| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP006584 | 1665266 = | NA (NA) | 130 (1.260) | 108/586 | 0.0 | 96.3% | intergenic (‑237/+13) | LY180_07835/LY180_07840 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| ? | CP006584 | 1671273 = | 5 (0.050) | coding (590/699 nt) | LY180_07865 | GntR family transcriptional regulator | |||||
Only 100 of 130 total aligned reads displayed.
GAGCAGCTCAGAGCGTTTTGATATCATGCTGCTAATCGCCCTGATGCTTCAACTAACATGTTGGCTTGCGGGCGTTCATGCTCAGAAACAAGGTTGGGACAAGCACTTCCAGGCTAACACAGTCAGAAATCGAAACGTACTCTCAACAGTTCGCTTAGGCATGGAAGTTTTGCGGCATTCTGGCTACACAA‑TAACAAGGGAAGACTTACT‑CGTGGCTGCAACCCTACTAGCTCAAAATTTATTCACACATGGTTACGCTTTGGGGAAATTATGAGGGGATCTCTCAG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP006584/1665552‑1665266‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑TACTTAAAATTCAGACCCAGGCTGTGGACAGTAACTCTATTCCGCTGGATTATTCGTTACTTTACAGCAATATTTTCGAGTTCCAGGTAAAGTACTTTTTCCCGCGATAAAAGCAGACGCACAGAGTGCTGACATCACATTCTGTGCGTATGGTTTAGCCTCTAACCTTTACCGCTTTACGCCACCGCAAGCCAAATACATTGATATACAGCCCGGTCATAATGAGCACCGCACCGAAAAATTGTAGACCCGTTAAGCGTTCATCCAACAATAGTGCCGCACTTGCCAGTCCGACTA > CP006584/1671273‑1671569 GAGCAGCTCAGAGCGTTTTGATATCATGCTGCTAATCGCCCTGATGCTTCAACTAACATGTTGGCTTGCGGGCGTTCATGCTCAGAAACAAGGTTGGGACAAGCACTTCCAGGCTAACACAGTCAGAAATCGAAACGTACTCTCAACAGTTCGCTTAGGCATGGAAGTTTTGCGGCATTCTGGCTACACAA‑TAACAAGGGAAGACTTACT‑CGTGGCTGCAACCCTACTAGCTCAAAATTTATTCACACATGGTTACGCTTTGGGGAAATTATGAGGGGATCTCTCAGTACTTAAAATT > 1:782323/1‑298 AGCTCAGAGCGTTTTGATATCATGCTGCTAATCGCCCTGATGCTTCAACTAACATGTTGGCTTGCGGGCGTTCATGCTCAGAAACAAGGTTGGGACAAGCACTTCCAGGCTAACACAGTCAGAAATCGAAACGTACTCTCACCAGTTCGCTTAGGCATGGAAGTTTTGCGGCATTCTGGCTACACAA‑TAACAAGGGAAGACTTACT‑CGTGGCTGCAACCCTACTAGCTCAAAATTTATTCACACATGGTTACGCTTTGGGGAAATTATGAGGGGATCTCTCAGTACTTAAAATTCAaa > 2:701392/1‑296 CTCAGTGAGGTTTGATAGCATGCTGCTAATCGCCCTGATGAGTAAACTAACATGTTGGCTTGCGGGCGGTCATGCTCAGAAACAAGGTTGGGACAAGCACTTCCAGGCTAACACAGTCAGAAATCGAAACGTACGCTCAACAGTTCGCTTAGGCATGGAAGTTTTGCGGCATTCTGGCTACACAA‑TAACAAGGGAAGACTTACT‑CGTGGCTGCAACCCTACTAGCTCAAAATTTATTCACACATGGTTACGCTTTGGGGAAATTATGAGGGGATCTCTCAGTACTTAAAATTCAGACC < 2:892434/298‑1 atCGTTTTGATATCATGCTGCTAATCGCTCTGATGCTTCAACTAACATGTTGGCTTGCGGGCGTTCATGCTCAGAAACAAGGTTGGGACAAGCACTTCCAGGCTAACACAGTCAGAAATCGAAACGTACTCTCAACAGTTCGCTTAGGCATGGAAGTTTTGCGGCATTCTGGCTACACAA‑TAACAAGGGAAGACTTACT‑CGTGGCTGCAACCCTACTAGCTCAAAATTTATTCACACATGGTTACGCTTTGGGGAAATTATGAGTGGATCTCTCAGTACTTAAAATTCAGACCCAGGC < 1:579973/296‑1 GCGTTTTGATATCATGCTGCTAATCGCCCTGATGCTTCAACTAACATGTTGGCTTGCGGGCGTTCATGCTCAGAAACAAGGTTGGGACAAGCACTTCCAGGCTAACACAGTCAGAAATCGAAACGTACTCTCAACAGTTCGCTTAGGCATGGAAGTTTTGCGGCATTCTGGCTACACAA‑TAACAAGGGAAGACTTACT‑CGTGGCTGCAACCCTACTAGCTCAAAATTTATTCCCCCATGGTTACGCTTTGGGGAAATTGTGAAGGCATTTCTCAGTACTTAAAATTAACACACCGGCT > 2:616585/1‑298 GCGTTTTGATATCATGCTGCTAATCGCCCTGATGCTTCAACTAACATGTTGGCTTGCGGGCGTTCATGCTCAGAAACAAGGTTGGGACAAGCACTTCCAGGCTAACACAGTCAGAAATCGAAACGTACTCTCAACAGTTCGCTTAGGCATGGAAGTTTTGCGGCATTCTGGCTACACAA‑TAACAAGGGAAGACTTACT‑CGTGGCTGCAACCCTACTAGCTCAAAATTTATTCACACATGGTTACGCTTTGGGGAAATTATGAGGGGATCTCTCAGTACTTAAAATTCAGACCCAGGCT > 1:977073/1‑298 GATATCATGCTGCTAATCGCCCTGATGCTTCAACTAACATGTTGGCTTGCGGGCGTTCATGCTCAGAAACAAGGTTGGGACAAGCACTTCCAGGCTAACACAGTCAGAAATCGAAACGTACTCTCAACAGTTCGCTTAGGCATGGAAGTTTTGCGGCATTCTGGCTACACAA‑TAACAAGGGAAGACTTACT‑CGTGGCTGCAACCCTACTAGCTCAAAATTTATTCACACATGGTTACGCTTTGGGGAAATTATGAGGGGATCTCTCAGTACTTAAAATTCAGACCCAGGCTGTGGACA < 1:240460/298‑1 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GATGCTTCAACTAACATGTTGGCTTGCGGGCGTTCATGCTCAGAAACAAGGTTGGGACAAGCACTTCCAGGCTAACACAGTCAGAAATCGAAACGTACTCTCAACAGTTCGCTTAGGCATGGAAGTTTTGCGGCATTCTGGCTACACAA‑TAACAAGGGAAGACTTACT‑CGTGGCTGCAACCCTACTAGCTCAAAATTTATTCACACATGGTTACGCTTTGGGGAAATTATGAGGGGATCTCTCAGTACTTAAAATTCAGACCCAGGCTGTGGACAGTAACTCTATTCCGCTGGATTAT > 1:416603/1‑298 ATGCTTCAACTAACATGTTGGCTTGCGGGCGTTCATGCTCAGAAACAAGGTTGGGACAAGCACTTCCAGGCTAACACAGTCAGAAATCGAAACGTACTCTCAACAGTTCGCTTAGGCATGGAAGTTTTGCGGCATTCTGGCTACACAA‑TAACAAGGGAAGACTTACT‑CGTGGCTGCAACCCTACTAGCTCAAAATTTATTCACACATGGTTACGCTTTGGGGAAATTATGAGGGGATCTCTCAGTACTTAAAATTCAGACCCAGGCTGTGGACAGTAACTCTATTCCGCTGGATTATT < 1:679116/298‑1 TGCTTCAACTAACATGTTGGCTTGCGGGCGTTCATGCTCAGAAACAAGGTTGGGACAAGCACTTCCAGGCTAACACAGTCAGAAATCGAAACGTACTCTCAACAGTTCGCTTAGGCATGGAAGTTTTGCGGCATTCTGGCTACACAA‑TACCAAGGGAAGACTTACT‑CGTGGCTGCAACCCTACTAGCTCAAAATTTATTCACACATGGTTACGCTTTGGGGAAATTACGAGGGGATCTCTCAATACTTAAAATTCAGACCAAGGCTTGGGACCGTAACCTTCTTCCGCTGGATTTTTg > 2:901015/1‑297 CTTCAACTAACATGTTGGCTTGCGGGCGTTCATGCTCAGAAACAAGGTTGGGACAAGCACTTCCAGGCTAACACAGTCAGAAATCGAAACGTACTCTCAACAGTTCGCTTAGGCATGGAAGTTTTGCGGCATTCTGGCTACACAA‑TAACAAGGGAAGACTTACT‑CGTGGCTGCAACCCTACTAGCTCAAAATTTATTCACACATGGTTACGCTTTGGGGAAATTATGAGGGGATCCCTCAGTACTTAAAATTCAGACCCAGGCTGTGGAAAGTAACTCCATTCCGCTGGATTATTCtt > 2:227457/1‑296 TAACATGTTGGCTTGCGGGCGTTCATGCTCAGAAACAAGGTTGGGACAAGCACTTCCAGGCTCACACAGTCAGACATCGAAACGTACTCTCAACAGTTCGCTTAGGCATGGAAGTTTTGCGGCATTCTGGCTACACAA‑TAACAAGGGAAGACTTACT‑CGTGGCTGCAACCCTACTAGCCCAAAATTTATTCACACATGGGTACGCTTTGGGGAAATAATGAGGGGATCTCTCAGTACTTAAAATTCAGACCCAGGCTGTGGACGATAACTTCATTCCACTGGATTATTCGTTACTTTA > 2:209996/1‑298 TAACATGTTGGCTTGCGGGCGTTCATGCTCAGAAACAAGGTTGGGACAAGCACTTCCAGGCTAACACAGTCAGAAATCGAAACGTACTCTCAACAGTTCGCTTAGGCATGGAAGTTTTGCGGCATTCTGGCTACACAA‑TAACAAGGGAAGACTTACT‑CGTGGCTGCAACCCTACTAGCTCAAAATTTATTCACACATGGTTACGCTTTGGGGAAATTATGAGGGGATCTCTCAGTACTTAAAATTCAGACCCAGGCTGTGGACAGTAACTCTATTCCGCTGGATTATTCGTTACTTTA > 2:334573/1‑298 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GTTCATGCTCAGAAACAAGGTTGGGACAAGCACTTCCAGGCTAACACAGTCAGAAATCGAAACGTACTCTCAACAGTTCGCTTAGGCATGGAAGTTTTGCGGCATTCTGGCTACACAA‑TAACAAGGGAAGACTTACT‑CGTGGCTGCAACCCTACTAGCTCAAAATTTATTCACACATGGTTACGCTTTGGGGAAATTATGAGGGGATCTCTCAGTACTTAAAATTCAGACCCAGGCTGTGGACAGTAACTCTATTCCGCTGGATTATTCGTTACTTTACAGCAATATTTTCGAGTTCC < 1:329492/298‑1 GTTCATGCTCAGAAACAAGGTTGGGACAAGCACTTCCAGGCTAACACAGTCAGAAATCGAAACGTACTCTCAACAGTTCGCTTAGGCATGGAAGTTTTGCGGCATTCTGGCTACACAA‑TAACAAGGGAAGACTTACT‑CGTGGCTGCAACCCTACTAGCTCAAAATTTATTCACACATGGTTACGCTTTGGGGAAATTATGAGGGGATCTCTCAGTACTTAAAATTCAGACCCAGGCTGTGGACAGTAACTCTATTCCGCTGGATTATTCGT < 1:783222/271‑1 TGCTCAGAAACAAGGTTGGGACAAGCACTTCCAGGCTAACACAGTCAGAAATCGAAACGTACTCTCAACAGTTCGCTTAGGCATGGAAGTTTTGCGGCATTCTGGCTACACAA‑TAACAAGGGAAGACTTACT‑CGTGGCTGCAACCCTACTAGCTCAAAATTTATTCACACATGGTTACGCTTTGGGGAAATTATGAGGGGATCTCTCAGTACTTAAAATTCAGACCCAGGCTGTGGACAGTAACTCTATTCCGCTGGATTATTCGTTACTTTACAGCAATATTTTCGAGTTCCAGGTA > 1:995689/1‑298 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CTCTCAGGACTTAAACGTCATCCGCAGGCTGTGGAACATAACTCTATTCCGCTGGATTATTCTGTACGTTACAGCAATAGTTTCGAGTTCCAGGTAAAGTACTTTTTCCCGCGATAAAAGCAGACGCACAGAGTGCTGACATCACATGCTGTGCGTATGGTTTAGCCTCTAACCTGTACCGCTTTACGCCACCGCAAGCAAAATACATTGATATCCAGCCCGGTCATAATGAGCACCGCACCGAAAAATTGTAGACCCGTTAAGCGTTCATCCAACAATAGTGCCGCACTTGCCAGTC < 2:96398/298‑1 TCTCAGTACTTAAAATTCAGACCCAGGCTGTGGACAGTAACTCTATTCCGCTGGATTATTCGTTACTTTACAGCAATATTTTCGAGTTCCAGGTAAAGTACTTTTTCCCGCGATAAAAGCAGACGCACAGAGTGCTGACATCACATTCTGTGCGTATGGTTTAGCCTCTAACCTTTACCGCTTTACGCCACCGCAAGCCAAATACATTGATATACAGCCCGGTCATAATGAGCACCGCACCGAAAAATTGTAGACCCGTTAAGCGTTCATCCAACAATAGTGCCGCACTTGCCAGTCC < 1:223963/298‑1 GTACATAAAATTCAGACCCGGGCTGTGGACAGTACCTCTATTCCGCTGTATTATTCGTTACTTTACAGCAATATTTTCGAGTCCCAGGTAAAGTACTTGTTCCCGCGATAAAAGCAGACGCACAGAGTGCTGACATCACATTCTGTGCGTATGGTTTAGCCTCTAACCTTTACCGCTTTACGCCACCGCAAGCCAAATACATTGATATACAGCCCGGTCATAATGAGCACCGCACCGAAAAATTGTAGACCCGTTAAGCGTTCATCCAACAATAGTGCCGCACTTGCCAGTCCGACTA < 2:83639/298‑1 GAGCAGCTCAGAGCGTTTTGATATCATGCTGCTAATCGCCCTGATGCTTCAACTAACATGTTGGCTTGCGGGCGTTCATGCTCAGAAACAAGGTTGGGACAAGCACTTCCAGGCTAACACAGTCAGAAATCGAAACGTACTCTCAACAGTTCGCTTAGGCATGGAAGTTTTGCGGCATTCTGGCTACACAA‑TAACAAGGGAAGACTTACT‑CGTGGCTGCAACCCTACTAGCTCAAAATTTATTCACACATGGTTACGCTTTGGGGAAATTATGAGGGGATCTCTCAG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP006584/1665552‑1665266‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑TACTTAAAATTCAGACCCAGGCTGTGGACAGTAACTCTATTCCGCTGGATTATTCGTTACTTTACAGCAATATTTTCGAGTTCCAGGTAAAGTACTTTTTCCCGCGATAAAAGCAGACGCACAGAGTGCTGACATCACATTCTGTGCGTATGGTTTAGCCTCTAACCTTTACCGCTTTACGCCACCGCAAGCCAAATACATTGATATACAGCCCGGTCATAATGAGCACCGCACCGAAAAATTGTAGACCCGTTAAGCGTTCATCCAACAATAGTGCCGCACTTGCCAGTCCGACTA > CP006584/1671273‑1671569 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |