| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 161003 = | 335 (1.170) | 13 (0.060) | 8/124 | NT | 5.7% | intergenic (+17/+114) | deoB/phnE_1 | Phosphopentomutase/Phosphate‑import permease protein PhnE |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 161059 = | 174 (0.780) | intergenic (+73/+58) | deoB/phnE_1 | Phosphopentomutase/Phosphate‑import permease protein PhnE | |||||
Only 100 of 487 total aligned reads displayed.
GTGCAACTATAGCAGATAATTTCAACGTAACATTACCAGAGTTCGGTAAAAGTTATTTAAAGGAATTGAAATAGAATAAATTTAGATATTATAAAAACAGCAGTGAAGTTAACTATAACAATAGTTTTCTTCACTGCTGTTTTTATTATAATAGAGAAACGTAAGACGGTAGGACTTCTTA > USA300TCH1516_ALE/160913‑161093 | tttccggttcaatccgaaaacgtattgtttaacattaaatcaggatactcctaaataagaagtcctaccgtcttacgtttctctattataa > 2:2126159‑M1/91‑91 (MQ=255)tttccggttcaatccgaaaacgtattgtttaacattaaatcaggatactcctaaataagaagtcctaccgtcttacgtttctctattataa < 2:5306073‑M1/1‑1 (MQ=255) ttccggttcaatccgaaaacgtattgtttaacattaaatcaggatactcctaaataagaagtcctaccgtcttacgtttctctattataat < 1:3624299‑M1/2‑1 (MQ=255) ccggttcaatccgaaaacgtattgtttaacattaaatcaggatactcctaaataagaagtcctaccgtcttacgtttctctattataataa < 1:2489183‑M1/4‑1 (MQ=255) cggttcaatccgaaaacgtattgtttaacattaaatcaggatactcctaaataagaagtcctaccgtcttacgtttctctattataATaaa < 2:3560584‑M1/5‑1 (MQ=255) cggttcaatccgaaaacgtattgtttaacattaaatcaggatactcctaaataagaagtcctaccgtcttacgtttctctattataATaaa < 1:4850854‑M1/5‑1 (MQ=255) gttcaatccgaaaacgtattgtttaacattaaatcaggatactcctaaataagaagtcctaccgtcttacgtttctctattataATaaaaa > 1:661147‑M1/85‑91 (MQ=255) gttcaatccgaaaacgtattgtttaacattaaatcaggatactcctaaataagaagtcctaccgtcttacgtttctctattataATaaaaa < 1:2010105‑M1/7‑1 (MQ=255) cTATAGCAGATAATTTCAACGTAACATTACCAGAGTTCGGTAAAAGTTATTTAAAGGAATTGAAATAGAATAAATTTAGATATTATaaaaa > 1:5058657/1‑91 (MQ=255) cTATAGCAGATAATTTCAACGTAACATTACCAGAGTTCGGTAAAAGTTATTTAAAGGAATTGAAATAGAATAAATTTAGATATTATaaaaa > 2:5103869/1‑91 (MQ=255) tataGCAGATAATTTCAACGTAACATTACCAGAGTTCGGTAAAAGTTATTTAAAGGAATTGAAATAGAATAAATTTAGATATTATAAAAAc < 2:2364007/91‑1 (MQ=255) ataGCAGATAATTTCAACGTAACATTACCAGAGTTCGGTAAAAGTTATTTAAAGGAATTGAAATAGAATAAATTTAGATATTATAAAAAca > 1:624690/1‑91 (MQ=255) taGCAGATAATTTCAACGTAACATTACCAGAGTTCGGTAAAAGTTATTTAAAGGAATTGAAATAGAATAAATTTAGATATTATAAAAAcag > 2:4436007/1‑91 (MQ=255) caatccgaaaacgtattgtttaacattaaatcaggatactcctaaataagaagtcctaccgtcttacgtttctctattataATAAAAAcag < 2:474165‑M1/10‑1 (MQ=255) 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ccgaaaacgtattgtttaacattaaatcaggatactcctaaataagaagtcctaccgtcttacgtttctctattataATAAAAACAGCAGt < 2:3642538‑M1/14‑1 (MQ=255) ccgaaaacgtattgtttaacattaaatcaggatactcctaaataagaagtcctaccgtcttacgtttctctattataATAAAAACAGCAGt < 2:3479318‑M1/14‑1 (MQ=255) aGATAATTTCAACGTAACATTACCAGAGTTCGGTAAAAGTTATTTAAAGGAATTGAAATAGAATAAATTTAGATATTATAAAAACAGCAGt < 1:1428337/91‑1 (MQ=255) aGATAATTTCAACGTAACATTACCAGAGTTCGGTAAAAGTTATTTAAAGGAATTGAAATAGAATAAATTTAGATATTATAAAAACAGCAGt > 2:614778/1‑91 (MQ=255) aGATAATTTCAACGTAACATTACCAGAGTTCGGTAAAAGTTATTTAAAGGAATTGAAATAGAATAAATTTAGATATTATAAAAACAGCAGt < 2:332487/91‑1 (MQ=255) aTAATTTCAACGTAACATTACCAGAGTTCGGTAAAAGTTATTTAAAGGAATTGAAATAGAATAAATTTAGATATTATAAAAACAGCAGTGa < 1:2830365/91‑1 (MQ=255) aaaacgtattgtttaacattaaatcaggatactcctaaataagaagtcctaccgtcttacgtttctctattataATAAAAACAGCAGTGaa > 1:2579721‑M1/75‑91 (MQ=255) aaacgtattgtttaacattaaatcaggatactcctaaataagaagtcctaccgtcttacgtttctctattataATAAAAACAGCAGTGAAg < 1:3554600‑M1/18‑1 (MQ=255) aaacgtattgtttaacattaaatcaggatactcctaaataagaagtcctaccgtcttacgtttctctattataATAAAAACAGCAGTGAAg < 1:4591837‑M1/18‑1 (MQ=255) aTTTCAACGTAACATTACCAGAGTTCGGTAAAAGTTATTTAAAGGAATTGAAATAGAATAAATTTAGATATTATAAAAACAGCAGTGAAGt < 2:1478995/91‑1 (MQ=255) tttCAACGTAACATTACCAGAGTTCGGTAAAAGTTATTTAAAGGAATTGAAATAGAATAAATTTAGATATTATAAAAACAGCAGTGAAGtt > 1:1807099/1‑91 (MQ=255) tCAACGTAACATTACCAGAGTTCGGTAAAAGTTATTTAAAGGAATTGAAATAGAATAAATTTAGATATTATAAAAACAGCAGTGAAGTTaa > 1:2327936/1‑91 (MQ=255) tCAACGTAACATTACCAGAGTTCGGTAAAAGTTATTTAAAGGAATTGAAATAGAATAAATTTAGATATTATAAAAACAGCAGTGAAGTTaa > 1:3327797/1‑91 (MQ=255) tCAACGTAACATTACCAGAGTTCGGTAAAAGTTATTTAAAGGAATTGAAATAGAATAAATTTAGATATTATAAAAACAGCAGTGAAGTTaa < 1:440678/91‑1 (MQ=255) aaCGTAACATTACCAGAGTTCGGTAAAAGTTATTTAAAGGAATTGAAATAGAATAAATTTAGATATTATAAAAACAGCAGTGAAGTTAACt < 1:4296726/91‑1 (MQ=255) aCGTAACATTACCAGAGTTCGGTAAAAGTTATTTAAAGGAATTGAAATAGAATAAATTTAGATATTATAAAAACAGCAGTGAAGTTAACta > 2:2778223/1‑91 (MQ=255) aCGTAACATTACCAGAGTTCGGTAAAAGTTATTTAAAGGAATTGAAATAGAATAAATTTAGATATTATAAAAACAGCAGTGAAGTTAACta > 1:5407435/1‑91 (MQ=255) gTAACATTACCAGAGTTCGGTAAAAGTTATTTAAAGGAATTGAAATAGAATAAATTTAGATATTATAAAAACAGCAGTGAAGTTAACtata < 2:392278/91‑1 (MQ=255) aCATTACCAGAGTTCGGTAAAAGTTATTTAAAGGAATTGAAATAGAATAAATTTAGATATTATAAAAACAGCAGTGAAGTTAACTATAACa > 2:1645166/1‑91 (MQ=255) aCATTACCAGAGTTCGGTAAAAGTTATTTAAAGGAATTGAAATAGAATAAATTTAGATATTATAAAAACAGCAGTGAAGTTAACTATAACa < 2:2445304/91‑1 (MQ=255) cATTACCAGAGTTCGGTAAAAGTTATTTAAAGGAATTGAAATAGAATAAATTTAGATATTATAAAAACAGCAGTGAAGTTAACTATAACaa < 2:5654469/91‑1 (MQ=255) acattaaatcaggatactcctaaataagaagtcctaccgtcttacgtttctctattataATAAAAACAGCAGTGAAGTTAACTATAACAAt > 1:4980163‑M1/60‑91 (MQ=255) aTTACCAGAGTTCGGTAAAAGTTATTTAAAGGAATTGAAATAGAATAAATTTAGATATTATAAAAACAGCAGTGAAGTTAACTATAACAAt < 2:4240708/91‑1 (MQ=255) aTTACCAGAGTTCGGTAAAAGTTATTTAAAGGAATTGAAATAGAATAAATTTAGATATTATAAAAACAGCAGTGAAGTTAACTATAACAAt < 2:304598/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |