New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 2337360 = | 46 (1.060) | 5 (0.120) | 5/236 | NT | 10.6% | coding (745/894 nt) | ybhD | DNA‑binding transcriptional regulator |
? | NC_002947 | 2337417 = | 42 (1.040) | coding (688/894 nt) | ybhD | DNA‑binding transcriptional regulator |
AGCGATTTGGCCATTTCTGCAGCAGGATCGAAACGAATTTCTCCGCAGCCGGCGACAGCGATGCGCCGCGCCGGTACACCAGCCCTAGCGTGCGGGTGACTTGCGGCTCGATCAACGGCACGCTCACCAGCG‑TGGGGTGGTCGGCATTGGGCATGG‑‑‑‑‑‑CCAGGCTGGGCATGGCCGACACGCCCAGCCCGGCCTCGACCATGCCCAGCGACGTGGACAGGTGTTGCACTTCGTAGAACCACTTGGGCCGCAGGTTGAGCCCGGACAACGCATGGTCCAGCAGCATGCGGTTGCCA > NC_002947/2337213‑2337505 | aGCGATTTGGCCATTTCTGCAGCAGGATCGAAACGAATTTCTCCGCAGCCGGCGACAGCGATGCGCCGCGCCGGTACACCAGCCCTAGCGTGCGGGTGACTTGCGGCTCGATCAACGGCACGCTCACCAGCG‑TGGGGTGGTCGGCATTgg < 2:234020/150‑1 (MQ=255) aGCGATTTGGCCATTTCTGCAGCAGGATCGAAACGAATTTCTCCGCAGCCGGCGACAGCGATGCGCCGCGCCGGTACACCAGCCCTAGCGTGCGGGTGACTTGCGGCTCGATCAACGGCACGCTCACCAGCG‑TGGGGTGGTCGGCATTgg < 1:37123/150‑1 (MQ=255) gCGATTTGGCCATTTCTGCAGCAGGATCGAAACGAATTTCTCCGCAGCCGGCGACAGCGATGCGCCGCGCCGGTACACCAGCCCTAGCGTGCGGGTGACTTGCGGCTCGATCAACGGCACGCTCACCAGCG‑TGGGGTGGTCGGCATTggg < 2:1128782/150‑1 (MQ=255) cctccgttacctggacagagctggctgattaccgcctgatcggcgtcggccgcctgagtggcaaccgcatgctgctggaccatgcgttgtccgggctcaacctgcggcccaagtggttctacgaagtgcaacacctgtccacgtcgcTgg > 2:1110254‑M1/148‑150 (MQ=255) cctccgttacctggacagagctggctgattaccgcctcatcggcgtcggccgcctgagtggcaaccgcatgctgctggaccatgcgttgtccgggctcaacctgcggcccaagtggttctacgaagtgcaacacctgtccacgtcgcTgg < 1:640737‑M1/3‑1 (MQ=255) ctccgttacctggacagagctggctgattaccgcctgatcggcgtcggccgcctgagtggcaaccgcatgctgctggaccatgcgttgtccgggctcaacctgcggcccaagtggttctacgaagtgcaacacctgtccacgtcgcTggg < 2:1084894‑M1/4‑1 (MQ=255) tttGGCCATTTCTGCAGCAGGATCGAAACGAATTTCTCCGCAGCCGGCGACAGCGATGCGCCGCGCCGGTACACCAGCCCTAGCGTGCGGGTGACTTGCGGCTCGATCAACGGCACGCTCACCAGCG‑TGGGGTGGTCGGCATTGGGCATg < 2:405224/150‑1 (MQ=255) gCCATTTCTGCAGCAGGATCGAAACGAATTTCTCCGCAGCCGGCGACAGCGATGCGCCGCGCCGGTACACCAGCCCTAGCGTGCGGGTCACTTGTGGCTCGATCAACGGCACGCTCACCAGCG‑TGGGGTGGTCGGCATTGGGCATGG‑‑‑‑‑‑CCa > 2:996875/1‑150 (MQ=255) cATTTCTGCAGCAGGATCGAAACGAATTTCTCCGCAGCCGGCGACAGCGATGCGCCGCGCCGGTACACCAGCCCTAGCGTGCGGGTGACTTGCGGCTCGATCAACGGCACGCTCACCAGCG‑TGGGGTGGTCGGCATTGGGCATGG‑‑‑‑‑‑CCAgg > 2:602280/1‑150 (MQ=255) aTTTCTGCAGCAGGATCGAAACGAATTTCTCCGCAGCCGGCGACAGCGATGCGCCGCGCCGGTACACCAGCCCTAGCGTGCGGGTGACTTGCGGCTCGATCAACGGCACGCTCACCAGCG‑TGGGGTGGTCGGCATTGGGCATGG‑‑‑‑‑‑CCAGGc < 1:746855/150‑1 (MQ=255) agcagGATCGAAACGAATTTCTCCGCAGCCGGCGACAGCGATGCGCCGCGCCGGTACACCAGCCCTAGCGTGCGGGTGACTTGCGGCTCGATCAACGGCACGCTCACCAGCG‑TGGGGTGGTCGGCATTGGGCATGG‑‑‑‑‑‑CCAGGATGGGCATg < 1:1082066/150‑1 (MQ=255) agGATCGAAACGAATTTCTCCGCAGCCGGCGACAGCGATGCGCCGCGCCGGTACACCAGCCCTAGCGTGCGGGTGACTTGCGGCTCGATCAACGGCACGCTCACCAGCG‑TGGGGTGGTCGGCATTGGGCATGG‑‑‑‑‑‑CCAGGCTGGGCATGGcc < 2:391799/150‑1 (MQ=255) gATCGAAACGAATTTCTCCGCAGCCGGCGACAGCGATGCGCCGCGCCGGTACACCAGCCCTAGCGTGCTGGTGACTTGCGGCTCGATCAACGGCACGCTCACCAGCGCAAGAATGGGC‑GCAGGGGGCATGG‑‑‑‑‑‑CCAGGCTGGGCATGGCCGa > 2:640737/1‑150 (MQ=255) aaaCGAATTTCTCCGCAGCCGGCGACAGCGATGCGCCGCGCCGGTACACCAGCCCTAGCGTGCGGGTGACTTGCGGCTCGATCAACGGCACGCTCACCAGCG‑TGGGGTGGTCGGCATTGGGCATGG‑‑‑‑‑‑CCAGGCTGGGCATGGCCGACACGc > 1:558665/1‑150 (MQ=255) cGAATTTCTCCGCAGCCGGCGACAGCGATGCGCCGCGCCGGTACACCAGCCCTAGCGTGCGGGTGACTTGCGGCTCGATCAACGGCACGCTCACCAGCG‑TGGGGTGGTCGGCATTGGGCATGG‑‑‑‑‑‑CCAGGCTGGGCATGGCCGACACGCCCa > 1:949686/1‑150 (MQ=255) gAATTTCTCCGCAGCCGGCGACAGCGATGCGCCGCGCCGGTACACCAGCCCTAGCGTGCGGGTGACTTGCGGCTCGATCAACGGCACGCTCACCAGCG‑TGGGGTGGTCGGCATTGGGCATGG‑‑‑‑‑‑CCAGGCTGGGCCTGGCCGACACGCCCAg > 1:258316/1‑150 (MQ=255) tctcCGCAGCCGGCGACAGCGATGCGCCGCGCCGGTACACCAGCCCTAGCGTGCGGGTGACTTGCGGCTCGATCAACGGCACGCTCACCAGCG‑TGGGGTGGTCGGCATTGGGCATGG‑‑‑‑‑‑CCGGGCTGGGCGTGTCGGCCATGCCCAGCCTgg < 2:787712/150‑1 (MQ=255) cggccgcctgagtggcaaccgcatgctgctggaccatgcgttgtccgggctcaacctgcggcccaagtggttctacgaagtgcaacacctgtccacgtcgcTGGGCATGG‑‑‑‑‑‑CCAGGCTGGGCATGGCCGACACGCCCAGCCCGGCCTCGAc > 1:969728‑M1/102‑150 (MQ=255) cGGCGACAGCGATGCGCCGCGCCGGTACACCAGCCCTAGCGTGCGGGTGACTTGCGGCTCGATCAACGGCACGCTGGAAAAGG‑TGGGGTGGTCGGCATTGGGCATGG‑‑‑‑‑‑CCAGGCTGGGCATGGCCGACACGCCCAGCCCGGCCTCGACCac > 1:465945/1‑149 (MQ=255) gACAGCGATGCGCCGCGCCGGTACACCAGCCCTAGCGTGCGGGTGACTTGCGGCTCGATCAACGGCACGCTCACCAGCG‑TGGGGTGGTCGGCATTGGGCATGG‑‑‑‑‑‑CCAGGCTGGGCATGGCCGACACGCCCAGCCCGGCCTCGACCATGccc > 2:331012/1‑150 (MQ=255) gATGCGCCGCGCCGGTACACCAGCCCTAGCGTGCGGGTGACTTGCGGCTCGATCAACGGCACGCTCACCAGCG‑TGGGGTGGTCGGCATTGGGCATGG‑‑‑‑‑‑CCAGGCTGGGCATGGCCGACACGCCCAGCCCGGCCTCGACCATGCCCAGCGAc > 2:749982/1‑150 (MQ=255) aTGCGCCGCGCCGGTACACCAGCCCTAGCGTGCGGGTGACTTGCGGCTCGATCAACGGCACGCTCACCAGCG‑TGGGGTGGTCGGCATTGGGCATGG‑‑‑‑‑‑CCAGGCTGGGCATGGCCGACACGCCCAGCCCGGCCTCGACCATGCCCAGCGACg < 2:258316/150‑1 (MQ=255) ggTACACCAGCCCTAGCGTGCGGGTGACTTGCGGCTCGATCAACGGCACGCTCACCAGCG‑TGGGGTGGTCGGCATTGGGCATGG‑‑‑‑‑‑CCAGGCTGGGCATGGCCGACACGCCCAGCCCGGCCTCGACCATGCCCAGCGACGTGGACAGGTGtt < 1:598003/150‑1 (MQ=255) gTACACCAGCCCTAGCGTGCGGGTGACTTGCGGCTCGATCAACGGCGCGCTCACCAGCG‑TGGGGTGGTCGGCATTGGGCATGG‑‑‑‑‑‑CCAGGCTGGGCATGGCCGACACGCCCAGCCCGGCCTCGACCATGCCCAGCGACGTGGACAGGTGTTg > 1:847899/1‑150 (MQ=255) tcacCAGCCCTAGCGTGCGGGTGACTTGCGGCTCGATCAACGGCACGCTCACCAGCG‑TGGGGTGGTCGGCATTGGGCATGG‑‑‑‑‑‑CCAGGCTGGGCATGGCCGACACGCCCAGCCCGGCCTCGACCATGCCCAGCGACGTGGACAGTTGTGGCa < 2:496183/149‑1 (MQ=255) acCAGCCCTAGCGGGCGGGTAACTTGCTGGTCGATCACCGGCACGCTCACCAGCG‑TGGGGTGGTCGGCATTGGGCATGG‑‑‑‑‑‑CCAGGCTGGGCATGGCCGACACGCCCAGCCCGGCCTCGACCATGCCCAGCGACGTGGACAGGTGTTGCAca > 1:496183/1‑149 (MQ=255) cAGCCCTAGCGTGCGGGTGACTTGCGGCTCGATCAACGGCACGCTCACCAGCG‑TGGGGTGGTCGGCATTGGGCATGG‑‑‑‑‑‑CCAGGCTGGGCATGGCCGACACGCCCAGCCCGGCCTCGACCATGCCCAGCGACGTGGACAGGTGTTGCACTTc > 2:931118/1‑150 (MQ=255) cccTAGCGTGCGGGTGACTTGCGGCTCGATCAACGGCACGCTCACCAGCG‑TGGGGTGGTCGGCATTGGGCATGG‑‑‑‑‑‑CCAGGCTGGGCATGGCCGACACGCCCAGCCCGGCCTCGACCATGCCCAGCGACGTGGACAGGTGTTGCACTTCGTa < 2:558665/150‑1 (MQ=255) cccTAGCGTGCGGGTGACTTGCGGCTCGATCAACGGCACGCTCACCAGCG‑TGGGGTGGTCGGCATTGGGCATGG‑‑‑‑‑‑CCAGGCTGGGCATGGCCGACACGCCCAGCCCGGCCTCGACCATGCCCAGCGACGTGGACAGGTGTTGCACTTCGTa < 1:931118/150‑1 (MQ=255) tAGCGTGCGGGTGACTTGCGGCTCGATCAACGGCACGCTCACCAGCG‑TGGGGTGGTCGGCATTGGGCATGG‑‑‑‑‑‑CCAGGCTGGGCATGGCCGACACGCCCAGCCCGGCCTCGACCATGCCCAGCGACGTGGACAGGTGTTGCACTTCGTAGaa > 1:483063/1‑150 (MQ=255) gCGGGTGACTTGCGGCTCGATCAACGGCACGCTCACCAGCG‑TGGGGTGGTCGGCATTGGGCATGG‑‑‑‑‑‑CCAGGCTGGGCATGGCCGACACGCCCAGCCCGGCCTCGACCATGCCCAGCGACGTGGACAGGTGTTGCACTTCGTAGAACCACtt < 2:329177/150‑1 (MQ=255) ttGNGGCTCGATCAACGGCACGCTCACCAGCG‑TGGGGTGGTCGGCATTGGGCATGG‑‑‑‑‑‑CCAGGCTGGGCATGGCCGACACGCCCAGCCCGGCCTCGACCATGCCCAGCGACGTGGACAGGTGTTGCACTTCGTAGAACCACTTGGGCCGCAg > 2:701754/1‑150 (MQ=255) ttGCGGCTCGATCAACGGCACGCTCACCAGCG‑TGGGGTGGTCGGCATTGGGCATGG‑‑‑‑‑‑CCAGGCTGGGCATGGCCGACACGCCCAGCCCGGCCTCGACCATGCCCAGCGACGTGGACAGGTGTTGCACTTCGTa > 1:331689/1‑132 (MQ=255) ttGCGGCTCGATCAACGGCACGCTCACCAGCG‑TGGGGTGGTCGGCATTGGGCATGG‑‑‑‑‑‑CCAGGCTGGGCATGGCCGACACGCCCAGCCCGGCCTCGACCATGCCCAGCGACGTGGACAGGTGTTGCACTTCGTa < 2:331689/132‑1 (MQ=255) ttGCGGCTCGATCAACGGCACGCTCACCAGCG‑TGGGGTGGTCGGCATTGGGCATGG‑‑‑‑‑‑CCAGGCTGGGCATGGCCGACACGCCCAGCCCGGCCTCGACCATGCCCAGCGACGTGGACAGGTGTTGCACTTCGTAGAACCACTTGGGCCGCAg < 1:71148/150‑1 (MQ=255) gCTCGATCAACGGCACGCTCACCAGCG‑TGGGGTGGTCGGCATTGGGCATGG‑‑‑‑‑‑CCAGGCTGGGCATGGCCGACACGCCCAGCCCGGCCTCGACCATGCCCAGCGACGTGGACAg > 2:549167/1‑112 (MQ=255) gCTCGATCAACGGCACGCTCACCAGCG‑TGGGGTGGTCGGCATTGGGCATGG‑‑‑‑‑‑CCAGGCTGGGCATGGCCGACACGCCCAGCCCGGCCTCGACCATGCCCAGCGACGTGGACAg < 1:549167/112‑1 (MQ=255) gCTCGATCAACGGCACGCTCACCAGCG‑TGGGGTGGTCGGCATTGGGCATGG‑‑‑‑‑‑CCAGGCTGGGCATGGCCGACACGCCCAGCCCGGCCTCGACCATGCCCAGCGACGTGGACAGGTGTTGCACTTCGTAGAACCACTTGGGCCGCAGGTTGa > 1:698287/1‑150 (MQ=255) ccaagtggttctacgaagtgcaacacctgtccacgtcgcTGGGCATGG‑‑‑‑‑‑CCAGGCTGGGCATGGCCGACACGCCCAGCCCGGCCTCGa > 1:448242‑M1/40‑87 (MQ=255) ccaagtggttctacgaagtgcaacacctgtccacgtcgcTGGGCATGG‑‑‑‑‑‑CCAGGCTGGGCATGGCCGACACGCCCAGCCCGGCCTCGa < 2:448242‑M1/48‑1 (MQ=255) aagtggttctacgaagtgcaacacctgtccacgtcgcTGGGCATGGTCGAGGCCAGGCTGGGCATGGCCGACACGCCCAGCCCGGCCTCGACCATGCCCAg > 1:877664‑M1/38‑101 (MQ=255) aagtggttctacgaagtgcaacacctgtccacgtcgcTGGGCATGGTCGAGGCCAGGCTGGGCATGGCCGACACGCCCAGCCCGGCCTCGACCATGCCCAg < 2:877664‑M1/64‑1 (MQ=255) aCGGCACGCTCACCAGCG‑TGGGGTGGTCGGCATTGGGCATGG‑‑‑‑‑‑CCAGGCTGGGCATGGCCGACACGCCCAGCCCg < 1:316136/74‑1 (MQ=255) aCGGCACGCTCACCAGCG‑TGGGGTGGTCGGCATTGGGCATGG‑‑‑‑‑‑CCAGGCTGGGCATGGCCGACACGCCCAGCCCg > 2:316136/1‑74 (MQ=255) gCANGCTCACCAGCG‑TGGGGTGGTCGGCATTGGGCATGG‑‑‑‑‑‑CCAGGCTGGGCATGGCCGACACGCCCAGCCCGGCCTCGACCATGCCCAGCGACGTGGACAGGTGTTGCACTTCGTAGAACCACTTGGGCCGCAGGTTGAGCCCGGACAACg > 2:702689/1‑150 (MQ=255) aCGCTCACCAGCG‑CGGGGTGGTCGGCATTGGGCATGG‑‑‑‑‑‑CCAGGCTGGGCATGGCCGACACGCCCAGCCCGGCCTCGACCATGCCCAGCGACGTGGACAGGTGTTGCACTTCGTAGACCCACTTGGGCCGCAGGTTGAGCCCGGACAACGCa < 1:331012/150‑1 (MQ=255) gCTCACCAGCG‑TGGGGTGGTCGGCATTGGGCATGG‑‑‑‑‑‑CCAGGCTGGGCATGGCCGACACGCCCAGCCCGGCCTCGACCATGCCCAGCGACGTGGACAGGTGTTGCACTTCGTAGAACCACTTGGGCCGCAGGTTGAGCCCGGACAACGCATg > 2:1076030/1‑150 (MQ=255) gCTCACCAGCG‑TGGGGTGGTCGGCATTGGGCATGG‑‑‑‑‑‑CCAGGCTGGGCATGGCCGACACGCCCAGCCCGGCCTCGACCATGCCCAGCGACGTGGACAGGTGTTGCACTTCGTAGAACCACTTGGGCCGCAGGTTGAGCCCGGACAACGCATg > 1:731866/1‑150 (MQ=255) cACCAGCG‑TGGGGTGGTCGGCATTGGGCATGG‑‑‑‑‑‑CCAGGCTGGGCATGGCCGACACGCCCAGCCCGGCCTCGACCATGCCCAGCGACGTGGACAGGTGTTGCACTTCGTAGAAc > 2:1065241/1‑112 (MQ=255) cACCAGCG‑TGGGGTGGTCGGCATTGGGCATGG‑‑‑‑‑‑CCAGGCTGGGCATGGCCGACACGCCCAGCCCGGCCTCGACCATGCCCAGCGACGTGGACAGGTGTTGCACTTCGTAGAAc < 1:1065241/112‑1 (MQ=255) cACCAGCG‑TGGGGTGGTCGGCATTGGGCATGG‑‑‑‑‑‑CCAGGCTGGGCATGGCCGACACGCCCAGCCCGGCCTCGACCATGCCCAGCGACGTGGACAGGTGTTGCACTTCGTAGAACCACTTGGGCCGCAGGTTGAGCCCGGACAACGCATGGTc < 1:822861/150‑1 (MQ=255) aCCAGCG‑TGGGGTGGTCGGCATTGGGCATGG‑‑‑‑‑‑CCAGGCTGGGCATGGCCGACACGCCCAGCCCGGCCTCGACCATGCCCAGCGACGTGGACAGGTGTTGCACTTCGTAGAACCACTTGGGCCGCAGGTTGAGCCCGGACAACGCATGGTcc > 1:156303/1‑150 (MQ=255) cAGCG‑TGGGGTGGTCGGCATTGGGCATGG‑‑‑‑‑‑CCAGGCTGGGCATGGCCGACACGCCCAGCCCGGCCTCGACCATGCCCAGCGACGTGGACAGGTGTTGCACTTCGTAGAACCACTTGGGCCGCAGGTTGAGCCCGGACAACGCATGGTCcag < 1:701754/150‑1 (MQ=255) aGCG‑TGGGGTGGTCGGCATTGGGCATGG‑‑‑‑‑‑CCAGGCTGGGCATGGCCGACACGCCCAGCCCGGCCTCGACCATGCCCAGCGACGTGGACAGGTGTTGCACTTCGTAGAACCCGGTGGGCCGCAGGTTGAGCCCGGACAACGCATGGTCcagc > 1:456675/1‑150 (MQ=255) gtCGGCATTGGGCATGG‑‑‑‑‑‑CCAGGCTGGGCATGGCCGACACGCCCAGCCCGGCCTCGACCATGCCCAGCGACGTGGACAGGTGTTGCACTTCGTAGAACCACTTGGGCCGCAGGt < 2:505119/113‑1 (MQ=255) gtCGGCATTGGGCATGG‑‑‑‑‑‑CCAGGCTGGGCATGGCCGACACGCCCAGCCCGGCCTCGACCATGCCCAGCGACGTGGACAGGTGTTGCACTTCGTAGAACCACTTGGGCCGCAGGt > 1:505119/1‑113 (MQ=255) gtCGGCATTGGGCATGG‑‑‑‑‑‑CCAGGCTGGGCATGGCCGACACGCCCAGCCCGGCCTCGACCATGCACAGCGACGTGGACAGGTGTTGCACTTCGTAGAACCACTTGGGCCGCAGGTTGAGCCGGTGGTGCGCATGGTCCAGCAGCATGCGGtt < 1:29565/150‑1 (MQ=255) gCATTGGGCATGG‑‑‑‑‑‑CCAGGCTGGGCATGGCCGACACGCCCAGCCCGGCCTCGACCATGCCCAGCGACGTGGACAGGTGTTGCACTTCGTAGAACCACTTGGGCCGCAGGTTGAGCCCGGACAACGCATGGTCCAGCAGCATGCGGTTGCCa < 1:702689/150‑1 (MQ=255) gCATTGGGCATGG‑‑‑‑‑‑CCAGGCTGGGCATGGCCGACACGCCCAGCCCGGCCTCGACCATGCCCAGCGACGTGGACAGGTGTTGCACTTCGTAGAACCACTTGGGCCGCAGGTTGAGCCCGGACAACGCATGGTCCAGCAGCATGCGGTTGCCa < 2:847899/150‑1 (MQ=255) | AGCGATTTGGCCATTTCTGCAGCAGGATCGAAACGAATTTCTCCGCAGCCGGCGACAGCGATGCGCCGCGCCGGTACACCAGCCCTAGCGTGCGGGTGACTTGCGGCTCGATCAACGGCACGCTCACCAGCG‑TGGGGTGGTCGGCATTGGGCATGG‑‑‑‑‑‑CCAGGCTGGGCATGGCCGACACGCCCAGCCCGGCCTCGACCATGCCCAGCGACGTGGACAGGTGTTGCACTTCGTAGAACCACTTGGGCCGCAGGTTGAGCCCGGACAACGCATGGTCCAGCAGCATGCGGTTGCCA > NC_002947/2337213‑2337505 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |