New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | CP006584 | 346068 = | NA (NA) | 51 (0.810) | 48/588 | 0.4 | 96.2% | intergenic (‑51/‑107) | LY180_01675/LY180_01680 | CadC family transcriptional regulator/hypothetical protein |
? | CP006584 | = 363812 | 2 (0.030) | intergenic (‑39/‑249) | LY180_01770/LY180_01775 | outer membrane phosphoporin protein E/gamma‑glutamyl kinase |
GATAGCAACGCGCAACGCATGGATCGCCGTCGGCAGGCTGTTTCCGCCGACAATGCGGTTCTTCCATACTTCGGCACATAAATAAGATCGCG‑ATAAAACCACATCGGCATTTTTTGCTAATGTTTCCAGCAAAATAAAATGGTATTCGCCGAGACGACGTGTTTCACCCGTTTCGCAATGTATTAAGGCATTAAGCGACGGGTCCATCCGCCAGTTGTTGATAATAATAC‑TCATAGTTGAGTTTACCTTAGCAAGGGATAAATGTTTCCTGATAGTGCTTTGCACTGATGAATCCCCTAATGATTTTGGTAAAAATCATTAAGTTAAGGTGGATACACATCTTGTCATATGATCAAA‑TGGTTTCGCGAAAAATCAATAATCAGACAACAAGATGTGCGAACTCGATATTTTACACGACTCTCTTTACCAATTCTGCCCCGAATTACAC‑TTAAAACGACTCAACAGCTTAACGTTGGCTTGCCACGCATTACTTGACTGTAAAACTCTCACTCTTACCGAACTTGGCCGTAACCTGCCAACCAAAGCGAGAACAAAACATAACATCAAACGAA > CP006584/345784‑346355 | gATAGCAACGCGCAACGCATGGATCGCCGTCGGCAGGCTGTTTCCGCCGACACTGCGGTTCTTCCATACTTCGGCACATAAATAAGATCGCG‑ATCAAACCACATCGGCATTTTTTGCTAATGTTTCAACCAAAATAAAATGGTATTCGCCGAGACGACGTGTTTCACCCGTTTCGCAATGTATTAAGTCATCAAACGACGGGTCCATCCGCCAGTTGTTGATAAT‑ATACACCATAGTTGAGTTTTCCTTACCAAGGTACAAATGATCCATATTAGTGCTTTGCCCTGTTAAACCCCCTa > 2:85298/1‑299 (MQ=255) taacacgcggctacgcATGATTCGCCGTGGGCTGGCTGTTTCCGCCGACAATGCGGTTCTTCCATACTTCGGAACATAAATAGGATCGAG‑GTAGAACCACGTCGGCATTTTTTGCTAATGTTTCCAGCAAAATAAAATGGTATTCGCCGAGACGACGTGTTTCACCCGTTTCGCAATGTATTAAGGCATTAAGCGACGGGTCCATCCGCCAGTTGTTGATAATAATAC‑TCATAGTTGAGTTTACCTTAGCAAGGGATAAATGTTTCCTGATAGTGCTTTGCACTGATGAATCCCCTAAt < 2:125361/287‑1 (MQ=255) tAGCAACGCGCAACGCATGGATCGCCGTCGGCAGGCTGTTTCCGCCGACAATGCGGTTCTTCCATACTTCGGCACATAAATAAGATCGCG‑ATAAAACCACATCGGCATTTTTTGCTAATGTTTCCAGCAAAATAAAATGGTATTCGCCGAGACGACGTGTTTCACCCGTTTCGCAATGTATTAAGGCATTAAGCGACGGGTCCATCCGCCAGTTGTTGATAATAATAC‑TCATAGTTGAGTTTACCTTAGCAAGGGATAAATGTTTCCTGATAGTGCTTTGCACTGATGAATCCCCTAAt < 1:314853/299‑1 (MQ=255) caacccccacggattGGACCGCCTCCGGCAGGCTGTTGCCGCCAACAATGCGGTTCTTCCATATTTCGGCACATAAATAAGAGCGCG‑ATAAAACCACATCGGCATTTTTTGCTAATGTTTCCAGCAAAATAAAATGGTATTCGCCGAGACGACGTGTTTCACCCGTTTCGCAATGTATTAAGGCATTAAGCGACGGGTCCATCCGCCAGTTGTTGATAATAATAC‑TCATAGTTGAGTTTACCTTAGCAAGGGATAAATGTTTCCTGATAGTGCTTTGCACTGATGAATCCCCTAATGAt < 2:7549/285‑1 (MQ=255) cgcaacgcATGGATCGCCGTCGGCAGGCTGTTTCCGCCGACAATGCGGTTCTTCCATACTTCGGCACATAAATAAGATCGCG‑ATAAAACCACATCGGCATTTTTTGCTAATGTTTCCAGCAAAATAAAATGGTATTCGCCGAGACGACGTGTTTCACCCGTTTCGCAATGTATTAAGGCATTAAGCGACGGGTCCATCCGCCAGTTGTTGATAATAATAC‑TCATAGTTGAGTTTACCTTAGCAAGGGATAAATGTTTCCTGATAGTGCTTTGCACTGATGAATCCCCTAATGATTTTgg < 1:365927/299‑1 (MQ=255) acgcATGGATCGCCGTCGGCAGGCTGTTTCCGCCGACAATGCGGTTCTTCCATACTTCGGCACATAAATAAGATCGCG‑ATAAAACCACATCGGCATTTTTTGCTAATGTTTCCAGCAAAATAAAATGGTATTCGCCGAGACGACGTGTTTCACCCGTTTCGCACTGTATTAAGGCATTAAGCGACGGGTCAATCCGCCAGTTGTTGATAATAATAC‑TCATAGTTGAGTTTACCTTAGCAAGGGATAAATGTTTACTGATAGTTCTTTCAACTGATGAATCCCCTAATGATTTTGGTaaa > 2:34463/1‑299 (MQ=255) gcATGGATCGCCGTCGGCAGGCTGTTTCCGCCGACAATGCGGTTCTTCCATACTTCGGCACATAAATAAGATCGCG‑ATAAAACCACATCGGCATTTTTTGCTAATGTTTCCAGCAAAATAAAATGGTATTCGCCGAGACGACGTGTTTCACCCGTTTCGCAATGTATTAAGGCATTAAGCGACGGGTCCATCCGCCAGTTGTTGATAATAATAC‑TCATAGTTGAGTTTACCTTAGCAAGGGATAAATGTTTCCTGATAGTGCTTTGCACTGATGAATCCCCTAATGATTTTGGTaaaaa < 1:131986/299‑1 (MQ=255) cGCCGTCGGCAGGCTGTTTCCGCCGACAATGCGGTTCTTCCATACTTCGGCACATAAATAAGATCGCG‑ATAAAACCACATCGGCATTTTTTGCTAATGTTTCCAGCAAAATAAAATGGTATTCGCCGAGACGACGTGTTTCACCCGTTTCGCAATGTATTAAGGCATTAAGCGACGGGTCCATCCGCCAGTTGTTGATAATAATAC‑TCATAGTTGAGTTTACCTTAGCAAGGGATAAATGTTTCCTGATAGTGCTTTGCACTGATGAATCCCCTAATGATTTTGGTAAAAATCAttaag < 1:34463/299‑1 (MQ=255) cAGGCTGTTTCCGCCGACAATGCGGTTCTTCCATACTTCGGCACATAAATAAGATCGCG‑ATAAAACCACATCGGCATTTTTTGCTAATGTTTCCAGCAAAATAAAATGGTATTCGCCGAGACGACGTGTTTCACCCGTTTCGCAATGTATTAAGGCATTAAGCGACGGGTCCATCCGCCAGTTGTTGATAATAATAC‑TCATAGTTGAGTTTACCTTAGCAAGGGATAAATGTTTCCTGATAGTGCTTTGCACTGATGAATCCCCTAATGATTTTGGTAAAAATCATTAAGTTAAGGTgg > 1:207879/1‑299 (MQ=255) aGGCTGTTTCCGCCGACAATGCGGTTCTTCCATACTTCGGCACATAAATAAGATCGCG‑ATAAAACCACATCGGCATTTTTTGCTAATGTTTCCAGCAAAATAAAATGGTATTCGCCGAGACGACGTGTTTCACCCGTTTCGCAATGTATTAAGGCATTAAGCGACGGGTCCATCCGCCAGTTGTTGATAATAATAC‑TCATAGTTGAGTTTACCTTAGCAAGGGATAAATGTTTCCTGATAGTGCTTTGCACTGATGAATCCCCTAATGATTTTGGTAAAAATCATTAAGTTAAGGTGGa > 1:490448/1‑299 (MQ=255) 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aatttCGACAAAAAAATAAAATGCCG‑ATAAAAACACATAGGCATTTGTTGCTAATGTTTCCAGAAAAATAAAATGGTATTCGCCGAGAAGACGGGTTTCACCCGTTTCGCAATGTATTAAGGCATTAAGCGACGGGTCCATCCGCCAGTTGTTGATAATAATAC‑TCATAGTTGAGTTTACCTTAGCAAGGGATAAATGTTTCCTGATAGTGCTTTGCACTGATGAATCCCCTAATGATTTTGGTAAAAATCATTAAGTTAAGGTGGATACACATCTTGTCATATGATCAAA‑TGGTTTcg < 2:345973/296‑1 (MQ=38) cTTCGGCACATAAATAAGATCGCG‑ATAAAACCACATCGGCATTTTTTGCTAATGTTTCCAGCAAAATAAAATGGTATTCGCCGAGACGACGTGTTTCACCCGTTTCGCAATGTATTAAGGCATTAAGCGACGGGTCCATCCGCCAGTTGTTGATAATAATAC‑TCATAGTTGAGTTTACCTTAGCAAGGGATAAATGTTTCCTGATAGTGCTTTGCACTGATGAATCCCCTAATGATTTTGGTAAAAATCATTAAGTTAAGGTGGATACACATCTTGTCATATGATCAAA‑TGGTTTcgcg < 1:333786/299‑1 (MQ=255) gttatgacaAAAATAAAAACGCTAATAAAACCACATTGGAATTTTTTTCTAATTTGTCCACCAAAATAAAATGGGTTTCGCCGGTGCGTCGTTGTTCACCTGTTGCGCAAGGTATTAGAGGATTAATAGACGGTTCCATGCGCCAGTTGTTGATAATAATAC‑TCATATTTGAGTTTACCTTAGCAAGGGATAAATGTTTCCTGATAGTGCTTTGCACTGATGAATCCCCTAATGATTTTGGTAAAAATCATTAAGTTAAGGTGGATACACATCTTGTCATATGATCAAA‑TGGTTTcgcg < 2:49542/293‑1 (MQ=21) taaGATCGCG‑ATAAAACCACATCGGCATTTTTTGCTAATGTTTCCAGCAAAATAAAATGGTATTCGCCGAGACGACGTGTTTCACCCGTTTCGCAATGTATTAAGGCATTAAGCGACGGGTCCATCCGCCAGTTGTTGATAATAATAC‑TCATAGTTGAGTTTACCTTAGCAAGGGATAAATGTTTCCTGATAGTGCTTTGCACTGATGAATCCCCTAATGATTTTGGTAAAAATCATTAAGTTAAGGTGGATACACATCTTGTCATATGATCAAA‑TGGTTTCGCGAAAAATCAATAATc > 1:591207/1‑299 (MQ=255) taaGATCGCG‑ATAAAACCACATCGGCATTTTTTGCTAATGTTTCCAGCAAAATAAAATGGTATTCGCCGAGACGACGTGTTTCACCCGTTTCGCAATGTATTAAGGCATTAAGCGACGGGTCCATCCGCCAGTTGTTGATAATAATAC‑TCATAGTTGAGTTTACCTTAGCAAGGGATAAATGTTTCCTGATAGTGCTTTGCACTGATGAATCCCCTAATGATTTTGGTAAAAATCATTAAGTTAAGGTGGATACACATCTTGTCATATGATCAAA‑TGGTTTCGCGAAAAATCAATAATc > 1:513062/1‑299 (MQ=255) aaaaTCAGATCTGCGTTTTTTGGTAATATGTACATGAAAATAAAATGGTATGTGACGAGAAGATGTGTGTCACCAGTTTCGAAATGTATTAAGGCATTAAGCGACGGGTCCATCCGCCAGTGTTTGATAATAATAG‑TCATAGTTGAGTGTACCGTAGCAAGGGATAAAGGTTTCCTGATAGTGCTTTGCACTGATGAATCCCATAATGATTTTGGTAAAAATCATTAAGTGAAGGTGGATACACATCTTGTCAGATGATCAAA‑TGGGTTCGCGAAAAATCAATAAGCAGACAACAAGag < 2:82469/299‑2 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |