| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP006584 | 1665266 = | NA (NA) | 130 (1.260) | 108/586 | 0.0 | 96.3% | intergenic (‑237/+13) | LY180_07835/LY180_07840 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| ? | CP006584 | 1671273 = | 5 (0.050) | coding (590/699 nt) | LY180_07865 | GntR family transcriptional regulator | |||||
Only 100 of 245 total aligned reads displayed.
AAGTGCAGGATGCTTCACCCACTATTGCGACTGAGCTGAATTTAGTGACTGGTGAGCAGGTTTATTACATAAAGAGACTGCGATTCATTGAGGATAATGCAGCACAATTAGAAGAAACGTGGATGTCAGTAGCACGTTTTCCTGATTTAACCGTGTCACATATGCAAAAATCCAAATTTTCATATATTGAGAATGAATGCGGGATCAAAATCATTGGCACCTTTGAAACTTTCTCCCCTACTTTTCCTACCCCAGAAATCGCCAGTATTTTACGGATCAGCC‑CACGAGATCCCATACTTAAAATTCAGACCCAGGCTGTGGACAGTAACTCTATTCCGCTGGATTATTCGTTACTTTACAGCAATATTTTCGAGTTCCAGGTAAAGTACTTTTTCCCGCGATAAAAGCAGACGCACAGAGTGCTGACATCACATTCTGTGCGTATGGTTTAGCCTCTAACCTTTACCGCTTTACGCCACCGCAAGCCAAATACATTGATATACAGCCCGGTCATAATGAGCACCGCACCGAAAAATTGTAGACCCGTTAAGCGTTCATCCAACAATAGTGCCGCACTTGCCAGTCCGACTA > CP006584/1670979‑1671569 | gTGCAGGATGCTTCACCCACTATTGCGACTGAGCTGAATTTAGTGACTGGTGAGCAGGTTTATTACATAAAGAGACTGCGATTCATTGAGGATAATGCAGCACAATTAGAAGAAACGTGGATGTCAGTAGCACGTTTTCCTGATTTAACCGTGTCACATATGCAAAAATCCAAATTTTCATATATTGAGAATGAATGCGGGATCAAAATCATTGGCACCTTTGAAACTTTCTCCCCTACTTTTCCTACCCCAGAAATCGCCAGTATTTTACGGATCAGCC‑CACGAGATCCCATACTTa > 1:398344/1‑298 (MQ=255) ctcagtgaggtttgatagcatgctgctaatcgccctgatgagtaaactaacatgttggcttgcgggcggtcatgctcagaaacaaggttgggacaagcacttccaggctaacacagtcagaaatcgaaacgtacgctcaacagttcgcttaggcatggaagttttgcggcattctggctacacaataacaagggaagacttactcgtggctgcaaccctactagctcaaaatttattcacacatggttacgctttggggaaattatgaggggatctctcagTACTTAAAATTCAGAcc < 2:892434‑M2/17‑1 (MQ=255) atcgttttgatatcatgctgctaatcgctctgatgcttcaactaacatgttggcttgcgggcgttcatgctcagaaacaaggttgggacaagcacttccaggctaacacagtcagaaatcgaaacgtactctcaacagttcgcttaggcatggaagttttgcggcattctggctacacaataacaagggaagacttactcgtggctgcaaccctactagctcaaaatttattcacacatggttacgctttggggaaattatgagtggatctctcagTACTTAAAATTCAGACCCAGGc < 1:579973‑M2/22‑1 (MQ=255) gcgttttgatatcatgctgctaatcgccctgatgcttcaactaacatgttggcttgcgggcgttcatgctcagaaacaaggttgggacaagcacttccaggctaacacagtcagaaatcgaaacgtactctcaacagttcgcttaggcatggaagttttgcggcattctggctacacaataacaagggaagacttactcgtggctgcaaccctactagctcaaaatttattcacacatggttacgctttggggaaattatgaggggatctctcagTACTTAAAATTCAGACCCAGGCt > 1:977073‑M2/276‑298 (MQ=255) gttttgataccaggctgctaatcgaccggatgcttcaactaacaagttggcttgcgggcgttcatgctcagaaacaaggttgggacaagcacttccaggctaacacagtcagaaatagaaacgtactctcaacagttcgcttaggcatggaagttttgcggcattctggctacacaataacaagggaagacttactcgtggctgcaaccctactagctcaaaatttattcacacatggttacgctttggggaaattatgaggggatctctcagTACTTAAAATTCAGACCCAGGCtgt < 2:211205‑M2/25‑1 (MQ=255) gatatcatgctgctaatcgccctgatgcttcaactaacatgttggcttgcgggcgttcatgctcagaaacaaggttgggacaagcacttccaggctaacacagtcagaaatcgaaacgtactctcaacagttcgcttaggcatggaagttttgcggcattctggctacacaataacaagggaagacttactcgtggctgcaaccctactagctcaaaatttattcacacatggttacgctttggggaaattatgaggggatctctcagTACTTAAAATTCAGACCCAGGCTGTGGACa < 1:240460‑M2/30‑1 (MQ=255) tgggctgAATTTAGTGACTGGTGAGCAGGGTTATTACAAAAAGGGACTGCGATTCATTGAGGATAATGCAGCACAAGTAGAAGAAACGTGGATGTCAGTAGCACGTTTTCCTGATTTAACCGTGTCACATATGCAAAAATCCAAATTTTCATATATTGAGAATGAATGCGGGATCAAAATCATTGGCACCTTTGAAACTTTCTCCCCTACTTTTCCTACCCCAGAAATCGCCAGTATTTTACGGATCAGCC‑CACGAGATCCCATACTTAAAActgatgaatcccctaatgattttggt < 2:945875‑M1/295‑27 (MQ=255) 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AAGTGCAGGATGCTTCACCCACTATTGCGACTGAGCTGAATTTAGTGACTGGTGAGCAGGTTTATTACATAAAGAGACTGCGATTCATTGAGGATAATGCAGCACAATTAGAAGAAACGTGGATGTCAGTAGCACGTTTTCCTGATTTAACCGTGTCACATATGCAAAAATCCAAATTTTCATATATTGAGAATGAATGCGGGATCAAAATCATTGGCACCTTTGAAACTTTCTCCCCTACTTTTCCTACCCCAGAAATCGCCAGTATTTTACGGATCAGCC‑CACGAGATCCCATACTTAAAATTCAGACCCAGGCTGTGGACAGTAACTCTATTCCGCTGGATTATTCGTTACTTTACAGCAATATTTTCGAGTTCCAGGTAAAGTACTTTTTCCCGCGATAAAAGCAGACGCACAGAGTGCTGACATCACATTCTGTGCGTATGGTTTAGCCTCTAACCTTTACCGCTTTACGCCACCGCAAGCCAAATACATTGATATACAGCCCGGTCATAATGAGCACCGCACCGAAAAATTGTAGACCCGTTAAGCGTTCATCCAACAATAGTGCCGCACTTGCCAGTCCGACTA > CP006584/1670979‑1671569 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |