| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP006584 | 346068 = | NA (NA) | 51 (0.810) | 48/588 | 0.4 | 96.2% | intergenic (‑51/‑107) | LY180_01675/LY180_01680 | CadC family transcriptional regulator/hypothetical protein |
| ? | CP006584 | = 363812 | 2 (0.030) | intergenic (‑39/‑249) | LY180_01770/LY180_01775 | outer membrane phosphoporin protein E/gamma‑glutamyl kinase | |||||
Only 100 of 115 total aligned reads displayed.
TCCGCTTTATTTCCGGCAAACTCCGCTTCCCAACGGCCATAGCCAGTCAGTTGATCGTTAATTTGTGTTTCGCCTTTAAAACCAAAACGGATATAACTCTGGTCGCCATCTTTACTGTCGTTATCACTCATATAATGCATGGCTTTAACTTTGCCATAGACATCCAGTTTATTACCGTCTTTGTTATATATTTCTGCGGCCTGTACGGATGCAGATGCCACAATGCCCATCACCACTAATGCCAGAGTGCTCTTTTTCATTTTCATTCCTGATTTTAATTAACGCGCGAATATTCAGCGGGAGAGCCCCGTTGAAAACAGGAAAGTTTTTAACCTGAGATTGTTAAAGATATATTACAGATTAATAATATTCTTAAAATGTGGTAATTTATTAAATCTGTAATAAAAGCGTAAACAACTGCCGCTAGGCTTGCTGATCCCGCGCAACAAAACGCCATGCTTTGCTTGCAGATGGTTGGCAACCGACGACAGTCCTGCTAAAACGTTCGTTTGATATCATTTTTCCTAAAATTGAATGGCAGAGAATCATGAGTGACAGCCAGACGCTGGTGGTAAAACTCGGCACCAGTGTGCTAA > CP006584/363514‑364109 | aacgagcagctcagagagttttgatatcatgctgctaagcgccctgatgcttcaactaacatgttggcttgcgggcgttcatgctcagaaacaaggttgggacaagcacttccaggctaacacagtcagaaatcgaaacgtactctcaacagttcgcttaggcatggaagttttgcggcattctggctacacaataacaagggaagacttactcgtggctgcaaccctactagctcaaaatttattcacacatggttacgctttggggaaattatgaggggatctctcagtATTCAGCg < 1:417750‑M2/8‑1 (MQ=255) ctttCCGGCAAACTCCGCTTCCCAACGGCCATAGCCAGTCAGTTGATCGTTAATTTGTGTTTCGCCTTTAAAACCAAAACGGATATAACTCTGGCCGCCATCTTTACTGTCGTTACCACACATATAATGCATGGCTTTAACTTTGCCATAGACATCCAGTTTATTACCGTCTTTGTTATATATTTCTGCGGCCTGTACGGATGCAGAGACCACAATGCCCATCACCACTAATGCAAGAGTGCCCTTTTTCCTTTTCATTCATTATTTTATTTAACACGCGAATCTTCcgcgattataac > 2:52910/2‑291 (MQ=255) tcagagagttttgatatcatgctgctaatcgccctgatgcttcaactaacatgttggcttgcgggcgttcatgctcagaaacaaggttgggacaagcacttccaggctaacacagtcagaaatcgaaacgtactctcaacagttcgcttaggcatggaagttttgcggcattctggctacacaataacaagggaagacttactcgtggctgcaaccctactagctcaaaatttattcacacatggttacgctttggggaaattatgaggggatctctcagtATTCAGCGGGAGAGcccc < 1:177527‑M2/18‑1 (MQ=255) tCCGTCAGAATCCGCTTCCCCACGACCATAGTCAGTCAGTTGATGGTTATGTTGTGTTTACGCTTTAAACACAAAACGGATATAACTCTGGGTGTCATGTTTACTGTCGTTATCACTCATATAATGCATGGCTTTAACTTTGCCATAGACATCCAGTTTATTACCGTCTTTGTTATATATTTCTGCTGCCTGTACGGATGCAGATGCCACAATGCCCATCTCCACTAATGCCAGAGTGCTCTTTTTCATTTTCATTCCTGATTTTAATTAACGCGCGAATATTCAGCGctgatgaagcc > 2:86091‑M2/1‑288 (MQ=255) agttttgatatcatgctgctaatcgccctgatgcttcaactaacatgttggcttgcgggcgttcatgctcagaaacaaggttgggacaagcacttccaggctaacacagtcagaaatcgaaacgtactctcaacagttcgcttaggcatggaagttttgcggcattctggctacacaataacaagggaagacttactcgtggctgcaaccctactagctcaaaatttattcacacatggttacgctttggggaaattatgaggggatctctcagtATTCAGCGGGAGAGCCCCGTTGaa > 1:320297‑M2/276‑299 (MQ=255) aaaCTCCGCTTCCCAACGGCCATAGCCAGTCAGTTGATCGTTAATTTGTGTTTCGCCTTTAAAACCAAAACGGATATAACTCTGGTCGCCATCTTTACTGTCGTTATCACTCATATAATGCATGGCTTTAACTTTGCCATAGACATCCAGTTTATTACCGTCTTTGTTATATATTTCTGCGGCCTGTACGGATGCAGATGCCACAATGCCCATCACCACTAATGCCAGAGTGCTCTTTTTCATTTTCATTCCTGATTTTAATTAACGCGCGAATATTCAGCGctgatgaatcccctaat > 1:619399‑M2/1‑282 (MQ=255) atatcatgctgctaatcgccctgatgcttcaactaacatgttggcttgcgggcgttcatgctcagaaacagggttgggacaagcacttccaggctaccacagtcagaaatcgaaacgtactctcaacagttcgcttaggcatggaagttttgcggcattcgggctacaacataacaagggaagacttactcgttgctgcaagcctactcgctcaaaatttcttcaaacatggttacgctttggggaaattatgaggggatcaccaggtATTCAGCGGGAAAGCCCCGTTGAAAACAGGa > 2:613540‑M2/269‑299 (MQ=255) 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agtcagtTGATCGTTAATTTGTGTTTCGCCTTTAAAACCAAAACGGATATAACTCTGGTCGCCATCTTTACTGTCGTTATCACTCATATAATGCATGGCTTTAACTTTGCCATAGACATCCAGTTTATTACCGTCTTTGTTATATATTTCTGCGGCCTGTACGGATGCAGATGCCACAATGCCCATCACCACTAATGCCAGAGTGCTCTTTTTCATTTTCATTCCTGATTTTAATTAACGCGCGAATATTCAGCGctgatgaatcccctaatgattttggtaaaaatcattaagttaag < 1:587487‑M2/299‑45 (MQ=255) agtcagtTGATCGTTAATTTGTGTTTCGCCTTTAAAACCAAAACGGATATAACTCTGGTCGCCATCTTTACTGTCGTTATCACTCATATAATGCATGGCTTTAACTTTGCCATAGACATACAGTTTATTAACGTCTTTGTTATATATTTCTGCGGCCTGTACGGATGCAGATGCCACAATGCCCATCACCACTAATGCCAGAGTGCTCTTTTTCATTTTCATTCCTGATTTTAATTCACGCGCGAATATTCAGACctgaataatccccttattattttgtaacaaaacattaagttacg < 2:343085‑M2/299‑45 (MQ=255) agtcagtTGATCGGTTATTTGTGTTTCGTCTTTAAAACCAAAACGGATACAACTCTTGTCGCCATCTTTACTGTCGTGATCAGTCATATAATGCATGGCTTTAACTTTGCCATAGACATCCAGTTTAGTACCGTCTTTGTTATATATTTCTGCGGCCTGTACGGATGCAGATGCCACAATGCCCATCACCACGAATGCCAGAGTGCTCTTTTTCATTTTCATTCCTGATTTTAATTAACGCGCGAATATTCAGCGctgatgaatcccctaatgattttagtaaaaatcattaagttaag > 2:592988‑M2/1‑255 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |