New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 94121 | 42 (0.970) | 3 (0.070) | 3/240 | NT | 6.5% | coding (418/897 nt) | trpI | HTH‑type transcriptional regulator TrpI |
? | NC_002947 | = 94200 | 46 (1.120) | coding (497/897 nt) | trpI | HTH‑type transcriptional regulator TrpI |
CGGATTTGCCTGAGCTGCGCTTGCACCTGTCGGCGGGTGAGGGCGACCTTGACCCGCGGCGGCCCGGGCTGGATGCGTTGCTGGTGTATGCCGAGCCACCGTGGCCAGCGGACATGCAGGTGCATGTGCTGGCCGAGGAATGCATCGGGCCGGTGCTCAGCCCGCATTTCGCAGGTTTCCAGCGCTTGCAGGGCGCGCCCGCCAAGGCACTGCTGGGCGAAGCCTTGCTGCACACCACGTCACGCCCACAAGCCTGGCCGACCTGGGTGGTGCAACAGGGCCTGGAGCCGGCGG > NC_002947/94056‑94349 | cGGATTTGCCTGAGCTGCGCTTGCACCTGTCGGCGGGTGAGGGCGACCTTGACCCGCGGCGGCCCGGGCTGGATGCGTTGCTGGTGTATGCCGAGCCACCGTGGCCAGCGGACATGCAGGTGCATGTGCTGGCCGAGGAATGCATcgggc > 1:50560‑M2/1‑145 (MQ=255) tttGCCTGAGCTGCGCTTGCACCTGTCGGCGGGTGAGGGCGACCTTGACCCGCGGTGGCCCGGGCTGGATGCGTTGCTGGTGTATGCCGAGCCACCGTGGCCAGCGGACATGCAGGTGCATGTGCTGGCCGAGGAATGCATCGGGCCGGt > 2:1053960/1‑150 (MQ=255) tttGCCTGAGCTGCGCTTGCACCTGTCGGCGGGTGAGGGCGACCTTGACCCGCGGCGGCCCGGGCTGGATGCGTTGCTGGTGTATGCCGAGCCACCGTGGCCAGCGGACATGCAGGTGCATGTGCTGGCCGAGGAATGCATCGGGCCGGt > 1:645139/1‑150 (MQ=255) ccTGAGCTGCGCTTGCACCTGTCGGCGGGTGAGGGCGACCTTGACCCGCGGCGGCCCGGGCTGGATGCGTTGCTGGTGTATGCCGAGCCACCGTGGCCAGCGGACATGCAGGTGCATGTGCTGGCCGAGGAATGCATCGGGCCGGTGCTc > 1:737898/1‑150 (MQ=255) cTGAGCTGCGCTTGCACCTGTCGGCGGGTGAGGGCGACCTTGACCCGCGGCGGCCCGGGCTGGATGCGTTGCTGGTGTATGCCGAGCCACCGTGGCCAGCGGACATGCAGGTGCATGTGCTGGCCGAGGAATGCATCGGGCCGGTGCTCa < 2:204807/150‑1 (MQ=255) tGAGCTGCGCTTGCACCTGTCGGCGGGTGAGGGCGACCTTGACCCGCGGCGGCCCGGGCTGGATGCGTTGCTGGTGTATGCCGAGCCACCGTGGCCAGCGGACATGCAGGTGCATGTGCTGGCCGAGGAATGCATCGGGCCGGTGCTCAg > 1:1038580/1‑150 (MQ=255) gcgcTTGCACCTGTCGGCGGGTGAGGGCGACCTTGACCCGCGGCGGCCCGGGCTGGATGCGTTGCTGGTGTATGCCGAGCCACCGTGGCCAGCGGACATGCAGGTGCATGTGCTGGCCGAGGAATGCATCGGGCCGGTGCTCAGCCCGCa > 1:1109583/1‑150 (MQ=255) tGTCGGCGGGTGAGGGCGACCTTGACCCGCGGCGGCCCGGGCTGGATGCGTTGCTGGTGTATGCCGAGCCACCGTGGCCAGCGGACATGCAGGTGCATGTGCTGGCCGAGGAATGCATCGGGCCGGTGCTCAGCCCGCATTTCGCAGGtt > 1:70606/1‑150 (MQ=255) tGTCGGCGGGTGAGGGCGACCTTGACCCGCGGCGGCCCGGGCTGGATGCGTTGCTGGTGTATGCCGAGCCACCGTGGCCAGCGGACATGCAGGTGCATGTGCTGGCCGAGGAATGCATCGGGCCGGTGCTCAGCCCGCATTTCGCAGGtt > 1:174700/1‑150 (MQ=255) tGTCGGCGGGTGAGGGCGACCTTGACCCGCGGCGGCCCGGGCTGGATGCGTTGCTGGTGTATGCCGAGCCACCGTGGCCAGCGGACATGCAGGTGCATGTGCTGGCCGAGGAATGCATCGGGCCGGTGCTCAGCCCGCATTTCGCAGGtt > 2:95128/1‑150 (MQ=255) tCGGCGGGTGAGGGCGACCTTGACCCTCGGCGGCCCGGGCTTGATGCGTTGCTGGTGTATGCCGAGCCACCGTGGCCAGCGGACATGCAGGTGCATGTGCTGGCCGAGGAATGCATCGGGCCGGTGCTCAGCCCGCATTTCGCAGGTTTc > 2:1038964/1‑150 (MQ=255) ggcggGTGAGGGCGACCTTGACCCGCGGCGGCCCGGGCTGGATGCGTTGCTGGTGTATGCCGAGCCACCGTGGCCAGCGGACATGCAGGTGCATGTGCTGGCCGAGGAATGCATCGGGCCGGTGCTCAGCCCGCATTTCGCAGGTTTCCa > 1:270609/1‑150 (MQ=255) gggCGACCTTGACCCGCGGCGGCCCGGGCTGGATGCGTTGCTGGTGTATGCCGAGCCACCGTGGCCAGCGGACATGCAGGTGCATGTGCTGGCCGAGGAATGCATCGGGCCGGTGCTCAGCCCGCATTTCGCAGGTTTCCAGCGCTTGCa > 1:679261/1‑150 (MQ=255) ggCGACCTTGACCCGCGGCGGCCCGGGCTGGATGCGTTGCTGGTGTATGCCGAGCCACCGTGGCCAGCTGACATGCAGGTGCATGTGCTGGCCGAGGAATGCATCGGGCCGGTGCGCAGCCCGCATTTCGCAGGTTTCCAGCGCTTGCAg > 1:593428/1‑150 (MQ=255) ggCGACCTTGACCCGCGGCGGCCCGGGCTGGATGCGTTGCTGGTGTATGCCGAGCCACCGTGGCCAGCGGACATGCAGGTGCATGTGCTGGCCGAGGAATGCATCGGGCCGGTGCTCAGCCCGCATTTCGCAGGTTTCCAGCGCTTGCAg > 2:406073/1‑150 (MQ=255) ggCGACCCTGACCCGCGGCGGCCCGGGCTGGATGCGCTGCGTGTGTATGCCGAGCCACCGTGGCCAGCGGACATGCAGGTGCATGTGCTGGCCGAGGAATGCATCGGGCCGGTGCTCAGCCCGCATTTCGCAGGTTTCCAGCGCTTGCAg < 1:11158/150‑1 (MQ=255) gCGACCTTGACCCGCGGCGGCCCGGGCTGGATGCGTTGCTGGTGTATGCCGAGCCACCGTGGCCAGCGGACATGCAGGTGCATGTGCTGGCCGAGGAATGCATCGGGCCGGTGCTCAGCCCGCATTTCGCAGGTTTCCAGCGCTTGCAgg < 2:859821/150‑1 (MQ=255) ccTTGACCCGCGGCGGCCCGGGCTGGATGCGTTGCTGGTGTATGCCGAGCCACCGTGGCCAGCGGACATGCAGGTGCATGTGCTGGCCGAGGAATGCATCGGGCCGGTGCTCAGCCCGCATTTCGCAGGTTTCCAGCGCTTGCAGGgcgc < 1:421990/150‑1 (MQ=255) cTTGACCCGCGGCGGCCCGGGCTGGATGCGTTGCTGGTGTATGCCGAGCCACCGTGGCCAGCGGACATGCAGGTGCATGTGCTGGCCGAGGAATGCATCGGGCCGGTGCTCAGCCCGCATTTCGCAGGTTTCCAGCGCTTGCAGGgcgcg > 2:742754/1‑150 (MQ=255) cccGCGGCGGCCCGGGCTGGATGCGTTGCTGGTGTATGCCGAGCCACCGTGGCCAGCGGACATGCAGGTGCATGTGCTGGCCGAGGAATGCATcgggccgccgcgggtcaaggtcgccctcacccgccgacaggtgcaagcgcagctcag < 2:472235‑M2/150‑58 (MQ=255) ccGCGGCGGCCCGGGCTGGATGCGTTGCTGGTGTATGCCGAGCCACCGTGGCCAGCGGACATGCAGGTGCATGTGCTGGCCGAGGAATGCATCGGGCCGGTGCTCAGCCCGCATTTCGCAGGTTTCCAGCGCTTGCAGGGCGcgcccgcc > 2:414558/1‑150 (MQ=255) cggcggCCCGGGCTGGATGCGTTGCTGGTGTATGCCGAGCCACCGTGGCCAGCGGACATGCAGGTGCATGTGCTGGCCGAGGAATGCATcgggccgccgcgggtcaaggtcgccctcacccgccgacaggtgcaagcgcagctcaggcaa < 2:955136‑M2/150‑62 (MQ=255) ggtggcCCGGGCTGGATGCGTTGCTGGTGTATGCCGAGCCACCGTGGCCAGCGGACATGCAGGTGCATGTGCTGGCCGAGGAATGCATCGGGCCGGTGCTCAGCCCGCATTTCGCAGGTTTCCAGCGCTTGCAGGGCGCGCCCGCCAAgg < 1:1053960/147‑1 (MQ=255) ccGGGCTGGATGCGTTGCTGGTGTATGCCGAGCCACCGTGGCCAGCGGACATGCAGGTGCATGTGCTGGCCGAGGAATGCATCGGGCCGGTGCTCAGCCCGCATTTCGCAGGTTTCCAGCGCTTGCAGGGCGCGCCCGCCAAGGCActgc > 1:910206/1‑150 (MQ=255) cGGGCTGGATGCGTTGCTGGTGTATGCCGAGCCACCGTGGCCAGCGGACATGCAGGTGCATGTGCTGGCCGAGGAATGCATCGGGCCGGTGCTCAGCCCGCATTTCGCAGGTTTCCAGCGCTTGCAGGGCGCGCCCGCCAAGGCActgct > 1:230125/1‑150 (MQ=255) gATGCGTTGCTGGTGTATGCCGAGCCACCGTGGCCAGCGGACATGCAGGTGCATGTGCTGGCCGAGGAATGCATCGGGCCGGTGCTCAGCCCGCATTTCGCAGGTTTCCAGCGCTTGCAGGGCGCGCCCGCCAAGGCACTGCTGGGCGaa > 2:875162/1‑150 (MQ=255) aTGCGTTGCTGGTGTATGCCGAGCCACCGTGGCCAGCGGACATGCAGGTGCATGTGCTGGCCGAGGAATGCATCGGGCCGGTGCTCAGc > 1:1093541/1‑89 (MQ=255) aTGCGTTGCTGGTGTATGCCGAGCCACCGTGGCCAGCGGACATGCAGGTGCATGTGCTGGCCGAGGAATGCATCGGGCCGGTGCTCAGc < 2:1093541/89‑1 (MQ=255) gTTGCTGGTGTATGCCGAGCCACCGTGGCCAGCGGACATGCAGGTGCATGTGCTGGCCGAGGAATGCATCGGGCCGGTGCTCAGCCCGCATTTCGCAGGTTTCCAGCGCTTGCAGGGCGCGCCCGCCAAGGCACTCCTGGGCGAAGCCtt > 1:387676/1‑150 (MQ=255) cTGGTGTATGCCGAGCCACCGTGGCCAGCGGACATGCAGGTGCATGTGCTGGCCGAGGAATGCATCGGGCCGGTGCTCAGCCCGCATTTCGCAGGTTTCCAGCGCTTGCAGGGCGCGCCCGCCAAGGCACTGCTGGGCGAAGCCTtgctg < 2:70606/150‑1 (MQ=255) tGGTGTATGCCGAGCCACCGTGGCCAGCGGACATGCAGGTGCATGTGCTGGCCGAGGAATGCATcgggccgccgcgggtcaaggtcgccctcacccgccgacaggtgcaagcgcagctcaggcaaatccgcctgcaaccgccccagccgc > 1:472235‑M2/1‑64 (MQ=255) tGGTGTATGCCGAGCCACCGTGGCCAGCGGACATGCAGGTGCATGTGCTGGCCGAGGAATGCATCGGGCCGGTGCTCAGCCCGCATTTCGCAGGTTTCCAGCGCTTGCAGGGCGCGCCCGCCAAGGCACTGCTGGGCGAAGCCTtgctgc > 1:1125446/1‑150 (MQ=255) tGGTGTATGCCGAGCCACCGTGGCCAGCGGACATGCAGGTGCATGTGCTGGCCGAGGAATGCATCGGGCCGGTGCTCAGCCCGCATTTCGCAGGTTTCCAGCGCTTGCAGGGCGCGCCCGCCAAGGCACTGCTGGGCGAAGCCTtgctgc < 2:294413/150‑1 (MQ=255) ggTGTATGCCGAGCCACCGTGGCCAGCGGACATGCAGGTGCATGTGCTGGCCGAGGAATGCATCGGGCCGGTGCTCAGCCCGCATTTCGCAGGTTTCCAGCGCTTGCAGGGCGCGCCCGCCAAGGCACTGCTGGGCGAAGCCTTGCTGca > 1:965254/1‑150 (MQ=255) tATGCCGAGCCACCGTGGCCAGCGGACATGCAGGTGCATGTGCTGGCCGAGGAATGCATCGGGCCGGTGCTCAGCCCGCATTTCGCAGGTTTCCAGCGCTTGCAGGGCGCGCCCGCCAAGGCACTGCTGGGCGAAGCCTTGCTGCAcacc > 1:278297/1‑150 (MQ=255) aTGCCGAGCCACCGTGGCCAGCGGACATGCAGGTGCATGTGCTGGCCGAGGAATGCATCGGGCCGGTGCTCAGCCCGCATTTCGCAGGTTTCCAGCGCTTGCAGGGCGCGCCCGCCAAGGCACTGCTGGGCGAAGCCTTGCTGCAcacca < 2:1125446/150‑1 (MQ=255) gCCGAGCCACCGTGGCCAGCGGACATGCAGGTGCATGTGCTGGCCGAGGAATGCATCGGGCCGGTGCTCAGCCCGCATTTCGCAGGTTTCCAGCGCTTGCAGGGCGCGCCCGCCAAGGCACTGCTGGGCGAAGCCTTGCTGCACACCACg > 1:968567/1‑150 (MQ=255) ccGAGCCACCGTGGCCAGCGGACATGCAGGTGCATGTGCTGGCCGAGGAATGCATCGGGCCGGTGCTCAGCCCGCATTTCGCAGGTTTCCAGCGCTTGCAGGGCGCGCCCGCCAAGGCACTGCTGGGCGAAGCCTTGCTGCACACCACGt < 1:877537/150‑1 (MQ=255) ccGAGCCACCGTGGCCAGCGGACATGCAGGTGCATGTGCTGGCCGAGGAATGCATCGGGCCGGTGCTCAGCCCGCATTTCGCAGGTTTCCAGCGCTTGCAGGGCGCGCCCGCCAAGGCACTGCTGGGCGAAGCCCTGTTGcaccacccag > 1:756982/1‑143 (MQ=255) aCCGTGGCCAGCGGACATGCAGGTGCATGTGCTGGCCGAGGAATGCATCGGGCCGGTGCTCAGCCCGCATTTCGCAGGTTTCCAGCGCTTGCAGGGCGCGCCCGCCAAGGCACTGCTGGGCGAAGCCTTGCTGCACACCACGTCACGccc > 1:468289/1‑150 (MQ=255) gaaaGCGGACATGCAGGTGCATGTGCTGGCCGAGGAATGCATCGGGCCGGTGCTCAGCCCGCATTTCGCAGGTTTCCAGCGCTTGCAGGGCGCGCCCGCCAAGGCACTGCTGGGCGAAGCCTTGCTGCACGCCACGTCACGCCCACAAGc < 2:187830/147‑1 (MQ=255) aTGCAGGTGCATGTGCTGGCCGAGGAATGCATCGGGCCGGTGCTCAGCCCGCATTTCGCAGGTTTCCAGCGCTTGCAGGGCGCGCCCGCCAAGGCACTGCTGGGCGAAGCCTTGCTGCAcacc < 1:747804/123‑1 (MQ=255) aTGCAGGTGCATGTGCTGGCCGAGGAATGCATCGGGCCGGTGCTCAGCCCGCATTTCGCAGGTTTCCAGCGCTTGCAGGGCGCGCCCGCCAAGGCACTGCTGGGCGAAGCCTTGCTGCAcacc > 2:747804/1‑123 (MQ=255) cATGTGCTGGCCGAGGAATGCATCGGGCCGGTGCTCAGCCCGCATTTCGCAGGTTTCCAGCGCTTGCAGGGCGCGCCCGCCAAGGCACTGCTGGGCGAAGCCTTGCTGCACACCACGTCACGCCCACAAGCCTGGCCGACCTGGgtggtg > 2:666707/1‑150 (MQ=255) tGGCCGAGGAATGCATCGGGCCGGTGCTCAGCCCGCATTTCGCAGGTTTCCAGCGCTTGCAGGGCGCGCCCGCCAAGGCACTGCTGGGCGAAGCCTTGCTGCACACCACGTCACGCCCACAAGCCTGGCCGACCTGGGTGGTGCAACAgg < 1:1038964/150‑1 (MQ=255) ggCCGAGGAATGCATCGGGCCGGTGCTCAGCCCGCATTTCGCAGGTTTCCAGCGCTTGCAGGGCGCGCCCGCCAAGGCACTGCTGGGCGAAGCCTTGCTGCACACCACGTCACGCCCACAAGCCTGGCCGACCTGGGTGGTGCAACAggg > 2:369170/1‑150 (MQ=255) gCCGAGGAATGCATCGGGCCGGTGCTCAGCCCGCATTTCGCAGGTTTCCAGCGCTTGCAGGGCGCGCCCGCCAAGGCACTGCTGGGCGAAGCCTTGCTGCACACCACGTCACGCCCACAAGCCTGGCCGACCTGGGTGGTGCAACAGGGc < 2:270609/150‑1 (MQ=255) cGAGGAATGCATCGGGCCGGTGCTCAGCCCGCATTTCGCAGGTTTCCAGCGCTTGCAGGGCGCGCCCGCCAAGGCACTGCTGGGCGAAGCCTTGCTGCACACCACGTCACGCCCACAAGCCTGGCCGACCTGGGTGGTGCAACAGGNCCt < 2:704104/150‑1 (MQ=255) cGAGGAATGCATCGGGCCGGTGCTCAGCCCGCATTTCGCAGGTTTCCAGCGCTTGCAGGGCGCGCCCGCCAAGGCACTGCTGGGCGAAGCCTTGCTGCACACCACGTCACGCCCACAAGCCTGGCCGACCTGGGTGGTGCAACAGGGCCt > 1:875899/1‑150 (MQ=255) gAGGAATGCATCGGGCCGGTGCTCAGCCCGCATTTCGCAGGTTTCCAGCGCTTGCAGGGCGCGCCCGCCAAGGCACTGCTGGGCGAAGCCTTGCTGCACACCACGTCACGCCCACAAGCCTGGCCGACCTGGGTGGTGCAACAGGGCCTg < 2:715102/150‑1 (MQ=255) gAATGCATCGGGCCGGTGCTCAGCCCGCATTTCGCAGGTTTCCAGCGCTTGCAGGGCGCGCCCGCCAAGGCACTGCTGGGCGAAGCCTTGCTGCACACCACGTCACGCCCACAAGCCTGGCCGACCTGGGTGGTGCAACAGGGCCTGGAg > 1:1012635/1‑150 (MQ=255) aaTGCATCGGGCCGGTGCTCAGCCCGCATTTCGCAGGTTTCCAGCGCTTGCAGGGCGCGCCCGCCAAGGCACTGCTGGGCGAAGCCTTGCTGCACACCACGTCACGCCCACAAGCCTGGCCGACCTGGGTGGTGCAACAGGGCCTGGAGc < 2:1109583/150‑1 (MQ=255) tGCATCGGGCCGGTGCTCAGCCCGCATTTCGCAGGTTTCCAGCGCTTGCAGGGCGCGCCCGCCAAGGCACTGCTGGGCGAAGCCTTGCTGCACACCACGTCACGCCCACAAGCCTGGCCGACCTGGGTGGTGCaa > 2:610606/1‑135 (MQ=255) tGCATCGGGCCGGTGCTCAGCCCGCATTTCGCAGGTTTCCAGCGCTTGCAGGGCGCGCCCGCCAAGGCACTGCTGGGCGAAGCCTTGCTGCACACCACGTCACGCCCACAAGCCTGGCCGACCTGGGTGGTGCaa < 1:610606/135‑1 (MQ=255) aTCGGGCCGGTGCTCAGCCCGCATTTCGCAGGTTTCCAGCGCTTGCAGGGCGCGCCCGCCAAGGCACTGCTGGGCGAAGCCTTGCTGCACACCACGTCACGCCCACAAGCCTGGCCGACCTGGGTGGTGCAACAGGGCCTGGAGCcggcg < 2:763478/150‑1 (MQ=255) aTCGGGCCGGTGCTCAGCCCGCATTTCGCAGGTTTCCAGCGCTTGCAGGGCGCGCCCGCCAAGGCACTGCTGGGCGAAGCCTTGCTGCACACCACGTCACGCCCACAAGCCTGGCCGACCTGGGTGGTGCAACAGGGCCTGGAGCcggcg > 1:972783/1‑150 (MQ=255) tCGGGCCGGTGCTCAGCCCGCATTTCGCAGGTTTCCAGCGCTTGCAGGGCGCGCCCGCCAAGGCACTGCTGGGCGAAGCCTTGCTGCACACCACGTCACGCCCACAAGCCTGGCCGACCTGGGTGGTGCAACAGGGCCTGGAGCcggcgg < 1:95128/150‑1 (MQ=255) | CGGATTTGCCTGAGCTGCGCTTGCACCTGTCGGCGGGTGAGGGCGACCTTGACCCGCGGCGGCCCGGGCTGGATGCGTTGCTGGTGTATGCCGAGCCACCGTGGCCAGCGGACATGCAGGTGCATGTGCTGGCCGAGGAATGCATCGGGCCGGTGCTCAGCCCGCATTTCGCAGGTTTCCAGCGCTTGCAGGGCGCGCCCGCCAAGGCACTGCTGGGCGAAGCCTTGCTGCACACCACGTCACGCCCACAAGCCTGGCCGACCTGGGTGGTGCAACAGGGCCTGGAGCCGGCGG > NC_002947/94056‑94349 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |