| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 161003 = | 335 (1.170) | 13 (0.060) | 8/124 | NT | 5.7% | intergenic (+17/+114) | deoB/phnE_1 | Phosphopentomutase/Phosphate‑import permease protein PhnE |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 161059 = | 174 (0.780) | intergenic (+73/+58) | deoB/phnE_1 | Phosphopentomutase/Phosphate‑import permease protein PhnE | |||||
Only 100 of 170 total aligned reads displayed.
ATCAGGATACTCCTAAATAAGAAGTCCTACCGTCTTACGTTTCTCTATTATAATAAAAACAGCAGTGAAGAAAACTATTGTTATAGTTAACTTCACTGCTGTTTTTAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/161110‑161003‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑cttcactgctgtttttatTATAATAGAGAAACGTAAGACGGTAGGACTTCTTATTTAGGAGTATCCTGATTTAATGTTAAACAATACGTTTTCGGATTGAACCGGAAA > USA300TCH1516_ALE/161059‑161148 ATCAGGATACTCCTAAATAAGAAGTCCTACCGTCTTACGTTTCTCTATTATAATAAAAACAGCAGTGAAGAAAACTATTGTTATAGTTAAC > 2:2757659/1‑91 TCAGGATACTCCTAAATAAGAAGTCCTACCGTCTTACGTTTCTCTATTATAATAAAAACAGCAGTGAAGAAAACTATTGTTATAGTTAACT > 1:887011/1‑91 CAGGATACTCCTAAATAAGAAGTCCTACCGTCTTACGTTTCTCTATTATAATAAAAACAGCAGTGAAGAAAACTATTGTTATAGTTAACTT > 1:4109679/1‑91 CAGGATACTCCTAAATAAGAAGTCCTACCGTCTTACGTTTCTCTATTATAATAAAAACAGCAGTGAAGAAAACTATTGTTATAGTTAACTT < 1:2208569/91‑1 CAGGATACTCCTAAATAAGAAGTCCTACCGTCTTACGTTTCTCTATTATAATAAAAACAGCAGTGAAGAAAACTATTGTTATAGTTAACTT > 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USA300TCH1516_ALE/161059‑161148 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |