| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | 5159794 = | 20 (0.530) | 9 (0.310) | 8/208 | 2.3 | 42.5% | intergenic (+9/+97) | PP_4542/PP_4543 | ABC transporter ATP‑binding protein/permease/hypothetical protein |
| ? | NC_002947 | 5159871 = | 9 (0.310) | intergenic (+86/+20) | PP_4542/PP_4543 | ABC transporter ATP‑binding protein/permease/hypothetical protein | |||||
CCCGTATGGACCGGCTGGTGGTGCTGGACAAGGGGCGAATTGTCGAGAGTGGCAGCCACAGTGAGTTGCTGGAGCAGCAAGGGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACC‑GGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCGCGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGTTCGCTATCGTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAAGGCCGGCACAGGCAACACAGATCTCTCAGTCCCGGCGGTAGGGCAACATCCCCCGCGCCTCTTCG > NC_002947/5159649‑5159930 | cccGTATGGACCGGCTGGTGGTGCTGGACAAGGGGCGAATTGTCGAGAGTGGCAGCCACAGTGAGTTGCTGGAGCAGCAAGGGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACC‑GGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCGCGGcc > 2:603952/1‑150 (MQ=255) ccGTATGGACCGGCTGGTGGTGCTGGACAAGGGGCGAATTGTCGAGAGTGGCAGCCACAGTGAGTTGCTGGAGCAGCAAGGGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACC‑GGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCGCGGCCt > 1:266788/1‑150 (MQ=255) ccGTATGGACCGGCTGGTGGTGCTGGACAAGGGGCGAATTGTCGAGAGTGGCAGCCACAGTGAGTTGCTGGAGCAGCAAGGGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACC‑GGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCGCGGCCt > 1:566880/1‑150 (MQ=255) tggcattacctgctgcacccggggttgcggcgggcggtggaggattttctgctgcaggaacgggaaggggtcaaggggtatgccgaagaggcgcgggggatgttgccctaccgccgggactgagagatctgtgttgcctgtgcCGGCCtt < 1:807866‑M1/7‑1 (MQ=255) attacctgctgcacccggggttgcggcgggcggtggaggattttctgctgcaggaacgggaaggggtcaaggggtatgccgaagaggcgcgggggatgttgccctaccgccgggactgagagatctgtgttgcctgtgcCGGCCTTTTcg < 2:317155‑M1/11‑1 (MQ=255) ttacctgctgcacccggggttgcggcgggcggtggaggattttctgctgcaggaacgggaaggggtcaaggggtatgccgaagaggcgcgggggatgttgccctaccgccgggactgagagatctgtgttgcctgtgcCGGCCTTTTcgc > 1:584249‑M1/139‑150 (MQ=255) aCCGGCTGGTGGTGCTGGACAAGGGGCGAATTGTCGAGAGTGGCAGCCACAGTGAGTTGCTGGAGCAGCAAGGGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACC‑GGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCGCGGCCTTTTCGCgg < 2:566880/150‑1 (MQ=255) acctgctgcacccggggttgcggcgggcggtggaggattttctgctgcaggaacgggaaggggtcaaggggtatgccgaagaggcgcgggggatgttgccctaccgccgggactgagagatctgtgttgcctgtgcCGGCCTTTTCGCgg > 1:713333‑M1/137‑150 (MQ=255) tgcacccggggttgcggcgggcggtggaggattttctgctgcaggaacgggaaggggtcaaggggtatgccgaagaggcgcgggggatgttgccctaccgccgggactgagagatctgtgttgcctgtgcCGGCCTTTTCGCGGGTAAAc > 2:781432‑M1/131‑150 (MQ=255) cggggttgcggcgggcggtggaggattttctgctgcaggaacgggaaggggtcaaggggtatgccgaagaggcgcgggggatgttgccctaccgccgggactgagagatctgtgttgcctgtgcCGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTc > 2:807866‑M1/125‑150 (MQ=255) tGGACAAGGGGCGAATTGTCGAGAGTGGCAGCCACAGTGAGTTGCTGGAGCAGCAAGGGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACC‑GGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCGCGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTa < 2:293007/150‑1 (MQ=255) cAAGGGGCGAATTGTCGAGAGTGGCAGCCACAGTGAGTTGCTGGAGCAGCAAGGGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACC‑GGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCGCGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTAcaca < 1:603952/150‑1 (MQ=255) tggaggattttctgctgcaggaacgggaaggggtcaaggggtatgccgaagaggcgcgggggatgttgccctaccgccgggactgagagatctgtgttgcctgtgcCGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGTTCGCTATc < 2:228009‑M1/44‑1 (MQ=255) tCGAGAGTGGCAGCCACAGTGAGTTGCTGGAGCAGCAAGGGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACC‑GGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCGCGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGTTCGCTATCGtt < 2:780246/150‑1 (MQ=255) tCGAGAGTGGCAGCCACAGTGAGTTGCTGGAGCAGCAAGGGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACC‑GGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCGCGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGTTCGCTATCGtt > 1:559803/1‑150 (MQ=255) gaggattttctgctgcaggaacgggaaggggtcaaggggtatgccgaagaggcgcgggggatgttgccctaccgccgggactgagagatctgtgttgcctgtgcCGGCCTTTTc < 2:313877‑M1/10‑1 (MQ=255) gaggattttctgctgcaggaacgggaaggggtcaaggggtatgccgaagaggcgcgggggatgttgccctaccgccgggactgagagatctgtgttgcctgtgcCGGCCTTTTc > 1:313877‑M1/105‑114 (MQ=255) gagaGTGGCAGCCACAGTGAGTTGCTGGAGCAGCAAGGGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACC‑GGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCGCGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGTTCGCTATCGTTGt > 1:511560/1‑150 (MQ=255) gagTGGCAGCCACAGTGAGTTGCTGGAGCAGCAAGGGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACC‑GGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCGCGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGTTCGCTATCGTTGTAg < 2:511560/150‑1 (MQ=255) gagTGGCAGCCACAGTGAGTTGCTGGAGCAGCAAGGGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACC‑GGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCGCGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGTTCGCTATCGTTGTAg < 2:559803/150‑1 (MQ=255) gctgcaggaacgggaaggggtcaaggggtatgccgaagaggcgcgggggatgttgccctaccgccgggactgagagatctgtgttgcctgtgcCGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGTTCGCTATCGTTGTAGGAGCgg > 1:605859‑M1/94‑150 (MQ=255) gctgcaggaacgggaaggggtcaaggggtatgccgaagaggcgcgggggatgttgccctaccgccgggactgagagatctgtgttgcctgtgcCGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGTTCGCTATCGTTGTAGGAGCgg > 1:228009‑M1/94‑150 (MQ=255) ctgcaggaacgggaaggggtcaaggggtatgccgaagaggcgcgggggatgttgccctaccgccgggactgagagatctgtgttgcctgtgcCGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGTTCGCTATCGTTGTAGGAGCggg > 2:785775‑M1/93‑150 (MQ=255) tgcaggaaggggaagtggtcaaggggtatgccgaagaggcgcgggggatgttgccctaccgccgggactgagagatctgtgttgcctgtgcCGGCCTTTTCGCGGGGAAACCCGCTCCTACAGAGGTTCGCTATCGTTGTAGGAGCGGGt > 2:298723‑M1/92‑150 (MQ=255) tgcaggaacgggaaggggtcaaggggtatgccgaagaggcgcgggggatgttgccctaccgccgggactgagagatctgtgttgcctgtgcCGGCCTTTTcgc < 2:303422‑M1/12‑1 (MQ=255) tgcaggaacgggaaggggtcaaggggtatgccgaagaggcgcgggggatgttgccctaccgccgggactgagagatctgtgttgcctgtgcCGGCCTTTTcgc > 1:303422‑M1/92‑103 (MQ=255) ccACAGTGAGTTGCTGGAGCAGCAAGGGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACC‑GGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCGCGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGTTCGCTATCGTTGTAGGAGCGGGtt > 2:28940/1‑150 (MQ=255) aGTGAGTTGCTGGAGCAGCAAGGGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACC‑GGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCGCGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGGCGGGACACAGGTTCGCTATCGTTGTAGGAGCGGGTTTAcc > 1:9024/1‑150 (MQ=255) gCTGGAGCAGCAAGGGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACC‑GGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCGCGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGTTCGCTATCGTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGaaaa < 1:28940/150‑1 (MQ=255) aGGGCTGTATGCCCGGTTGTCGAACC‑CCAGGCCAGGTGGTTTTGTCGCGGCCTGTTGACACCTGCGCGTCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGTTCGCTATCGTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAAGGCCGGCACAgg < 2:9024/150‑1 (MQ=25) gACC‑GGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCGCGGCCTTTTCGCGGGTCAACCCGCTCCTACACAGGATCGCTATCGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAACAGGCCGGCACAGGCAAACCATCTCTCTCAGTCCCGGCGGTAgg < 2:266788/150‑1 (MQ=37) gagatctgtgttgcctgtgcCGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGTTCGCTATCGTTGTAGGAGCGGGTTTAcc > 2:522296‑M1/21‑84 (MQ=255) gagatctgtgttgcctgtgcCGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGTTCGCTATCGTTGTAGGAGCGGGTTTAcc < 1:522296‑M1/64‑1 (MQ=255) agatctgtgttgcctgtgcCGACCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGTTCGCTATCGTTGTAGGAGc < 2:521826‑M1/55‑1 (MQ=255) agatctgtgttgcctgtgcCGACCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGTTCGCTATCGTTGTAGGAGc > 1:521826‑M1/20‑74 (MQ=255) gTCGATTGACACCTGCGCGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGTTCGCTATCGTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAAGGCCGGCACAGGCAACACAGATCTCTCAGTCCCGGCGGTAGGGCAACATCCCCCGCGCctc > 1:317155/1‑150 (MQ=255) cttGACACCTGCGCGGCCTTTTCGCGGGTAAACGCGCTCCTACACAGGTTCGCTACCGTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCGGACACGGGCCACACAGATCTCTCAGTCCCGGCGGTAGGGCAACCTCCCCCGCGCCTCTTCg > 2:628368/2‑150 (MQ=38) ccTGCGCGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGTTCGCTATCGTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAAGGCCGGCACAGGCAACACAGATCTCTCAGTCCCGGCGGTAg < 2:477730/119‑1 (MQ=255) ccTGCGCGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGTTCGCTATCGTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAAGGCCGGCACAGGCAACACAGATCTCTCAGTCCCGGCGGTAg > 1:477730/1‑119 (MQ=255) | CCCGTATGGACCGGCTGGTGGTGCTGGACAAGGGGCGAATTGTCGAGAGTGGCAGCCACAGTGAGTTGCTGGAGCAGCAAGGGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACC‑GGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCGCGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGTTCGCTATCGTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAAGGCCGGCACAGGCAACACAGATCTCTCAGTCCCGGCGGTAGGGCAACATCCCCCGCGCCTCTTCG > NC_002947/5159649‑5159930 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |