCGGGAACATTTTGTTGCAGGATGGAGATCAGACGTTGACTTTTAAAGTTGATTATATCGCTACGGGGAAAGCGACTTCAGGTAATGTGAATGCGGTAACAAATTTCCATATTAACTATTATTAATAGAACTCATGAATTGTTTTATTAATTAGTACCCCTCCAGT‑GTTCTGGAGGGGATA‑TTCATATTTTTTa < 2:196330/300‑1 (MQ=255) aGATTACAGCGTTTGCTAACCAGGCCTCATCTGATGCTGCTACAAACGTGGCCCTGCAAATGTATATGAATGATGGTACAACGGCCATCACGCCAGACACAGAAACCGGGAACATTTTGTTGCAGGATGGAGATCAGACGTTGACTTTTAAAGTTGATTATATCGCTACGGGGAAAGCGACTTCAGGTAATGTGAATGCGGTAACAAATTTCCATATTAACTATTATTAATAGAACTCATTAATTGTTTTATTAATTAGTACCCCTCCAGT‑GTTCTGGAGGGGATT‑TTCATATTTTTTaat > 2:1300121/1‑300 (MQ=255) aTTACAGCGTTTGCTAACCAGGCCTCATCTGATGCTGCTACAAACGTGGCCCTGCAAATGTATATGAATGATGGTACAACGGCCATCACGCCAGACACAGAAACCGGGAACATTTTGTTGCAGGATGGAGATCAGACGTTGACTTTTAAAGTTGATTATATCGCTCCGGGGACAGAGACTACAGGTAATGTGAATGCGGTACCAAATTTCCATATTACCTATTATTAATAGAACTCATTAATTGTTTAATTAATTTGTACCTCTCTGGTAGTTC‑GGAGGGAAAA‑TTCATATTTTTTAagtt > 1:1929378/1‑299 (MQ=255) cAGCGTTTGCTAACCAGGCCTCATCTGATGCTGCTACAAACGTGGCCCTGCAAATGTATATGAATGATGGTACAACGGCCATCACGCCAGACACAGAAACCGGGAACATTTTGTTGCAGGATGGAGATCAGACGTTGACTTTTAAAGTTGATTATATCGCTACGGGGAAAGCGACTTCAGGTAATGTGAATGCGGTAACAAATTTCCATATTAACTATTATTAATAGAACTCATTAATTGTTTTATTAATTAGTACCCCTCCAGT‑GTTCTGGAGGGGATA‑TTCATATTTTTTAAGAGTGAc > 2:1433556/1‑301 (MQ=255) gCGTTTGCTAACCAGGCCTCATCTGATGCTGCTACAAACGTGGCCCTGCAAATGTATATGAATGATGGTACAACGGCCATCACGCCAGACACAGAAACCGGGAACATTTTGTTGCAGGATGGAGATCAGACGTTGACTTTTAAAGTTGATTATATCGCTACGGGGAAAGCGACTTCAGGTAATGTGAATGCGGTAACAAATTTCCATATTAACTATTATTAATAGAACTCATTAATTGTTTTATTAATTAGTACCCTCCCAGT‑GTTTTGGAGGGAAtt‑tttgttcggaagggcgtcggttt > 1:992094/1‑280 (MQ=255) gTTTGCTAACCAGGCCTCATCTGATGCTGCTACAAACGTGGCTCTGCAAATGTATATGAATGATGGTACAACGGCCATCACGCCAGACACAGAAACTGGGAACATTTTGTTGCAGGATGGAGATCAGACGTTGACTTTTAAAGTTGCATATAACGCTACGGGGAAAGCGACTTCAGGGAATGGGAATGCGGTCACAAATTTCCATATTAACGATTATTAATAGAAATCAATAATTTTTTATTTATTTATTACACCTCAATT‑GTACT‑GAGGTGGTATTTTATTTTTTTTAAGTGTGattatt > 1:42373/1‑301 (MQ=255) ccAGGCCTCATCTGATGCTGCTACAAACGTGGCCCTGCAAATGTATATGAATGATGGTACCACGGCCATCACGCCAGACACAGAAACCGGGAACATTTTGTTGCAGGATGGAGATCAGACGTTGACTATTAAAGTTGATCATATCGCTACGGGGAAAGCAACTTCAGGTAATGTGAATGCGATAACAACTTTCCATATTAACTCTTATTAATAGAACTATTTAATTGTTATATTTATTTGCACTCCTTAAGT‑TTCTTTGAAGGGATC‑TGAATTTTTTTTAATAGttcttatttttcacta > 1:362121/1‑285 (MQ=255) ggCCTCATCTGATGCTGCTACAAACGTGGCCCTGCAAATGTATATGAATGATGGTACAACGGCCATCACGCCAGACACAGAAACCGGGAACATTTTGTTGCAGGATGGAGATCAGACGTTGACTTTTAAAGTTGATTATATCGCTACGGGGAAAGCGACTTCAGGTAATGTGAATGCGGTAACAAATTTCCATATTAACTATTATTAATAGAACTCATTAATTGTTTTATTAATTAGTACCCCTCCAGT‑GTTCTGGAGGGGATA‑TTCATATTTTTTAAGAGTGACTATTTATGAAAACttt > 2:1165708/1‑300 (MQ=255) ggCCTCATCTGATGCGGCTACAAACGTGGCCCTGCAAATGTAAATTAATGATGGTACAACTGCCATCACGCCAGACACAGAAAACGGGAAGATTTTGTTGCAGGATGGAGATCAGACGTTGACTTTTAAAGTTGATTATATCGCTACGGGGAAAGCGACTTCAGGTAATGTGAATGCGGTAACAAATTTCCATATTAACTATTATTAATAGAACTCATTAATTGTTTTATTAATTAGTACCCCTCCAGT‑GTTCTGGAGGGGATA‑TTCATATTTTTTAAGAGTGACTATTTATGAAAACTTg < 1:785300/301‑1 (MQ=255) cTCATCTGATGCTGCTACAAACGTGGCCCTGCAAATGTATATGAATGATGGTACAACGGCCATCACGCCAGACACAGAAACCGGGAACATTTTGTTGCAGGATGGAGAGCAGACGTTGACTTTGAAAGTTGAGTATATCGCTACGGGGAAAGCGACTTCAGGTAGTGTGAATGCGGTAAAAAATTTCCATATTAACGATTATTAAGAACACGCATCAATGCTTTTATTAATCAGTACACATCCAGA‑GTTAGTGAGGGGTGC‑TTCATATTTTTTCAGTGTGACTATTTATGACAATCTGCAt > 1:1246839/1‑301 (MQ=255) cATGTGAGGCTGCCACACAAGGGTCCCTAGAAATGTAAATGAATGATGGTACAACGGCCATCACACCAGACACAGAAACCGAGAACATTTTGTTGCAGGATGGAGATAAGACGTTGACTTTTAAAGTTGATTATATCGCTACGGGGAAAGCGACTTCAGGTAATGTGAATGCGGTAACAAATTTCCATATTAACTATTATTAATAGAACACATTAATTGTTTTATTAATTAGTACCCCTCCAGT‑GTTCTGGAGGGGATA‑TTCATATTTTTTAAGAGTGACTATTTATGAAAACTTGCAt < 1:1140646/299‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |