| New junction evidence | |||||||||||
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| * | ? | NC_002947 | 5533648 = | 94 (1.010) | 5 (0.050) | 5/244 | NT | 5.2% | coding (875/1137 nt) | PP_4867 | BraC‑like branched‑chain amino acid ABC transporter substrate‑binding protein |
| ? | NC_002947 | 5533682 = | 92 (1.010) | coding (841/1137 nt) | PP_4867 | BraC‑like branched‑chain amino acid ABC transporter substrate‑binding protein | |||||
Only 100 of 110 total aligned reads displayed.
CTGCACCGGGTTGGCCTTGAGCCACTTGGCAGCGTCCTCGCCCTTGTTCGACTTCGCGCCATTGAAAGCGGCAGCCAGAGCCTGCAGCGAAGCGTAGGCGTACAGGGTGTAGCCCTCAGGTTCGGTGCCGGCCTTGCGGAACTCCTCCACCACCGCCTTGCTGTCTGGCAGCAGGCGCGGGTCGGCACCGAAGGTCATG‑TACACGCCGTCAACGTATTGCGCGCCGCCGGCGGTAGACACCAGTTCGTCGGTGACGATGCCATCATCGGACATGAACTTGACGTCCTTCAGGCCTT > NC_002947/5533500‑5533795 | cTGCACCGGGTTGGCCTTGAGCCACTTGGCAGCGTCCTCGCGAATTTTTATCTTCTCGCCATTGAAAGCTTCAGCCAGAGCCTGCAGCGAAGCGTAGGCGTACAGGGTGTAGCCCTCAGGTTCGGTGCCGGCCTTGCGGAACTCCTccac > 1:1616915/1‑150 (MQ=255) ggcccgctggtacgccagctgcgcgagcaaggcctgaaggacgtcaagttcatgtccgatgatggcatcgtcaccgacgaattggtgtctaccgccggcggcgcgcaatacgttgacggcgtgtgcatgaccttcggtgccgACCACCGc < 1:2340840‑M1/8‑1 (MQ=255) ggCCTTGAGCCACTTGGCAGCGTCCTCGCCCTTGTTCGACTTCGCGCCATTGAAAGCGGCAGCCAGAGCCTGCAGCGAAGCGTAGGCGTACAGGGTGTAGCCCTCAGGTTCGGTGCCGGCCTTGCGGAACTCCTCCACCACCGCCTTGCt < 1:2118410/150‑1 (MQ=255) gCCTTGAGCCACTTGGCAGCGTCCTCGCCCTTGTTCGACTTCGCGCCATTGAAAGCGGCAGCCAGAGCCTGCAGCGAAGCGTAGGCGTACAGGGTGTAGCCCTCAGGTTCGCTTCCCGCCTTGCGGAACTCCTCCACCACCGCCTTGCTg > 2:2410708/1‑150 (MQ=255) cTTGAGCCACTTGGCAGCGTCCTCGCCCTTGTTCGACTTCGCGCCATTGAAAGCGGCAGCCAGAGCCTGCAGCGAAGCGTAGGCGTACAGGGTGTAGCCCTCAGGTTCGGTGCCGGCCTTGCGGAACTCCTCCACCACCGCCTTGCTGTc > 2:802896/1‑150 (MQ=255) ttGAGCCACTTGGCAGCGTCCTCGCCCTTGTTCGACTTCGCGCCATTGAAAGCGGCAGCCAGAGCCTGCAGCGAAGCGTAGGCGTACAGGGTGTAGCCCTCAGGTTCGGTGCCGGCCTTGCGGAACTCCTCCACCACCGCCTTGCTGTCt < 1:802896/150‑1 (MQ=255) ttGAGCCACTTGGCAGCGTCCTCGCCCTTGTTCGACTTCGCGCCATTGAAAGCGGCAGCCAGAGCCTGCAGCGAAGCGTAGGCGTACAGGGTGTAGCCCTCAGGTTCGGTGCCGGCCTTGCGGAACTCCTCCACCACCGCCTTGCTGTCt < 2:1616915/150‑1 (MQ=255) gCCACTTGGCAGCGTCCTCGCCCTTGTTCGACTTCGCGCCATTGAAAGCGGCAGCCAGAGCCTGCAGCGAAGCGTAGGCGTACAGGGTGTAGCCCTCAGGTTCGGTGCCGGCCTTGCGGAACTCCTCCACCACCGCCTTGCTGTCTGgca < 2:951812/150‑1 (MQ=255) ccACTTGGCAGCGTCCTCGCCCTTGTTCGACTTCGCGCCATTGAAAGCGGCAGCCAGAGCCTGCAGCGAAGCGTAGGCGTACAGGGTGTAGCCCTCAGGTTCGGTGCCGGCCTTGCGGAACTCCTCCACCACCGCCtt > 2:1129010/1‑138 (MQ=255) ccACTTGGCAGCGTCCTCGCCCTTGTTCGACTTCGCGCCATTGAAAGCGGCAGCCAGAGCCTGCAGCGAAGCGTAGGCGTACAGGGTGTAGCCCTCAGGTTCGGTGCCGGCCTTGCGGAACTCCTCCACCACCGCCtt < 1:1129010/138‑1 (MQ=255) ccACTTGGCAGCGTCCTCGCCCTTGTTCGACTTCGCGCCATTGAAAGCGGCAGCCAGAGCCTGCAGCGAAGCGTAGGCGTACAGGGTGTAGCCCTCAGGTTCGGTGCCGGCCTTGCGGAACTCCTCCACCACCGCCTTGCTGTCTGgcag > 2:1858488/1‑150 (MQ=255) ccACTTGGCAGCGTCCTCGCCCTTGTTCGACTTCGCGCCATTGAAAGCGGCAGCCAGAGCCTGCAGCGAAGCGTAGGCGTACAGGGTGTAGCCCTCAGGTTCGGTGCCGGCCTTGCGGAACTCCTCCACCACCGCCTTGCTGTCTGgcag > 1:1497786/1‑150 (MQ=255) aCTTGGCAGCGTCCTCGCCCTTGTTCGACTTCGCGCCATTGAAAGCGGCAGCCAGAGCCTGCAGCGAAGCGTAGGCGTACAGGGTGTAGCCCTCAGGTTCGGTGCCGGCCTTGCGGAACTCCTCCACCACCGCCTTGCTGTCTGgcagca > 2:235593/1‑150 (MQ=255) aCTTGGCAGCGTCCTCGCCCTTGTTCGACTTCGCGCCATTGAAAGCGGCAGCCAGAGCCTGCAGCGAAGCGTAGGCGTACAGGGTGTAGCCCTCAGGTTCGGTGCCGGCCTTGCGGAACTCCTCCACCACCGCCTTGCTGTCTGgcagca > 2:2084653/1‑150 (MQ=255) ctgcgcgagcaaggcctgaaggacgtcaagttcatgtccgatgatggcatcgtcaccgacgaactggtgtctaccgccggcggcgcgcaatacgttgacggcgtgtacatgaccttcggtgccgACCCGCGCCTTGCTGTCTGGcagcag > 2:1030479‑M1/125‑150 (MQ=255) gCAGCGTCCTCGCCCTTGTTCGACTTCGCGCCATTGAAAGCGGCAGCCAGAGCCTGCAGCGAAGCGTAGGCGTACAGGGTGTAGCCCTCAGGTTCGGTGCCGGCCTTGCGGAACTCCTCCACCACCGCCTTGCTGTCTGGCAGCAGgcgc < 2:2161248/150‑1 (MQ=255) cAGCGTCCTCGCCCTTGTTCGACTTCGCGCCATTGAAAGCGGCAGCCAGAGCCTGCAGCGAAGCGTAGGCGTACAGGGTGTAGCCCTCAGGTTCGGTGCCGGCCTTGCGGAACTCCTCCACCACCGCCTTGCTGTCTGGCAGCAGGcgcg > 1:1402535/1‑150 (MQ=255) gagcaaggcctgaaggacgtcaagttcatgtccgatgatggcatcgtcaccgacgaactggtgtctaccgccggcggcgcgcaatacgttgacggcgtgtacatgaccttcggtgccgACCCGCGCCTTGCTGTCTGGCAGCAGGCGCgg > 2:1643529‑M1/119‑150 (MQ=255) 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ggAACTCCTCCACCACCGCCTTGCTGTCTGGCAGCAGGCGCGGGTCGGCACCGAAGGTCATG‑TACACGCCGTCAAGGTATTGCGCGCCGCCGGCGGTAGACACCAGTTCGTCGGTGACGATGCCATCATCGGACATGAACTTGACGTCCt > 1:757991/1‑150 (MQ=255) ggAACTCCTCCACCACCGCCTTGCTGTCTGGCAGCAGGCGCGGGTCGGCACCGAAGGTCATG‑TACACGCCGTCAACGTATTGCGCGCCGCCGGCGGTAGACACCAGTTCGTCGGTGACGATGCCATCATCGGACAt < 1:1410780/136‑1 (MQ=255) ggAACTCCTCCACCACCGCCTTGCTGTCTGGCAGCAGGCGCGGGTCGGCACCGAAGGTCATG‑TACACGCCGTCAACGTATTGCGCGCCGCCGGCGGTAGACACCAGTTCGTCGGTGACGATGCCATCATCGGACAt > 2:1410780/1‑136 (MQ=255) aaCTCCTCCACCACCGCCTTGCTGTCTGGCAGCAGGCGCGGGTCGGCACCGAAGGTCATG‑TACACGCCGTCAACGTATTGCGCGCCGCCGGCGGTAGACACCAGTTCGTCGGTGACGATGACACTTTCGGACATGAACTTGACGTCCTTc < 1:1640366/150‑1 (MQ=255) aCTCCTCCACCACCGCCTTGCTGTCTGGCAGCAGGCGCGGGTCGGCACCGAAGGTCATG‑TACACGCCGTCAACGTATTGCGCGCCGCCGGCGGTAGACACCAGTTCGTCGGTGACGATGCCATCATCGGACATGAACTTGACGTCCTTCa < 2:1020014/150‑1 (MQ=255) ctcctcCACCACCGCCTTGCTGTCTGGCAGCAGGCGCGGGTCGGCACCGAAGGTCATG‑TACACGCCGTCAACGTATTGCGCTCCGCCGGCGGTAGACACCAGTTCGTCGGTGACGATGCCATCATCGGACATGAAATTGACGTACTTCAg > 1:712443/1‑150 (MQ=255) tcctccACCACCGCCTTGCTGTCTGGCAGCAGGCGCGGGTCGGCACCGAAGGTCATG‑TACACGCCGTCAACGTATTGCGCGCCGCCGGCGGTAGacac > 1:2004333/1‑98 (MQ=255) tcctccACCACCGCCTTGCTGTCTGGCAGCAGGCGCGGGTCGGCACCGAAGGTCATG‑TACACGCCGTCAACGTATTGCGCGCCGCCGGCGGTAGacac < 2:2004333/98‑1 (MQ=255) ctccACCACCGCCTTGCTGTCTGGCAGCAGGCGCGGGTCGGCACCGAAGGTCATG‑TACACGCCGTCAACGTATTGCGCGCCGCCGGCGGTAGACACCAGTTCGTCGGTGACGATGCCATCATCGGACATGAACTTGACGTCCTTCAGGcc > 1:1523977/1‑150 (MQ=255) ctccACCACCGCCTTGCTGTCTGGCAGCAGGCGCGGGTCGGCACCGAAGGTCATG‑TACACGCCGTCAACGTATTGCGCGCCGCCGGCGGTAGACACCAGTTCGTCGGTGACGATGCCATCATCGGACATGAACTTGACGTCCATGAGGcc > 1:233545/1‑150 (MQ=255) tccACCACCGCCTTGCTGTCTGGCAGCAGGCGCGGGTCGGCACCGAAGGTCATG‑TACACGCCGTCAACGTATTGCGCGCCGCCGGCGGTAGacac > 2:1892544/1‑95 (MQ=255) tccACCACCGCCTTGCTGTCTGGCAGCAGGCGCGGGTCGGCACCGAAGGTCATG‑TACACGCCGTCAACGTATTGCGCGCCGCCGGCGGTAGacac < 1:1892544/95‑1 (MQ=255) tccACCACCGCCTTGCTGTCTGGCAGCAGGCGCGGGTCGGCACCGAAGGTCATG‑TACACGCCGTCAACGTATTGCGCGCCGCCGGCGGTAGACACCAGTTCGTCGGTGACGATGCCATCATCGGACATGAACTTGACGTCCTTCAGGCCt > 1:1467694/1‑150 (MQ=255) tccACCACCGCCTTGCTGTCTGGCAGCAGGCGCGGCTCTGCACCGAAGGTCATG‑TACACGCCGTCAACGTATTGCGCGCCGCCGGCGGTAGACACCAGTTCGTCGGTGACGATGCCATCATCGGACATGAACTTGACGTCCTTCAGGCCt > 1:189122/1‑150 (MQ=255) ccaccaCCGCCTTGCTGTCTGGCAGCAGGCGCGGGTCGGCACCGAAGGTCATG‑TACACGCCGTCAACGTATTGCGCGCCGCCGGCGGTAGACACCAGTTCGTCGGTGACGATGCCATCATCGGACATGAACTTGACGTCCTTCAGGCCtt < 1:1609687/150‑1 (MQ=255) caccacCGCCTTGCTGTCTGGCAGCAGGCGCGGGTCGGCACCGAAGGTCATG‑TACACGCCGTCAACGTATTGCGCGCCGCCGGCGGTAGACACCAGTTCGTCGGTGACGATGCCATCATCGGACATGAACtt > 1:1640725/1‑132 (MQ=255) | CTGCACCGGGTTGGCCTTGAGCCACTTGGCAGCGTCCTCGCCCTTGTTCGACTTCGCGCCATTGAAAGCGGCAGCCAGAGCCTGCAGCGAAGCGTAGGCGTACAGGGTGTAGCCCTCAGGTTCGGTGCCGGCCTTGCGGAACTCCTCCACCACCGCCTTGCTGTCTGGCAGCAGGCGCGGGTCGGCACCGAAGGTCATG‑TACACGCCGTCAACGTATTGCGCGCCGCCGGCGGTAGACACCAGTTCGTCGGTGACGATGCCATCATCGGACATGAACTTGACGTCCTTCAGGCCTT > NC_002947/5533500‑5533795 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |