New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 94121 | 42 (0.970) | 3 (0.070) | 3/240 | NT | 6.5% | coding (418/897 nt) | trpI | HTH‑type transcriptional regulator TrpI |
? | NC_002947 | = 94200 | 46 (1.120) | coding (497/897 nt) | trpI | HTH‑type transcriptional regulator TrpI |
ATGTGAGCGAGGCGCCATTCGTGCTGGGCTGCTCGGGCAGCCTGCTGGCGCGGTGGTTTATTCCGCGGCTGGGGCGGTTGCAGGCGGATTTGCCTGAGCTGCGCTTGCACCTGTCGGCGGGTGAGGGCGACCTTGACCCGCGGCGGCCCGGGCTGGATGCGTTGCTGGTGTATGCCGAGCCACCGTGGCCAGCGGACATGCAGGTGCATGTGCTGGCCGAGGAATGCATCGGGCCGGTGCTCAGCCCGCATTTCGCAGGTTTCCAGCGCTTGCAGGGCGCGCCCGCCAAGGCACTGCT > NC_002947/93972‑94269 | aTGTGAGCGAGGCGCCATTCGTGCTGGGCTGCTCGGGCAGCCTGCTGGCGCGGTGGTTTATTCCGCGGCTGGGGCGGTTGCAGGCGGATTTGCCTGAGCTGCGCTTGCACCTGTCGGCGGGTGAGGGCGACCTTGACCCGCGGCGGCCCG < 2:17250‑M1/150‑1 (MQ=255) tgAGCGAGGCGCCATTCGTGCTGGGCTGCTCGGGCAGCCTGCTGGCGCGGTGGTTTATTCCGCGGCTGGGGCGGTTGCAGGCGGATTTGCCTGAGCTGCGCTTGCACCTGTCGGCGGGTGAGGGCGACCTTGACCCGCGGCGGCCCGGGc > 2:671478/1‑150 (MQ=255) tgAGCGAGGCGCCATTCGTGCTGGGCTGCTCGGGCAGCCTGCTGGCGCGGTGGTTTATTCCGCGGCTGGGGCGGTTGCAGGCGGATTTGCCTGAGCTGCGCTTGCACCTGTCGGCGGGTGAGGGCGACCTTGACCCGCGGCGGCCCGGGc > 2:671073/1‑150 (MQ=255) ggggCGCCATTCGTGCTGGGCTGCTCGGGCAGCCTGCGGGGGCGGTGGTTTATTCCGCGGCTGGGGCGGTTGCAGGCGGATTTGCCTGAGCTGCGCTTGCACCTGTCGGCGGGTGAGGGCGACCTTGACCCGCGGCGGCCCGGGCTNGAt < 2:703812/148‑1 (MQ=255) ccATTCGTGCTGGGCTGCTCGGGCAGCCTGCTGGCGCGGTGGTTTATTCCGCGGCTGGGGCGGTTGCAGGCGGATTTGCCTGAGCTGCGCTTGCACCTGTCGGCGGGTGAGGGCGACCTTGACCCGCGGCGGCCCGGGCTGGATGCGTTg > 1:294413/1‑150 (MQ=255) gccagcaggCTGCCCGAGCAGCCTGCTGGCGCGGTGGTTTATTCCGCGGCTGGGGCGGTTGCAGGCGGATTTGCCTGAGCTGCGCTTGCACCTGTCGGCGGGTGAGGGCGACCTTGACCCGCGGCGGCCCGGGCTGGATGCGTTGCTGgt > 1:204807/8‑150 (MQ=255) tGCTGGGCTGCTCGGGCAGCCTGCTGGCGCGGTGGTTTATTCCGCGGATGCGGCGGTTGCAGGCGGATTTGCCTGAGCTGCGCTTGCACCTGTCGGCGGGTGAGGGCGACCTTGACCCGCGGCGGCCCGGGCTGGATGCGTTGCTGgtgt > 1:868901/1‑150 (MQ=255) gggCTGCTCGGGCAGCCTGCTGGCGCGGTGGTTTATTCCGCGGCTGGGGCGGTTGCAGGCGGATTTGCCTGAGCTGCGCTTGCACCTGTCGGCGGGTGAGGGCGACCTTGACCCGCGGCGGCCCGGGCTGGATGCGTTGCTGGTGTATGc > 1:859821/1‑150 (MQ=255) ggCTGCTCGGGCAGCCTGCTGGCGCGGTGGTTTATTCCGCGGCTGGGGCGGTTGCAGGCGGATTTGCCTGAGCTGCGCTTGCACCTGTCGGCGGGTGAGGGCGACCTTGACCCGCGGCGGCCCGGGCTGGATGCGTTGCTGGTGTATGcc > 2:218489/1‑150 (MQ=255) ctgctCGGGCAGCCTGCTGGCGCGGTGGTTTATTCCGCGGCTGGGGCGGTTGCAGGCGGATTTGCCTGAGCTGCGCTTGCACCTGTCGGCGGGTGAGGGCGACCTTGACCCGCGGCGGCCCGGGCTGGATGCGTTGCTGGTGTATGCCGa < 1:915645/150‑1 (MQ=255) tCGGGCAGCCTGCTGGCGCGGTGGTTTATTCCGCGGCTGGGGCGGTTGCAGGCGGATTTGCCTGAGCTGCGCTTGCACCTGTCGGCGGGTGAGGGCGACCTTGACCCGCGGCGGCCCGGGCTGGGTGCGTTGCTGGGGTATGCCGAGCCa > 1:715102/1‑150 (MQ=255) aGCCTGCTGGCGCGGTGGTTTATTCCGCGGCTGGGGCGGTTGCAGGCGGATTTGCCTGAGCTGCGCTTGCACCTGTCGGCGGGTGAGGGCGACCTTGACCCGCGGCGGCCCGGGCTGGATGCGTTGCTGGTGTATGCCGAGCCACCGTgg < 1:1048869/150‑1 (MQ=255) gctgGCGCGGTGGTTTATTCCGCGGCTGGGGCGGTTGCAGGCGGACTTGCCTGAGCTGCGCTTGCACCTGTCGGCGGGTGAGGGCGACCTTGACCCGCGGCGGCCCGGGCTGGATGCGTTGCTGGTGTATGCCGAGCCACCGTGGCCAGc < 1:345078/150‑1 (MQ=255) ctgGCGCGGTGGTTTATTCCGCGGCTGGGGCGGTTGCAGGCGGATTTGCCTGAGCTGCGCTTGCACCTGTCGGCGGGTGAGGGCGACCTTGACCCGCGGCGGCCCGGGCTGGATGCGTTGCTGGTGTATGCCGAGCCACCGTGGCCAGca < 1:218489/150‑2 (MQ=255) gtTTATTCCGCGGCTGGGGCGGTTGCAGGCGGATTTGCCTGAGCTGCGCTTGCACCTGTCGGCGGGTGAGGGCGACCTTGACCCGCGGCGGCCCGGGCTGGATGCGTTGCTGGTGTATGCCGAGCCACCGTGGCCAGCGGACATGCAGGt < 1:3856/150‑1 (MQ=255) gtTTATTCCGCGGCTGGGGCGGTTGCAGGCGGATTTGCCTGAGCTGCGCTTGCACCTGTCGGCGGGTGAGGGCGACCTTGACCCGCGGCGGCCCGGGCTGGATGCGTTGCTGGTGTATGCCGAGCCACCGTGGCCAGCGGACATGCAGGt < 1:679407/150‑1 (MQ=255) gtTTATTCCGCGGCTGGGGCGGTTGCAGGCGGATTTGCCTGAGCTGCGCTTGCACCTGTCGGCGGGTGAGGGCGACCTTGACCCGCGGCGGCCCGGGCTGGATGCGTTGCTGGTGTATGCCGAGCCACCGTGGCCAGCGGACATGCAGGt > 2:877537/1‑150 (MQ=255) gtTTATCCCGCGGCTGGGGCGGTTGCAGGCGGATTTGCCTGAGCTGCGCTTGCACCTGTCGGCGGGTGAGGGCGACCTTGACCCGCGGCGGCCCGGGCTGGATGCGTTGCTGGTGTATGCCGAGCCACCGTGGCCAGCGGACATGCAGGt < 1:430731/150‑1 (MQ=255) aTTCCGCGGCTGGGGCGGTTGCAGGCGGATTTGCCTGAGCTGCGCTTGCACCTGTCGGCGGGTGAGGGCGACCTTGACCCGCGGCGGCCCGGGCTGGATGCGTTGCTGGTGTATGCCGAGCCACCGTGGCCAGCGGACATGCAGGTGCAt < 1:671073/150‑1 (MQ=255) aTTCCGCGGCTGGGGCGGTTGCAGGCGGATTTGCCTGAGCTGCGCTTGCACCTGTCGGCGGGTGAGGGCGACCTTGACCCGCGGCGGCCCGGGCTGGATGCGTTGCTGGTGTATGCCGAGCCACCGTGGCCAGCGGACATGCAGGTGCAt < 1:671478/150‑1 (MQ=255) aTTCCGCGGCTGGGGCGGTTGCAGGCGGATTTGCCTGAGCTGCGCTTGCACCTGTCGGCGGGTGAGGGCGACCTTGACCCGCGGCGGCCCGGGCTGGATGCGTTGCTGGTGTATGCCGAGCCACCGTGGCCAGCGGACATGCAGGTGCAt < 1:1028729/150‑1 (MQ=255) ccGCGGCTGGGGCGGTTGCAGGCGGATTTGCCTGAGCTGCGCTTGCACCTGTCGGCGGGTGAGGGCGACCTTGACCCGCGGCGGCCCGGGCTGGATGCGTTGCTGGTGTATGCCGAGCCACCGTGGCCAGCGGACATGCAGGTGCAtgtg < 1:646030/150‑1 (MQ=255) gcgGCTGGGGCGGTTGCAGGCGGATTTGCCTGAGCTGCGCTTGCACCTGTCGGCGGGTGAGGGCGACCTTGACCCGCGGCGGCCCGatgcattcctcggccagcacatgcacctgcatgtccgctggccacggtggctcggcatacacca > 1:472235‑M1/1‑86 (MQ=255) gcgGCTGGGGCGGTTGCAGGCGGATTTGCCTGAGCTGCGCTTGCACCTGTCGGCGGGTGAGGGCGACCTTGACCCGCGGCGGCCCGGGCTGGATGCGTTGCTGGTGTATGCCGAGCCACCGTGGCCAGCGGACATGCAGGTGCATGTGCt > 1:798195/1‑150 (MQ=255) ggggCGGTTGCAGGCGGATTTGCCTGAGCTGCGCTTGCACCTGTCGGCGGGTGAGGGCGACCTTGACCCGCGGCGGCCCGGGCTGGATGCGTTGCTGGTGTATGCCGAGCCACCGTGGCCAGCGGACATGCAGGTGCATGTGCTGGCCGa < 2:90600/150‑1 (MQ=255) gCGGTTGCAGGCGGATTTGCCTGAGCTGCGCTTGCACCTGTCGGCGGGTGAGGGCGACCTTGACCCGCGGCGGCCCGGGCTGGATGCGTTGCTGGTGTATGCCGAGCCACCGTGGCCAGCGGACATGCAGGTGCATGTGCTGGCCGAGGa < 2:961149/150‑1 (MQ=255) cGGATTTGCCTGAGCTGCGCTTGCACCTGTCGGCGGGTGAGGGCGACCTTGACCCGCGGCGGCCCGGGCTGGATGCGTTGCTGGTGTATGCCGAGCCACCGTGGCCAGCGGACATGCAGGTGCATGTGCTGGCCGAGGAATGCATcgggc > 1:50560‑M2/1‑145 (MQ=255) tttGCCTGAGCTGCGCTTGCACCTGTCGGCGGGTGAGGGCGACCTTGACCCGCGGTGGCCCGGGCTGGATGCGTTGCTGGTGTATGCCGAGCCACCGTGGCCAGCGGACATGCAGGTGCATGTGCTGGCCGAGGAATGCATCGGGCCGGt > 2:1053960/1‑150 (MQ=255) tttGCCTGAGCTGCGCTTGCACCTGTCGGCGGGTGAGGGCGACCTTGACCCGCGGCGGCCCGGGCTGGATGCGTTGCTGGTGTATGCCGAGCCACCGTGGCCAGCGGACATGCAGGTGCATGTGCTGGCCGAGGAATGCATCGGGCCGGt > 1:645139/1‑150 (MQ=255) ttGCCTGAGCTGCGCTTGCACCTGTCGGCGGGTGAGGGCGACCTTGACCCGCGGCGGCCCGatgcattcctcggccagcacatgcacctgcatgtccgctggccacggtggctcggcatacaccagcaacgcatccagcccgggccgccg < 2:955136‑M1/150‑90 (MQ=255) ccTGAGCTGCGCTTGCACCTGTCGGCGGGTGAGGGCGACCTTGACCCGCGGCGGCCCGGGCTGGATGCGTTGCTGGTGTATGCCGAGCCACCGTGGCCAGCGGACATGCAGGTGCATGTGCTGGCCGAGGAATGCATCGGGCCGGTGCTc > 1:737898/1‑150 (MQ=255) cTGAGCTGCGCTTGCACCTGTCGGCGGGTGAGGGCGACCTTGACCCGCGGCGGCCCGatgcattcctcggccagcacatgcacctgcatgtccgctggccacggtggctcggcatacaccagcaacgcatccagcccgggccgccgcggg < 2:472235‑M1/150‑94 (MQ=255) cTGAGCTGCGCTTGCACCTGTCGGCGGGTGAGGGCGACCTTGACCCGCGGCGGCCCGGGCTGGATGCGTTGCTGGTGTATGCCGAGCCACCGTGGCCAGCGGACATGCAGGTGCATGTGCTGGCCGAGGAATGCATCGGGCCGGTGCTCa < 2:204807/150‑1 (MQ=255) tGAGCTGCGCTTGCACCTGTCGGCGGGTGAGGGCGACCTTGACCCGCGGCGGCCCGGGCTGGATGCGTTGCTGGTGTATGCCGAGCCACCGTGGCCAGCGGACATGCAGGTGCATGTGCTGGCCGAGGAATGCATCGGGCCGGTGCTCAg > 1:1038580/1‑150 (MQ=255) gcgcTTGCACCTGTCGGCGGGTGAGGGCGACCTTGACCCGCGGCGGCCCGGGCTGGATGCGTTGCTGGTGTATGCCGAGCCACCGTGGCCAGCGGACATGCAGGTGCATGTGCTGGCCGAGGAATGCATCGGGCCGGTGCTCAGCCCGCa > 1:1109583/1‑150 (MQ=255) tGTCGGCGGGTGAGGGCGACCTTGACCCGCGGCGGCCCGGGCTGGATGCGTTGCTGGTGTATGCCGAGCCACCGTGGCCAGCGGACATGCAGGTGCATGTGCTGGCCGAGGAATGCATCGGGCCGGTGCTCAGCCCGCATTTCGCAGGtt > 1:70606/1‑150 (MQ=255) tGTCGGCGGGTGAGGGCGACCTTGACCCGCGGCGGCCCGGGCTGGATGCGTTGCTGGTGTATGCCGAGCCACCGTGGCCAGCGGACATGCAGGTGCATGTGCTGGCCGAGGAATGCATCGGGCCGGTGCTCAGCCCGCATTTCGCAGGtt > 2:95128/1‑150 (MQ=255) tGTCGGCGGGTGAGGGCGACCTTGACCCGCGGCGGCCCGGGCTGGATGCGTTGCTGGTGTATGCCGAGCCACCGTGGCCAGCGGACATGCAGGTGCATGTGCTGGCCGAGGAATGCATCGGGCCGGTGCTCAGCCCGCATTTCGCAGGtt > 1:174700/1‑150 (MQ=255) tCGGCGGGTGAGGGCGACCTTGACCCTCGGCGGCCCGGGCTTGATGCGTTGCTGGTGTATGCCGAGCCACCGTGGCCAGCGGACATGCAGGTGCATGTGCTGGCCGAGGAATGCATCGGGCCGGTGCTCAGCCCGCATTTCGCAGGTTTc > 2:1038964/1‑150 (MQ=255) ggcggGTGAGGGCGACCTTGACCCGCGGCGGCCCGGGCTGGATGCGTTGCTGGTGTATGCCGAGCCACCGTGGCCAGCGGACATGCAGGTGCATGTGCTGGCCGAGGAATGCATCGGGCCGGTGCTCAGCCCGCATTTCGCAGGTTTCCa > 1:270609/1‑150 (MQ=255) gggCGACCTTGACCCGCGGCGGCCCGGGCTGGATGCGTTGCTGGTGTATGCCGAGCCACCGTGGCCAGCGGACATGCAGGTGCATGTGCTGGCCGAGGAATGCATCGGGCCGGTGCTCAGCCCGCATTTCGCAGGTTTCCAGCGCTTGCa > 1:679261/1‑150 (MQ=255) ggCGACCTTGACCCGCGGCGGCCCGGGCTGGATGCGTTGCTGGTGTATGCCGAGCCACCGTGGCCAGCTGACATGCAGGTGCATGTGCTGGCCGAGGAATGCATCGGGCCGGTGCGCAGCCCGCATTTCGCAGGTTTCCAGCGCTTGCAg > 1:593428/1‑150 (MQ=255) ggCGACCTTGACCCGCGGCGGCCCGGGCTGGATGCGTTGCTGGTGTATGCCGAGCCACCGTGGCCAGCGGACATGCAGGTGCATGTGCTGGCCGAGGAATGCATCGGGCCGGTGCTCAGCCCGCATTTCGCAGGTTTCCAGCGCTTGCAg > 2:406073/1‑150 (MQ=255) ggCGACCCTGACCCGCGGCGGCCCGGGCTGGATGCGCTGCGTGTGTATGCCGAGCCACCGTGGCCAGCGGACATGCAGGTGCATGTGCTGGCCGAGGAATGCATCGGGCCGGTGCTCAGCCCGCATTTCGCAGGTTTCCAGCGCTTGCAg < 1:11158/150‑1 (MQ=255) gCGACCTTGACCCGCGGCGGCCCGGGCTGGATGCGTTGCTGGTGTATGCCGAGCCACCGTGGCCAGCGGACATGCAGGTGCATGTGCTGGCCGAGGAATGCATCGGGCCGGTGCTCAGCCCGCATTTCGCAGGTTTCCAGCGCTTGCAgg < 2:859821/150‑1 (MQ=255) ccTTGACCCGCGGCGGCCCGGGCTGGATGCGTTGCTGGTGTATGCCGAGCCACCGTGGCCAGCGGACATGCAGGTGCATGTGCTGGCCGAGGAATGCATCGGGCCGGTGCTCAGCCCGCATTTCGCAGGTTTCCAGCGCTTGCAGGgcgc < 1:421990/150‑1 (MQ=255) cTTGACCCGCGGCGGCCCGGGCTGGATGCGTTGCTGGTGTATGCCGAGCCACCGTGGCCAGCGGACATGCAGGTGCATGTGCTGGCCGAGGAATGCATCGGGCCGGTGCTCAGCCCGCATTTCGCAGGTTTCCAGCGCTTGCAGGgcgcg > 2:742754/1‑150 (MQ=255) cccGCGGCGGCCCGGGCTGGATGCGTTGCTGGTGTATGCCGAGCCACCGTGGCCAGCGGACATGCAGGTGCATGTGCTGGCCGAGGAATGCATcgggccgccgcgggtcaaggtcgccctcacccgccgacaggtgcaagcgcagctcag < 2:472235‑M2/150‑58 (MQ=255) ccGCGGCGGCCCGGGCTGGATGCGTTGCTGGTGTATGCCGAGCCACCGTGGCCAGCGGACATGCAGGTGCATGTGCTGGCCGAGGAATGCATCGGGCCGGTGCTCAGCCCGCATTTCGCAGGTTTCCAGCGCTTGCAGGGCGcgcccgcc > 2:414558/1‑150 (MQ=255) cggcggCCCGGGCTGGATGCGTTGCTGGTGTATGCCGAGCCACCGTGGCCAGCGGACATGCAGGTGCATGTGCTGGCCGAGGAATGCATcgggccgccgcgggtcaaggtcgccctcacccgccgacaggtgcaagcgcagctcaggcaa < 2:955136‑M2/150‑62 (MQ=255) ggtggcCCGGGCTGGATGCGTTGCTGGTGTATGCCGAGCCACCGTGGCCAGCGGACATGCAGGTGCATGTGCTGGCCGAGGAATGCATCGGGCCGGTGCTCAGCCCGCATTTCGCAGGTTTCCAGCGCTTGCAGGGCGCGCCCGCCAAgg < 1:1053960/147‑1 (MQ=255) gcCCGatgcattcctcggccagcacatgcacctgcatgtccgctggccacggtggctcggcatacaccagcaacgcatccagcccgggccgccgcgggtcaaggtcgccctcacccgccgacaggtgcaagcgcagctcaggcaaatccg > 1:50560‑M1/1‑5 (MQ=255) ccGGGCTGGATGCGTTGCTGGTGTATGCCGAGCCACCGTGGCCAGCGGACATGCAGGTGCATGTGCTGGCCGAGGAATGCATCGGGCCGGTGCTCAGCCCGCATTTCGCAGGTTTCCAGCGCTTGCAGGGCGCGCCCGCCAAGGCActgc > 1:910206/1‑150 (MQ=255) cGGGCTGGATGCGTTGCTGGTGTATGCCGAGCCACCGTGGCCAGCGGACATGCAGGTGCATGTGCTGGCCGAGGAATGCATCGGGCCGGTGCTCAGCCCGCATTTCGCAGGTTTCCAGCGCTTGCAGGGCGCGCCCGCCAAGGCActgct > 1:230125/1‑150 (MQ=255) | ATGTGAGCGAGGCGCCATTCGTGCTGGGCTGCTCGGGCAGCCTGCTGGCGCGGTGGTTTATTCCGCGGCTGGGGCGGTTGCAGGCGGATTTGCCTGAGCTGCGCTTGCACCTGTCGGCGGGTGAGGGCGACCTTGACCCGCGGCGGCCCGGGCTGGATGCGTTGCTGGTGTATGCCGAGCCACCGTGGCCAGCGGACATGCAGGTGCATGTGCTGGCCGAGGAATGCATCGGGCCGGTGCTCAGCCCGCATTTCGCAGGTTTCCAGCGCTTGCAGGGCGCGCCCGCCAAGGCACTGCT > NC_002947/93972‑94269 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |