New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | CP006584 | 1153410 = | NA (NA) | 73 (1.190) | 61/586 | 0.1 | 91.2% | intergenic (‑822/+13) | pgaA/LY180_05365 | poly‑beta‑1,6‑N‑acetyl‑D‑glucosamine export protein/hypothetical protein |
? | CP006584 | 1213575 = | 7 (0.110) | intergenic (+274/‑21) | LY180_05705/LY180_05710 | DNAse/PTS glucose transporter subunit IIBC |
TACAGTTCTTATATCTATTAATAATAGAAAGGGATCTACAACCTACAGATTGGTGTAGCTTTATGGAAAAAGACTATTTGAGAATTAGTAGTACTGTATTAGTGAGCTTATTGTTTGGGCTTGCTTTGGTTTTGGTGAATAGTTGGTTTAATCAGCCAGGCGTTGAGGAAGTTGTTCCACGATCAACCTATCTGATGGTAATGATTGCTTTATTTTTTATCGATACTGTTGCATTTATTTTTATGCAGTTGTATTTCATTTATGACCGTAGGCAATTTTCAAACTGTATACTTAGTTCTGAGAGATCCCCTCATAATTTCCCCAAAGCGTAACCATGTGTGAATAAATTTTGAGCTAGTAGGGTTGCAGCCACGAGTAAGTCTTCCCTTGTTATTGTGTAGCCAGAATGCCGCAAAACTTCCATGCCTAAGCGAACTGTTGAGAGTACGTTTCGATTTCTGACTGTGTTAGCCTGGAAGTGCTTGTCCCAACCTTGTTTCTGAGCATGAACGCCCGCAAGCCAACATGTTAGTTGAAGCATCAGGGCGATTAGCAGCATGATATCAAAACGCTCTGAGCTGCTCGTTCG > CP006584/1153113‑1153701 | tacagtTCTTATATCTATTAATAATAGAAAGGGATCTACAACCTACAGATTGGTGTAGCTTTATGGAAAAAGACTATTTGAGAATTAGTAGTACTGTATTAGTGAGCTTATTGTTTGGGCTTGCTTTGGTTTTGGTGAATAGTTGGTTTAATCAGCCAGGCGTTGAGGAAGTTGTTCCACGATCAACCTATCTGATGGTAATGATTGCTTTATTTTTTATCGATACTGTTGCATTTATTTTTATGCAGTTGTATTTCATTTATGACCGTAGGCAATTTTCAAACTGTATACTTAGTTc < 1:62171/298‑1 (MQ=255) attatttattAATAATAGAAAGGGATCTACAACCTACAGATTGGTGTAGGTTTATGGAAAAAGGCTAGTTTGGAATTAGTAGTACTGGATTAGTGAGCTTATTGTTTGGGCTTGCTTTGGTTTTGGTGAATAGTTGGTTTAATCAGCCAGGCGTTGAGGAAGTTGTTCCACGATCAACCTATCTGATGGTAATGATTGCTTTATTTTTTATCGATACTGTTGCATTTATTTTTATGCAGTTGTATTTCATTTATGACCGTAGGCAATTTTCAAACTGTATACTTAGTTCTGAGAGATc < 2:557591/296‑1 (MQ=255) ttAATAATAGAAAGGGATCTACAACCTACAGATTGGTGTAGCTTTATGGAAAAAGACTATTTGAGAATTAGTAGTACTGTATTAGTGAGCTTATTGTTTGGGCTTGCTTTGGTTTTGGTGAATAGTTGGTTTAATCAGCCAGGCGTTGAGGAAGTTGTTCCACGATCAACCTATCTGATGGTAATGATTGCTTTATTTTTTATCGATACTGTTGCATTTATTTTTATGCAGTTGTATTTCATTTATGACCGTAGGCAATTTTCAAACTGTATACTTAGTTCTGAGAGATCCCCTCATa > 1:579301/1‑298 (MQ=255) taataGAAAGGGATCTACAACCTACAGATTGGTGTAGCTTTATGGAAAAAGACTATTTGAGAATTAGTAGTACTGTATTAGTGAGCTTATTGTTTGGGCTTGCTTTGGTTTTGGTGAATAGTTGGTTTAATCAGCCAGGCGTTGAGGAAGTTGTTCCACGATCAACCTATCTGATGGTAATGATTGCTTTATTTTTTATCGATACTGTTGCATTTATTTTTATGCAGTTGTATTTCATTTATGACCGTAGGCAATTTTCAAACTGTATACTTAGTTCTGAGAGATCCCCTCATAAttt > 1:379331/1‑298 (MQ=255) aGGGTTTTAAAACCTACATATTGGTGTAGCTTTATGGAAAAAGACTATTTTATAATTGTTAGGATTTTATTGGTGGGCTTATTGTTTGGGCTTTTGTTGGTTTTGGTGAATAGTTGGTTTAAGCAGACAGGCGTTGAGTAAGTTGTTCCACGATCAACCTATCTGATGGTAATGATTGCTTTATTTTTTATCGATACTGTTGCATTTATTTTTATGCAGTTGTATTTCATTTATGACCGTAGGCAATTTTCAAACTGTATACTTAGTTCTGAGAGATCCCCTCATAATTTCCCCAAAg < 2:566500/298‑1 (MQ=255) aCCTACAGATTGGTGTAGCTTTATGGAAAAAGACTATTTGAGAATTAGTAGTACTGTATTAGTGAGCTTATTGTTTGGGCTTGCTTTGGTTTTGGTGAATAGTTGGTTTAATCAGCCAGGCGTTGAGGAAGTTGTTCCACGATCAACCTATCTGATGGTAATGATTGCTTTATTTTTTATCGATACTGTTGCATTTATTTTTATGCAGTTGTATTTCATTTATGACCGTAGGCAATTTTCAAACTGTATACTTAGTTCTGAGAGATCCCCTCATAATTTCCCCAAAGCGTAACCAtgt > 2:536103/1‑298 (MQ=255) aTTGGTGTAGCTTTATGGAAAAAGACTATTTGAGAATTAGTAGTACTGTATTAGTGAGCTTATTGTTTGGGCTTGCTTTGGTTTTGGTGAATAGTTGGTTTAATCAGCCAGGCGTTGAGGAAGTTGTTCCACGATCAACCTATCTGATGGTAATGATTGCTTTATTTTTTATCGATACTGTTGCATTTATTTTTATGCAGTTGTATTTCATTTATGACCGTAGGCAATTTTCAAACTGTATACTTAGTTCTGAGAGATCCCCTCATAATTTCCCCAAAGCGTAACCATGTGTGAATaa > 1:394625/1‑298 (MQ=255) gtatgtttATGGAAAAAGACTATTTGAGAATTGTTAGTAATGTAATAGTGGGCTTATTGTTTGGGCTTGCTTTGGTTTTGGTGAATATTTGGTTTAATCAGCCAGGCGTTGTGGAAGTTGTTCCACGATCAACCTATCTGATGGTAATGATTGCTTTATTTTTTATCGATACTGTTGCATTTATTTTTATGCAGTTGTATTTCATTTATGACCGTAGGCAATTTTCAAACTGTATACTTAGTTCTGAGAGATCCCCTCATAATTTCCCCAAAGCGTAACCATGTGTGAATAAATTTTg < 2:608831/293‑1 (MQ=255) gtAGCTTTATGGAAAAAGACTATTTGAGAATTAGTAGTACTGTATTAGTGAGCTTATTGTTTGGGCTTGCTTTGGTTTTGGTGAATAGTTGGTTTAATCAGCCAGGCGTTGAGGAAGTTGTTCCACGATCAACCTATCTGATGGTAATGATTGCTTTATTTTTTATCGATACTGTTGCATTTATTTTTATGCAGTTGTATTTCATTTATGACCGTAGGCAATTTTCAAACTGTATACTTAGTTCTGAGAGATCCCCTCATAATTTCCCCAAAGCGTAACCATGTGTGAATAAATTTTg > 1:172159/1‑298 (MQ=255) tAGCTTTATGGAAAAAGACTATTTGAGAATTAGTAGTACTGTATTAGTGAGCTTATTGTTTGGGCTTGCTTTGGTTTTGGTGAATAGTTGGTTTAATCAGCCAGGCGTTGAGGAAGTTGTTCCACGATCAACCTATCTGATGGTAATGATTGCTTTATTTTTTATCGATACTGTTGCATTTATTTTTATGCAGTTGTATTTCATTTATGACCGTAGGCAATTTTCAAACTGTATACTTAGTTCTGAGAGATCCCCTCATAATTTCCCCAAAGCGTAACCATGTGTGAATAAATTTTGa < 1:536103/298‑1 (MQ=255) aGCTTTATGGAAAAAGACTATTTGAGAATTAGTAGTACTGTATTAGTGAGCTTATTGTTTGGGCATGCTTTGGATTTGTTGAATAGTTGGTTTAATCAGCCAGGCTTTGAGGCAGTTGTTCCACGATCAACCTATCTGATGGTCATGATTGCTTTTTTTTTTATCGATACTGTTGCATTTATTTTTATGCAGTTGATTTTCATTTATGACCGTAGGCCATTTTCAAACTGTAATCTTTCTTCTGATAGCTCCCCTCTTAATTTCCCCAAAGCTTAACCAACTTTGTATCAATTTTgcg > 2:157511/1‑296 (MQ=255) tGGAAAAAGACTATTTGAGAATTAGTAGTACTGTATTAGTGAGCTTATTGTTTGGGCTTGCTTTGGTTTTGGTGAATAGTTGGTTTAATCAGCCAGGCGTTGAGGAAGTTGTTCCACGATCAACCTATCTGATGGTACTGATTGCTTTATTTTTTATCGATACTGTTGCATTTATTTTTATGCAGTTGTATTTCATTTATGACCGTAGGCACTTTTCAATCTGTATACTTAGTTCTGAGAGATCCCCTCATAATTCCCCCAACGCGTAACCATGTGGTAATAAATTTTAAGCgagcag > 2:516970/1‑298 (MQ=255) gAAAAAGACTTTTTGAGATATAGTAGTATTGTATTAGTGAGCTTATTGTTTGGGCTTGCTTTGGTTTTGGTGAATAGTTGGTTTATTCAGCCAGGCGTTGAGGAAGTTGTTCCACGATCAACCTATCTGATGGTAATGATTGCTTTATTTTTTATCGATACTGTTGCATTTATTTTTATGCAGTTGTATTTCATTTATGACCGTAGGCAATTTTCAAACTGTATACTTAGTTCTGAGAGATCCCCTCATAATTTCCCCAAAGCGTAACCATGTGTGAATAAATTTTGAGCTAGTAggg < 2:133128/298‑1 (MQ=255) aTTTGAGAATTAGTAGTACTGTATTAGTGAGCTTATTGTTTGGGCTTGCTTTGGTTTTGGTGAATAGTTGGTTTAATCAGCCAGGCGTTGAGGAAGTTGTTCCACGATCAACCTATCTGATGGTAATGATTGCTTTATTTTTTATCGATACTGTTGCATTTATTTTTATGCAGTTGTATTTCATTTATGACCGTAGGCAATTTTCAAACTGTATACTTAGTTCTGAGAGATCCCCTCATAATTTCCCCAAAGCGTAACCATGTGTGAATAAATTTTGAGCTAGTAGGGTTGCAGCCAc < 1:105526/298‑1 (MQ=255) aCTGTATTAGTGAGCTTATTGTTTGGGCTTGCTTTGGTTTTGGTGAATAGTTGGTTTAATCAGCCAGGCGTTGAGGAAGTTGTTCCACGATCAACCTATCTGATGGTAATGATTGCTTTATTTTTTATCGATACTGTTGCATTTATTTTTATGCAGTTGTATTTCATTTATGACCGTAGGCAATTTTCAAACTGTATACTTAGTTCTGAGAGATCCCCTCATAATTTCCCCAAAGCGTAACCATATGTGAATAAATTTTGAGCTAGTAGGGTTGCAGCCACGAGTAAGTCTTCCCTTg < 1:500528/298‑1 (MQ=255) ttttAGTGTGTTTTTTTTTTGGGCTTGCTTTGGTTTTGGTGAATAGTTGGTTTAATCAGCCAGGCGTTGAGGAAGTTGTTCCACGATCAACCTATCTGATGTTAATGATTGCTTTATTTTTTATCGATACTGTTGCATTTATTTTTATGCAGTTGTATTTCATTTATGACCGTAGGCAATTTTCAAACTGTATACTTAGTTCTGAGAGATCCCCTCATAATTTCCCCAAAGCGTAACCATGTGTGAATAAATTTTGAGCTAGTAGGGTTGCAGCCACGAGTAAGTCTTCCCTTGTTAt < 2:604372/296‑1 (MQ=255) ttGTTTGGGCTTGCTTTGGTTTTGGTGAATAGTTGGTTTAATCAGCCAGGCGTTGAGGAAGTTGTTCCACGATCAACCTATCTGATGGTAATGATTGCTTTATTTTTTATCGATACTGTTGCATTTATTTTTATGCAGTTGTATTTCATTTATGACCGTAGGCAATTTTCAAACTGTATACTTAGTTCTGAGAGATCCCCTCATAATTTCCCCAAAGCGTAACCATGTGTGAATAAATTTTGAGCTAGTAGGGTTGCAGCCACGAGTAAGTCTTCCCTTGTTATTGTGTAGCCAGAAt < 1:68825/298‑1 (MQ=255) ttGGGCTTGCTTTGGTTTTGGTGAATAGTTGGTTTAATCAGCCAGGCGTTGAGGAAGTTGTTCCACGATCAACCTATCTGATGGTAATGATTGCTTTATTTTTTATCGATACTGTTGCATTTATTTTTATGCAGTTGTATTTCATTTATGACCGTAGGCAATTTTCAAACTGTATACTTAGTTCTGAGAGATCCCCTCATAATTTCCCCAAAGCGTAACCATGTGTGAATAAATTTTGAGCTAGTAGGGTTGCAGCCACGAGTAAGTCTTCCCTTGTTATTGTGTAGCCAGAATGCCg < 1:571176/298‑1 (MQ=255) gttggttttggtGAATAGTTGGTTTAATCAGGCAGGCGTTGAGGAAGTTGTTCCACGATCAACCTATCTGATGGTAATGATTGCTTTATTTTTTATCGATACTGGTGCATTTATTTTTATGCAGTTGTATTTCATTTATGACCGTAGGCAATTTTCAAACTGTATACTTAGTTCTGAGAGATCCCCTCATAATTTCCCCAAAGCGTAACCATGTGTGAATAAATTTTGAGCTAGTAGGGTTGCAGCCACGAGTAAGTCTTCCCTTGTTATTGTGTAGCCAGAATGCCGCAAAACTTcc < 2:111345/297‑1 (MQ=255) ttttggtGAATAGTTGGTTTAATCAGCCAGGCGTTGAGGAAGTTGTTCCACGATCAACCTATCTGATGGTAATGATTGCTTTATTTTTTATCGATACTGTTGCATTTATTTTTATGCAGTTGTATTTCATTTATGACCGTAGGCAATTTTCAAACTGTATACTTAGTTCTGAGAGATCCCCTCATAATTTCCCCAAAGCGTAACCATGTGTGAATAAATTTTGAGCTAGTAGGGTTGCAGCCACGAGTAAGTCTTCCCTTGTTATTGTGTAGCCAGAATGCCGCAAAACTTCCATGcc > 1:299572/1‑298 (MQ=255) ttggtGATTAGTTGGTTTTATCATCCAGGTGTTGAGGAAGTTGTTCAGCGATCAACCTATCTGATGGTAATGTTTGCTTTATTTTTTATCGATACTGTTGCATTTATTTTTATGCAGTTGTATTTCATTTATGACCGTAGGCAATTTTCAAACTGTATACTTAGTTCTGAGAGATCCCCTCATAATTTCCCCAAGGCGTAACCATGTGTGAATAAATTTTGAGCTAGTAGGGTTGCAGCCACGAGTAAGTCTTCCCTTGTTATTGTGTAGCCAGAATGCCGCAAAACTTCCATGCCTa < 2:520044/298‑1 (MQ=255) ggtGAATAGTTGGTTTAATCAGCCAGGCGTTGAGGAAGTTGTTCCACGATCAACCTATCTGATGGTAATGATTGCTTTATTTTTTATCGATACTGTTGCATTTATTTTTATGCAGTTGTATTTCATTTATGACCGTAGGCAATTTTCAAACTGTATACTTAGTTCTGAGAGATCCCCTCATAATTTCCCCAAAGCGTAACCATGTGTGAATAAATTTTGAGCTAGTAGGGTTGCAGCCACGAGTAAGTCTTCCCTTGTTATTGTGTAGCCAGAATGCCGCAAAACTTCCATGCCTAAg < 1:227359/298‑1 (MQ=255) 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TACAGTTCTTATATCTATTAATAATAGAAAGGGATCTACAACCTACAGATTGGTGTAGCTTTATGGAAAAAGACTATTTGAGAATTAGTAGTACTGTATTAGTGAGCTTATTGTTTGGGCTTGCTTTGGTTTTGGTGAATAGTTGGTTTAATCAGCCAGGCGTTGAGGAAGTTGTTCCACGATCAACCTATCTGATGGTAATGATTGCTTTATTTTTTATCGATACTGTTGCATTTATTTTTATGCAGTTGTATTTCATTTATGACCGTAGGCAATTTTCAAACTGTATACTTAGTTCTGAGAGATCCCCTCATAATTTCCCCAAAGCGTAACCATGTGTGAATAAATTTTGAGCTAGTAGGGTTGCAGCCACGAGTAAGTCTTCCCTTGTTATTGTGTAGCCAGAATGCCGCAAAACTTCCATGCCTAAGCGAACTGTTGAGAGTACGTTTCGATTTCTGACTGTGTTAGCCTGGAAGTGCTTGTCCCAACCTTGTTTCTGAGCATGAACGCCCGCAAGCCAACATGTTAGTTGAAGCATCAGGGCGATTAGCAGCATGATATCAAAACGCTCTGAGCTGCTCGTTCG > CP006584/1153113‑1153701 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
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