| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | 5201627 = | 29 (0.700) | 12 (0.400) | 12/196 | 1.6 | 48.9% | intergenic (‑65/‑115) | PP_4582/PP_4583 | membrane protein/putative Peptidase |
| ? | NC_002947 | 5201722 = | 4 (0.130) | intergenic (‑160/‑20) | PP_4582/PP_4583 | membrane protein/putative Peptidase | |||||
CGGTGAGCTTGAAGCCCACCAGCAGGCACCCTAAGGCGGCTACTGCGTACAAGCCCCAGGCGAAGGTGTAGTCGTTCTCGGTCATGGTGTTCGTGCAAGCCAGGCAAAGAGATGCCTATGATAAACACTTTTCCGGGCGCAGACAGTGTTTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCTCGGTGCGATCCCTGTTGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACTCCAATCAAGAGACCTTC > NC_002947/5201478‑5201740 | cGGTGAGCTTGAAGCCCACCAGCAGGCACCCTAAGGCGGCTACTGCGTACAAGCCCCAGGCGAAGGTGTAGTCGTTCTCGGTCATGGTGTTCGTGCAAGCCAGGCAAAGAGATGCCTATGATAAACACTTTTCCGGGCGCAGACAGTGtt > 2:559205/1‑150 (MQ=255) gcttcctggtaggcgttttcagcttgcaggtaagcgagtacctcgggggtgtcgcgctgttgcagccaggcatacgggtcggtggcctggtcggcttgggcaatcgggggttggggcttggttggcattgaaggtctcttgattggagtt < 1:968281‑M1/2‑1 (MQ=255) cttcctggtaggcgttttcagcttgcaggtaagcgagtacctcgggggtgtcgcgctgttgcagccaggcatacgggtcggtggcctggtcggcttgggcaatcgggggttggggcttggttggcattgaaggtctcttgattggagTTg < 2:810895‑M1/3‑1 (MQ=255) tcctggtaggcgttttcagcttgcaggtaagcgagtacctcgggggtgtcgcgctgttgcagccaggcatacgggtcggtggcctggtcggcttgggcaatcgggggttggggcttggttggcattgaaggtctcttgattggagTTGcc > 1:749878‑M1/146‑150 (MQ=255) cctggtaggcgttttcagcttgcaggtaagcgagtacctcgggggtgtcgcgctgttgcagccaggcatacgggtcggtggcctggtcggcttgggcaatcgggggttggggcttggttggcattgaaggtctcttgattggagTTGCCt > 2:73734‑M1/145‑150 (MQ=255) cctggtaggcgttttcagcttgcaggtaagcgagtacctcgggggtgtcgcgctgttgcagccaggcatacgggtcggtggcctggtcggcttgggcaatcgggggttggggcttggttggcattgaaggtctcttgattggagTTGCCt > 1:810895‑M1/145‑150 (MQ=255) gggcgttttcagcgtgccggtgagcgagtacctctggggtgtcgcgctgttgcagccaggcatacgggtcggtggcctggtcggcttgggcaatcgggggttggtgcttggttggcattgaacgtctcttgattggagTTGCCTGTGCCg > 2:59999‑M1/139‑150 (MQ=255) ggcgttttcagcttgcaggtaagcgagtacctcgggggtgtcgcgctgtagcagccaggcatacgggtcggtggcctggtcggcttgggcaatcgggggttggggcttagttgtcattgaaggtctcttgattggagTTGCCTGTGCCgg > 1:897900‑M1/138‑150 (MQ=255) gcgttttcagcttgcaggtaagcgagtacctcgggggtgtcgcgctgttgcagccaggcatacgggtcggtggcctggtcggcttgggcaatcgggggttggggcttggttggcattgaaggtctcttgattggagTTGCCTGTGCcggt > 2:968281‑M1/137‑149 (MQ=255) ccaccaGCAGGCACCCTAAGGCGGCTACTGCGTACAAGCCCCAGGCGAAGGTGTAGTCGTTCTCGGTCATGGTGTTCGTGCAAGCCAGGCAAAGAGATGCCTATGATAAACACTTTTCCGGGCGCAGACAGTGTTTGCCTGTGCCGGCct > 2:964230/1‑150 (MQ=255) cttgcaggtaagcgagtacctcgggggtgtcgcgctgttgcagccaggcatacgggtcggtggactggtcggcttgggcaatcgggggttggggcttggttggcattgaaggtctcttgattggagTTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCgg > 2:761336‑M1/127‑150 (MQ=255) agGCACCCTAAGGCGGCTACTGCGTACAAGCCCCAGGCGAAGGTGTAGTCGTTCTCGGTCATGGTGTTCGTGCAAGCCAGGCAAAGAGATGCCTATGATAAACACTTTTCCGGGCGCAGACAGTGTTTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCgg < 1:559205/150‑1 (MQ=255) ttgcaggtaagcgagtacctcggggcaaggctgctgttgcagccaggcatacgggtcggtggcctggtcggcttgggcaatcgggggttggggcttggttggcattgaaggtctcttgattggagTTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCggg < 1:541759‑M1/25‑1 (MQ=255) gCACCCTAAGGCGGCTACTGCGTACAAGCCCCAGGCGAAGGTGTAGTCGTTCTCGGTCATGGTGTTCGTGCAAGCCAGGCAAAGAGATGCCTATGATAAACACTTTTCCGGGCGCAGACAGTGTTTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCgg > 2:470509/1‑148 (MQ=255) gCACCCTAAGGCGGCTACTGCGTACAAGCCCCAGGCGAAGGTGTAGTCGTTCTCGGTCATGGTGTTCGTGCAAGCCAGGCAAAGAGATGCCTATGATAAACACTTTTCCGGGCGCAGACAGTGTTTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCgg < 1:470509/148‑1 (MQ=255) gtaagcgagtacctcgggggtgtcgcgctgttgcagccaggcatacgggtcggtggcctggtcggcttgggcaatcgggggttggggcttggttggcattgaaggtctcttgattggagTTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAAcc > 2:401735‑M1/120‑150 (MQ=255) tAAGGCGGCTACTGCGTACAAGCCCCAGGCGAAGGTGTAGTCGTTCTCGGTCATGGTGTTCGTGCAAGCCAGGCAAAGAGATGCCTATGATAAACACTTTTCCGGGCGCAGACAGTGTTTGCCTGTGCCgac > 1:645727/1‑130 (MQ=255) tAAGGCGGCTACTGCGTACAAGCCCCAGGCGAAGGTGTAGTCGTTCTCGGTCATGGTGTTCGTGCAAGCCAGGCAAAGAGATGCCTATGATAAACACTTTTCCGGGCGCAGACAGTGTTTGCCTGTGCCgac < 2:645727/132‑3 (MQ=255) gggtattGCGTACGAGCCCCAGGCGAAGGTGTAGTCGTTCTCGGTCATGGTGTTCGTGCAAGCTAGGCAAAGAGATGCCTATGATAAACACTTTTCCGGGCGCAGACAGTGTTTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCt < 1:940699/144‑1 (MQ=255) ggcTACTGCGTACAAGCCCCAGGCGAAGGTGTAGTCGTTCTCGGTCATGTTGTTCGTGCAAGCCAGGCAAAGAGATGCCTATGATAAACACTTTTCCGGGCGCAGACAGTGTTTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCt > 1:268166/1‑150 (MQ=255) aCAAGCCCCAGGCGAAGGTGTAGTCGTTCTCGGTCATGGTGTTCGTGCAAGCCAGGCAAAGAGATGCCTATGATAAACACTTTTCCGGGCGCAGACAGTGTTTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCTCGGTGCg > 1:601642/1‑150 (MQ=255) aaGCCCCAGGCGAAGGTGTAGTCGTTCTCGGTCATGGTGTTCGTGCAAGCCAGGCAAAGAGATGCCTATGATAAACACTTTTCCGGGCGCAGACAGTGTTTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCTCGGTGCGAt < 2:601642/150‑1 (MQ=255) cccAGGCGAAGGTGTAGTCGTTCTCGGTCATGTTGTTCGTGCAAGCCAGGCAAAGAGATGCCTATGATAAACACTTTTCCGGGCGCAGACAGTGTTTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCTCGGTGCGATCCCt < 2:268166/150‑1 (MQ=255) tgttgcagccaggcatacgggtcggtggcctggtcggcttgggcaatcgggggttggggcttggttggcattgaaggtctcttgattggagTTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGt < 2:204712‑M1/26‑1 (MQ=255) tgttgcagccaggcatacgggtcggtggcctggtcggcttgggcaatcgggggttggggcttggttggcattgaaggtctcttgattggagTTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGt > 1:204712‑M1/92‑117 (MQ=255) ggTGTAGTCGTTCTCGGTCATGGTGTTCGTGCAAGCCAGGCAAAGAGATGCCTATGATAAACACTTTTCCGGGCGCAGACAGTGTTTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCTCGGTGCGATCCCTGTTGGAGCgg < 2:298595/150‑1 (MQ=255) aggcatacgggtcggtggcctggtcggcttgggcaatcgggggttggggcttggttggcattgaaggtctcttgattggagTTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCTCGGTGCGATCCCTGTTGGAGCGGGttt < 1:606570‑M1/69‑1 (MQ=255) ttCTCGGTCATGGTGTTCGTGCAAGCCAGGCAAAGAGATGCCTATGATAAACACTTTTCCGGGCGCAGACAGTGTTTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCTCGGTGCGATCCCTGTTGGAGCGGGTTTACCcgc > 2:3494/1‑150 (MQ=255) tctcAGTCATGGTGTTCGTGCAAGCCAGGCAAAGAGATGCCTATGATAAACACTTTTCCGGGCGCAGACAGTGTTTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCTCGGTGCGATCCCTGTTGGAGCGGGt > 1:926761/1‑141 (MQ=255) tctcAGTCATGGTGTTCGTGCAAGCCAGGCAAAGAGATGCCTATGATAAACACTTTTCCGGGCGCAGACAGTGTTTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCTCGGTGCGATCCCTGTTGGAGCGGGt < 2:926761/141‑1 (MQ=255) ggTCATGGTGTTCGTGCAAGCCAGGCAAAGAGATGCCTATGATAAACACTTTTCCGGGCGCAGACAGTGTTTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCTCGGTGCGATCCCTGTTGGAGCGGGTTTACCCGCGAaga > 2:787288/1‑150 (MQ=255) tCATGGTGTTCGTGCAAGCCAGGCAAAGAGATGCCTATGATAAACACTTTTCCGGGCGCAGACAGTTTTTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCTCGGTGCGa < 1:530091/118‑1 (MQ=255) tCATGGTGTTCGTGCAAGCCAGGCAAAGAGATGCCTATGATAAACACTTTTCCGGGCGCAGACAGTTTTTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCTCGGTGCGa > 2:530091/1‑118 (MQ=255) tCATGGTGTTCGTGCAAGCCAGGCAAAGAGATGCCTATGATAAACACTTTTCCGGGCGCAGACAGTGTTTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCTCGGTGCGATCCCTGTTGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAgg > 1:476212/1‑150 (MQ=255) tGGTGTTCGTGCAAGCCAGGCAAAGAGATGCCTATGATAAACACTTTTCCGGGCGCAGACAGTGTTTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCTCGGTGCGATCCCTGTTGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCg < 2:476212/150‑1 (MQ=255) gtgtTCGTGCAAGCCAGGCAAAGAGATGCCTATGATAAACACTTTTCCGGGCGCAGACAGTGTTTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCTCGGTGCGATCCCTGTTGGAGCgg > 2:993384/1‑128 (MQ=255) gtgtTCGTGCAAGCCAGGCAAAGAGATGCCTATGATAAACACTTTTCCGGGCGCAGACAGTGTTTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCTCGGTGCGATCCCTGTTGGAGCgg < 1:993384/128‑1 (MQ=255) ttCGTGCAAGCCAGGCAAAGAGATGCCTATGATAAACACTTTTCCGGGCGCAGACAGTGTTTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCTCGGTGCGATCCCTGTTGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGcaca > 1:997268/1‑150 (MQ=255) tcggcttgggcaatcgggggttggggcttggttggcattgaaggtctcttgattggagTTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCTCGGTGCGATCCCTGTTGGAGCGGGTTTACCCGTGAAGAGGCCGGCACAgg > 2:606570‑M1/59‑150 (MQ=255) gcttgggcaatcgggggttggggcttggttggcattgaaggtctcttgattggagTTGCCTGTGCCGGCCTCTTcgc > 1:909335‑M1/56‑77 (MQ=255) gcttgggcaatcgggggttggggcttggttggcattgaaggtctcttgattggagTTGCCTGTGCCGGCCTCTTcgc < 2:909335‑M1/22‑1 (MQ=255) aaaGAGATGCCTATGATAAACACTTTTCCGGGCGCAGACAGTGTTTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCTCGGTGCGATCCCTGTTGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAgg < 2:768810/126‑1 (MQ=255) aaaGAGATGCCTATGATAAACACTTTTCCGGGCGCAGACAGTGTTTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCTCGGTGCGATCCCTGTTGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAgg > 1:768810/1‑126 (MQ=255) ggggttggggcttggttggcattgaaggtctcttgattggagTTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCTCGGTGCGATCCCTGTTg > 1:932127‑M1/43‑101 (MQ=255) ggggttggggcttggttggcattgaaggtctcttgattggagTTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCTCGGTGCGATCCCTGTTg < 2:932127‑M1/59‑1 (MQ=255) ttggggcttggttggcattgaaggtctcttgattggagTTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCTCGGTGCGATCCCTGTTGGAGCGGGTTTACCCGCGAaga > 2:68150‑M1/39‑118 (MQ=255) ttggggcttggttggcattgaaggtctcttgattggagTTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCTCGGTGCGATCCCTGTTGGAGCGGGTTTACCCGCGAaga < 1:68150‑M1/80‑1 (MQ=255) accTATGATAAACACTTTTCCGGGCGCAGACAGTGTTTGCCTGTGCCGCCCTCTTCGTGTGTAAATCCCCGCCTGCTTCGATGCGATCCCTGTTGGAGCGCACTGGCCCGCGAAGGGGCCGGCACAGGTGACTCTAATGCagagcctttt > 1:880255/2‑144 (MQ=255) gttggcattgaaggtctcttgattggagTTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCTCGGTGCGATCCCTGTTGGAGCGGGt > 2:880269‑M1/29‑95 (MQ=255) gttggcattgaaggtctcttgattggagTTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCTCGGTGCGATCCCTGTTGGAGCGGGt < 1:880269‑M1/67‑1 (MQ=255) ctcttgattggagTTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCTCGGTGCGATCCCTGTTGGAGCgg > 2:500000‑M1/14‑78 (MQ=255) ctcttgattggagTTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCTCGGTGCGATCCCTGTTGGAGCgg < 1:500000‑M1/65‑1 (MQ=255) ttgattggagTTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCTCGGTGCGATCCCTGTTGGAGCggg < 2:211108‑M1/66‑1 (MQ=255) ttgattggagTTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCTCGGTGCGATCCCTGTTGGAGCggg > 1:211108‑M1/11‑76 (MQ=255) aGTGTTTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCTCGGTGCGATCCCTGTTGGa < 2:93223/66‑1 (MQ=255) aGTGTTTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCTCGGTGCGATCCCTGTTGGa > 1:93223/1‑66 (MQ=255) | CGGTGAGCTTGAAGCCCACCAGCAGGCACCCTAAGGCGGCTACTGCGTACAAGCCCCAGGCGAAGGTGTAGTCGTTCTCGGTCATGGTGTTCGTGCAAGCCAGGCAAAGAGATGCCTATGATAAACACTTTTCCGGGCGCAGACAGTGTTTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCTCGGTGCGATCCCTGTTGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACTCCAATCAAGAGACCTTC > NC_002947/5201478‑5201740 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |