New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 497685 | 55 (1.270) | 4 (0.100) | 4/244 | NT | 7.9% | coding (1554/2388 nt) | PP_0409 | two‑component system sensor histidine kinase |
? | NC_002947 | = 497738 | 41 (0.990) | coding (1607/2388 nt) | PP_0409 | two‑component system sensor histidine kinase |
CGTGACCCGGCCGAGGGCGATCTGGAGTTCCCCTATATCAGTGAGGGTAGCGAGGCTTTGGTGGGTTATGCACCCAGCGAGATCCAGCACCCGCAGATGGGCCTGCGCAACCTGGTGCACCCCGAGGACCGTGCTGATTATCACAGGGTGCAGGACCTGGCCCTGGCCAGCGACCAGGACTGGTCCTGGCAGGGGCGCATCCTCACCCGGCAGGGCGAACAGCGCTGGGCCGATATCAAGGCCAGCGCCCGGCATCTGGGCAACGGCCAGGTAGTGTGGGACGGTGTAGTCTGGGACAT > NC_002947/497536‑497834 | cGTGACCCGGCCGAGGGCGATCTGGAGTTCCCCTATATCAGTGAGGGTAGCGAGGCTTTGGTGGGTTATGCACCCAGCGAGATCCAGCACCCGCAGATGGGCCTGCGCAACCTGGTGCACCCCGAGGACCGTGCTGATTATCACAGGGTG < 2:199378‑M1/150‑1 (MQ=255) ccGAGGGCGATCTGGAGTTCCCCTATATCAGTGAGGGTAGCGAGGCTTTGGTGGGTTATGCACCCAGCGAGATCCAGCACCCGCAGATGGGCCTGCGCAACCTGGTGCACCCCGAGGACCGTGCTGATTATCACAGGGTGCAGGAcctgg < 2:684492/150‑1 (MQ=255) cGAGGGCGATCTGGAGTTCCCCTATATCAGTGAGGGTAGCGAGGCTTTGGTGGGTTATGCACCCAGCGAGATCCAGCACCCGCAGATGGGCCTGCGCAACCTGGTGCACCCCGAGGACCGTGCTGATTATCACAGGGTGCAGGAcctggc < 1:397997/150‑1 (MQ=255) gCGATCTGGAGTTCCCCTATATCAGTGAGGGTAGCGAGGCTTTGGTGGGTTATGCACCCAGCGAGATCCAGCACCCGCAGATGGGCCTGCGCAACCTGGTGCACCCCGAGGACCGTGCTGATTATCACAGGGTGCAGGAcctggccctgg < 2:1078343/150‑1 (MQ=255) gCGATCTGGAGTTCCCCTATATCAGTGAGGGTAGCGAGGCTTTGGTGGGTTATGCACCCAGCGAGATCCAGCACCCGCAGATGGGCCTGCGCAACCTGGTGCACCCCGAGGACCGTGCTGATTATCACAGGGTGCAGGAcctggccctgg < 2:441786/150‑1 (MQ=255) aTCTGGAGTTCCCCTATATCAGTGAGGGTAGCGAGGCTTTGGTGGGTTATGCACCCAGCGAGATCCAGCACCCGCAGATGGGCCTGCGCAACCTGGTGCACCCCGAGGACCGTGCTGATTATCACAGGGTGCAGGACCTGGCCCTGGCCa < 2:632047/150‑1 (MQ=255) tGGAGTTCCCCTATATCAGTGAGGGTAGCGAGGCTTTGGTGGGTTATGCACCCAGCGAGATCCAGCACCCGCAGATGGGCCTGCGCAACCTGGTGCACCCCGAGGACCGTGCTGATTATCACAGGGTGCAGGACCTGGCCCTGGCAAGCg > 1:66601/1‑150 (MQ=255) ggAGTTCCCCTATATCAGTGAGGGTAGCGAGGCTTTGGTGGGTTATGCACCCAGCGAGATCCAGCACCCGCAGATGGGCCTGCGCAACCTGGTGCACCCCGAGGACCGTGCTGATTATCACAGGGTGCAGGACCTGGCCCTGGCCAGCGa < 2:452817/150‑1 (MQ=255) ccccTATATCAGTGAGGGTAGCGAGGCTTTGGTGGGTTATGCACCCAGCGAGATCCAGCACCCGCAGATGGGCCTGCGCAACCTGGTGCACCCCGAGGACCGTGCTGATTATCACAGGGTGCAGGACCTGGCCCTGGCCAGCGACCAGGa < 2:668746/150‑1 (MQ=255) ccTATATCAGTGAGGGTAGCGAGGCTTTGGTGGGTTATGCACCCAGCGAGATCCAGCACCCGCAGATGGGCCTGCGCAACCTGGTGCACCCCGAGGACCGTGCTGATTATCACAGGGTGCAGGACCTGGCCCTGGCCAGCGACCAGGACt > 1:754661/1‑150 (MQ=255) tataTCAGTGAGGGTAGCGAGGCTTTGGTGGGTTATGCACCCAGCGAGATCCAGCACCCGCAGATGGGCCTGCGCAACCTGGTGCACCCCGAGGACCGTGCTGATTATCACAGGGTGCAGGACCTGGCCCTGGCCAGCGACCAGGACTgg > 2:342704/1‑150 (MQ=255) atatCAGTGAGGGTAGCGAGGCTTTGGTGGGTTATGCACCCAGCGAGATCCAGCACCCGCAGATGGGCCTGCGCAACCTGGTGCACCCCGAGGACCGTGCTGATTATCACAGGGTGCAGGACCTGGCCCTGGCCAGCGACCAGGACTGGt > 2:725257/1‑150 (MQ=255) gTGAGGGTAGCGAGGCTTTGGTGGGTTATGCACCCAGCGAGATCCAGCACCCGCAGATGGGCCTGCGCAACCTGGGTCACCCCGAGGACCGTGCTGATTATCATCAGCAGCTGTTCCTGGCCCTGGCCAGCGACCAGGACTGGTCCTGGc > 1:1097409/1‑150 (MQ=255) gggTAGCGAGGCTTTGGTGGGTTATGCACCCAGCGAGATCCAGCACCCGCAGATGGGCCTGCGCAACCTGGTGCACCCCGAGGACCGTGCTGATTATCACAGGGTGCAGGACCTGGCCCTGGCCAGCGACCAGGACTGGTCCTGGCAggg < 1:590712/150‑1 (MQ=255) gggTAGCGAGGCTTTGGTGGGTTATGCACCCAGCGAGATCCAGCACCCGCAGATGGGCCTGCGCAACCTGGTGCACCCCGAGGACCGTGCTGATTATCACAGGGTGCAGGACCTGGCCCTGGCCAGCGACCAGGACTGGTCCTGGCAggg > 2:859168/1‑150 (MQ=255) gggTAGCGAGGCTTTGGTGGGTTATGCACCCAGCGAGATCCAGCACCCGCAGATGGGCCTGCGCAACCTGGTGCACCCCGAGGACCGTGCTGATTATCACAGGGTGCAGGACCTGGCCCTGGCCAGCGACCAGGACTGGTCCTGGAAggg < 1:867731/150‑1 (MQ=255) gggTAGCGAGGCTTTGGTGGGTTATGCACCCAGCGAGATCCAGCACCCGCAGATGGGCCTGCGCAACCTGGTGCACCCCGAGGACCGTGCTGATTATCACAGGGTGCAGGACCTGGCCCTGGCAAGCGACCAGGACTGGTCCTGGCAggg < 2:66601/150‑1 (MQ=255) ggTAGCGAGGCTTTGGTGGGTTATGCACCCAGCGAGATCCAGCACCCGCAGATGGGCCTGCGCAACCTGGTGCACCCCGAGGACCGTGCTGATTATCACAGGGTGCAGGACCTGGCCCTGGCCAGCGACCAGGACTGGTCCTGGCAgggg > 2:722900/1‑150 (MQ=255) aGCGAGGCTTTGGTGGGTTATGCACCCAGCGAGATCCAGCACCCGCAGATGGGCCTGCGCAACCTGGTGCACCCCGAGGACCGTGCTGATTATCACAGGGTGCAGGACCTGGCCCTGGCCAGCGACAAGGACTGGTCCTGGCAGGGgcgc < 1:491353/150‑1 (MQ=255) gCGAGGCTTTGGTGGGTTATGCACCCAGCGAGATCCAGCACCCGCAGATGGGCCTGCGCAACCTGGTGCACCCCGAGGACCGTGCTGATTATCCCAGGGTGcaggaccttgcccctgccagcaccagtcctggtcgctggccagggccag < 1:445630‑M1/150‑50 (MQ=255) gAGGCTTTGGTGGGTTATGCACCCAGCGAGATCCAGCACCCGCAGATGGGCCTGCGCAACCTGGTGCACCCCGAGGACCGTGCTGATTATCACAGGGTGCAGGAcctggccctg < 1:159803/114‑1 (MQ=255) gAGGCTTTGGTGGGTTATGCACCCAGCGAGATCCAGCACCCGCAGATGGGCCTGCGCAACCTGGTGCACCCCGAGGACCGTGCTGATTATCACAGGGTGCAGGAcctggccctg > 2:159803/1‑114 (MQ=255) gCTNTGGTGGGTTATGCACCCAGCGAGATCCAGCACCCGCAGATGGGCCTGCGCAACCTGGTGCACCCCGAGGACCGTGCTGATTATCACAGGGTGCAGGACCTGGCCCTGGCCAGCGACCAGGACTGGTCCTGGCAGGGGCGCATCCTc < 2:697205‑M2/150‑2 (MQ=255) gtggGTTATGCACCCAGCGAGATCCAGCACCCGCAGATGGGCCTGCGCAACCTGGTGCACCCCGAGGACCGTGCTGATTATCACAGGGTGCAGGACCTGGCCCTGGCCAGCGACCAGGACTGGTCCTGGCAGGGGCGCATCCTCACCCgg > 1:627205/1‑150 (MQ=255) gtggGTTATGCACCCAGCGAGATCCAGCACCCGCAGATGGGCCTGCGCAACCTGGTGCACCCCGAGGACCGTGCTGATTATCACAGGGTGCAGGACCTGGCCCTGGCCAGCGACCAGGACTGGTCCTGGCAGGGGCGCATCCTCACCCgg < 1:1062915/150‑1 (MQ=255) gggTTATGCACCCAGCGAGATCCAGCACCCGCAGATGGGCCTGCGCAACCTGGTGCACCCCGAGGACCGTGCTGATTATCACAGGGTGCAGGACCTGGCCCTGGCCAGCGACCAGGACTGGTCCTGGCAGGGGCGCATCCTCACCCGGCa > 1:940742/1‑150 (MQ=255) ggTTATGCACCCAGCGAGATCCAGCACCCGCAGATGGGCCTGCGCAACCTGGTGCACCCCGAGGACCGTGCTGATTATCACAGGGTGaggatgcgcccctgccaggaccagtcctggtcgctggccagggccaggtcctgcaccctgtga < 1:923502‑M1/150‑64 (MQ=255) ggTTATGCACCCAGCGAGATCCAGCACCCGCAGATGGGCCTGCGCAACCTGGTGCACCCCGAGGACCGTGCTGATTATCACAGGGTGCAGGACCTGGCCCTGGCCAGCGACCAGGACTGGTCCTGGCAGGGGCGCATCCTCACCCGGCAg < 2:760334/150‑1 (MQ=255) gtATGCACCCGGCGAGATCCAGCACCCGCAGATGGGCCTGCGCAGCCTGGTGCACCCCGAGGACCGTGCTGATTATCACAGGGTGCAGGACCTGGCCCTGGCCAGCGACCAGGACTGGTCCTGGCAGGGGCGCATCCTCACCCGGCAggg > 2:227926/2‑150 (MQ=255) gCACCCAGCGAGATCCAGCACCCGCAGATGGGCCTGCGCAACCTGGTGCACCCCGAGGACCGTGCTGATTATCACAGGGTGCAGGACCTGGCCCTGGCCAGCGACCAGGACTGGTCCTGGCAGGGGCGCATCCTCACCCGGCAGGGCGaa < 1:449161/150‑1 (MQ=255) cACCCAGCGAGATCCAGCACCCGCAGATGGGCCTGCGCAACCTGGTGCACCCCGAGGACCGTGCTGATTATCACAGGGTGCAGGACCTGGCCCTGGCCAGCGACCAGGACTGGTCCTGGCAGGGGCGCATCCTCACCCGGCAGGGCGAAc < 1:752680/150‑1 (MQ=255) cACCCAGCGAGATCCAGCACCCGCAGATGGGCCTGCGCAACCTGGTGCACCCCGAGGACCGTGCTGATTATCACAGGGTGCAGGACCTGGCCCTGGCCAGCGACCAGGACTGGTCCTGGCAGGGGCGCATCCTCACCCGGCAGGGCGAAc > 2:645231/1‑150 (MQ=255) aCCCAGCGAGATCCAGCACCCGCAGATGGGCCTGCGCAACCTGGTGCACCCCGAGGACCGTGCTGATTATCACAGGGTGCAGGACCTGGCCCTGGCCAGCGACCAGGACTGGTCCTGGCAGGGGCGCATCCTCACCCGGCAGGGCGAACa < 1:732793/150‑1 (MQ=255) gCGAGATCCAGCACCCGCAGATGGGCCTGCGCAACCTGGTGCACCCCGAGGACCGTGCTGATTATCACAGGGTGCAGGACCTGGCCCTGGCCAGCGACCAGGACTGGTCCTGGCAGGGGCGCATCCTCACCCGGCAGGGCGAACAGCGCt > 2:994347/1‑150 (MQ=255) gagaTCCAGCACCCGCAGATGGGCCTGCGCAACCTGGTGCACCCCGAGGACCGTGCTGATTATCACAGGGTGaggatgcgcccctgccaggaccagtcctggtcgctggccagggcca < 2:781530‑M1/118‑47 (MQ=255) gagaTCCAGCACCCGCAGATGGGCCTGCGCAACCTGGTGCACCCCGAGGACCGTGCTGATTATCACAGGGTGaggatgcgcccctgccaggaccagtcctggtcgctggccagggcca > 1:781530‑M1/1‑72 (MQ=255) aTCCAGCACCCGCAGATGGGCCTGCGCAACCTGGTGCACCCCGAGGACCGTGCTGATTATCACAGGGTGCAGGACCTGGCCCTGGCCAGCGACCAGGACTGGTCCTGGCAGGGGCGCATCCTCACCCGGCAGGGCGAACAGCGCTGGGct < 2:754661/150‑2 (MQ=255) ccAGTACCCGCAGATGGGCCTGCGCAACCTGGTGCACCCCGAGGACCGTGCTGATTATCACAGGGTGCAGGACCTGGCCCGGGCCAGCGACCAGGACTGGTCCTGGCAGGGGCGCATCCTCACCCGGCAGGGCGAACAGCGCTGGGCCGa < 2:450008/150‑1 (MQ=255) ccAGCACCCGCAGATGGGCCTGCGCAACCTGGTGCACCCCGAGAACCGTGATAATTATCACAGGGTGCAGGACCTGGCCCTGGCCAGCGACCAGGACTGGTCCTGGCAGGGGCGCATCCTCACCCGGCAGGGCGAACAGCGCTGGGCCGa > 1:923063/1‑150 (MQ=255) gCACCCGCAGATGGGCCTGCGCAACCTGGTGCACCCCGAGGACCGTGCTGATTATCACAGGGTGCAGGACCTGGCCCTGGCCAGCGACCAGGACTGGTCCTGGCAGGGGCGCATCCTCACCCGGCAGGGCGAACAGCGCTGGGCCGatat > 2:834817/1‑150 (MQ=255) cACCCGCAGATGGGCCTGCGCAACCTGGTGCACCCCGAGGACCGTGCTGATTATCACAGGGTGCAGGACCTGGCCCTGGCCAGCGACCAGGACTGGTCCTGGCCGAGGAGCACCCTCACCCGGCAGGGCGAACAGCGCTGGGCCGATATc > 1:1096103/1‑150 (MQ=255) cccGCAGATGGACCTGCGCAACCTGGTGCACCCCGAGGACCGTGCTGATTCTCACAGGGTGCAGGACCTGTCCGTGGCCAGCGACCAGGACTGCTCCTGGCAGGGGCGCATCCTCACCCGGCAGGGCGAACAGCGCTGGGCCGATATCaa < 2:584586/150‑1 (MQ=255) aTGGGCCTGCGCAACCTGGTGCACCCCGAGGACCGTGCTGATTATCACAGGGTGCAGGACCTGGCCCTGGCCAGCGACCAGGACTGGTCCTGGCAGGGGCGCATCCTCACCCGGCAGGGCGAACAGCGCTGGGCCGATATCAAGGCCAgc > 1:1052105/1‑150 (MQ=255) gcgcAACCTGGTGCACCCCGAGGACCGTGCTGATTATCACAGGGTGCAGGACCTGGCCCTGGCCAGCGACCAGGACTGGTCCTGGCAGGGGCGCATCCTCACCCGGCAGGGCGAACAGCGCTGGGCCGATATCAAGGCCa > 2:567660/1‑140 (MQ=255) gcgcAACCTGGTGCACCCCGAGGACCGTGCTGATTATCACAGGGTGCAGGACCTGGCCCTGGCCAGCGACCAGGACTGGTCCTGGCAGGGGCGCATCCTCACCCGGCAGGGCGAACAGCGCTGGGCCGATATCAAGGCCa < 1:567660/140‑1 (MQ=255) 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ccGTGCTGATTATCACAGGGTGCAGGACCTGGCCCTGGCCAGCGACCAGGACTGGTCCTGGCAGGGGCGCATCCTCACCCGGCAGGGCGAACAGCGCTGGGCCGATATCAAGGCCAGCGCCCGGCATCTGGGCAACGGCCAGGTAGtgtg > 1:517168/1‑150 (MQ=255) cGTGCTGATTATCACAGGGTGCAGGACCTGGCCCTGGCCAGCGACCAGGACTGGTCCTGGCAGGGGCGCATCCTCACCCGGCAGGGCGAACAGCGCTGGGCCGATATCAAGGCCAGCGCCCGGCATCTGGGCAACGGCCAGGTAGTGTgg > 1:787994/1‑150 (MQ=255) tGCTGATTATCACAGGGTGCAGGACCTGGCCCTGGCCAGCGACCAGGACTGGTCCTGGCAGGGGCGCATCCTCACCCGGCAGGGCGAACAGCGCTGGGCCGATATCAAGGCCAGCGCCCGGCATCTGGGCAACGGCCAGGTAGTGTGGGa < 1:722900/150‑1 (MQ=255) tGCTGATTATCACAGGGTGCAGGACCTGGCCCTGGCCAGCGACCAGGACTGGTCCTGGCAGGGGCGCATCCTCACCCGGCAGGGCGAACAGCGCTGGGCCGATATCAAGGCCAGCGCCCGGCATCTGGGCAACGGCCAGGTAGTGTGGGa > 1:122451/1‑150 (MQ=255) gATTATCACAGGGTGCAGGACCTGGCCCTGGCCAGCGACCAGGACTGGTCCTGGCAGGGGCGCATCCTCACCCGGCAGGGCGAACAGCGCTGGGCCGATATCAAGGCCAGCGCCCGGCATCTGGGCAACGGCCAGGTAGTGTGGGACGgt < 1:994347/150‑1 (MQ=255) gATTATCACAGGGTGCAGGACCTGGCCCTGGCCAGCGACCAGGACTGGTCCTGGCAGGGGCGCATCCTCACCCGGCAGGGCGAACAGCGCTGGGCCGATATCAAGGCCAGCGCCCGGCATCTGGGCAACGGCCAGGTAGTGTGGGACGgt < 2:627205/150‑1 (MQ=255) gATTATCACAGGGTGCAGGACCTGGCCCTGGCCAGCGACCAGGACTGGTCCTGGCAGGGGCGCATCCTCACCCGGCAGGGCGAACAGCGCTGGGCCGATATCAAGGCCAGCGCCCGGCATCTGGGCAACGGCCAGGTAGTGTGGGACGgt > 2:322301/1‑150 (MQ=255) tATCACAGGGTGCAGGACCTGGCCCTGGCCAGCGACCAGGACTGGTCCTGGCAGGGGCGCATCCTCACCCGGCAGGGCGAACAGCGCTGGGCCGATATCAAGGCCAGCGCCCGGCATCTGGGCAACGGCCAGGTAGTGTGGGACGGTGTa > 1:220354/1‑150 (MQ=255) tCACAGGGTGCAGGACCTGGCCCTGGCCAGCGACCAGGACTGGTCCTGGCAGGGGCGCATCCTcaccctgtgataatcagcacggtcctcggggtgcaccaggttgcgcaggcccatctgcgggtgctggatctcgctgggtgcataacc < 1:923502‑M2/150‑88 (MQ=255) tCACAGGGTGCAGGACCTGGCCCTGGCCAGCGACCAGGACTGGTCCTGGCAGGGGCGCATCCTCACCCGGCAGGGCGAACAGCGCTGGGCCGATATCAAGGCCAGCGCCCGGCATCTGGGCAACGGCCAGGTAGTGTGGGACGGTGTAGt > 1:1090964/1‑150 (MQ=255) acaGGGTGCAGGACCTGGCCCTGGCCAGCGACCAGGACTGGTCCTGGCAGGGGCGCATCCTCACCCGGCAGGGCGAACAGCGCTGGGCCGATATCAAGGCCAGCGCCCGGCATCTGGGCAACGGCCAGGTAGTGTGGGACGGTGTAGTCt < 2:122451/150‑1 (MQ=255) aGGGTGCAGGACCTGGCCCTGGCCAGCGACCAGGACTGGTCCTGGCAGGGGCGCATCCTCACCCGGCAGGGCGAACAGCGCTGGGCCGATATCAAGGCCAGCGCCCGGCATCTGGGCAACGGCCAGGTAGTGTGGGACGGTGTAGTCTgg < 2:1097409/150‑1 (MQ=255) gaggatgcgcccctgccaggaccagtcctggtcgctggccagggccaggtcctgcaccctgtgataatcagcacggtcctcggggtgcaccaggttgcgcaggcccatctgcgggtgctggatctcgctgggtgcataacccaccanagc < 2:697205‑M1/150‑150 (MQ=255) | CGTGACCCGGCCGAGGGCGATCTGGAGTTCCCCTATATCAGTGAGGGTAGCGAGGCTTTGGTGGGTTATGCACCCAGCGAGATCCAGCACCCGCAGATGGGCCTGCGCAACCTGGTGCACCCCGAGGACCGTGCTGATTATCACAGGGTGCAGGACCTGGCCCTGGCCAGCGACCAGGACTGGTCCTGGCAGGGGCGCATCCTCACCCGGCAGGGCGAACAGCGCTGGGCCGATATCAAGGCCAGCGCCCGGCATCTGGGCAACGGCCAGGTAGTGTGGGACGGTGTAGTCTGGGACAT > NC_002947/497536‑497834 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |