New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 5506609 = | 91 (1.030) | 12 (0.180) | 11/190 | NT | 19.6% | intergenic (+20/‑179) | PP_4839/cycA | iron‑regulated membrane protein/D‑alanine/beta‑alanine/D‑serine/glycine permease |
? | NC_002947 | 5506680 = | 29 (0.430) | intergenic (+91/‑108) | PP_4839/cycA | iron‑regulated membrane protein/D‑alanine/beta‑alanine/D‑serine/glycine permease |
Only 100 of 134 total aligned reads displayed.
CTGGAAGGCGGCAGTGGCCGTGATGCTGGTGCTGGGGGTGATGTTCCCGCTGGTGGGGGTGTCGATGGTGGTGATGTGGGGGGTGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGAGG‑GACCGCGTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTACAGGCGAAATGCTGAGCCGAAAATGCAGAGTCGATCTGTCGCGCCCCGATCTGGAACGCGCGTGTTAGCCTAGC > NC_002947/5506460‑5506757 | cTGGAAGGCGGCAGTGGCCGTGATGCTGGTGCTGGGGGTGATGTTCCCGCTGGTGGGGGTGTCGATGGTGGTGATGTGGGGGGTGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTg < 1:1167509/150‑1 (MQ=255) cTGGAAGGCGGCAGTGGCCGTGATGCTGGTGCTGGGGGTGATGTTCCCGCTGGTGGGGGTGTCGATGGTGGTGATGTGGGGGGTGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTg < 1:1841426/150‑1 (MQ=255) gtgcggttcatctgtcgctatgggtgaggtttgcgtcataggctgcagtcttcttgtcagaggtagccggctaggctaacacgcgcgttccagatcggggcgcgacagatcgactctgcattttcggctcagcatttcgcctgtaccGGc > 2:1034522‑M1/148‑150 (MQ=255) gtgcggttcatctgtcgctatgggtgaggtttgcgtcataggctgcagtcttcttgtcagaggtagccggctaggctaacacgcgcgttccagatcggggcgcgacagatcgactctgcattttcggctcagcatttcgcctgtaccGGc > 1:2173788‑M1/148‑150 (MQ=255) gtgcggttcatctgtcgctatgggtgaggtttgcgtcataggctgcagtcttcttgtcagaggtagccggctaggctaacacgcgcgttccagatcggggcgcgacagatcgactctgcattttcggctcagcatttcgcctgtaccGGc < 1:1528985‑M1/3‑1 (MQ=255) ggAAGGCGGCAGTGGCCGTGATGCTGGTGCTGGGGGTGATGTTCCCGCTGTGGGTGGTGTCGATGGTGGTGATGTGGGGGGTGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGc < 1:2260292/150‑1 (MQ=255) ggAAGGCGGCAGTGGCCGTGATGCTGGTGCTGGGGGTGATGTTCCCGCTGGTGGGGGTGTCGATGGTGGTGATGTGGGGGGTGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGc > 1:952322/1‑150 (MQ=255) gAAGGCGGCAGTGGCCGTGATGCTGGTGCTGGGGGTGATGTTCCCGCTGGTGGGGGTGTCGATGGTGGTGATGTGGGGGGTGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGcc > 1:2169349/1‑150 (MQ=255) gAAGGCGGCAGTGGCCGTGATGCTGGTGCTGGGGGTGATGCTCCCGCTGGTGGGGGTGTCGATGGTGGTGATGTGGGGGGTGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGcc > 1:2234310/1‑150 (MQ=255) ggttcatctgtcgctatgggtgaggtttgcgtcataggctgcagtcttcttgtcagaggtagccggctaggctaacacgcgcgttccagatcggggcgcgacagatcgactctgcattttcggctcagcatttcgcctgtaccGGCctct < 1:107607‑M1/7‑1 (MQ=255) ggttcatctgtcgctatgggtgaggtttgcgtcataggctgcagtcttcttgtcagaggtagccggctaggctaacacgcgcgttccagatcggggcgcgacagatcgactctgcattttcggctcagcatttcgcctgtaccGGCctct < 1:107934‑M1/7‑1 (MQ=255) gttcatctgtcgctatgggtgaggtttgcgtcataggctgcagtcttcttgtcagaggtagccggctaggctaacacgcgcgttccagatcggggcgcgacagatcgactctgcattttcggctcagcatttcgcctgtaccGGCCTCtt < 1:692334‑M1/8‑1 (MQ=255) ttcatctgtcgctatgggtgaggtttgcgtcataggctgcagtcttcttgtcagaggtagccggctaggctaacacgcgcgttccagatcggggcgcgacagatcgactctgcattttcggctcagcatttcgcctgtaccGGCCTCTTc < 1:1187700‑M1/9‑1 (MQ=255) ggcAGTGGCCGTGATGCTGGTGCTGGGGGTGATGTTCCCGCTGGTGGGGGTGTCGATGGTGGTGATGTGGGGGGTGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTcg > 2:2041037/1‑150 (MQ=255) tctgtcgctatgggtgaggtttgcgtcataggctgcagtcttcttgtcagaggtagccggctaggctaacacgcgtgttccagatcggggcgcgacagatcgactctgcattttcggctcagcatttcgcctgtaccGGCCTCTTCGCgg > 1:1908595‑M1/138‑150 (MQ=255) tctgtcgctatgggtgaggtttgcgtcataggctgcagtcttcttgtcagaggtagccggctaggctaacacgcgcgttccagatcggggcgcgacagatcgactctgcattttcggctcagcatttcgcctgtaccGGCCTCTTCGCgg > 2:1426619‑M1/138‑150 (MQ=255) tatgggtgaggtttgcgtcataggatgcagtcttcttgtcagaggtagccggctaggctaacacgcgcgttccagatcggggcgcgacagatcgactctgcattttcggctcagcatttcgcctgtgctGGCCTCTTCGCGGGTAAAccc < 2:854326‑M1/21‑1 (MQ=255) ggaggctggtgctggGGGTGATGTTCCTGCTGGGGGGTGTGTCTATGGTGGTGATGTGGGGGGTGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAAccc < 1:571272/146‑1 (MQ=255) tgggtgaggtttgcgtcataggctgcagtcttcttgtcagaggtagccggctaggctaacacgcgcgttccagatcggggcgcgacagatcgactctgcattttcggctcagcatttcgcctgtaccGGCctc < 1:1025540‑M1/6‑1 (MQ=255) tgggtgaggtttgcgtcataggctgcagtcttcttgtcagaggtagccggctaggctaacacgcgcgttccagatcggggcgcgacagatcgactctgcattttcggctcagcatttcgcctgtaccGGCctc > 2:1025540‑M1/128‑133 (MQ=255) aTGCTGGTGCTGGGGGTGATGTTCCCGCTGGTGGGGGTGTCGATGGTGGTGATGTGGGGGGTGGATAGTTTGGTGTTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGc < 2:1940688/150‑1 (MQ=255) aTGCTGGTGCTGGGGGTGATGTTCCCGCTGGTGGGGGTGTCGATGGTGGTGATGTGGGGGGTGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGc < 2:2293791/150‑1 (MQ=255) gtgaggtttgcgtcataggctgcagtcttcttgtcagaggtagccggctaggctaacacgcgcgttccagatcggggcgcgacagatcgactctgcattttcggctcagcatttcgcctgtaccGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTcc > 2:1528985‑M1/125‑150 (MQ=255) 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gggTGATGTTCCCGCTGGTGGGGGTGTCGATGGTGGTGATGTGGGGGGTGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCggg < 1:1574561/128‑1 (MQ=255) gggTGATGTTCCCGCTGGTGGGGGTGTCGATGGTGGTGATGTGGGGGGTGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCggg > 2:1574561/1‑128 (MQ=255) gTGATGTTCCCGCTGGTGGGGGTGTCGATGGTGGTGATGTGGGGGGTGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTAGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGAGG‑GACcg > 1:424498/1‑150 (MQ=255) tGATGTTCCCGCTGGTGGGGGTGTCGATGGTGGTGATGTGGGGGGTGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGAGG‑GACcgc > 1:382604/1‑150 (MQ=255) tGTTCCCGCTGGTGGGGGTGTCGATGGTGGTGATGTGGGGGGTGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCgg < 2:12031/121‑1 (MQ=255) tGTTCCCGCTGGTGGGGGTGTCGATGGTGGTGATGTGGGGGGTGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGAGG‑GACCGCGtt > 1:1366884/1‑150 (MQ=255) tGTTCCCGCTGGTGGGGGTGTCGATGGTGGTGATGTGGGGGGTGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGAGG‑GACCGCGtt < 1:1656828/150‑1 (MQ=255) gTTCCCGCTGGTGGGGGTGTCGATGGTGGTGATGTGGGGGGTGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGAGG‑GACCGCGTTg > 2:692334/1‑150 (MQ=255) gTTCCCGCGGGTGGGGGTGTGGATGGTGGTGGTGTGGGGGGTGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGAGG‑GACCGCGTTg < 2:587882/150‑1 (MQ=255) ttCCCGCTGGTGGGGGTGTCGATGGTGGTGATGTGGGGGGTGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCgg > 2:1177871/1‑119 (MQ=255) ttCCCGCTGGTGGGGGTGTCGATGGTGGTGATGTGGGGGGTGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCgg < 1:1177871/119‑1 (MQ=255) ttCCCGCTGGTGGGGGTGTCGATGGTGGTGATGTGGGGGGTGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGAGG‑GACCGCGTTGt > 2:162809/1‑150 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cttcttgtcagaggtagccggctaggctaacacgcgcgttccagatcggggcgcgacagatcgactctgcattttcggctcagcatttcgcctgtaccGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGAGG‑GACCGCGTTGTAGGAGCgg > 2:428813‑M1/99‑150 (MQ=255) gtggGGGTGTCGATGGTGGTGATGTGGGGGGTGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGAGG‑GACCGCGTTGTAGGAGCggg < 2:2234310/150‑1 (MQ=255) tggGGGTGTCGATGGTGGTGATGTGGGGGGTGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTTTAAGATAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGAGG‑GACCGCGTTGTAGGAGCGGGt < 1:531283/150‑1 (MQ=39) tggGGGTGTCGATGGTGGTGATGTGGGGGGTGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTAGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGAGG‑GACCGCGTTGTAGGAGCGGGt < 2:424498/150‑1 (MQ=255) ggggTGTCGATGGTGGTGATGTGGGGGGTGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTaaa < 1:1690926/112‑1 (MQ=255) ggggTGTCGATGGTGGTGATGTGGGGGGTGGATAGTTTGGTGGGGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTaaa > 2:1690926/1‑112 (MQ=255) 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tgAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGAGG‑GACCGCGTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAaga > 1:1341043/1‑118 (MQ=255) tgAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGAGG‑GACCGCGTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAaga < 2:1341043/118‑1 (MQ=255) ccgccgGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGAGG‑GACCGCGTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTACAGGCGAAATGCTGAGCCGAAAATGCAGAGt < 2:515962/150‑1 (MQ=255) ccgGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCATTGTGGGGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGAGG‑GACCGCGTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTACAGGCGAAATGCTGAGCCGAAAATGCAGAGTCGa > 1:62247/1‑150 (MQ=255) gggTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGAGG‑GACCGCGTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGc < 1:2032204/109‑1 (MQ=255) tcgactctgcattttcggctcagcatttcgcctgtaccGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGAGG‑GACCGCGTTGTAGGAGCggg < 1:936981‑M1/53‑1 (MQ=255) ttGGCCAGCGCTTTAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGTCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGAGG‑GACCGCGTGGTAGGAGCGGGTTTCCCCGAGAAGAGGCCGGTACAGGCGAAATGCTGAGCCGAAAATGCAGAGTCGATCTGTcg < 2:417276/150‑1 (MQ=38) gCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGAGG‑GACCGCGTTGt < 2:2195866/75‑1 (MQ=255) aGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGAGG‑GACCGCGTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTACAGGCGAAATGCTGAGCCGAAAATGCAGAGTCGATCTGTCGCGcccc < 1:1941951/150‑1 (MQ=255) ttGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGAGG‑GACCGCGTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTACAGGCGAAATGCTGAGCCGAAAATGCAGAGTCGATCTGTCGCGCCCCGATCt < 2:675648/150‑1 (MQ=255) gctcagcatttcgcctgtaccGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGAGG‑GACCGCGTTGt > 2:1905618‑M1/22‑65 (MQ=255) ccTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGAGG‑GACCGCGTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTACAGGCGAAATGCTGAGCCGAAAATGCAGAGTCGATCTGTCGCGCCCCGATCTGGAAc < 2:2215072/150‑1 (MQ=255) cTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGAGG‑GACCGCGTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTACAGGCGAAATGCTGAGCCGAAAATGCAGAGTCGa < 2:498666/126‑1 (MQ=255) cTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGAGG‑GACCGCGTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTACAGGCGAAATGCTGAGCCGAAAATGCAGAGTCGa > 1:498666/1‑126 (MQ=255) atttcgcctgtaccGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAACGCGGTCCC‑TCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCGAAATGCTGAGCCGAAAATGCAGAGTCGATCTGTCGCGCCCCGATCTGGAAcgcgc < 1:854326‑M1/136‑1 (MQ=255) tgtTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGAGG‑GACCGCGTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTACAGGCGAAATGCTGAGCCGAAAATGCAGAGTCGATCTGTCGCGCCCCGATCTGGAAcgcgcg < 2:945968/150‑1 (MQ=255) gtTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGAGG‑GACCGCGTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTACAGGCGAAATGCTGAGCAGAAAATGCAGAGTCGATCTGTCGCGCCCCGATCTGGAACGCGCgt > 2:1866280/1‑150 (MQ=255) ccTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGAGG‑GACCGCGTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTACAGGCGAAATGCTGAGCCGAAAATGCAGAGTCGATCTGTCGCGCCCCGATCTGGAACGCGCGTGTta > 1:2136995/1‑150 (MQ=255) cTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGAGG‑GACCGCGTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTACAGGCGAAATGCTGAGCCGAAAATGCAGAGTCGATCTGTCGCGCCCCGATCTGGAACGCGCGTGTtag > 1:1640439/1‑150 (MQ=255) tGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGAGG‑GACCGCGTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTACAGGCGAAATGCTGAGCCGAAAATGCAGAGTCGATCTGTCGCGCCCCGATCTGGAACGCGCGTGTtagcctagc > 2:1647635/1‑150 (MQ=255) | CTGGAAGGCGGCAGTGGCCGTGATGCTGGTGCTGGGGGTGATGTTCCCGCTGGTGGGGGTGTCGATGGTGGTGATGTGGGGGGTGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGAGG‑GACCGCGTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTACAGGCGAAATGCTGAGCCGAAAATGCAGAGTCGATCTGTCGCGCCCCGATCTGGAACGCGCGTGTTAGCCTAGC > NC_002947/5506460‑5506757 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |