New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 5174387 | 39 (0.900) | 3 (0.070) | 3/240 | NT | 7.2% | coding (641/1689 nt) | fadD‑II | long‑chain‑fatty acid‑‑CoA ligase |
? | NC_002947 | = 5174420 | 41 (1.000) | coding (608/1689 nt) | fadD‑II | long‑chain‑fatty acid‑‑CoA ligase |
TCGGGGCCGTGCTGCGAGAAGCAGGCCAGCACTTGCAGCATGTTGGCCACCAGGTTGCCATGGGTGAGCATGGCGCCCTTGGCCAGGCCGGTGGTGCCGCCGGTGTACTGCAGCACCGCGATGTCATCGAGGTTCAGCGACACCGGTTTGGGCGACAGCCCGCGGCCCTCGCGCAGCACCTGCTTGAACGGCACCGCCTGGGGCAACCGGTAGGCCGGCACCATCTTCTTCAACTTGTCGACCACGGTGTTGACCAGCCAGCCCTTGGCGGCCGGCAGCAGGTCACCC > NC_002947/5174282‑5174569 | tCGGGGCCGTGCTGCGAGAAGCAGGCCAGCACTTGCAGCATGTTGGCCACCAGGTTGCCATGGGTGAGCATGGCGCCCTTGGCCAGGCCGGTGGTGCCGCCGGTGTACTGCAGCACCGCGATGTCATCGAGGTTCAGCGACACCGGTTTg < 2:287359/150‑1 (MQ=255) tCGGGGCCGTGCTGCGAGAAGCAGGCCAGCACTTGCAGCATGTTGGCCACCAGGTTGCCATGGGTGAGCATGGCGCCCTTGGCCAGGCCGGTGGTGCCGCCGGTGTACTGCAGCACCGCGATGTCATCGAGGTTCAGCGACACCGGTTTg < 1:499526/150‑1 (MQ=255) gtgCCGTGTTGCGAGAAGCAGGCCAGCACTTGCAGCATGTTGGCCACCAGGTTGCCATGGGTGAGCATGGCGCCCTTGGCCAGGCCGGTGTTGCCGCCGGTTTACTGCAGCACCGCGATGTCATCGAGGTTCAGCGACACCGGTTTGGGc < 1:42207/148‑1 (MQ=255) gagaAGCAGGCCAGCACTTGCAGCATGTTGGCCACCAGGTTGCCATGGGTGAGCATGGCGCCCTTGGCCAGGCCGGTGGTGCCGCCGGTGTACTGCAGCACCGCGATGTCATCGAGGTTCAGCGACACCGGTTTGGGCGACAGCCCGCgg < 1:506820/150‑1 (MQ=255) gaAGCAGGCCAGCACTTGCAGCATGTTGGCCACCAGGTTGCCATGGGTGAGCATGGCGCCCTTGGCCAGGCCGGTGGTGCCGCCGGTGTACTGCAGCACCGCGATGTCATCGAGGTTCAGCGACACCGGTTTGGGCGACAGCCCGCGGcc < 2:98125/150‑1 (MQ=255) gCAGGCCAGCACTTGCAGCATGTTGGCCACCAGGTTGCCATGGGTGAGCATGGCGCCCTTGGCCAGGCCGGTGGTGCCGCCGGTGTACTGCAGCACCGCGATGTCATCGAGGTTCAGCGACACCGGTTTGGGCGACAGCCCGCGGCCCTc > 2:631268/1‑150 (MQ=255) cACTTGCAGCATGTTGGCCACCAGGTTGCCATGGGTGAGCATGGCGCCCTTGGCCAGGCCGGTGGTGCCGCCGGTGTACTGCAGCACCGCGATGTCATCGAGGTTCAGCGACACCGGTTTGGGCGACAGCCCGCGGCCCTCGCGCAGCAc > 1:880412/1‑150 (MQ=255) ttGCAGCATGTTGGCCACCAGGTTGCCATGGGTGAGCATGGCGCCCTTGGCCAGGCCGGTGGTGCCGCCGGTGTACTGCAGCACCGCGATGTCATCGAGGTTCAGCGACACCGGTTTGGGCGACAGCCCGCGGCCCTCGCGCAGCACCTg > 1:109454/1‑150 (MQ=255) cagcaTGTTGGCCACCAGGTTGCCATGGGTGAGCATGGCGCCCTTGGCCAGGCCGGTGGTGCCGCCGGTGTACTGCAGCACCGCGATGTCATCGAGGTTCAGCGACACCGGTTTGGGCGACAGCCCGCGGCCCTCGCGCAGCACCTGCtt > 2:536787/1‑150 (MQ=255) caTGTTGGCCACCAGGTTGCCATGGGTGAGCATGGCGCCCTTGGCCAGGCCGGTGGTGCCGCCGGTGTACTGCAGCACCGCGATGTCATCGAGGTTCAGCGACACCGGTTTGGGCGACAGCCCGCGGCCCTCGCGCAGCACCTGCTTGaa < 2:625889/150‑1 (MQ=255) aTGTTGGCCACCAGGTTGCCATGGGTGAGCATGGCGCCCTTGGCCAGGCCGGTGGTGCCGCCGGTGTACTGCAGCACCGCGATGTCATCGAGGTTCAGCGACACCGGTTTGGGCGACAGCCCGCGGCCCTCGCGCAGCACCTGCTTGAAc < 1:291256/150‑1 (MQ=255) tGGCCACCAGGTTGCCATGGGTGAGCATGGCGCCCTTGGCCAGGCCGGTGGTGCCGCCGGTGTACTGCAGCACCGCGATGTCATCGAGGTTCAGCGACACCGGTTTGGGCGACAGCCCGCGGCCCTCGCGCAGCACCTGCTTGAACGGCa < 1:631268/150‑1 (MQ=255) accaGGTTGCCATGGGTGAGCATGGCGCCCTTGGCCAGGCCGGTGGTGCCGCCGGTGTACTGCAGCACCGCGATGTCATCGAGGTTCAGCGACACCGGTTTGGGCGACAGCCCGCGGCCCTCGCGCAGCACCTGCTTGAACGGCACCGcc > 2:886632/1‑150 (MQ=255) accaGGCTGCCATGGGTGAGCATGGCGCCCTTGGCCAGGCCGGTGGTGCCGCCGGTGTACTGCAGCACCGCGATGTCATCGAGGTTCAGCGACACCGGTTTGGGCGACAGCCCGCGGCCCTCGCGCAGCACCTGCTTGAACGGCACCGcc > 2:727418/1‑150 (MQ=255) gTTGCCATGGGTGAGCATGGCGCCCTTGGCCAGGCCGGTGGTGCCGCCGGTGTACTGCAGCACCGCGATGTCATCGAGGTTCAGCGACACCGGTTTGGGCGACa > 1:383141/1‑104 (MQ=255) gTTGCCATGGGTGAGCATGGCGCCCTTGGCCAGGCCGGTGGTGCCGCCGGTGTACTGCAGCACCGCGATGTCATCGAGGTTCAGCGACACCGGTTTGGGCGACa < 2:383141/104‑1 (MQ=255) ttGCCATGGGTGAGCATGGCGCCCTTGGCCAGGCCGGTGGTGCCGCCGGTGTACTGCAGCACCGCGATGTCATCGAGGTTCAGCGACACCGGTTTGGGCGACAGCCCGCGGCCCTCGCGCAGCACCTGCTTGAACGGCACCGCCTGGGGc > 1:1064596/1‑150 (MQ=255) cATGGGTGAGCATGGCGCCCTTGGCCAGGCCGGTGGTGCCGCCGGTGTACTGCAGCACCGCGATGTCATCGAGGTTCAGCGACACCGGTTTGGGCGACAGCCCGCGGCCCTCGCGCAGCACCTGCTTGAACGGCACCGCCTGGGGCAAcc > 1:101980/1‑150 (MQ=255) aGCATGGCGCCCTTGGCCAGGCCGGTGGTGCCGCCGGTGTACTGCAGCACCGCGATGTCATCGAGGTTCAGCGACACCGGTTTGGGCGACAGCCCGCGGCCCTCGCGCAGCACCTGCTTGAACGGCACCGCCTGGGGCAACCGGTAGGcc < 2:989226/150‑1 (MQ=255) aGCATGGCGCCCTTGGCCAGGCCGGTGGTGCCGCCGGTGTACTGCAGCACCGCGATGACATCGAGGTTCAGCGACCGCGTGTTGGGCGACAGCCCGCGGCCCTCGCGCAGCACCTGCTTGAACGGCACCGCCTGGGGCAACCGGTAGGcc > 1:135360/1‑150 (MQ=39) cTTGGCCAGGCCGGTGGTGCCGCCGGTGTACTGCAGCACCGCGATGTCATCGAGGTTCAGCGACACCGGTTTGGGCGACAGCCCGCGGCCCTCGCGCAGCACCTGCTTGAACGGCACCGCCTGGGGCAACCGGTAGGCCGGCACCAtctt < 1:81472/150‑1 (MQ=255) ttGGCCAGGCCGGTGGTGCCGCCGGTGTACTGCAGCACCGCGATGTCATCGAGGTTCAGCGACACCGGTGTGGGCGACCGCCCGCGGCCCTCGCGCAGCACCTGCTTGAACTGCACCGCCTGGGGCAACCGGTAGGCCGGCACCAtcttc < 1:629373/150‑1 (MQ=255) ccAGGCCGGTGGTGCCGCCGGTGTACTGCAGCACCGCGATGTCATCGAGGTTCAGCGACACCGGTTTGGGCGACAGCCCGCGGCCCTCGCGCAGCACCTGCTTGAACGGCACCGCCTGGGGCAACCGGTAGGCCGGCACCATCTTCTTCa > 2:724510/1‑150 (MQ=255) cAGGCCGGTGGTGCCGCCGGTGTACTGCAGCACCGCGATGTCATCGAGGTTCAGCGACACCGGTTTGGGCGACAGCCCGCGGCCCTCGCGCAGCACCTGCTTGAACGGCACCGCCTGGGGCAACCGGTAGGCCGGCACCATCTTCTTCaa < 1:727418/150‑1 (MQ=255) cAGGCCGGTGGTGCCGCCGGTGTACTGCAGCACCGCGATGTCATCGAGGTTCAGCGACACCGGTTTGGGCGACAGCCCGCGGCCCTCGCGCAGCACCTGCTTGAACGGCACCGCCTGGGGCAACCGGTAGGCCGGCACCATCTTCTTCaa > 2:961281/1‑150 (MQ=255) aGGCCGGTGGTGCCGCCGGTGTACTGCAGCACCGCGATGTCATCGAGGTTCAGCGACACCGGTTTGGGCGACAGCCCGCGGCCCTCGCGCAGCACCTGCTTGAACGGCACCGCCTGGGGCAACCGGTAGGCCGGCACCATCTTCTTCAAc > 2:783584/1‑150 (MQ=255) ggtggtGCCGCCGGTGTACTGCAGCACCGCGATGTCATCGAGGTTCAGCGACACCGGTTTGGGCGACAGCCCGCGGCCCTCGCGCAGCACCTGCTTGAACGGCACCGCCTGGGGCAACCGGTAGGCCGGCACCATCTTCTTCAACTTGTc < 2:880412/150‑1 (MQ=255) ggtgCCGCCGGTGTACTGCAGCACCGCGATGTCATCGAGGTTCAGCGACACCGGTTTGGGCGACAGCCCGCGGCCCTCGCGCAGCACCTGCTTGAACGGCACCGCCTGGGGCAACCGGTAGGCCGGCACCAtct > 2:627631/1‑134 (MQ=255) ggtgCCGCCGGTGTACTGCAGCACCGCGATGTCATCGAGGTTCAGCGACACCGGTTTGGGCGACAGCCCGCGGCCCTCGCGCAGCACCTGCTTGAACGGCACCGCCTGGGGCAACCGGTAGGCCGGCACCAtct < 1:627631/134‑1 (MQ=255) ccgccgGTGTACTGCAGCACCGCGATGTCATCGAGGTTCAGCGACACCGGTTTGGGCGACAGCCCGCGGCCCTCGCGCAGCACCTGCTTGAACGGCACCGCCTGGGGCAACCGGTAGGCCGGCACCATCTTCTTCAACTTGTCGACCACg < 1:783584/150‑1 (MQ=255) gccgGTGTACTGCAGAACCGCGATGTCATCGAGGTTCAGCGACACCGGTTTGGGCGACAGCCCGCGGCCCTCGCGCAGCACCTGCTTGAACGGCACCGCCTGGGGCAACCGGTAGGCCGGCACCATCTTCTTCAACTTGTCGCCCACGgt > 1:934909/1‑150 (MQ=255) ccgGTGTACTGCAGCACCGCGATGTCATCGAGGTTCAGCGacaccggcggcaccaccggcctggccaagggcgccatgctcacccatggcaacctggtggccaacatgctgcaagtgctggcctgcttctcgcagcacggccccgatggg < 1:488612‑M2/150‑111 (MQ=255) gtgtACTGCAGCACCGCGATGTCATCGAGGTTCAGCGacaccggcggcaccaccggcctggccaagggcgccatgctcacccatggcaacctggtgg > 2:803007‑M2/1‑37 (MQ=255) gtgtACTGCAGCACCGCGATGTCATCGAGGTTCAGCGacaccggcggcaccaccggcctggccaagggcgccatgctcacccatggcaacctggtgg < 1:803007‑M2/97‑61 (MQ=255) tgtNCTGCAGCACCGCGATGTCATCGAGGTTCAGCGACACCGGTTTGGGCGACAGCCCGCGGCCCTCGCGCAGCACCTGCTTGAACGGCACCGCCTGGGGCAACCGGTAGGCCGGCACCATCTTCTTCAACTTGTCGACCACGGTGTTGa > 2:694788/1‑150 (MQ=255) cagcaCCGCGATGTCATCGAGGTTCAGCGACACCGGTTTGGGCGACAGCCCGCGGCCCTCGCGCAGCACCTGCTTGAACGGCACCGCCTGGGGCAACCGGTAGGCCGGCACCATCTTCTTCAACTTGTCGACCACGGTGTTGAccagcca < 1:81747/150‑1 (MQ=255) agcaCCGCGATGTCATCGAGGTTCAGCGACACCGGTTTGGGCGACAGCCCGCGGCCCTCGCGCAGCACCTGCTTGAACGGCACCGCCTggg < 2:1478/91‑1 (MQ=255) agcaCCGCGATGTCATCGAGGTTCAGCGACACCGGTTTGGGCGACAGCCCGCGGCCCTCGCGCAGCACCTGCTTGAACGGCACCGCCTggg > 1:1478/1‑91 (MQ=255) aTGTCATCGAGGTTCAGCGACACCGGTTTGGGCGACAGCCCGCGGCCCTCGCGCAGCACCTGCTTGAACGGCACCGCCTGGGGCAACCGGTAGGCCGGCACCATCTTCTTCAACTTGTCGACCACGGTGTTGACCAGCCAGCCCTTggcg > 1:279247/1‑150 (MQ=255) tGTCATCGAGGTTCAGCGACACCGGTTTGGGCGACAGCCCGCGGCCCTCGCGCAGCACCTGCTTGAACGGCACCGCGATTACATTTTGGTAGGCCGGCACCATCTTCTTCAACTTGTCGACCACCGTGTTGACCAGCCAGCCCTTggcgg > 1:911512/1‑150 (MQ=255) cATCGAGGTTCAGCGACACCGGTTTGGGCGACAGCCCGCGGCCCTCGCGCAGCACCTGCTTGAACGGCACCGCCTGGGGCAACCGGTAGGCCGGCACCATCTTCTTCAACTTGTCGACCACGGTGTTGACCAGCCAGCCCTTGGcggccg < 2:1064596/150‑1 (MQ=255) cATCGAGGTTCAGCGACACCGGTTTGGGCGACAGCCCGCGGCCCTCGCGCAGCACCTGCTTGAACGGCACCGCCTGGGGCAACCGGTAGGCCGGCACCATCTTCTTCAACTTGTCGACCACGGTGTTGACCAGCCAGCCCTTGGcggccg > 2:459994/1‑150 (MQ=255) aTCGAGGTTCAGCGACACCGGTTTGGGCGACAGCCCGCGGCCCTCGCGCAGCACCTGCTTGAACGGCACCGCCTGGGGCAACCGGTAGGCCGGCACCATCTTCTTCAACTTGTCGACCACGGTGTTGACCAGCCAGCCCTTGGcggccgg > 1:1118787/1‑150 (MQ=255) aTCGAGGTTCAGCGACACCGGTTTGGGCGACAGCCCGCGGCCCTCGCGCAGCACCTGCTTGAACGGCACCGCCTGGGGCAACCGGTAGGCCGGCACCATCTTCTTCAACTTGTCGACCACGGTGTTGACCAGCCAGCCCTTGGcggccgg > 2:521359/1‑150 (MQ=255) gTTCAGCGACACCGGTTTGGGCGACAGCCCGCGGCCCTCGCGCAGCACCTGCTTGAACGGCACCGCCTGGGGCAACCGGTAGGCCGGCACCATCTTCTTCAACTTGTCGACCACGGTGTTGACCAGCCAGCCCTTGGCGGCCGGcagcag < 1:459994/150‑1 (MQ=255) gTTCAGCGACACCGGTTTGGGCGACAGCCCGCGGCCCTCGCGCAGCACCTGCTTGAACGGCACCGCCTGGGGCAACCGGTAGGCCGGCACCATCTTCTTCAACTTGTCGACCACGGTGTTGACCAGCCAGCCCTTGGCGGCCGGcagcag < 2:101980/150‑1 (MQ=255) aGCGACACCGGTTTGGGCGACAGCCTGTTTCCGTCGCGCAGCACCTGCTTGAACGGCACCGCCTGGGGCAACCGGTAGGCCGGCACCATCTTCTTCAACTTGTCGACCACGGTGTTGACCAGCCAGCCCTTGGCGGCCGGCAGCAGGTCa > 1:29697/1‑150 (MQ=255) gCGACACCGGTTTGGGCGACAGCCCGCGGCCCTCGCGCAGCACCTGCTTGAACGGCACCGCCTGGGGCAACCGGTAGGCCGGCACCATCTTCTTCAACTTGTCGACCACGGTGTTGACCAGCCAGCCCTTGGCGGCCGGCAGCAGGTCAc < 1:24645/150‑1 (MQ=255) gCGACACCGGTTTGGGCGACAGCCCGCGGCCCTCGCGCAGCACCTGCTTGAACGGCACCGCCTGGGGCAACCGGTAGGCCGGCACCATCTTCTTCAACTTGTCGACCACGGTGTTGACCAGCCAGCCCTTGGCGGCCGGCAGCAGGTCAc < 2:544561/150‑1 (MQ=255) gCGACACCGGATTGGGCGACAGCCCGCGGCCCTCGCGCAGCACCTGCTTGAACGGCACCGCCTGGGGCAACCGGTAGGCCGGCACCATCTTCTTCAACTTGTCGACCACGGTGTTGACCAGCCAGCCCTTGGCGGCCGGCAGCAGGTCAc > 2:220461/1‑150 (MQ=255) gACACCGGTTTGGGCGACAGCCCGCGGCCCTCGCGCAGCACCTGCTTGAACGGCACCGCCTGGGGCGACCGGTAGGCCGGCACCATCTTCTTCCACTTGTCGACCACGGTGTTGACCAGCCCGCCCTTGGCGGCCGGCAGCAGGTCAccc < 2:583823/150‑1 (MQ=255) gACACCGGTTTGGGCGACAGCCCGCGGCCCTCGCGCAGCACCTGCTTGAACGGCACCGCCTGGGGCAACCGGTAGGCCGGCACCATCTTCTTCAACTTGTCGACCACGGTGTTGACCAGCCAGCCCTTGGCGGCCGGCAGCAGGTCAccc < 2:279247/150‑1 (MQ=255) | TCGGGGCCGTGCTGCGAGAAGCAGGCCAGCACTTGCAGCATGTTGGCCACCAGGTTGCCATGGGTGAGCATGGCGCCCTTGGCCAGGCCGGTGGTGCCGCCGGTGTACTGCAGCACCGCGATGTCATCGAGGTTCAGCGACACCGGTTTGGGCGACAGCCCGCGGCCCTCGCGCAGCACCTGCTTGAACGGCACCGCCTGGGGCAACCGGTAGGCCGGCACCATCTTCTTCAACTTGTCGACCACGGTGTTGACCAGCCAGCCCTTGGCGGCCGGCAGCAGGTCACCC > NC_002947/5174282‑5174569 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |