| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 657,215 | Δ25 bp | intergenic (+98/‑53) | pagP → / → cspE | phospholipid:lipid A palmitoyltransferase/constitutive cold shock family transcription antitermination protein; negative regulator of cspA transcription; RNA melting protein; ssDNA‑binding protein |
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 657215 | 657239 | 25 | 55 [0] | [0] 56 | pagP/cspE | phospholipid:lipid A palmitoyltransferase/constitutive cold shock family transcription antitermination protein; negative regulator of cspA transcription; RNA melting protein; ssDNA‑binding protein |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 657214 | 0 (0.000) | 55 (0.910) | 51/296 | 0.3 | 100% | intergenic (+97/‑78) | pagP/cspE | phospholipid:lipid A palmitoyltransferase/constitutive cold shock family transcription antitermination protein; negative regulator of cspA transcription; RNA melting protein; ssDNA‑binding protein |
| ? | NC_000913 | 657240 = | 0 (0.000) | intergenic (+123/‑52) | pagP/cspE | phospholipid:lipid A palmitoyltransferase/constitutive cold shock family transcription antitermination protein; negative regulator of cspA transcription; RNA melting protein; ssDNA‑binding protein | |||||
ACAATGGCAATGTGTACTTTGCCTGGATGCGCTTTCAGTTTTGAGACAAATGAAGTTTTAGTAACTTCTTTAAAATCAATAGCTAAAATAAGTAACATCAAAAATAACGCGACTTTTATCACTTTTTAGTAAAGTTACACT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_000913/657074‑657214‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tACTGGTAACCGACACAGCATTTGTGTCTATTTTTCATGTAAAGGTAATTTTGATGTCTAAGATTAAAGGTAACGTTAAGTGGTTTAATGAGTCCAAAGGATTCGGTTTCATTACTCCGGAAGACGGCAGCAAAGACGTGTTCGTACA > NC_000913/657240‑657386 ACAATGGCAATGTGTACTTTGCCTGGATGCGCTTTCAGTTTTGAGACAAATGAAGTTTTAGTAACTTCTTTAAAATCAATAGCTAAAATAAGTAACATCAAAACTAACGCGACTTTTATCACTTTTTAGTAAAGTTACACTACTGGTAACC > 2:416420/1‑151 CAATGGCAATGTGTACTTTGCCTGGATGCGCTTTCAGTTTTGAGACAAATGAAGTTTTAGTAACTTCTTTAAAATCAATAGCTAAAATAAGTAACATCAAAAATAACGCGACTTTTATCACTTTTTAGTAAAGTTACACTACTGGTAACCG < 2:330105/151‑1 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2:489200/1‑150 TTCAGTTTTGAGACAAATGAAGTTTTAGTAACTTCTTTAAAATCAATAGCTAAAATAAGTAACATCAAAAATAACGCGACTTTTATCACTTTTTAGTAAAGTTACACTACTGGTAACCGACACAGCATTTGTGTCTATTTTTCATGTAA < 2:861527/149‑1 TCAGTTTTGAGACAAATGAAGTTTTAGTAACTTCTTTAAAATCAATAGCTAAAATAAGTAACATCAAAAATAACGCGACTTTTATCACTTTTTAGTAAAGTTACACTACTGGTAACCGACACAGCATTTGTGTCTATTTTTCATGTAAAGG > 1:514611/1‑151 TCAGTTTTGAGACAAATGAAGTTTTAGTAACTTCTTTAAAATCAATAGCTAAAATAAGTAACATCAAAAATAACGCGACTTTTATCACTTTTTAGTAAAGTTACACTACTGGTAACCGACACAGCATTTGTGTCTATTTTTCATGTAAAG < 1:411428/150‑1 GTTTTGAGACAAATGAAGTTTTAGTAACTTCTTTAAAATCAATAGCTAAAATAAGTAACATCAAAAATAACGCGACTTTTATCACTTTTTAGTAAAGTTACACTACTGGTAACCGACACAGCATTTGTGTCTATTTTTCATGTAAAGGTAA < 1:427482/151‑1 GAGACAAATGAAGTTTTAGTAACTTCTTTAAAATCAATAGCTAAAATAAGTAACATCAAAAATAACGCGACTTTTATCACTTTTTAGTAAAGTTACACTACTGGTAACCGACACAGCATTTGTGTCTATTTTTCATGTAAAGGTAATTTTG < 1:499913/151‑1 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1:728480/150‑1 AGTAACTTCTTTAAAATCAATAGCTAAAATAAGTAACATCAAAAATAACGCGACTTTTATCACTTTTTAGTAAAGTTACACTACTGGTAACCGACACAGCATTTGTGTCTATTTTTCATGTAAAGGTAATTTTGATGTCTAAGATTAAAGG > 1:68816/1‑151 GTAACTTCTTTAAAATCAATAGCTAAAATAAGTAACATCAAAAATAACGCGACTTTTATCACTTTTTAGTAAAGTTACACTACTGGTAACCGACACAGCATTTGTGTCTATTTTTCATGTAAAGGTAATTTTGATGTCTAAGATTAAAGGT < 1:620974/151‑1 TCTTTAAAATCAATAGCTAAAATAATTAACATCAAAAATAACGCGACTTTTATCACTTTTTATTAAAGTTACACTACTGGTAACCGACACAGCATTTGTGTCTATTTTTCATGTAAAGGTAATTTTGATGTCTAAGATTAAAGGTAACG < 2:476072/149‑1 CTTTAAAATCAATAGCTAAAATAAGTAACATCAAAAATAACGCGACTTTTATCACTTTTTAGTAAAGTTACACTACTGGTAACCGACACAGCATTTGTGTCTATTTTTCATGTAAAGGTAATTTTGATGTCTAAGATTAAAGGTAACGTT > 1:672992/1‑150 TTAAAATCAATAGCTAAAATAAGTAACATCAAAAATAACGCGACTTTTATCACTTTTTAGTAAAGTTACACTACTGGTAACCGACACAGCATTTGTGTCTATTTTTCATGTAAAGGTAATTTTGATGTCTAAGATTAAAGGTAACGTT < 1:576291/148‑1 AAATCAATAGCTAAAATAAGTAACATCAAAAATAACGCGACTTTTATCACTTTTTAGTAAAGTTACACTACTGGTAACCGACACAGCATTTGTGTCTATTTTTCATGTAAAGGTAATTTTGATGTCTAAGATTAAAGGTAACGTTAAGTGG > 2:225216/1‑151 CAATAGCTAAAATAAGTAACATCAAAAATAACGCGACTTTTATCACTTTTTAGTAAAGTTACACTACTGGTAACCGACACAGCATTTGTGTCTATTTTTCATGTAAAGGTAATTTTGATGTCTAAGATTAAAGGTAACGTTAAGTGGTTTA < 2:911144/151‑1 CAATAGCTAAAATAAGTAACATCAAAAATAACGCGACTTTTATCACTTTTTAGTAAAGTTACACTACTGGTAACCGACACAGCATTTGTGTCTATTTTTCATGTAAAGGTAATTTTGATGTCTAAGATTAAAGGTAACGTTAAGTGGTTT < 1:59783/150‑1 AATAGCTAAAATAAGTAACATCAAAAATAACGCGACTTTTATCACTTTTTAGTAAAGTTACACTACTGGTAACCGACACAGCATTTGTGTCTATTTTTCATGTAAAGGTAATTTTGATGTCTAAGATTAAAGGTAACGTTAAGTGGTTTA > 2:558319/1‑150 AATAGCTAAAATAAGTAACATCAAAAATAACGCGACTTTTATCACTTTTTAGTAAAGTTACACTACTGGTAACCGACACAGCATTTGTGTCTATTTTTCATGTAAAGGTAATTTTGATGTCTAAGATTAAAGGTAACGTTAAGTGGTTT > 2:251287/1‑149 GCTAAAATAAGTAACATCAAAAATAACGCGACTTTTATCACTTTTTAGTAAAGTTACACTACTGGTAACCGACACAGCATTTGTGTCTATTTTTCATGTAAAGGTAATTTTGATGTCTAAGATTAAAGGTAACGTTAAGTGGTTTAATGAG < 1:836406/151‑1 AAATAAGTAACATCAAAAATAACGCGACTTTTATCACTTTTTAGTAAAGTTACACTACTGGTAACCGACACAGCATTTGTGTCTATTTTTCATGTAAAGGTAATTTTGATGTCTAAGATTAAAGGTAACGTTAAGTGGTTTAATGAGTCC > 1:605383/1‑150 AATAAGTAACATCAAAAATAACGCGACTTTTATCACTTTTTATTAAAGTTTCACTACTGGTAACCGACACAGCATTTGTGTTTATTTTTCATTTAAAGGTAATTTTGATGTCTAAGATTAAAAGTAACGTTAGGTGGTTTAATGAGTCCA < 2:963036/150‑1 TAAGTAACATCAAAAATAACGCGACTTTTATCACTTTTTAGTAAAGTTACACTACTGGTAACCGACACAGCATTTGTGTCTATTTTTCATGTAAAGGTAATTTTGATGTCTAAGATTAAAGGTAACGTTAAGTGGTTTAATGAGTCCAA > 1:432478/1‑149 AACATCAAAAATAACGCGACTTTTATCACTTTTTAGTAAAGTTACACTACTGGTAACCGACACAGCATTTGTGTCTATTTTTCATGTAAAGGTAATTTTGATGTCTAAGATTAAAGGTAACGTTAAGTGGTTTAATGAGTCCAAAGGATTC > 1:792936/1‑151 AAAATAACGCGACTTTTATCACTTTTTAGTAAAGTTACACTACTGGTAACCGACACAGCATTTGTGTCTATTTTTCATGTAAAGGTAATTTTGATGTCTAAGATTAAAGGTAACGTTAAGTGGTTTAATGAGTCCAAAGGATTCGGTTTC > 1:303000/1‑150 AAAATAACGCGACTTTTATCACTTTTTAGTAAAGTTACACTACTGGTAACCGACACAGCATTTGTGTCTATTTTTCATGTAAAGGAAATTTTGATGTCTAAGATTAAAGGTAACGTTAAGTGGTTTAATGAGTCCAAAGGATTCGGTTTC > 2:104218/1‑150 ATAACGCGACTTTTATCACTTTTTAGTAAAGTTACACTACTGGTAACCGACACAGCATTTGTGTCTATTTTTCATGTAAAGGTAATTTTGATGTCTAAGATTAAAGGTAACGTTAAGTGGTTTAATGAGTCCAAAGGATTCGGTTTCATT > 2:474339/1‑150 TAACGCGACTTTTATCACTTTTTAGTAAAGTTACACTACTGGTAACCGACACAGCATTTGTGTCTATTTTTCATGTAAAGGTAATTTTGATGTCTAAGATTAAAGGTAACGTTAAGTGGTTTAATGAGTCCAAAGGATTCGGTTTCATTAC > 1:558976/1‑151 AACGCGACTTTTATCACTTTTTAGTAAAGTTACACTACTGGTAACCGACACAGCATTTGTGTCTATTTTTCATGTAAAGGTAATTTTGATGTCTAAGATTAAAGGTAACGTTAAGTGGTTTAATGAGTCCAAAGGATTCGGTTTCATTACT > 2:198506/1‑151 ACGCGACTTTTATCACTTTTTAGTAAAGTTACACTACTGGTAACCGACACAGCATTTGTGTCTATTTTTCATGTAAAGGTAATTTTGATGTCTAAGATTAAAGGTAACGTTAAGTGGTTTAATGAGTCCAAAGGATTCGGTTTCATTACTC > 1:13556/1‑151 ATCACTTTTTAGTAAAGTTACACTACTGGTAACCGACACAGCATTTGTGTCTATTTTTCATGTAAAGGTAATTTTGATGTCTAAGATTAAAGGTAACGTTAAGTGGTTTAATGAGTCCAAAGGATTCGGTTTCATTACTCCGGAAGACGGC < 2:544704/151‑1 ATCACTTTTTAGTAAAGTTACACTACTGGTAACCGACACAGCATTTGTGTCTATTTTTCATGTAAAGGTAATTTTGATGTCTAAGATTAAAGGTAACGTTAAGTGGTTTAATGAGTCCAAAGGATTCGGTTTCATTACTCCGGAAGACGG < 1:563977/150‑1 TCACTTTTTAGTAAAGTTACACTACTGGTAACCGACACAGCATTTGTGTCTATTTTTCATGTAAAGGTAATTTTGATGTCTAAGATTAAAGGTAACGTTAAGTGGTTTAATGAGTCCAAAGGATTCGGTTTCATTACTCCGGAAGACGGC < 1:233585/150‑1 TTTTAGTAAAGTTACACTACTGGTAACCGACACAGCATTTGTGTCTATTTTTCATGTAAAGGTAATTTTGATGTCTAAGATTAAAGGTAACGTTAAGTGGTTTAATGAGTCCAAAGGATTCGGTTTCATTACTCCGGAAGACGGCAGCAA < 1:674050/150‑1 TTTTAGTAAAGTTACACTACTGGTAACCGACACAGCATTTGTGTCTATTTTTCATGTAAAGGTAATTTTGATGTCTAAGATTAAAGGTAACGTTAAGTGGTTTAATGAGTCCAAAGGATTCGGTTTCATTACTCCGGAAGACGGCAGCA < 2:108576/149‑1 TTTAGTAAAGTTACACTACTGGTAACCGACACAGCATTTGTGTCTATTTTTCATGTAAAGGTAATTTTGATGTCTAAGATTAAAGGTAACGTTAAGTGGTTTAATGAGTCCAAAGGATTCGGTTTCATTACTCCGGAAGACGGCAGCAAA < 1:142181/150‑1 GTAAAGTTACACTACTGGTAACCGACACAGCATTTGTGTCTATTTTTCATGTAAAGGTAATTTTGATGTCTAAGATTAAAGGTAACGTTAAGTGGTTTAATGAGTCCAAAGGATTCGGTTTCATTACTCCGGAAGACGGCAGCAAAGACGT < 1:57957/151‑1 TAAAGTTACACTACTGGTAACCGACACAGCATTTGTGTCTATTTTTCATGTAAAGGTAATTTTGATGTCTAAGATTAAAGGTAACGTTAAGTGGTTTAATGAGTCCAAAGGATTCGGTTTCATTACTCCGGAAGACGGCAGCAAAGACGT > 1:822826/1‑150 AAAGTTACACTACTGGTAACCGACACAGCATTTGTGTCTATTTTTCATGTAAAGGTAATTTTGATGTCTAAGATTAAAGGTAACGTTAAGTGGTTTAATGAGTCCAAAGGATTCGGTTTCATTACTCCGGAAGACGGCAGCAAAGACGTGT < 2:320404/151‑1 AAGTTACACTACTGGTAACCGACACAGCATTTGTGTCTATTTTTCATGTAAAGGTAATTTTGATGTCTAAGATTAAAGGTAACGTTAAGTGGTTTAATGAGTCCAAAGGATTCGGTTTCATTACTCCGGAAGACGGCAGCAAAGACGTGTT > 2:126034/1‑151 AAGTTACACTACTGGTAACCGACACAGCATTTGTGTCTATTTTTCATGTAAAGGTAATTTTGATGTCTAAGATTAAAGGTAACGTTAAGTGGTTTAATGAGTCCAAAGGATTCGGTTTCATTACTCCGGAAGACGGCAGCAAAGACGTGTT < 1:561293/151‑1 TTACACTACTGGTAACCGACACAGCATTTGTGTCTATTTTTCATGTAAAGGTAATTTTGATGTCTAAGATTAAAGGTAACGTTAAGTGGTTTAATGAGTCCAAAGGATTCGGTTTCATTACTCCGGAAGACGGCAGCAAAGACGTGTTCGT > 2:3377/1‑151 TACACTACTGGTAACCGACTCAGCATTTGTGTCTATTTTTCATGTAAAGGTATTTTTGATGTCTAAGATTAAAGGTAACGTTAAGTGGTTTAATGAGTCCAAAGGATTCGGTTTCATTACTCCGGAAGACGGCAGCAAAGACGTGTTCGT > 2:664137/1‑150 ACACTACTGGTAACCGACACAGCATTTGTGTCTATTTTTCATGTAAAGGTAATTTTGATGTCTAAGATTAAAGGTAACGTTAAGTGGTTTAATGAGTCCAAAGGATTCGGTTTCATTACTCCGGAAGACGGCAGCAAAGACGTGTTCGTAC < 2:432282/151‑1 CACTACTGGTAACCGACACAGCATTTGTGTCTATTTTTCATGTAAAGGTAATTTTGATGTCTAAGATTAAAGGTAACGTTAAGTGGTTTAATGAGTCCAAAGGATTCGGTTTCATTACTCCGGAAGACGGCAGCAAAGACGTGTTCGTACA < 1:672942/151‑1 ACAATGGCAATGTGTACTTTGCCTGGATGCGCTTTCAGTTTTGAGACAAATGAAGTTTTAGTAACTTCTTTAAAATCAATAGCTAAAATAAGTAACATCAAAAATAACGCGACTTTTATCACTTTTTAGTAAAGTTACACT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_000913/657074‑657214‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tACTGGTAACCGACACAGCATTTGTGTCTATTTTTCATGTAAAGGTAATTTTGATGTCTAAGATTAAAGGTAACGTTAAGTGGTTTAATGAGTCCAAAGGATTCGGTTTCATTACTCCGGAAGACGGCAGCAAAGACGTGTTCGTACA > NC_000913/657240‑657386 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |