| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP006584 | 1153410 = | NA (NA) | 73 (1.190) | 61/586 | 0.1 | 91.2% | intergenic (‑822/+13) | pgaA/LY180_05365 | poly‑beta‑1,6‑N‑acetyl‑D‑glucosamine export protein/hypothetical protein |
| ? | CP006584 | 1213575 = | 7 (0.110) | intergenic (+274/‑21) | LY180_05705/LY180_05710 | DNAse/PTS glucose transporter subunit IIBC | |||||
GAGTTTTTTTAAAGCTCGTAATTAATGGCTAAAACGAGTAAAGTTCACCGCCGAAAATTGGGCGGTGAATAACCGCGTTTGAAATATTGTGACATATGTTTTGTCAAAATGTGCAACTTCTCCAATGATCTGAAGTTGAAACGTGATAGCCGTCAAACAAATTGGCACTGAATTATTTTACTCTGTGTAATAAATAAAGGGCGCTTAGATGCCCTGTACACGGCGAGGCTCTCCCCCCTTGCCACGCGTGAGAACGTAAAAAAAGCACCCATACTCAGGAGCACTCTCAATTATGTTTAAGAATGCATTTGCTAACCTGCAAAAGGTCGGTAAATCGCTGATG‑CTGCCGGTATCCGTACTGCCTATCGCAGGTATCCTGCTGGGCGTCGGTTCCGCGAATTTCAGCTGGCTGCCCGCCGTTGTATCGCATGTTATGGCAGAAGCAGGCGGTTCCGTCTTTGCAAACATGCCACTG‑ATTTTTGCGATCGGTGTCGCCCTCGGCTTTACCAATAACGATGGCGTATCCGCGCTGGCCGCAGTTGTTGCCTATGGCATCATGGTTAAAA > CP006584/1213304‑1213869 | gttgatatcatgctgctaatcgccctgatgcttcaactaacatgttggcttgcgggcgttcatgctcagaaacaaggttgggacaagcacttccaggctaacacagtcagaaatcgaaacgtactctcaacagttcgcttaggcatggaagttttgcggcattctggctacacaataacaagggaagacttactcgtggctgcaaccctactagctcaaaatttattcacacatggttacgctttggggaaattatgaggggatctctcagTACTCAGGAGCACTCTCAATTATGttt < 1:274535‑M2/27‑1 (MQ=255) gatatcatgctgctaatcgccctgatgcttcaactaacatgttggcttgcgggcgttcatgctcagaaacaaggttgggacaagcacttccaggctaacacagtcagaaatcgaaacgtactctcaacagttcgcttaggcatggaagttttgcggcattctggctacacaataacaagggaagacttactcgtggctgcaaccctactagctcaaaatttattcacacatggttacgctttggggaaattatgaggggatctctcagTACTCAGGAGCACTCTCAATTATGTTTAAg > 1:558679‑M2/269‑298 (MQ=255) gatatcatgctgctaatcgccctgatgcttcaactaacatgttggcttgcgggcgttcatgctcagaaacaaggttgggacaagcacttccaggctaacacagtcagaaatcgaaacgtactctcaacagttcgcttaggcatggaagttttgcggcattctggctacacaataacaagggaagacttactagtggctgcaaccctactagctcaaaatttattcacacatggttacgcttgggggaaattatgaggggatctctcagTACTCCGAAGCACCCTACATTATGTTTAAg > 2:356307‑M2/269‑298 (MQ=255) tgctgctaatcgccctgatgcttcaactaacatgttggcttgcgggcgttcatgctcagaaacaaggttgggacaagcacttccaggctaacacagtcagaaatcgaaacgtactctcaacagttcgcttaggcatggaagttttgcggcattctggctacacaataacaagggaagacttactcgtggctgcaaccctactagctcaaaatttattcacacatggttacgctttggggaaattatgaggggatctctcagTACTCAGGAGCACTCTCAATTATGTTTAAGAATGCAt < 1:152823‑M2/37‑1 (MQ=255) gctgctaagcgccctgagtcttcaacgaacaggttggcttgcgagggtttaagcttagaaacaagggtgggacaagcacttccaggctaaaccaggcagaaatcggaacgtactctcaacagttcgcttaggcatggaagtgttgcggcattctggctacacaataacaagtgaagacttactcgtggctgcaaccctactagctcaaaatttattcacacatggtgacgctttggggaaattatgagtggatctctcagTACTCAGGAGCACTCTCAATTATGTTTAAGAATGCAtt < 2:498424‑M2/38‑1 (MQ=255) ctgctaatcgccctgatgcttcaactaacatgttggcttgcgggcgttcatgctcagaaacaaggttgggacaagcacttccaggctaacacagtcagaaatcgaaacgtactctcaacagttcgcttaggcatggaagttttgcggcattctggctacacaataacaagggaagacttactcgtggctgcaaccctactagctcaaaatttattcacacatggttacgctttggggaaattatgaggggatctctcagTACTCAGGAGCACTCTCAATTATGTTTAAGAATGCAttt < 1:570745‑M2/39‑1 (MQ=255) ctgctaatcgccctgatgcttcaacgaacatgttggcttgcgggcgttcatgctcagaaacaaggttgggacaagcacttccaggctaacacagtcagaaatcgaaacgtactctcaacagttcgcttaggcatggaagttttgcggcattctggctacacaataacaagggaagacttactcgtggctgcaaccctactagctcaaaatttattcacacatggttacgctttggggaaattatgaggggatctctcagTACTCAGGAGCACTCTCAATTATGTTTAAGAATGCAttt < 1:1442‑M2/39‑1 (MQ=255) aatGGCTAAAACGAGTAAAGTTCACCGCCGACAATTGGGCGGTGAATAACCGCGTTTGAAATATTGTGACATATGTTTTGTCAAAATGTGCAACTTCTCCAATGATCTGAAGTTGAAACGTGATAGCCGTCAAACAAATTGGCACTGAATTATTTTAC‑‑‑‑‑‑‑AATAAATAAAGGGCGCTTAGATGCCCTGTACACGGCGAGGCTCTCCCCCCTTGCCACGCGTGAGAACGTAAAAAAAGCACCCATACTCAGCAGCACTCCCAATTATGCTTAAGACTGCATTTGCTAACCTGCAAAAGGTc > 1:168862/1‑298 (MQ=255) gatgcttcaactaacatgttggcttgcgggcgttcatgctcagaaacaaggttgggacaagcacttccaggctaacacagtcagaaatcgaaacgtactctcaacagttcgcttaggcatggaagttttgcggcattctggctacacaataacaagggaagacttactcgtggctgcaaccctactagctcaaaatttattcacacatggttacgctttggggaaattatgaggggatctctcagTACTCAGGAGCACTCTCAATTATGTTTAAGAATGCATTTGCTAACCTGCaaaa < 1:425407‑M2/53‑1 (MQ=255) atgcttcaactaacatgttggcttgcgggcgttcatgctcagaaacaaggttgggacaagcacttccaggctaacacagtcagaaatcgaaacgtactctcaacagttcgcttaggcatggaagttttgcggcattctggctacacaataacaagggaagacttactcgtggctgcaaccctactagctcaaaatttattcacacatggttacgctttggggaaattatgaggggatctctcagTACTCAGGAGCACTCTCAATTATGTTTAAGAATGCATTTGCTAACCTGCAAAAg > 1:228411‑M2/245‑298 (MQ=255) taacatgttggcttgcgggcgttcatgctcagaaacaaggttgggacaagcacttccaggctaacacagtcagaaatcgcaacgtactctcaacagttcgcttaggtatggaagttttgcggcattctggctacacaataacaagggaagacttactcgtggctgcaaccctactagctcaaaatttattcacacatggttacgctttagggaaattatgtggtgagctctcagTACTCAGGAGCACTCTCAATTATGTTTAAGAATGCATTTGCTAACCTGCAAAAGGTCGGGAAAt > 2:450058‑M2/235‑298 (MQ=255) aaaaagttgggcttgacggcgtacatgctgtgaaaaaagggtgcgccgagcaatgccaggttaacacagtcagaaatcgaaacgtaatctcaacagatcggttagggatggaagttttggggcgttctagctacacaataacaagggaagacttacgcgtggctgcaaccctactagctcaaaatttattcacacatggtgacgctttgggtaaattatgaggggatctctcagTACTCAGGAGCACTCTCAATTATGTTTAAGAATGCATTTGCTAACCTGCAAAAGGTCGGTAAAt < 2:298494‑M2/64‑1 (MQ=255) cACCGCCGAAAATTGGGCGGTGAATAACCGCGTTTGAAATATTGTGACATATGTTTTGTCAAAATGTGCAACTTCTCCAATGATCTGAAGTTGAAACGTGATAGCCGTCAAACAAATTGGCACTGAATTATTTTAC‑‑‑‑‑‑‑AATAAATAAAGGGCGCTTAGATGCCCTGTACACGGCGAGGCTCTCCCCCCTTGCCACGCGTGAGAACGTAAAAAAAGCACCCATACTCAGGAGCACTCTCAATTATGTTTAAGAATGCATTTGCTAACCTGCAAAAGGTCGGTAAATCGCTGATG‑CTGCCgg < 1:577042/298‑1 (MQ=255) tggctggcgctcacgcgcagaaacaagtttggaccacacaactccaggctaacacactcagaaatcgaatcgtactctcaacaggtcgcttaggcaaggaagttttgcggcagtcggactacacaataacaaggtaagacttactcgtggcttcaaccctactagctcaaaatttcttcacacttggttacgcttttgtgaaagtatgagaggatctctcagTGCTCAGGATCACTCTCAATTATGTTTAAGAATGCATTTGCTAACCTGGAAAAGGTCGGTAAATCGCTGAtg‑ctgc < 2:288374‑M2/76‑1 (MQ=255) tgcgggcgttcatgctcagaaacaaggttgggacaagcacttccaggctaccacagtcagaaatcgcaacgtactctcaacagttcgcttaggcatggaagttttgcggcattctggctacacaataacacgggaagacttactcgtggcgtcaaccctactagctcaaaattcattcaaccatggttacgctttgggtcaaatagcacgggatctccccgTACTCATGAGCACTCTCCATTATGTTTAAGAATCCATTTGCTACCCTGCAAAACGTCGgtaactcgcttcgccttcc > 2:507593‑M2/222‑289 (MQ=255) tgcgggcgttcatgctcagaaacaaggttgggacaagcacttccaggctaacacagtcagaaatcgaaacgtactctcaacagttcgcttaggcatggaagttttgcggcattctggctacacaataacaagggaagacttactcgtggctgcaaccctactagctcaaaatttattcacacatggttacgctttggggaaattatgaggggatctctcagTACTCAGGAGCACTCTCAATTATGTTTAAGAATGCATTTGCTAACCTGCAAAAGGTCGGTAAATCGCTGATG‑CTGcc < 1:307451‑M2/77‑1 (MQ=255) tctaaaagcacagaaacaagtttgggaccagccgttccagtcatacacagttagaaatccaaacgtactctaaacagttcgctgaggcatgtgagttttgctgcattctggctacacaataaaatgggaagacttactcgtggctggaagcctactagcgcaaaattgattcacacatggttacgctttggggaaattatgaggggatctctcagTACGCAGGAGCACTCTCAATTATGTTTAAGAATGCATTTGCTAACCTGCAAAAGGTCGGTAAATCGCTGATG‑CTGCCGGTATc < 2:153789‑M2/83‑1 (MQ=255) tcatgctcagaaacaaggttgggacaagcacttccaggctaacacagtcagaaatcgaaacgtactctcaacagttcgcttaggcatggaagttttgcggcattctggctacacaataacaagggaagacttactcgtggctgcaaccctactagctcaaaatttattcacacatggttacgctttggggaaattatgaggggatctctcagTACTCAGGAGCACTCTCAATTATGTTTAAGAATGCATTTGCTAACCTGCAAAAGGTCGGTAAATCGCTGATG‑CTGCCGGTATCCGt > 1:572881‑M2/213‑298 (MQ=255) tgctcagaaacaaggttgggacaagcacttccaggctaacacagtcagaaatcgaaacgtactctcaacagttcgcttaggcatggaagttttgcggcattctggctacacaataacaagggaagacttactcgtggctgcaaccctactagctcaaaatttattcacacatggttacgctttggggaaattatgaggggatctctcagTAc < 1:296815‑M2/3‑1 (MQ=255) 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aatcgaaaaggactgtcaacgattggcttaagcatggaagtttggcgcgattcagtctacacaataacaaggaaagcgtaactcgtgggtggaaccctacgagctcaaaatgtattcacgcaggggtacgctttggggaaattatgaggggatctctcagTACTCAGGAGCACTCTCAATTATGTTTAAGAATGCATTTGCTAACCTGCAAAAGGTCGGTAAATCGCGGATG‑CTGCCGGTATCCGTACTGCCTATCGCAGGTATCCTGCTGGGCGTCGGTTCCGCGAATTTCAgctgg < 2:574321‑M2/138‑1 (MQ=255) atcgaaacgtactctcaacagttcgcttaggcatggaagttttgcggcattctggctacacaataacaagggaagacttactcgtggctgcaaccctactagctcaaaatttattcacacatggttacgctttggggaaattatgaggggatctctcagTACTCAGGAGCACTCTCAATTATGTTTAAGAATGCATTTGCTAACCTGCAAAAGGTCGGTAAATCGCTGATG‑CTGCCGGTATCCGTACTGCCTATCGCAGGTATCCTGCTGGGCGTCGGTTCCGCGAATTTCAgctggc < 1:481015‑M2/139‑1 (MQ=255) atcgaaacgtactctcaacagttcgcttaggcatggaagttttgcggcattctggctacacaataacaagggaagacttactcgtggctgcaaccatactagctcaaaatttattcacacatggttacgctttggggaaattatgaggggatctctcagTACTCAGGAGCACTCTCAATTATGTTTAAGAATGCATTTGCTAACCTGCAAAAGGTCGGTAAATCGCTGATG‑CTTCCGGTATCCGTACTGCCTATAGCAGGTATACTGCTGGGCGTCGGTTCCGCGAATTTCAgctggc > 1:549727‑M2/160‑298 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |