New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 5561207 | 30 (1.290) | 4 (0.180) | 4/242 | NT | 10.9% | coding (512/870 nt) | hflC | integral membrane ATP‑dependent zinc metallopeptidase |
? | NC_002947 | = 5561224 | 37 (1.670) | coding (495/870 nt) | hflC | integral membrane ATP‑dependent zinc metallopeptidase |
GCAGCACACGGCGCTGACGGTCGGCATCGGCACGGATACCCTCAGCCAGCTCGTTACCCTTGGCACGGTGCTCGCGGGCTTCACGCTCACGCTCGGTGCTCATGCGGTCGAACACGCTGCGGTTGACTTCCTTCGGCAGGTCGATG‑GC‑CTTGACGCGCACGTCGACCACCTCGATGCCCAGTTCCTTGCTCGCCATGCGATTCAGCGATGCAGTGATGTCAGCCATCAGTGCATCACGTTCACCGGAAACCACTTCGTGCAGGGTACGTTTACCGAACTGGTCGCG > NC_002947/5561064‑5561349 | gcagcaCACGGCGCTGACGGTCGGCATCGGCACGGATACCCTCAGCCAGCTCGTTACCCTTGGCACGGTGCTCGCGGGCTTCACGCTCACGCTCGGTGCTCATGCGGTCGAACACGCTGCGGTTGACTTCCTTCGGCAGGTCGATG‑GC‑Ct < 1:111748/150‑1 (MQ=255) acGGCGCTGACGGTCGGCATCGGCACGGATACCCTCAGCCAGCTCGTTACCCTTGGCACGGTGCTCGCGGGCTTCACGCTCACGCTCGGTGCTCATGCGGTCGAACACGCTGCGGTTGACTTCCTTCGGCAGGTCGATG‑GC‑CTTGAcgcg < 1:407575/150‑1 (MQ=255) cGGTCGGCATCGGCACGGATACCCTCAGCCAGCTCGTTACCCTTGGCACGGTGCTCGCGGGCTTCACGCTCACGCTCGGTGCTCATGCGGTCGAACACGCTGCGGTTGACTTCCTTCGGCAGGTCGATG‑GC‑CTTGACGCGCACGtcgacc > 1:303311‑M2/1‑144 (MQ=255) gTCGGCATCGGCACGGATACCCTCAGCCAGCTCGTTACCCTTGGCACGGTGCTCGCGGGCTTCACGCTCACGCTCGGTGCTCATGCGGTCGAACACGCTGCGGTTGACTTCCTTCGGCAGGTCGATG‑GC‑CTTGACGCGAACGTCGaccac < 2:305752/150‑1 (MQ=255) atcggcaCGGATACCCTCAGCCAGCTCGTTACCCTTGGCACGGTGCTCGCGGGCTTCACGCTCACGCTCGGTGCTCATGCGGTCGAACACGCTGCGGTTGACTTCCTTCGGCAGGTCGATG‑GC‑CTTGACGCGCACGTCGACCACCTCGAt < 1:414941/150‑1 (MQ=255) gcaCGGATACCCTCAGCCAGCTCGTTACCCTTGGCACGGTGCTCGCGGGCTTCACGCTCACGCTCGGTGCTCATGCGGTCGAACACGCTGCGGTTGACTTCCTTCGGCAGGTCGATG‑GC‑CTTGACGCGCACGTCGACCACCTCGATGccc > 1:24271/1‑150 (MQ=255) ggATACCCTCAGCCAGCTCGTTACCCTTGGCACGGTGCTCGCGGGCTTCACGCTCACGCTCGGTGCTCATGCGGTCGAACACGCTGCGGTTGACTTCCTTCGGCAGGTCGATG‑GC‑CTTGACGCGCACGTCGACCACCTCGATGCCCAGtt < 2:24271/150‑1 (MQ=255) ccTCAGCCAGCTCGTTACCCTTGTCACGGTGCTCGCGGGCTTCACGCTCACGCTCGGTTCTCATGCGGTCGAACACGCTGCGGTTGACTTCCTTCGGCAGGTCGATG‑GC‑CTTGACGCGCACGTCGACCACCTCAATGCCCAGCTCCTTGc > 1:377532/1‑150 (MQ=255) ccTCAGCCAGCTCGTTACCCTTGGCACGGTGCTCGCGGGCTTCACGCTCACGCTCGGTGCTCATGCGGTCGAACACGCTGCGGTTGACTTCCTTCGGCAGGTCGAcgtgcgcgtcaaggccatcgacctgccgaag < 2:379064‑M1/136‑32 (MQ=255) ccTCAGCCAGCTCGTTACCCTTGGCACGGTGCTCGCGGGCTTCACGCTCACGCTCGGTGCTCATGCGGTCGAACACGCTGCGGTTGACTTCCTTCGGCAGGTCGAcgtgcgcgtcaaggccatcgacctgccgaag > 1:379064‑M1/1‑105 (MQ=255) ccTCAGCCAGCTCGTTACCCTTGGCACGGTGCTCGCGGGCTTCACGCTCACGCTCGGTGCTCATGCGGTCGAACACGCTGCGGTTGACTTCCTTCGGCAGGTCGATG‑GC‑CTTGACGCGCACGTCGACCACCTCGATGCCCAGTTCCTTGc > 2:143460/1‑150 (MQ=255) agcTCGTTACCCTTGGCACGGTGCTCGCGGGCTTCACGCTCACGCTCGGTGCTCATGCGGTCGAACACGCTGCGGTTGACTTCCTTCGGCAGGTCGATG‑GC‑CTTGACGCGCACGTCGACCACCTCGATGCCCAGTTCCTTGCTCGCCATg > 1:189822/1‑150 (MQ=255) agcTCGTTACCCTTGGCACGGTGCTCGCGGGCTTCACGCTCACGCTCGGTGCTCATGCGGTCGAACACGCTGCGGTTGACTTCCTTCGGCAGGTCGACGTGCGCGTCAAG‑GC‑CAtcgacctgccgaaggaagtcaaccgcagcgtgttcg < 1:410197‑M2/150‑37 (MQ=255) tCGTTACCCTTGGCACGGTGCTCGCGGGCTTCACGCTCACGCTCGGTGCTCATGCGGTCGAACACGCTGCGGTTGACTTCCTTCGGCAGGTCGATG‑GC‑CTTGACGCGCACGTCGACCACCTCGATGCCCAGTTCCTTGCTCGCCATGCGa > 1:366335/1‑150 (MQ=255) gTTACCCTTGGCACGGTGCTCGCGGGCTTCACGCTCACGCTCGGTGCTCATGCGGTCGAACACGCTGCGGTTGACTTCCTTCGGCAGGTCGACG‑TG‑CGCGTCAAGGCCAtcgacctgccgaaggaagtcaaccgcagcgtgttcgaccgc > 2:410197‑M2/1‑109 (MQ=255) ttACCCTTGGCACGGTGCTCGCGGGCTTCACGCTCACGCTCGGTGCTCATGCGGTCGAACACGCTGCGGTTGACTTCCTTCGGCAGGTCGATG‑GC‑CTTGACGCGCACGTCGACCACCTCGATGCCCAGTTCCTTGCTCGCCATGCGATTc > 2:419608/1‑150 (MQ=255) gCACGGTGCTCGCGGGCTTCACGCTCACGCTCGGTGCTCATGCGGTCGAACACGCTGCGGTTGACTTCCTTCGGCAGGTCGATG‑GC‑CTTGACGCGCACGTCGACCACCTCGATGCCCAGTTCCTTGCTCGCCATGCGATTCAGCGATGCa < 1:574498/150‑1 (MQ=255) aCGGTGCTCGCGGGCTTCACGCTCACGCTCGGTGCTCATGCGGTCGAACACGCTGCGGTTGACTTCCTTCGGCAGGTCGATG‑GC‑CTTGACGCGCACGTCGACCACCTCGATGCCCAGTTCCTTGCTCGCCATGCGATTCAGCGATGCAGt > 1:55175/1‑150 (MQ=255) cgcgGGCTTCACGCTCACGCTCGGTGCTCATGCGGTCGAACACGCTGCGGTTGACTTCCTTCGGCAGGTCGATG‑GC‑CTTGACGCGCACGTCGACCACCTCGATGCCCAGTTCCTTGCTCGCCATGCGATTCATCGATGCAGTGATGTCAg < 2:55175/150‑1 (MQ=255) ttCACGCTCACGCTCGGTGCTCATGCGGTCGAACACGCTGCCATCGCATCCCGTCGGCAGTTCGATG‑GC‑CTTGAACTGCACGTCGACCACCTCGATGCCCAGTTCCTTGCTCGCCATGCGATTCAGCGATGCAGTGATGTCAGCCATCAg < 1:138624/150‑1 (MQ=255) tcacgctcacgcTCGGTGCTCATGCGGTCGAACACGCTGCGGTTGACTTCCTTCGGCAGGTCGATG‑GC‑CTTGACGCGCACGTCGACCACCTCGATGCCCAGTTCCTTGCTCGCCATGCGATTCAGCGATGCAGTGATGTCAGCCATCAGt < 1:109156/150‑1 (MQ=255) gctcacgctcGGTGCTCATGCGGTCGAACACGCTGCGGTTGACTTCCTTCGGCAGGTCGATG‑GC‑CTTGACGCGCACGTCGACCACCTCGATGCCCAGTTCCTTGCTCGCCATGCGATTCAGCGATGCAGTGATGTCAGCCATCAGTGCAt > 1:79546/1‑150 (MQ=255) acgctcGGTGCTCATGCGGTCGAACACGCTGCGGTTGACTTCCTTCGGCAGGTCGATG‑GC‑CTTGACGCGCACGTCGACCACCTCGATGCCCAGTTCCTTGCTCGCCATGCGATTCAGCGATGCAGTGATGTCAGCCATCAGTGCATCACg < 1:554087/150‑1 (MQ=255) gCGGTCGAACACGCTGCGGTTGACTTCCTTCGGCAGGTCGAtggccttgacgcgcacgtcgacctgccgaaggaagtcaaccgcagcgtgttcgaccgcatgagcaccgagcgtgagcgtgaagcccgcgagcaccgtgccaagggtaac > 2:410197‑M1/1‑41 (MQ=255) gTCGAACACGCTGCGGTTGACTTCCTTCGGCAGGTCGATG‑GC‑CTTGACGCGCACGTCGACCACCTCGATGCCCAGTTCCTTGCTCGCCATGCGATTCAGCGATGCAGTGATGTCAGCCATCAGTGCATCACGTTCACCGGAAACCACTTc < 1:419608/150‑1 (MQ=255) cGAACACGCTGCGGTTGACTTCCTTCGGCAGGTCGAtggccttgacgcgcacgtcgacctgccgaaggaagtcaaccgcagcgtgttcgaccgcatgagcaccgagcgtgagcgtgaagcccgcgagcaccgtgccaagggtaacgagct < 1:410197‑M1/150‑115 (MQ=255) cGAACACGCTGCGGTTGACTTCCTTCGGCAGGTCGATG‑GC‑CTTTACGCGCACGTCGACCACCTCGATGCCCAGTTCCTTGCTCGCCATGCGATTCAGCGATGCAGTGATGTCAGCCATCAGTGCATCACGTTCACCGGAAACCACTTCGt < 2:189822/150‑1 (MQ=255) cacGCTGCGGTTGACTTCCTTCGGCAGGTCGATG‑GC‑CTTGACGCGCACGTCGACCACCTCGATGCCCAGTTCCTTGCTCGCCATGCGATTCAGCGATGCAGTGATGTCAGCCATCAGTGCATCACGTTCACCGGAAACCACTTCGTGCAg < 2:366335/150‑1 (MQ=255) acGCTGCGGTTGACTTCCTTCGGCAGGTCGATG‑GC‑CTTGACGCGCACGTCGACCACCTCGATGCCCAGTTCCTTGCTCGCCATGCGATTCAGCGATGCAGTGATGTCAGCCATCAGTGCATCACGTTCACCGGAAACCACTTCGTGCAgg > 1:420962/1‑150 (MQ=255) gCTGCGGTTGACTTCCTTCGGCAGGTCGATG‑GC‑CTTGACGCGCACGTCGACCACCTCGATGCCCAGTTCCTTGCTCGCCATGCGATTCAGCGATGCAGTGATGTCAGCCATCAGTGCATCACGTTCACCGGAAACCACTTCGTGCAGGGt > 2:599683/1‑150 (MQ=255) cGGTTGACTTCCTTCGGCAGGTCGATG‑GC‑CTTGACGCGCACGTCGACCACCTCGATGCCCAGTTCCTTGCTCGCCATGCGATTCAGCGATGCAGTGATGTCAGCCATCAGTGCATCACGTTCACCGGAAACCACTTCGTGCAGGGTACGt < 1:143460/150‑1 (MQ=255) tcaCTTCCTTCGGCAGGTCGATG‑GC‑CTTGACGCGCACGTCGACCACCTCGATGCCCAGTTCCTTGCTCGCCATGCGATTCAGCGATGCAGTGATGTCAGCCATCAGTGCATCACGTTCACCGGAAACCACTTCGTGCAGGGTACGTTTAc < 1:76153/148‑1 (MQ=255) cttccttcGGCAGGTCGATG‑GC‑CTTGACGCGCACGTCGACCACCTCGATGCCCAGTTCCTTGCTCGCCATGCGATTCAGCGATGCAGTGATGTCAGCCATCAGTGc < 1:309160/106‑1 (MQ=255) cttccttcGGCAGGTCGATG‑GC‑CTTGACGCGCACGTCGACCACCTCGATGCCCAGTTCCTTGCTCGCCATGCGATTCAGCGATGCAGTGATGTCAGCCATCAGTGc > 2:309160/1‑106 (MQ=255) ttccttcGGCAGGTCGATG‑GC‑CTTGACGCGCACGTCGACCACCTCGATGCCCAGTTCCTTGCTCGCCATGCGATTCAGCGATGCAGTGATGTCAGCCATCAGTGCATCACGTTCAcc < 2:83018/117‑1 (MQ=255) ttccttcGGCAGGTCGATG‑GC‑CTTGACGCGCACGTCGACCACCTCGATGCCCAGTTCCTTGCTCGCCATGCGATTCAGCGATGCAGTGATGTCAGCCATCAGTGCATCACGTTCAcc > 1:83018/1‑117 (MQ=255) cttcGGCAGGTCGATG‑GC‑CTTGACGCGCACGtcgacctgccgaaggaagtcaaccgcagcgtgttcgaccgcatgagcaccgagcgtgagcgtgaagcccgcgagcaccgtgccaagggtaacgagctggctgagg < 2:379064‑M2/136‑106 (MQ=255) cttcGGCAGGTCGATG‑GC‑CTTGACGCGCACGtcgacctgccgaaggaagtcaaccgcagcgtgttcgaccgcatgagcaccgagcgtgagcgtgaagcccgcgagcaccgtgccaagggtaacgagctggctgagg > 1:379064‑M2/1‑31 (MQ=255) cttcGGCAGGTCGATG‑GC‑CTTGACGCGCACGTCGACCACCTCGATGCCCAGTTCCTTGCTCGCCATGCGATTCAGCGATGCAGTGATGTCAGCCAACAGTGCAGCACGTTCACCGGAAACCACTTCGTGCAGGGTACGTTTACCGAACTg < 2:544258/150‑1 (MQ=255) ggTCGAcgtgcgcgtcaaggccatcgacctgccgaaggaagtcaaccgcagcgtgttcgaccgcatgagcaccgagcgtgagcgtgaagcccgcgagcaccgtgccaagggtaacgagctggctgagggtatccgtgccgatgccgaccg > 1:303311‑M1/1‑6 (MQ=255) gTCGATG‑GC‑CTTGACGCGCACGTCGACCACCTCGATGCCCAGTTCCTTGCTCGCCATGCGATTCAGCGATGCAGTGATGTCAGCCATCAGTGCATCACGTTCACCGGAAACCACTTCGTGCAg > 1:270481/1‑123 (MQ=255) gTCGATG‑GC‑CTTGACGCGCACGTCGACCACCTCGATGCCCAGTTCCTTGCTCGCCATGCGATTCAGCGATGCAGTGATGTCAGCCATCAGTGCATCACGTTCACCGGAAACCACTTCGTGCAg < 2:270481/123‑1 (MQ=255) aTG‑GC‑CTTGACGCGCACGTCGACCACCTCGATGCCCAGTTCCTTGCTCGCCATGCGATTCAGCGATGCACTGATGGCTGACATCACTga > 1:442436/1‑88 (MQ=38) | GCAGCACACGGCGCTGACGGTCGGCATCGGCACGGATACCCTCAGCCAGCTCGTTACCCTTGGCACGGTGCTCGCGGGCTTCACGCTCACGCTCGGTGCTCATGCGGTCGAACACGCTGCGGTTGACTTCCTTCGGCAGGTCGATG‑GC‑CTTGACGCGCACGTCGACCACCTCGATGCCCAGTTCCTTGCTCGCCATGCGATTCAGCGATGCAGTGATGTCAGCCATCAGTGCATCACGTTCACCGGAAACCACTTCGTGCAGGGTACGTTTACCGAACTGGTCGCG > NC_002947/5561064‑5561349 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |