| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | = 12249 | 35 (1.500) | 8 (0.360) | 6/240 | NT | 18.4% | coding (28/1104 nt) | recF | DNA replication/repair protein |
| ? | NC_002947 | = 12267 | 38 (1.730) | coding (46/1104 nt) | recF | DNA replication/repair protein | |||||
TACTGAGCAAGTTCGTCTGATCTTGTCCGATTCAAACAGCAGTGCGCTGCTGCAGGAAGCTGGCAATGACGATTCTTCCTACGTTGTCATGCCGATGCGCCTGTAACCTGTAGCAGGCGAAATGTCCCTTCGACGTATCATGGTCACCGCGGTGCGCAACTTGC‑‑ACCCGGTGACACTCTTACCCTCCCCCCGCATCAACATCCTTTACGGCGCCAACGGCAGCGGCAAGACCAGCGTGCTTGAAGCCGTGCATTTGCTCGGGCTGGCCCGTTCATTTCGCAGCACCCGCCTGAATC > NC_002947/12101‑12396 | tactGAGCAAGTTCGTCTGATCTTGTCCGATTCAAACAGCAGTGCGCTGCTGCAGGAAGCTGGCAATGACGATTCTTCCTAAGTTGTCCTGCCGATGCGCCTGTAACCTGTAGCAGGCGAAATGTCCCTTCGACGTATCATGGTCACcgc > 2:325785/1‑150 (MQ=255) ttCGTCTGATCTTGTCCGATTCAAACAGCAGTGCGCTGCTGCAGGAAGCTGGCAATGACGATTCTTCCTATGTTGTCATGCCGATGCGCCTGTAACCTGTAGCAGGCGAAATGTCCCTTCGACGTATCATGGTCACCGCGGTGCGCAACt > 1:259699/1‑150 (MQ=255) tGATCTTGTCCGATTCAAACAGCAGTGCGCTGCTGCAGGAAGCTGGCAATGACGATTCTTCCTACGTTGTCATGCCGATGCGCCTGTAACCTGTAGCAGGCGAAATGTCCCTTCGACGTATCATGGTCACCGCGGTGCGCAACTTGC‑‑Acc > 1:51550/1‑150 (MQ=255) cTTGTCCGATTCAAACAGCAGTGCGCTGCTGCAGGAAGCTGGCAATGACGATTCTTCCTACGTTGTCATGCCGATGCGCCTGTAACCTGTAGCAGGCGAAATGTCCCTTCGACGTATCATGGTCACCGggtgcaagttgcgcaccgcggt > 2:363274‑M1/1‑128 (MQ=255) tGTCCGATTCAAACAGCAGTGCGCTGCTGCAGGAAGCTGGCAATGACGATTCTTCCTACGTTGTCATGCCGATGCGCCTGTAACCTGTAGCAGGCGAAATGTCCCTTCGACGTATCATGGTCACCGggtgcaagttgcgcaccgcggtga < 1:264238‑M1/150‑25 (MQ=255) tGTCCGATTCAAACAGCAGTGCGCTGCTGCAGGAAGCTGGCAATGACGATTCTTCCTACGTTGTCATGCCGATGCGCCTGTAACCTGTAGCAGGCGAAATGTCCCTTCGACGTATCATGGTCACCGggtgcaagttgcgcaccgcggtga < 1:363274‑M1/150‑25 (MQ=255) aTTCAAACAGCAGTGCGCTGCTGCAGGAAGCTGGCAATGACGATTCTTCCTACGTTGTCATGCCGATGCGCCTGTAACCTGTAGCAGGCGAAATGTCCCTTCGACGTATCATGGTCACCGCGGTGCGCAACTTGC‑‑ACCCGGTGACActct > 1:556626/1‑150 (MQ=255) aTTCAAACAGCAGTGCGCTGCTGCAGGAAGCTGGCAATGACGATTCTTCCTACGTTGTCATGCCGATGCGCCTGTAACCTGTAGCAGGCGAAATGTCCCTTCGACGTATCATGGTCACCGCGGTGCGCAACTGGC‑‑ACCCTGTGCCActct > 2:494831/1‑150 (MQ=255) tCAAACAGCAGTGCGCTGCTGCAGGAAGCTGGCAATGACGATTCTTCCTACGTTGTCATGCCGATGCGCCTGTAACCTGTAGCAGGCGAAATGTCCCTTCGACGTATCATGGTCACCGCGGTGCGCAACTTGC‑‑ACCCGGTGACACTCTTa < 1:244418/150‑1 (MQ=255) cagTGCGCTGCTGCAGGAAGCTGGCAATGACGATTCTTCCTACGTTGTCATGCCGATGCGCCTGTAACCTGTAGCAGGCGAAATGTCCCTTCGACGTATCATGGTCACCGCGGTGCGCAACTTGC‑‑ACCcggt < 1:33684‑M2/132‑5 (MQ=255) cagTGCGCTGCTGCAGGAAGCTGGCAATGACGATTCTTCCTACGTTGTCATGCCGATGCGCCTGTAACCTGTAGCAGGCGAAATGTCCCTTCGACGTATCATGGTCACCGCGGTGCGCAACTTGC‑‑ACCcggt > 2:33684‑M2/1‑128 (MQ=255) tGCGCTGCTGCAGGAAGCTGGCAATGACGATTCTTCCTACGTTGTCATGCCGATGCGCCTGTAACCTGTAGCAGGCGAAATGTCCCTTCGACGTATCATGGTCACCG‑GGTGC‑‑AAGTTGCGCACCgcggtgaccatgatacgtcgaaggga > 2:574314‑M2/1‑124 (MQ=255) ctgctgCAGGAAGCTGGCAATGACGATTCTTCCTACGTTGTCATGCCGATGCGCCTGTAACCTGTAGCAGGCGAAATGTCCCTTCGACGTATCATGGTCACCGCGGTGCGCAACTTGC‑‑ACCCGGTGACACTCTTACCCTCCCCCCGCATc > 2:234463/1‑150 (MQ=255) ctgcAGGAAGCTGGCAATGACGATTCTTCCTACGTTGTCATGCCGATGCGCCTGTAACCTGTAGCAGGCGAAATGTCCCTTCGACGTATCATGGTCACCGCGGTGCGTAACTTGC‑‑ACCCGGTGACACTCTGACGCTCCCCCCGCATCAAc < 2:331298/150‑1 (MQ=255) tgcAGGAAGCTGGCAATGACGATTCTTCCTACGTTGTCATGCCGATGCGCCTGTAACCTGTAGCAGGCGAAATGTCCCTTCGACGTATCATGGTCACCGggtgcaagttgcgcaccgcggtga > 2:153981‑M1/1‑99 (MQ=255) tgcAGGAAGCTGGCAATGACGATTCTTCCTACGTTGTCATGCCGATGCGCCTGTAACCTGTAGCAGGCGAAATGTCCCTTCGACGTATCATGGTCACCGggtgcaagttgcgcaccgcggtga < 1:153981‑M1/123‑25 (MQ=255) cAGGAAGCTGGCAATGACGATTCTTCCTACGTTGTCATGCCGATGCGCCTGTAACCTGTAGCAGGCGAAATGTCCCTTCGACGTATCATGGTCACCGCGGTGCGCAACTTGC‑‑ACCCGGTGACACTCTTACCCTCCCCCCGCATCAACATc < 2:326266/150‑1 (MQ=255) cAGGAAGCTGGCAATGACGATTCTTCCTACGTTGTCATGCCGATGCGCCTGTAACCTGTAGCAGGCGAAATGTCCCTTCGACGTATCATGGTCACCGCGGTGCGCAACTTGC‑‑ACCCGGTGACACTCTTACCCTCCCCCCGCATCAACATc < 2:326225/150‑1 (MQ=255) gAAGCTGGCAATGACGATTCTTCCTACGTTGTCATGCCGATGCGCCTGTAACCTGTAGCAGGCGAAATGTCCCTTCGACGTATCATGGTCACCGCGGTGCGCAACTTGC‑‑ACCCGGTGACACTCTTACCCTCCCCCCGCATCAACATCCtt < 2:80813/150‑1 (MQ=255) cTGGCAATGACGATTCTTCGTACGTTGTCATGCCGATGCGCCTGTAACCTGTAGCAGGCGAAATGTCCCTTCGACGTATCATGGTCACCGCGGTGCGCAACTTGC‑‑ACCCGGTGACACTCTTACCCTCCCCCCGCATCAACATCCTTTACg < 2:402213/150‑1 (MQ=255) gCAATGACGATTCTTCCTACGTTGTCATGCCGATGCGCCTGTAACCTGTAGCAGGCGAAATGTCCCTTCGACGTATCATGGTCACCGCGGTGCGCAACTTGC‑‑ACCCGGTGACACTCTTACCCTCCCCCCGCATc < 2:33832/134‑1 (MQ=255) gCAATGACGATTCTTCCTACGTTGTCATGCCGATGCGCCTGTAACCTGTAGCAGGCGAAATGTCCCTTCGACGTATCATGGTCACCGCGGTGCGCAACTTGC‑‑ACCCGGTGACACTCTTACCCTCCCCCCGCATc > 1:33832/1‑134 (MQ=255) cAATGACGATTCTTCCTACGTTGTCATGCCGATGCGCCTGTAACCTGTAGCAGGCGAAATGTCCCTTCGACGTATCATGGTCACCGCGGTGCGCAACTTGC‑‑ACCCGGTGACACTCTTACCCTCCCCCCGCATCAACATCCTTTACGgcgc > 2:471538/1‑150 (MQ=255) aCGATTCTTCCTACGTTGTCATGCCGATGCGCCTGTAACCTGTAGCAGGCGAAATGTCCCTTCGACGTATCATGGTCACCGCGGTGCGCAACTTGC‑‑ACCCGGTGACACTCTTACCCTCCCCCCGCATCAACATCCTTTACGGCGCCAACg > 1:45540/1‑150 (MQ=255) gATTCTTCCTACGTTGTCATGCCGATGCGCCTGTAACCTGTAGCAGGCGAAATGTCCCTTCGACGTATCATGGTCACCGCGGTGCGCAACTTGC‑‑ACCcggtgac > 1:497853‑M2/1‑97 (MQ=255) gATTCTTCCTACGTTGTCATGCCGATGCGCCTGTAACCTGTAGCAGGCGAAATGTCCCTTCGACGTATCATGGTCACCGCGGTGCGCAACTTGC‑‑ACCcggtgac < 2:497853‑M2/104‑8 (MQ=255) gATTCTTCCTACGTTGTCATGCCGATGCGCCTGTAACCTGTAGCAGGCGAAATGTCCCTTCGACGTATCATGGTCACCGCGGTGCGCAACTTGC‑‑ACCcggt < 1:519635‑M2/101‑5 (MQ=255) gATTCTTCCTACGTTGTCATGCCGATGCGCCTGTAACCTGTAGCAGGCGAAATGTCCCTTCGACGTATCATGGTCACCGCGGTGCGCAACTTGC‑‑ACCcggt > 2:519635‑M2/1‑97 (MQ=255) tcttcCTACGTTGTCATGCCGATGCGCCTGTAACCTGTAGCAGGCGAAATGTCCCTTCGACGTATCATGGTCACCGCGGTGCGCAACTTGC‑‑ACCCGGTGACACTCTTACCCTCCCCCCGCATCAACATCCTTTACGGCGCCAACGGCAGc < 2:45540/150‑1 (MQ=255) cTACGTTGTCATGCCGATGCGCCTGTAACCTGTAGCAGGCGAAATGTCCCTTCGACGTATCATGGTCACCGCGGTGCGCAACTTGC‑‑ACCCGGTGACACTCTTACCCTCCCCCCGCATCAACATCCTTTACGGCGCCAACGGCAGCGGCaa < 2:556626/150‑1 (MQ=255) cTACGTTGTCATGCCGATGCGCCTGTAACCTGTAGCAGGCGAAATGTCCCTTCGACGTATCATGGTCACCGCGGTGCGCAACTTGC‑‑ACCCGGTGACACTCTTACCCTCCCCCCGCATCAACATCCTTTACGGCGCCAACGGCAGCGGCaa < 2:51550/150‑1 (MQ=255) cTACGTTGTCATGCCGATGCGCCTGTAACCTGTAGCAGGCGAAATGTCCCTTCGACGTATCATGGTCACCGCGGTGCGCAACTTGC‑‑ACCCGGTGACACTCTTACCCTCCCCCCGCATCAACATCCTTTACGGAGCCAACGGCAGCGGCaa > 1:539643/1‑150 (MQ=255) tACGTTGTCATGCCGATGCGCCTGTAACCTGTAGCAGGCGAAATGTCCCTTCGACGTATCATGGTCACCGCGGTGCGCAACTTGC‑‑ACCCGGTGACACTCTTACCCTCCCCCCGCATCAACATCCTTTACGGCGCCAAc > 2:40292/1‑138 (MQ=255) tACGTTGTCATGCCGATGCGCCTGTAACCTGTAGCAGGCGAAATGTCCCTTCGACGTATCATGGTCACCGCGGTGCGCAACTTGC‑‑ACCCGGTGACACTCTTACCCTCCCCCCGCATCAACATCCTTTACGGCGCCAAc < 1:40292/138‑1 (MQ=255) tACGTTGTCATGCCGATGCGCCTGTAACCTGTAGCAGGCGAAATGTCCCTTCGACGTATCATGGTCACCGCGGTGCGCAACTTGC‑‑ACCCGGTGACACTCTTACCCTCCCCCCGCATCAACATCCTTTACGGCGCCAACGGCAGCGGCAAg > 1:421917/1‑150 (MQ=255) gTTGTCATGCCGATGCGCCTGTAACCTGTAGCAGGCGAAATGTCCCTTCGACGTATCATGGTCACCGggtgcaagttgcgcaccgcggtgaccat > 2:525424‑M1/1‑67 (MQ=255) gTTGTCATGCCGATGCGCCTGTAACCTGTAGCAGGCGAAATGTCCCTTCGACGTATCATGGTCACCGggtgcaagttgcgcaccgcggtgaccat < 1:525424‑M1/95‑29 (MQ=255) aCCTGTAGCAGGCGAAATGTCCCTTCGACGTATCATGGTCACCGCGGTGCGCAACTTGC‑‑ACCCGGTGACACTCTTACCCTCCCCCCGCATCAACATCCTTTACGGCGCCAACGGCAGCGGCAAGACCAGCGTGCTTGAAGCCGTGCAttt > 1:315027/1‑150 (MQ=255) cTGTAGCAGGCGAAATGTCCCTTCGACGTATCATGGTCACCGCGGTGCGCAACTTGC‑‑ACCCGGTGACACTCTTACCCTCCCCCCGCATCAACATCCTTTACGGCGCCAACGGCAGCGGCAAGACCAGCGTGCTTGAAGCCGTGCATTTGc > 1:425862/1‑150 (MQ=255) tGTAGCAGGCGAAATGTCCCTTCGACGTATCATGGTCACCGCGGTGCGCAACTTGC‑‑ACCCGGTGACACTCTTACCCTCCCCCCGCATCAACATCCTTTACGGCGCCAACGGCAGCGGCAAGACCAGCGTGCTTGAAGCCGTGCATTTGCt > 1:402568/1‑150 (MQ=255) tAGCAGGCGAAATGTCCCTTCGACGTATCATGGTCACCGCGGTGCGCAACTTGC‑‑ACCCGGTGACACTCTTACCCTCCCCCCGCATCAACATCCTTTACGGCGCCAACGGCAGCGGCAAGACCAGCGTGCTTGAAGCCGTGCATTTGCTCg < 2:259699/150‑1 (MQ=255) aGGCGAAATGTCCCTTCGACGTATCATGGTCACCGCGGTGCGCAACTTGC‑‑ACCCGGTGACACTCTTACCCTCCCCCCGCATCAACATCCTTTACGGCGCCAACGGCAGCGGCAAGa > 1:174348/1‑116 (MQ=255) aGGCGAAATGTCCCTTCGACGTATCATGGTCACCGCGGTGCGCAACTTGC‑‑ACCCGGTGACACTCTTACCCTCCCCCCGCATCAACATCCTTTACGGCGCCAACGGCAGCGGCAAGa < 2:174348/116‑1 (MQ=255) aGGCGAAATGTCCCTTCGACGTATCATGGTCACCGCGGTGCGCAACTTGC‑‑ACCCGGTGACACTCTTACCCTCCCCCCGCATCAACATCCTTTACGGCGCCAACGGCAGCGGCAAGACCAGCGTGCTTGAAGCCGTGCATTTGCTCg < 1:535252/146‑1 (MQ=255) aGGCGAAATGTCCCTTCGACGTATCATGGTCACCGCGGTGCGCAACTTGC‑‑ACCCGGTGACACTCTTACCCTCCCCCCGCATCAACATCCTTTACGGCGCCAACGGCAGCGGCAAGACCAGCGTGCTTGAAGCCGTGCATTTGCTCg > 2:535252/1‑146 (MQ=255) ggCGAAATGTCCCTTCGACGTATCATGGTCACCGCGGTGCGCAACTTGC‑‑ACCCGGTGACACTCTTACCCTCCCCCCGCATCAACATCCTTTACGGCGCCAACGGCAGCGGCAAGACCAGCGTGCTTGAAGCCGTGCATTTGCTCGGGCTg > 2:608639/1‑150 (MQ=255) tCCCTTCGACGTATCATGGTCACCGcggtgcgcaacttgcacccggtgaccatgatacgtcgaagggacatttcgcctgctacaggttacaggcgcatcggcatgacaacgtaggaagaatcgtcattgccagcttcctgcagcagcgca > 2:574314‑M1/1‑25 (MQ=255) tCCCTTCGACGTATCATGGTCACCGCGGTGCGCAACTTGC‑‑ACCCGGTGACACTCTTACCCTCCCCCCGCATCAACATCCTTTACGGCGCCAACGGCAGCGGCAAGACCAGCGTGCTTGAAGCCGTGCATTTGCTCGGGCTGGCCCGTTCa > 2:281646/1‑150 (MQ=255) aCGTATCATGGTCACCGCGGTGCGCAACTTGC‑‑ACTCGGTGACACTCTTGCCCTCCCCCCGCATCAACATCCTTTCCGGCGCCAACCGGAGCGGCAAGACCCGCGTGCTTGACGCCGTGCATTTGCTTGGGCTGGCCCGTTCATTTCgcag < 1:514212/150‑1 (MQ=255) tATCATGGTCACCGCCGCGCGCAACTTGC‑‑ACCCGGTGACACTCTTACCCTCCCCCCGCATCAACATCCTTTACGGCGCCAACGGCAGCGGCAAGACCAGCGTGCTTGAAGCCGTGCATTTGCGCGGGCTGGCCCGTTCATTTCGCAGCAc < 2:281100/150‑1 (MQ=255) aTCATGGTCACCGCGGTGCGCAACTTGC‑‑ACCCGGTGACACTCTTACCCTCCCCCCGCATCAACATCCTTTACGGAGCCAACGGCAGCGGCAAGACCAGCGTGCTTGAAGCCGTGCATTTGCTCGGGCTGGCCCGTTCATTTCGCAGCAcc < 2:539643/150‑1 (MQ=255) aTGGTCACCGCGGTGCGCAACTTGC‑‑ACCcggtgaccatgatacgtcgaagggacatttcgcctgctacaggttacaggcgcatcggcatgacaac > 2:525424‑M2/1‑28 (MQ=255) aTGGTCACCGCGGTGCGCAACTTGC‑‑ACCcggtgaccatgatacgtcgaagggacatttcgcctgctacaggttacaggcgcatcggcatgacaac < 1:525424‑M2/95‑68 (MQ=255) gTCACCGggtgcaagttgcgcaccgcggtgaccatgatacgtcgaagggacatttcgcctgctacaggttacaggcgcatcggcatgacaacgtaggaagaatc < 2:497853‑M1/104‑98 (MQ=255) gTCACCGggtgcaagttgcgcaccgcggtgaccatgatacgtcgaagggacatttcgcctgctacaggttacaggcgcatcggcatgacaacgtaggaagaatc > 1:497853‑M1/1‑7 (MQ=255) tCACCGCGGTGCGCAACTTGC‑‑ACCcggtgaccatgatacgtcgaagggacatttcgcctgctacaggttacaggcgcatcggcatgacaacgtaggaagaatcgtcattgccagcttcctgcagcagcgcactgctgtttgaatcggaca < 1:264238‑M2/150‑127 (MQ=255) tCACCGCGGTGCGCAACTTGC‑‑ACCcggtgaccatgatacgtcgaagggacatttcgcctgctacaggttacaggcgcatcggcatgacaacgtaggaagaatcgtcattgccagcttcctgcagcagcgcactgctgtttgaatcggaca < 1:363274‑M2/150‑127 (MQ=255) tCACCGCGGTGCGCAACTTGC‑‑ACCcggtgaccatgatacgtcgaagggacatttcgcctgctacaggttacaggcgcatcggcatgacaacgtaggaagaatcgtcattgccagcttcctgca > 2:153981‑M2/1‑24 (MQ=255) tCACCGCGGTGCGCAACTTGC‑‑ACCcggtgaccatgatacgtcgaagggacatttcgcctgctacaggttacaggcgcatcggcatgacaacgtaggaagaatcgtcattgccagcttcctgca < 1:153981‑M2/123‑100 (MQ=255) aCCGggtgcaagttgcgcaccgcggtgaccatgatacgtcgaagggacatttcgcctgctacaggttacaggcgcatcggcatgacaacgtaggaagaatcgtcattgccagcttcctgcagcagcgcactg < 1:33684‑M1/132‑129 (MQ=255) aCCGggtgcaagttgcgcaccgcggtgaccatgatacgtcgaagggacatttcgcctgctacaggttacaggcgcatcggcatgacaacgtaggaagaatcgtcattgccagcttcctgcagcagcgcactg > 2:33684‑M1/1‑4 (MQ=255) aCCGggtgcaagttgcgcaccgcggtgaccatgatacgtcgaagggacatttcgcctgctacaggttacaggcgcatcggcatgacaacgtaggaagaatc > 2:519635‑M1/1‑4 (MQ=255) aCCGggtgcaagttgcgcaccgcggtgaccatgatacgtcgaagggacatttcgcctgctacaggttacaggcgcatcggcatgacaacgtaggaagaatc < 1:519635‑M1/101‑98 (MQ=255) aCCGCGGTGCGCAACTTGC‑‑ACCcggtgaccatgatacgtcgaagggacatttcgcctgctacaggttacaggcgcatcggcatgacaacgtaggaagaatcgtcattgccagcttcctgcagcagcgcactgctgtttgaatcggacaag > 2:363274‑M2/1‑22 (MQ=255) ccGCGGTGCGCAACTTGC‑‑ACCCGGTGACACTCTTACCCTCCCCCCGCATCAACATCCTTTACGGCGCCAACGGCAGCGGCAAGACCAGCGTGCTTGAAGCCGTGCATTTGCTCGGGCTGGCCCGTTCATTTCGCAGCACCCGCCTGAATc < 2:421917/150‑1 (MQ=255) | TACTGAGCAAGTTCGTCTGATCTTGTCCGATTCAAACAGCAGTGCGCTGCTGCAGGAAGCTGGCAATGACGATTCTTCCTACGTTGTCATGCCGATGCGCCTGTAACCTGTAGCAGGCGAAATGTCCCTTCGACGTATCATGGTCACCGCGGTGCGCAACTTGC‑‑ACCCGGTGACACTCTTACCCTCCCCCCGCATCAACATCCTTTACGGCGCCAACGGCAGCGGCAAGACCAGCGTGCTTGAAGCCGTGCATTTGCTCGGGCTGGCCCGTTCATTTCGCAGCACCCGCCTGAATC > NC_002947/12101‑12396 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |