New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | CP006584 | 1665266 = | NA (NA) | 130 (1.260) | 108/586 | 0.0 | 96.3% | intergenic (‑237/+13) | LY180_07835/LY180_07840 | hypothetical protein/hypothetical protein |
? | CP006584 | 1671273 = | 5 (0.050) | coding (590/699 nt) | LY180_07865 | GntR family transcriptional regulator |
CAACTTCCAGACTTGCACCAGACGCTGAACCGCTTAGTGCCAGCAAAACACCCAGCGTCAATCTACTGAATTTCGTTGTCAGTCCAGAGGATTTACGCAAATTAACCGTCGATGTTTTACCTGCCCTGCGAGTTAATTCCGAGCAGGCCTGAAATACCTGTAGAGTGCAATTCCATATCACGCGATAGATTCTATTCATATAAACGCTCCATATACAAACAATACAGCCACGAAAGAGATGAGTCGTCAGACATTAAAAATGAAACTTATTAAATTGTCAGAGGTCTGTATTGAGTGCTGAGAGATCCCCTCATAATTTCCCCAAAGCGTAACCATGTGT‑GAATAAATTTTGAGCTAGTAGGGTTGCAGCCACGAGTAAGTCTTCCCTTGTTATTGTGTAGCCAGAATGCCGCAAAACTTCCATGCCTAAGCGAACTGTTGAGAGTACGTTTCGATTTCTGACTGTGTTAGCCTGGAAGTGC‑TTGTCCCAACCTTGTTTCTGAGCATGAACGCCCGCAAGCCAACATGTTAGTTGAAGCATCAGGGCGATTAGCAGCATGATATCAAAACGCTCTGAGCTGCTCGT > CP006584/1664969‑1665554 | cAACTACCAGACTTGCACCAGACGCTGAACCGCTTAGTGCCAGCAAAACACCCAGCGTCAATCTACTGAATTTCGTTGTCAGTCCAGCGGATTTACGCAAATTAACCGTCGATGTTTTACCTTCCCTGCGAGTTAATTCCGAGCAGGCCTGAAATACCTGTAGAGTGCAATTCCATATCACGCGATAGATTCTATTCATATAAACGCTCCATATACAAACAATACAGCCACGAAAGAGATGAGTCGTCAGACATTAAAAATGAAACTTATTAAATTGTCAGAGGTCTGTATTGAGTGc < 1:720464/298‑1 (MQ=255) aaCTTCCAGACTTGCACCAGACGCTGAACCGCTTAGTGCCAGCAAAACACCCAGCGTCAATCTACTGAATTTCGTTGTCAGTCCAGAGGATTTACGCAAATTAACCGTCGATGTTTTACCTGCCCTGCGAGTTAATTCCGAGCAGGCCTGAAATACCTGTAGAGTGCAATTCCATATCACGCGATAGATTCTATTCATATAAACGCTCCATATACAAACAATACAGCCACGAAAGAGATGAGTCGTCAGACATTAAAAATGAAACTTATTAAATTGTCAGAGGTCTGTATTGAGTGCt > 1:622860/1‑298 (MQ=255) ccAGACTTGCACCAGACGCTGAACCGCTTAGTGCCAGCAAAACACCCAGCGTCAATCTACTGAATTTCGTTGTCAGTCCAGAGGATTTACGCAAATTAACCGTCGATGTTTTACCTGCCCTGCGAGTTAATTCCGAGCAGGCCTGAAATACCTGTAGAGTGCAATTCCATATCACGCGATAGATTCTATTCATATAAACGCTCCATATACAAACAATACAGCCACGAAAGAGATGAGTCGTCAGACATTAAAAATGAAACTTATTAAATTGTCAGAGGTCTGTATTGAGTGCTgagag < 1:267407/298‑1 (MQ=255) cAGACTTGCACCAGACGCTGAACCGCTTAGTGCCAGCAAAACACCCAGCGTCAATCTACTGAATTTCGTTGTCAGTCCAGAGGATTTACGCAAATTAACCGTCGATGTTTTACCTGCCCTGCGAGTTAATTCCGAGCAGGCCTGAAATACCTGTAGAGTGCAATTCCATATCACGCGATAGATTCTATTCATATAAACGCTCCATATACAAACAATACAGCCACGAAAGAGATGAGTCGTCAGACATTAAAAATGAAACTTATTAAATTGTCAGAGGTCTGTATTTAGTGCTgagaga > 2:431247/1‑298 (MQ=255) ccAGACGCTGAACCGCTTAGTGCCAGCAAAACACCCAGCGTCAATCTACTGAATTTCGTTGTCAGTCCAGAGGATTTACGCAAATTAACCGTCGATGTTTTACCTGCCCTGCGAGTTAATTCCGAGCAGGCCTGAAATACCTGTAGAGTGCAATTCCATATCACGCGATAGATTATATTCATATAAACGCTCCATATACAAACAATACAGCCACGAAAGAGATGAGTCGTCAGACATTAAAAATGAAACTTATTAAATTGTCAGAGGTCTGTATTGAGTGCTGAGAGATCCCCTCATa > 1:636402/1‑298 (MQ=255) aGACGCTGAACCGCTTAGTGCCAGCAAAACACCCAGCGTCAATCTACTGAATTTCGTTGTCAGTCCAGAGGATTTACGCAAATTAACCGTCGATGTTTTACCTGCCCTGCGAGTTAATTCCGAGCAGGCCTGAAATACCTGTAGAGTGCAATTCCATATCACGCGATAGATTCTATTCATATAAACGCTCCATATACAAACAATACAGCCACGAAAGAGATGAGTCGTCAGACATTAAAAATGAAACTTATTAAATTGTCAGAGGTCTGTATTGAGTGCTGAGAGATCCCCTCATAAt > 1:288627/1‑298 (MQ=255) gAACCGCTTAGTGCCAGCAAAACACCCATCGTCAATCTACTGAATTTCGTTGTCAGTCCAGAGGATTTACGCACATTAACCGGCGATGTTTTACCTGCCCTGCGAGTCAATTCCGAGCAGGCCTGAAATACCTGTCGAGTGCAATTCCATAGCCCGCGATAGGTTCTATTCATATAAACCCTCAATATACCAACAATACAGCCACGAAAGAGCGGAGTCGTCATACATTTAAAATGAACCTTATTAACGTTTAAGAGGTCTGTATTTGATGCTAAGTAATCCCCCCAAAATTTCACCa > 2:300405/1‑298 (MQ=255) cGCTTAGTGCCAGCAAAACACCCAGCGTCAATCTACTGAATTTCGTTGTCAGTCCAGAGGATTTACGCAAATTAACCGTCGATGTTTTACCTGCCCTGCGAGTTAATTCCGAGCAGGCCTGAAATACCTGTAGAGTGCAATTCCATATCACGCGATAGATTCTATTCATATAAACGCTCCATATACAAACAATACAGCCACGAAAGAGATGAGTCGTCAGACATTAAAAATGAAACTTATTAAATTGTCAGAGGTCTGTATTGAGTGCTGAGAGATCCCCTCATAATTTCCCCAAAGc > 1:722031/1‑298 (MQ=255) gTGCCAGCAAAACACCCAGCGTCAATCTACTGAATTTCGTTGTCAGTCCAGAGGATTTACGCAAATTAACCGTCGATGTTTTACCTGCCCTGCGAGTTAATTCCGAGCAGGCCTGAAATACCTGTAGAGTGCAATTCCATATCACGCGATAGATTCTATTCATATAAACGCTCCATATACAAACAATACAGCCACGAAAGAGATGAGTCGTCAGACATTAAAAATGAAACTTATTAAATTGTCAGAGGTCTGTATTGAGTGCTGAGAGATCCCCTCATAATTTCCCCAAAGCGTAAcc > 2:713215/1‑298 (MQ=255) aaaCACCCAGCGTCAATCTACTGAATTTCGTTGTCAGGCCAGAGGATTTACGCAAATTAACCGTCGATGTTTTACCTGCCCTGCGAGTTAATTCCGAGCAGGCCTGAAATACCTGTAGAGTGCAATTCCATATCACGGGATAGATTCTATTCATATAAACGGTCCATATACAAACAATACAGACACGAAAGAGATGAGTCGTCAGACATTAAAAATGAAACGTATTAAATTGTCAGAGGTCTGTATTGAGTGATGAGAGATCCCCGCATAATTTCCCCAAAGCGTAACCAGGTGT‑Gaa > 1:665459/1‑298 (MQ=255) 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ttGTCAGTCCAGAGGATTTACGCAAATTAACCGTCGATGTTTTACCTGCCCTGTGAGTTAATTCCGAGCAGGCCTGAAATACCTGTAGAGTGCAATTCCATATCACGCGATAGATTCTATTCATATAAACGCTCCATATACAAACAATACAGCCACGAAAGAGATGAGTCGTCAGACATTAAAAATGAAACTTATTAAATTGTCAGAGGTCTGTATTGAGTGCTGAGAGATCCCCTCATAATTTCCCCAAAGCGTAACCATGTGT‑GAATAAATTTTGAGCTAGTCGGGTTGCAGCCAc > 2:95025/1‑298 (MQ=255) cAGTCCAGAGGATTTACGCAAATTAACCGTCGATGTTTTACCTGCCCTGCGAGTTAATTCCGAGCAGGCCTGAAATACCTGTAGAGTGCAATTCCATATCACGCGATAGATTCTATTCATATAAACGCTCCATATACAAACAATACAGCCACGAAAGAGATGAGTCGTCAGACATTAAAAATGAAACTTATTAAATTGTCAGAGGTCTGTATTGAGTGCTGAGAGATCCCCTCATAATTTCCCCAAAGCGTAACCATGTGT‑GAATAAATTTTGAGCTAGTAGGGTTGCAGCCACGAGt < 1:778796/298‑1 (MQ=255) agagGATTTACGCAAATTAACCGTCGATGTTTTACCTGCCCTGCGAGTTAATTCCGAGCAGGCCTGAAATACCTGTAGAGTGCAATTCCATATCACGCGATAGATTCTATTCATATAAACGCTCCATATACAAACAATACAGCCACGAAAGAGATGAGTCGTCAGACATTAAAAATGAAACTTATTAAATTGTCAGAGGTCTGTATTGAGTGCTGAGAGATCCCCTCATAATTTCCCCAAAGCGTAACCATGTGT‑GAATAAATTTTGAGCTAGTAGGTTTGCAGCCACGAGTCAGTCt > 2:386841/1‑298 (MQ=255) 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aTACCTGTAGAGTGCAATTCCATATCACGCGATAGATTCTATTCATATAAACGCTCCATATACAAACAATACAGCCACGAAAGAGATGAGTCGTCAGACATTAAAAATGAAACTTATTAAATTGTCAGAGGTCTGTATTGAGTGCTGAGAGATCCCCTCATAATTTCCCCAAAGCGTAACCATGTGT‑GAATAAATTTTGAGCTAGTAGGGTTGCAGCCACGAGTAAGTCTTCCCTTGTTATTGTGTAGCCAGAATGCCGCAAAACTTCCATGCCTAAGCGAACTGTTGAGAGTACGtt < 1:718331/298‑1 (MQ=255) aTACCTGTAGAGTGCAATTCCATATCACGCGATAGATTCTATTCATATAAACGCTCCATATACAAACAATACAGCCACGAAAGAGATGAGTCGTCAGACATTAAAAATGAAACTTATTAAATTGTCAGAGGTCTGTATTGAGTGCTGAGAGATCCCCTCATAATTTCCCCAAAGCGTAACCATGTGT‑GAATAAATTTTGAGCTAGTAGGGTTGCAGCCACGAGTAAGTCTTCCCTTGTTATTGTGTAGCCAGAATGCCGCAAAACTTCCATGCCTAAGCGAACTGTTGAGAGTACGtt < 1:431247/298‑1 (MQ=255) tACCTGTAGAGTGCAATTCCATATCACGCGATAGATTCTATTCATATAAACGCTCCATATACAAACAATACAGCCACGAAAGAGATGAGTCGTCAGACATTAAAAATGAAACTTATTAAATTGTCAGAGGTCTGTATTGAGTGCTGAGAGATCCCCTCATAATTTCCCCAAAGCGTAACCATGTGT‑GAATAAATTTTGAGCTAGTAGGGTTGCAGCCACGAGTAAGTCTTCCCTTGTTATTGTGTAGCCAGAATGCCGCAAAACTTCCATGCCTAAGCGAACTGTTGAGAGTACGttt < 1:95025/298‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |