| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_002947 | 1,738,046 | Δ39,415 bp | [yffB]–PP_5476 | 59 genes [yffB], PP_1532, PP_1533, PP_1534, PP_1535, PP_1536, PP_1537, PP_5472, PP_1538, PP_1539, PP_1540, PP_1541, PP_1542, PP_1543, PP_1544, PP_1545, PP_1546, PP_5473, PP_5474, PP_1548, PP_5744, PP_1549, PP_1550, PP_1551, PP_1552, PP_1553, PP_1554, PP_1555, PP_1556, PP_1557, PP_1558, PP_1559, PP_1560, PP_1561, PP_1562, PP_1563, PP_1564, PP_1565, PP_1566, PP_1567, PP_1568, PP_1569, PP_1570, PP_1571, PP_1572, PP_1573, PP_1574, PP_1575, PP_1576, PP_1577, PP_1578, PP_5475, PP_1579, PP_1580, PP_1581, PP_1582, PP_1583, PP_1584, PP_5476 |
|
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_002947 | 1738046 | 1777460 | 39415 | 68 [0] | [2] 69 | [yffB]–PP_5476 | [yffB],PP_1532,PP_1533,PP_1534,PP_1535,PP_1536,PP_1537,PP_5472,PP_1538,PP_1539,PP_1540,PP_1541,PP_1542,PP_1543,PP_1544,PP_1545,PP_1546,PP_5473,PP_5474,PP_1548,PP_5744,PP_1549,PP_1550,PP_1551,PP_1552,PP_1553,PP_1554,PP_1555,PP_1556,PP_1557,PP_1558,PP_1559,PP_1560,PP_1561,PP_1562,PP_1563,PP_1564,PP_1565,PP_1566,PP_1567,PP_1568,PP_1569,PP_1570,PP_1571,PP_1572,PP_1573,PP_1574,PP_1575,PP_1576,PP_1577,PP_1578,PP_5475,PP_1579,PP_1580,PP_1581,PP_1582,PP_1583,PP_1584,PP_5476 |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | = 1738045 | 0 (0.000) | 56 (0.880) | 48/228 | 0.3 | 98.2% | coding (16/348 nt) | yffB | glutathione‑dependent thiol reductase |
| ? | NC_002947 | 1777461 = | 2 (0.030) | intergenic (+153/+139) | PP_5476/PP_1585 | hypothetical protein/antidote protein | |||||
CCAAAATGCATCCGTAAACACCTGATTCTATTGGGGTCGAAACGAACAAAAAAGGCGCAATTCCGATGCGCCATATTTGCTTTAAGGCATTGATTTAACTGGGCTTTAGTCGGTTTAACTTGGCGTCCCAGGCTTTGATGCCGTAGAGCGTGTAGGTCATTGTGTACATTGGGGTTGCAAGTAGCCCCAATCTCTCCGTTTTTCGATGTCAGTCGCGGGATTATGCGGGAACGATCCTCGCGGCGCCACGCCCGTGGCGCCCCTGTTTATTGATCAGGATGTGTTCAAGCG > NC_002947/1777316‑1777606 | cttcccagccgtgttcgtcacaccagcggttcaggctgtcacggtcgatgccttgggttttgtaatcatggaattcgtaggcgatggctttgtcttcgagccaggtacgcgcctttttcatggtgtcacaggctttgatgccgtaGAGCg > 2:1241115‑M2/146‑150 (MQ=255) ttcccagccgtgttcgtcgcaccagcggttcaggctgtcacggtcgatgccttgggttttgtaatcatggaattcgtaggcgatggctttgtcttcgagccaggtacgcgcctttttcatggtgtcacaggctttgatgccgtagagagt > 1:1677275‑M2/145‑147 (MQ=255) ttcccagccgtgttcgtcgcaccagcggttcaggctgtcacggtcgatgccttgggttttgtaatcatggaattcgtaggcgatggctttgtcttcgagccaggtacgcgcctttttcatggtgtcacaggctttgatgccgtaGAGCgt > 2:1035548‑M2/145‑150 (MQ=255) ttcccagccgtgttcgtcgcaccagcggttcaggctgtcacggtcgatgccttgggttttgtaatcatggaattcgtaggcgatggctttgtcttcgagccaggtacgcgcctttttcatggtgtcacaggctttgatgccgtaGAGCgt > 2:1782937‑M2/145‑150 (MQ=255) ttcccagccgtgttcgtcgcaccagcggttcaggctgtcacggtcgatgccttgggttttgtaatcatggaattcgtaggcgatggctttgtcttcgagccaggtacgcgcctttttcatggtgtcacaggctttgatgccgtaGAGCgt < 2:1254685‑M2/6‑1 (MQ=255) tcccagccgtgttcgtcgcaccagcggttcaggctgtcacggtcgatgccttgggttttgtaatcatggaattcgtaggcgatggctttgtcttcgagccaggtacgcgcctttttcatggtgtcacaggctttgatgccgtaGAGCgtg < 1:1213636‑M2/7‑1 (MQ=255) cccagccgtgttcgtcgcaccagcggttcaggctgtcacggtcgatgccttgggttttgtaatcatggaattcgtaggcgatggctttgtcttcgagccaggtacgcgcatttttcatggtggcacaggcttggatgccgtaGAGCgtgt > 2:1404399‑M2/143‑150 (MQ=255) cagccgtgttcgtcgcaccagcggttcaggctgtcacggtcgatgccttgggttttgtaatcatggaattcgtaggcgatggctttgtcttcgagccaggtacgcgcctttttcatggtgtcacaggctttgatgccgtaGAGCGTGTAg < 2:1818231‑M2/10‑1 (MQ=255) agccgtgttcgtcgcaccagcggttcaggctgtcacggtcgatgccttgggttttgtaatcatggaattcgtaggcgatggctttgtcttcgagccaggtacgcgcctttttcatggtgtcacaggctttgatgccgtaGAGCGTGTAgg < 2:941988‑M2/11‑1 (MQ=255) ccgtgttcgtcgcaccagcggttcaggctgtcacggtcgatgccttgggttttgtaatcatggaattcgtaggcgatggctttgtcttcgagccaggtacgcgcctttttcatggtgtcacaggctttgatgccgtaGAGCGTGTACGTc > 2:467826‑M2/138‑150 (MQ=255) tgttcgtcgcaccagcggttcaggctgtcacggtcgatgccttgggttttgtaatcatggaattcgtaggcgatggctttgtcttcgagccaggtacgcgcctttttcatggtgtcacaggctttgatgccgtaGAGCGTGTAGGTCAtt < 1:1424391‑M2/16‑1 (MQ=255) tcgtcgcaccagcggttcaggctgtcacggtcgatgccttgggttttgtaatcatggaattcgtaggcgatggctttgtcttcgagccaggtacgcgcctttttcatggtgtcacaggctttgatgccgtaGAGCGTGTAGGTCATtgtg < 1:1550599‑M2/19‑1 (MQ=255) tcgcaccagcggttcaggctgtcacggtcgatgccttgggttttgtaatcatggaattcgtaggcgatggctttgtcttcgagccaggtacgcgcctttttcatggtgtcacaggctttgatgccgtaGAGCGTGTAGGTCATTGTGTAc > 1:1570051‑M2/129‑150 (MQ=255) 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2:891521‑M2/20‑1 (MQ=255) ttgggttttgtaatcatggaattcgtaggcgatggctttgtcttcgagccaggtacgcgcctttttcatggtgtcacaggctttgatgccgtaGAGCGTGTAGGTCATTGTGTACATTGGGGTTGCAAGTAGCCCCAATCTCTCCGtttt > 1:948136‑M2/94‑150 (MQ=255) ttgggttttgtaatcatggaattcgtaggcgatggctttgtctgcgagccaggtacgcgcctttttcatggtgtcacaggctttgatgccgtaGAGCGTGTAGGTCATTgtgt > 1:891521‑M2/94‑113 (MQ=255) ttttgtaatcatggaattcgtaggcgatggctttgtcttcgagccaggtacgcgcctttttcatggtgtcacaggctttgatgccgtaGAGCGTGTAGGTCATTGTGTACATTGGGGTTGCAAGTAGCCCCAATCTCTCCGTTTTTCGAt < 1:1241115‑M2/62‑1 (MQ=255) atcatggaattcgtaggcgatggctttgtcttcgagccaggtacgcgcctttttcatggtgtcacaggctttgatgccgtaGAGCGTGTAGGTCATTGTGTACa < 2:1091640‑M2/23‑1 (MQ=255) atcatggaattcgtaggcgatggctttgtcttcgagccaggtacgcgcctttttcatggtgtcacaggctttgatgccgtaGAGCGTGTAGGTCATTGTGTACa > 1:1091640‑M2/82‑104 (MQ=255) atggaattcgtaggcgatggctttgtcttcgagccaggtacgcgcctttttcatggtgtcacaggctttgatgccgtaGAGCGTGTAGGTCATTGTGTACATTGGGGTTGCAAGTAGCCCCAATCTCTCCGTTTTTCGa < 1:1000180‑M2/61‑1 (MQ=255) atggaattcgtaggcgatggctttgtcttcgagccaggtacgcgcctttttcatggtgtcacaggctttgatgccgtaGAGCGTGTAGGTCATTGTGTACATTGGGGTTGCAAGTAGCCCCAATCTCTCCGTTTTTCGa > 2:1000180‑M2/79‑139 (MQ=255) aattcgtaggcgatggctttgtcttcgagccaggtacgcgcctttttcatggtgtcacaggctttgatgccgtaGAGCGTGTAGGTCATTGTGTACATTGGGGTTGCAAGTAGCCCCAATCTCTCCGTTTTTCGATGTCAGTcgcg < 1:969467‑M2/72‑1 (MQ=255) aattcgtaggcgatggctttgtcttcgagccaggtacgcgcctttttcatggtgtcacaggctttgatgccgtaGAGCGTGTAGGTCATTGTGTACATTGGGGTTGCAAGTAGCCCCAATCTCTCCGTTTTTCGATGTCAGTcgcg > 2:969467‑M2/75‑146 (MQ=255) taggcgatggatttgtcttagacctaggtacgaggttgtttctttatgtcataggcgttgatgccgtaTAGCGTGTAGGTCATTGTGTACATTGGGGTTGCAAGTAGCCCCAATCTCTCCGTTTTTCGATGTCAGTCGCGGGATTATGCg < 2:945939‑M2/82‑1 (MQ=255) gatggctttgtcttcgagccaggtacgcgcctttttcatggtgtcacaggctttgatgccgtaGAGCGTGTAGGTCATTGTGTACATTGGGGTTGCAAGTAGCCCCAATCTCTCCGTTTTTCGATGTCAGTCGCGGGATTATGCGGGAAc > 1:473556‑M2/64‑150 (MQ=255) 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gagccaggtacgcgcctttttcatggtgtcacaggctttgatgccgtaGAGCGTGTAGGTCATTGTGTACATTGGGGTTGCAAGTAGCCCCAATCTCTCCGTTTTTCGATGTCAGTCGCGGGATTATGCGGGAACGATCCTCGCGGCGcc < 1:397094‑M2/102‑1 (MQ=255) gccaggtacgcgcctttttcatggtgtcacaggctttgatgccgtaGAGCGTGTAGGTCATTGTGTACATTGGGGTTGCAAGTAGCCCCAATCTCTCCGTTTTTCGATGTCAGTCGCgg > 1:1838766‑M2/47‑119 (MQ=255) gccaggtacgcgcctttttcatggtgtcacaggctttgatgccgtaGAGCGTGTAGGTCATTGTGTACATTGGGGTTGCAAGTAGCCCCAATCTCTCCGTTTTTCGATGTCAGTCGCgg < 2:1838766‑M2/73‑1 (MQ=255) ccaggtacgcgcctttttcatggtgtcacaggctttgatgccgtaGAGCGTGTAGGTCATTGTGTACATTGGGGTTGCAAGTAGCCCCAATCTCTCCGTTTTTCGATGTCAGTCGCGGGATTATGCGGGAACGATCCTCGCGGCGCCACg > 2:34526‑M2/46‑150 (MQ=255) aggtacgcgcctttttcatggtgtcacaggctttgatgccgtaGAGCGTGTAGGTCATTGTGTACATTGGGGTTGCAAGTAGCCCCAATCTCTCCGTTTTTCGATGTCAGTCGCGGGATTATGCGGGAACGATCCTCgcggc < 2:1541987‑M2/99‑1 (MQ=255) aggtacgcgcctttttcatggtgtcacaggctttgatgccgtaGAGCGTGTAGGTCATTGTGTACATTGGGGTTGCAAGTAGCCCCAATCTCTCCGTTTTTCGATGTCAGTCGCGGGATTATGCGGGAACGATCCTCgcggc > 1:1541987‑M2/44‑142 (MQ=255) acgcgcctttttcatggtgtcacaggctttgatgccgtaGAGCGTGTAGGTCATTGTGTACATTGGGGTTGCAAGTAGCCCCAATCTCTCCGTTTTTCGATGTCAGTCGCGGGATTATGCGGGAACGATCCTCGCGGCGCCACGCCCGTg < 1:1099216‑M2/111‑1 (MQ=255) gcctttttcatggtgtcacaggctttgatgccgtaGAGCGTGTAGGTCATTGTGTACATTGGGGTTGCAAGTAGCCCCAATCTCTCCGTTTTTCGATGTCAGTCGCGGGATTATGCGGGAACGATCCTCGCGGCGCCACGCCCGTGgcgc > 1:190214‑M2/36‑150 (MQ=255) ctttttcatggtgtcacaggctttgatgccgtaGAGCGTGTAGGTCATTGTGTACATTGGGGTTGCAAGTAGCCCCAATCTCTCCGTTTTTCGATGTCAGTCGCGGGATTATGCGGGAACGATCCTCGCGGCGCCACGCCCGTGGCGccc < 2:473556‑M2/117‑1 (MQ=255) ggtgtcacaggctttgatgccgtaGAGCGTGTAGGTCATTGTGTACATTGGGGTTGCAAGTAGCCCCAATCTCTCCGTTTTTCGATGTCAGTCGCGGGATTATGCGGGAACGATCCTCGCGGCGCCACGCCCGTGGCGCCCCTGTTTAtt > 1:920617‑M2/25‑150 (MQ=255) gtgtcacaggctttgatgccgtaGAGCGTGTAGGTCATTGTGTACATTGGGGTTGCAAGTAGCCCCAATCTCTCCGTTTTTCGATGTCAGTCGCGGGATTATGCGGGAACGATCCTCGCGGCGCCACGCCCGTGGCGCCCCTGTTTATTg < 1:1273524‑M2/127‑1 (MQ=255) tgtcacaggctttgatgccgtaGAGCGTGTAGGTCATTGTGTACATTGGGGTTGCAAGTAGCCCCAATCTCTCCGTTTTTCGATGTCAGTCGCGGGATTATGCGGGAACGATCCTCGCGGCGCCACGCCCGTGGCGCCCCTGTTTATTGa > 2:258395‑M2/23‑150 (MQ=255) cacaggctttgatgccgtaGAGCGTGTAGGTCATTGTGTACATTGGGGTTGCAAGTAGCCCCAATCTCTCCGTTTTTCGATGTCAGTCGCGGGATTATGCGGGAACGATCCTCGCGGCGCCACGCCCGTGGCGCCCCTGTTTATTGATCa < 1:1782937‑M2/131‑1 (MQ=255) acaggctttgatgccgtaGAGCGTGTAGGTCATTGTGTACATTGGGGTTGCAAGTAGCCCCAATCTCTGCGTTTTTAGATGTCAGTCGCGGGAGTATGCGGGAACGATCCTCGCCGCGCCACGCCCGTGGCGCCCCTGTTTATTGATCAg > 1:873043‑M2/19‑150 (MQ=255) acaggctttgatgccgtaGAGCGTGTAGGTCATTGTGTACATTGGGGTTGCAAGTAGCCCCAATCTCTCCGTTTTTCGATGTCAGTCGCGGGATTATGCGGGAACGATCCTCGCGGCGCCACGCCCGTGGCGccc < 1:996682‑M2/117‑1 (MQ=255) acaggctttgatgccgtaGAGCGTGTAGGTCATTGTGTACATTGGGGTTGCAAGTAGCCCCAATCTCTCCGTTTTTCGATGTCAGTCGCGGGATTATGCGGGAACGATCCTCGCGGCGCCACGCCCGTGGCGCCCCTGTTTATTGATCAg > 2:1771195‑M2/19‑150 (MQ=255) 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cgtaGAGCGTGTAGGTCATTGTGTACATTGGGGTTGCAAGTAGCCCCAATCTCTCCGTTTTTCGATGTCAGTCGCGGGATTATGCGGGAACGATCCTCGCGGCGCCACGCCCGTGGCGCCCCTGTTTATTGATCAGGATGTGTTCAAGCg < 1:711549‑M2/146‑1 (MQ=255) | CCAAAATGCATCCGTAAACACCTGATTCTATTGGGGTCGAAACGAACAAAAAAGGCGCAATTCCGATGCGCCATATTTGCTTTAAGGCATTGATTTAACTGGGCTTTAGTCGGTTTAACTTGGCGTCCCAGGCTTTGATGCCGTAGAGCGTGTAGGTCATTGTGTACATTGGGGTTGCAAGTAGCCCCAATCTCTCCGTTTTTCGATGTCAGTCGCGGGATTATGCGGGAACGATCCTCGCGGCGCCACGCCCGTGGCGCCCCTGTTTATTGATCAGGATGTGTTCAAGCG > NC_002947/1777316‑1777606 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |