| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | 3403942 = | 71 (0.760) | 5 (0.060) | 3/238 | NT | 7.2% | coding (317/360 nt) | PP_3014 | hypothetical protein |
| ? | NC_002947 | 3403962 = | 62 (0.700) | coding (337/360 nt) | PP_3014 | hypothetical protein | |||||
CAGGCGCTGGCGCCACAGGCCACGCAGAAGTCGATAGCCCACGGCTACCGGCTCACGGCGCCAAGCGCCGTGGCAAGCGACGATGTGCTTGATGTGGTTGACGCTCACGAGGGCAGCCGCGCGACCTTCTACAAGGGCAGCTTTCTGTCTGGCGACAAGTTA‑CGCCAGGCTGTCAGGCAATGCCTGGATTGAATCAGTGACCCGAGCGGGTTGTGCCGCCCCGATCGCCTGCAGTTACCCCAACTCATCCCGCTTGTTCAAATGTTCGCACTTCACCTGCGCCTCCATTCGGCTCGG > NC_002947/3403794‑3404090 | cAGGCGCTGGCGCCACAGGCCACGCAGAAGTCGATAGCCCACGGCTACCGGCTCACGGCGCCAAGCGCCGTGGCAAGCGACGATGTGCTTGATGTGGTTGACGCTCACGAGGGCAGCCGCGCGACCTTCTACAAGGGCAGCTTcctgtcc > 2:304674/1‑149 (MQ=255) cggctcaaacccagctatccgagccgaatggaggcgcaggtgaagtgcgaacatttgaacaagcgggatgagttggggtaactgcaggcgatcggggcggcacaacccgctcgggtcactgattcaatccaggcattgcctgacagccag > 2:11205‑M1/148‑148 (MQ=255) aGGCGCTGGCGCCACAGGCCACGCAGCAGTCGATAGCCCACGGCTACCGGCTCACGGCGCCAAGCGCCGTGGCAAGCGACGATGTGCTTGATGTGGTTGACGCTCACGAGGGCAGCCGCGCGACCTTCTACAAGGGCAGCTTtctgtctg > 2:609910/1‑150 (MQ=255) aGGCGCTGGCGCCACAGGCCACGCAGAAGTCGATAGCCCACGGCTACCGGCTCACGGCGCCAAGCGCCGTGGCAAGCGACGATGTGCTTGATGTGGTTGACGCTCACGAGGGCAGCCGCGCGACCTTCTACAAGGGCAGCTTtctgtctg > 1:1962896/1‑150 (MQ=255) ggCGCTGGCGCCACAGGCCACGCAGAAGTCGATAGCCCACGGCTACCGGCTCACGGCGCCAAGCGCCGTGGCAAGCGACGATGTGCTTGATGTGGTTGACGCTCACGAGGGCAGCCGCGCGACCTTCTACAAGGGCAGCTTTCTGTCTgg < 2:8124/150‑1 (MQ=255) gctcaaacccagctatccgagccgaatggaggcgcaggtgaagtgcgaacatttgaacaagcgggatgagttggggtaactgcaggcgatcggggcggcacaacccgctcgggtcactgattcaagccaggcattgcctgacagcCTGGc > 2:1625075‑M1/146‑150 (MQ=255) ctcaaacccagctatccgagccgaatggaggcgcaggtgaagtgcgaacatttgaacaagcgggatgagttggggtaactgcaggcgatcggggcggcacaacccgctcgggtcactgattcaatccaggcattgcctgacagcCTGGCg < 1:1671242‑M1/6‑1 (MQ=255) ccACAGGCCACGCAGAAGTCGATAGCCCACGGCTACCGGCTCACGGCGCCAAGCGCCGTGGCAAGCGACGATGTGCTTGATGTGGTTGACGCTCACGAGGGCAGCCGCGCGACCTTCTACAAGGGCAGCTTTCTGTCTGGCGACAAGTTa < 1:711902/150‑1 (MQ=255) ccACAGGCCACGCAGAAGTCGATAGCCCACGGCTACCGGCTCACGGCGCCAAGCGCCGTGGCAAGCGACGATGTGCTTGATGTGGTTGACGCTCACGAGGGCAGCCGCGCGACCTTCTACAAGGGCAGCTTTCTGTCTGGCGACAAGTTa > 1:1493820/1‑150 (MQ=255) cacaGGCCACGCAGAAGTCGATAGCCCACGGCTACCGGCTCACGGCGCCAAGCGCCGTGGCAAGCGACGATGTGCTTGATGTGGTTGACGCTCACGAGGGCAGCCGCGCGACCTTCTACAAGGGCAGCTTTCTGTCTGGCGACAAGTTA‑c < 1:2223434/150‑1 (MQ=255) aGGCCACGCAGAAGTCGATAGCCCACGGCTACCGGCTCACGGCGCCAAGCGCCGTGGCAAGCGACGATGTGCTTGATGTGGTTGACGCTCACGAGGGCAGCCGCGCGACCTTCTACAAGGGCAGCTTTCTGTCTGGCGACAAGTTA‑CGcc > 2:1671242/1‑150 (MQ=255) ggCCACGCAGAAGTCGATAGCCCACGGCTACCGGCTCACGGCGCCAAGCGCCGTGGCAAGCGACGATGTGCTTGATGTGGTTGACGCTCACGAGGGCAGCCGCGCGACCTTCTACAAGGGCAGCTTTCTGTCTGGCGACAAGTTA‑CGCCa < 2:1733817/150‑1 (MQ=255) gCCACGCAGACGTCGATAGCCCACGGCTACCGGCTCACGGCGCCAAGCGCCGTGGCAAGCGACGATGTGCTTGATGTGGTTGACGCTCACGAGGGCAGCCGCGCGACCTTCTACAAGGGCAGCTTTCTGTCTGGCGACAAGTTA‑CGCCAg > 2:1165903/1‑150 (MQ=255) gCCACGCAGAAGTCGATAGCCCACGGCTACCGGCTCACGGCGCCAAGCGCCGTGGCAAGCGACGATGTGCTTGATGTGGTTGACGCTCACGAGGGCAGCCGCGCGACCTTCTACAAGGGCAGCTTTCTGTCTGGCGACAAGTTA‑CGCCAg < 2:1962896/150‑1 (MQ=255) gCCACGCAGAAGTCGATAGCCCACGGCTACCGGCTCACGGCGCCAAGCGCCGTGGCAAGCGACGATGTGCTTGATGTGGTTGACGCTCACGAGGGCAGCCGCGCGACCTTCTACAAGGGCAGCTTTCTGTCTGGCGACAAGTTA‑CGCCAg < 1:1839850/150‑1 (MQ=255) ccACGCAGAAGTCGATAGCCCACGGCTACCGGCTCACGGCGCCAAGCGCCGTGGCAAGCGACGATGTGCTTGATGTGGTTGACGCTCACGAGGGCAGCCGCGCGACCTTCTACAAGGGCAGCTTTCTGTCTGGCGACAAGTTA‑CGCCAgg > 1:1009194/1‑150 (MQ=255) cACGCAGAAGTCGATAGCCCACGGCTATCGGCTCACGGCGCCAAGCGCCGTGGCAAGCGACGATGTGCTTGATGTGGTTGACGCTCACGAGGGCAGCCGCGCGACCTTCTACAAGGGCAGCTTTCTGTCTGGc < 2:1430974/133‑1 (MQ=255) cACGCAGAAGTCGATAGCCCACGGCTATCGGCTCACGGCGCCAAGCGCCGTGGCAAGCGACGATGTGCTTGATGTGGTTGACGCTCACGAGGGCAGCCGCGCGACCTTCTACAAGGGCAGCTTTCTGTCTGGc > 1:1430974/1‑133 (MQ=255) 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tgtgGTTGACGCTCACGAGGGCAGCCGCGCGACCTTCTACAAGGGCAGCTTTCTGTCTGGCGACAAGTTA‑CGCCa > 2:1410796/1‑75 (MQ=255) gtgGTTGACGCTCACGAGGGCAGCCGCGCGACCTTCTACAAGGGCAGCTTTCTGTCTGGCGACAAGTTA‑CGCCAGGCTGTCAGGCAATGCCTGGATTGAATCAGTGACCCGAGCGGGTTGTGCCGCCCCGATCGCCTGCAGTTACCCCaa < 1:609910/150‑1 (MQ=255) gTTGACGCTCACGAGGGCAGCCGCGCGACCTTCTATAAGGTCAGCTTTCTGTCTGGCGACAAGTTA‑CGGTATGCTGTCAGGCTACTCCTGGATTGAATTAGTTACCCGAGCGGGTTGTGCCGCCCCGATCGACTGCTGCGACTCCAACTc > 1:1355711/1‑150 (MQ=255) gACGCTCACGAGGGCAGCCGCGCGACCTTCTACAAGGGCAGCTTTCTGTCTGGCGACAAGTTA‑CGCCAGGCTGTCAGGCAATGCCTGGATTGAATCAGTGACCCGAGCGGGTTGTGCCGCCCCGATCGCCTGCAGTTACCCCAACTCATc > 2:1874085/1‑150 (MQ=255) aCGCTCACGAGGGCAGCCGCGCGACCTTCTACAAGGGCAGCTTTCTGTCTGGCTACAAGTTA‑CGCCAGGCTGTCAGGCAATGCCTGGATTGAATCAGTGACCCGAGCGGGTTGTGCCGCCCCGATCGCCTGCAGTTACCCCAACTCATcc > 1:2295222/1‑150 (MQ=255) tCACGAGGGCAGCCGCGCGACCTTCTACAAGGGCAGCTTTCTGTCTGGCGACAAGTTA‑CGCCAGGCTGTCAGGCAATGCCTGGATTGAATCAGTGACCCGAGCGGGTTGTGCCGCCCCGATCGCCTGCAGTTACCCCAACTCATCCCGCt > 2:2283424/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |