| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 221178 = | 281 (0.980) | 12 (0.050) | 9/146 | NT | 5.1% | intergenic (‑224/+50) | ipdC/ptsG_1 | Indole‑3‑pyruvate decarboxylase/PTS system glucose‑specific EIICBA component |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 221218 = | 195 (0.740) | intergenic (‑264/+10) | ipdC/ptsG_1 | Indole‑3‑pyruvate decarboxylase/PTS system glucose‑specific EIICBA component | |||||
AACATGGCAACATTTCATTTGGCGATCAATTATTTGAAGCTAAATAATGCTTACTATAAACAGGTGCGTATACCTTCATAAGGTGACGCGCCTGTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/221274‑221178‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑cctgtttATAGTAAGCATTATTTAGCTTCAAATAATTGATCGCCAAATGAAATGTTGCCATGTTCACCTTGTTTAAAATCAAGGTTTGTAATGTTTC > USA300TCH1516_ALE/221218‑221307 AACATGGCAACATTTCATTTGGCGATCAATTATTTGAAGCTAAATAATGCTTACTATAAACAGGTGCGTATACCTTCATAAGGTGACGCGC < 2:989402/91‑1AACATGGCAACATTTCATTTGGCGATCAATTATTTGAAGCTAAATAATGCTTACTATAAACAGGTGCGTATACCTTCATAAGGTGACGCGC < 1:2891151/91‑1 ACATGGCAACATTTCATTTGGCGATCAATTATTTGAAGCTAAATAGTGCTTACTATAAACAGGTGCGTATACCTTCATAAGGTGACGCGCC > 2:5480472/1‑91 ACATGGCAACATTTCATTTGGCGATCAATTATTTGAAGCTAAATAGTGCTTACTATAAACAGGTGCGTATACCTTCATAAGGTGACGCGCC > 2:5480133/1‑91 ACATGGCAACATTTCATTTGGCGATCAATTATTTGAAGCTAAATACTGCTTACTATAAACAGGTGCGTATACCTTCATAAGGTGACGCGCC > 2:4034348/1‑91 ACATGGCAACATTTCATTTGGCGATCAATTATTTGAAGCTAAATAATGCTTACTATAAACAGGTGCGTATACCTTCATAAGGTGACGCGCC > 2:572544/1‑91 ACATGGCAACATTTCATTTGGCGATCAATTATTTGAAGCTAAATAATGCTTACTATAAACAGGTGCGTATACCTTCATAAGGTGACGCGCC > 1:2012093/1‑91 ACATGGCAACATTTCATTTGGCGATCAATTATTTGAAGCTAAATAATGCTTACTATAAACAGGTGCGTATACCTTCATAAGGTGACGCGCC > 2:5479464/1‑91 ACATGGCAACATTTCATTTGGCGATCAATTATTTGAAGCTAAATAATGCTTACTATAAACAGGTGCGTATACCTTCATAAGGTGACGCGCC > 1:5579456/1‑91 ACATGGCAACATTTCATTTGGCGATCAATTATTTGAAGCTAAATAATGCTTACTATAAACAGGTGCGTATACCTTCATAAGGTGACGCGCC < 1:3241595/91‑1 ACATGGCAACATTTCATTTGGCGATCAATTATTTGAAGCTAAATAATGCTTACTATAAACAGGTGCGTATACCTTCATAAGGTGACGCGCC < 2:1808856/91‑1 CATGGCAACATTTCATTTGGCGATCAATTATTTGAAGCTAAATAATGCTTACTATAAACAGGTGCGTATACCTTCATAAGGTGACGCGCCT > 1:4457711/1‑91 CATGGCAACATTTCATTTGGCGATCAATTATTTGAAGCTAAATAATGCTTACTATAAACAGGTGCGTATACCTTCATAAGGTGACGCGCCT < 2:1101348/91‑1 CATGGCAACATTTCATTTGGCGATCAATTATTTGAAGCTAAATAATGCTTACTATAAACAGGTGCGTATACCTTCATAAGGTGACGCGCCT > 1:2878677/1‑91 ATGGCAACATTTCATTTGGCGATCAATTATTTGAAGCTAAATAATGCTTACTATAAACAGGTGCGTATACCTTCATAAGGTGACGCGCCTG < 2:3438150/91‑1 ATGGCAACATTTCATTTGGCGATCAATTATTTGAAGCTAAATAATGCTTACTATAAACAGGTGCGTATACCTTCATAAGGTGACGCGCCTG < 2:3878331/91‑1 ATGGCAACATTTCATTTGGCGATCAATTATTTGAAGCTAAATAATGCTTACTATAAACAGGTGCGTATACCTTCATAAGGTGACGCGCCTG < 1:543834/91‑1 ATGGCAACATTTCATTTGGCGATCAATTATTTGAAGCTAAATAATGCTTACTATAAACAGGTGCGTATACCTTCATAAGGTGACGCGCCTG > 1:1229111/1‑91 ATGGCAACATTTCATTTGGCGATCAATTATTTGAAGCTAAATAATGCTTACTATAAACAGGTGCGTATACCTTCATAAGGTGACGCGCCTG > 1:394155/1‑91 TGGCAACATTTCATTTGGCGATCAATTATTTGAAGCTAAATAATGCTTACTATAAACAGGTGCGTATACCTTCATAAGGTGACGCGCCTGT < 1:4299692/91‑1 TGGCAACATTTCATTTGGCGATCAATTATTTGAAGCTAAATAATGCTTACTATAAACAGGTGCGTATACCTTCATAAGGTGACGCGCCTGT < 1:2461500/91‑1 GGCAACATTTCATTTGGCGATCAATTATTTGAAGCTAAATAATGCTTACTATAAACAGGTGCGTATACCTTCATAAGGTGACGCGCCTGTT < 2:929544/91‑1 GGCAACATTTCATTTGGCGATCAATTATTTGAAGCTAAATAATGCTTACTATAAACAGGTGCGTATACCTTCATAAGGTGACGCGCCTGTT < 1:4547253/91‑1 GGCAACATTTCATTTGGCGATCAATTATTTGAAGCTAAATAATGCTTACTATAAACAGGTGCGTATACCTTCATAAGGTGACGCGCCTGTT < 2:929505/91‑1 GGCAACATTTCATTTGGCGATCAATTATTTGAAGCTAAATAATGCTTACTATAAACAGGTGCGTATACCTTCATAAGGTGACGCGCCTGTT < 1:4435409/91‑1 GGCAACATTTCATTTGGCGATCAATTATTTGAAGCTAAATAATGCTTACTATAAACAGGTGCGTATACCTTCATAAGGTGACGCGCCTGTT < 2:5167910/91‑1 GGCAACATTTCATTTGGCGATCAATTATTTGAAGCTAAATAATGCTTACTATAAACAGGTGCGTATACCTTCATAAGGTGACGCGCCTGTT > 2:3153624/1‑91 GGCAACATTTCATTTGGCGATCAATTATTTGAAGCTAAATAATGCTTACTATAAACAGGTGCGTATACCTTCATAAGGTGACGCGCCTGTT > 1:60779/1‑91 GGCAACATTTCATTTGGCGATCAATTATTTGAAGCTAAATAATGCTTACTATAAACAGGTGCGTATACCTTCATAAGGTGACGCGCCTGTT < 2:1084890/91‑1 GCAACATTTCATTTGGCGATCAATTATTTGAAGCTAAATAATGCTTACTATAAACAGGTGCGTATACCTTCATAAGGTGACGCGCCTGTTT > 2:857995/1‑91 GCAACATTTCATTTGGCGATCAATTATTTGAAGCTAAATAATGCTTACTATAAACAGGTGCGTATACCTTCATAAGGTGACGCGCCTGTTT < 1:1947822/91‑1 GCAACATTTCATTTGGCGATCAATTATTTGAAGCTAAATAATGCTTACTATAAACAGGTGCGTATACCTTCATAAGGTGACGCGCCTGTTT < 2:5285973/91‑1 GCAACATTTCATTTGGCGATCAATTATTTGAAGCTAAATAATGCTTACTATAAACAGGTGCGTATACCTTCATAAGGTGACGCGCCTGTTT < 1:3370593/91‑1 GCAACATTTCATTTGGCGATCAATTATTTGAAGCTAAATAATGCTTACTATAAACAGGTGCGTATACCTTCATAAGGTAACGCGCCTGTTT > 2:2257257/1‑91 GCAACATGTCATTTGGCGATCAATTATTTGAAGCTAAATAATGCTTACTATAAACAGGTGCGTATACCTTCATAAGGTGACGCGCCTGTTT < 2:700393/91‑1 ATTTCATTTGGCGATCAATTATTTGAAGCTAAATAATGCTTACTATAAACAGGTGCGTATACCCTCAAAAGGTGATGCGCCAGTATATAGT > 2:2477059/1‑91 ATTATTTGAAGCTAAATAATGCTTACTATAAACAGGTGCGTATACCTTCATAAGGTGACGCGCCTGTTTATAGTAAGCATTATTTAGCTTC > 2:3452000/1‑91 GCTTACTATAAACAGGTGCGTATACCTTCATAAGGTGACGCGCCTGTTTATAGTAAGCATTATTTAGCTTCAAATAATAGATCGCCAAATG > 2:3755190/1‑91 ATAAACAGGTGCGTATACCTTCATAAGGTGACGCGCCTGTTTATAGTAAGCATTATTTAGCTTCAAATAATTGATCGCCAAATGAAATGTT > 1:4642949/1‑91 AGGTGCGTATACCTTCATAAGGTGACGCGCCTGTTTATAGTAAGCATTATTTAGCTTCAAATAATTGATCGCCAAATGAAATGTTGCCATG > 1:5128340/1‑91 GCGTATACCTTCATAAGGTGACGCGCCTGTTTATAGTAAGCATTATTTAGCTTCAAATAATTGATCGCCAAATGAAATGTTGCCATGTTCA > 2:2952645/1‑91 GTATACCTTCATAAGGTGACGCGCCTGTTTATAGTAAGCATTATTTAGCTTCAAATAATTGATCGCCAAATGAAATGTTGCCATGTTCACC > 2:3051716/1‑91 ATACCTTCATAAGGTGACGCGCCTGTTTATAGTAAGCATTATTTAGCTTCAAATAATTGATCGCCAAATGAAATGTTGCCATGTTCACCTT > 2:5000979/1‑91 TACCTTCATAAGGTGACGCGCCTGTTTATAGTAAGCATTATTTAGCTTCAAATAATTGATCGCCAAATGAAATGTTGCAATGTTCACCTTG > 2:3740945/1‑91 CCTTCATAAGGTGACGCGCCTGTTTATAGTAAGCATTATTTAGCTTCAAATAATTGATCGCCAAATGAAATGTTGCCATGTTCACCTTGTT > 1:1133811/1‑91 CCTTCATAAGGTGACGCGCCTGTTTATAGTAAGCATTATTTAGCTTCAAATAATTGATCGCCAAATGAAATGTTGCCATGTTCACCTTGTT > 1:4111885/1‑91 CCTTCATAAGGTGACGCGCCTGTTTATAGTAAGCATTATTTAGCTTCAAATAATTGATCGCCAAATGAAATGTTGCCATGTTCACCTTGTT > 1:532862/1‑91 CCTTCATAAGGTGACGCGCCTGCTTATAGTAAGCATTATTTAGCTTCAAATAATTGATCGCCAAATGAAATGTTGCCATGTTCACCTTGTT > 2:4830865/1‑91 caTGTTTAGACTAAGCATTATTTAGCTTCAAATAATTGATCGCCAAATGAAATGTTGCCATGTTCACCTTGTTTAAAATCAAGGTTTGTAA < 2:4493227/89‑1 CCTGTTTATAGTAAGCATTATTTAGCTTCAAATAATTGATCGCCAAATGAAATGTTGCCATGTTCACCTTGTTTAAAATCAAGGTTTGTAA < 2:5095791/91‑1 CCTGTTTATAGTAAGCATTATTTAGCTTCAAATAATTGATCGCCAAATGAAATGTTGCCATGTTCACCTTGTTTAAAATCAAGGTTTGTAA < 2:1125646/91‑1 CCTGTTTATAGTAAGCATTATTTAGCTTCAAATAATTGATCGCCAAATGAAATGTTGCCATGTTCACCTTGTTTAAAATCAAGGTTTGTAA < 2:1125647/91‑1 CCTGTTTATAGTAAGCATTATTTAGCTTCAAATAATTGATCGCCAAATGAAATGTTGCCATGTTCACCTTGTTTAAAATCAAGGTTTGTAA > 1:4638416/1‑91 CCTGTTTATAGTAAGCATTATTTAGCTTCAAATAATTGATCGCCAAATGAAATGTTGCCATGTTCACCTTGTTTAAAATCAAGGTTTGTAA < 2:1125907/91‑1 CCTGTTTATAGTAAGCATTATTTAGCTTCAAATAATTGATCGCCAAATGAAATGTTGCCATGTTCACCTTGTTTAAAATCAAGGTTTGTAA < 1:5204859/91‑1 CCTGTTTATAGTAAGCATTATTTAGCTTCAAATAATTGATCGCCAAATGAAATGTTGCCATGTTCACCTTGTTTAAAATCAAGGTTTGTAA > 2:1523410/1‑91 CCTGTTTATAGTAAGCATTATTTAGCTTCAAATAATTGATCGCCAAATGAAATGTTGCCATGTTCACCTTGTTTAAAATCAAGGTTTGTAA < 2:4831053/91‑1 CCTGTTTATAGTAAGCATTATTTAGCTTCAAATAATTGATCGCCAAATGAAATGTTGCCATGTTCACCTTGTTTAAAATCAAGGTTTGTAA < 2:4824289/91‑1 CCTGTTTATAGTAAGCATTATTTAGCTTCAAATAATTGATCGCCAAATGAAATGTTGCCATGTTCACCTTGTTTAAAATCAAGGTTTGTAA < 2:1125626/91‑1 CCTGTTTATAGTAAGCATTATTTAGCTTCAAATAATTGATCGCCAAATGAAATGTTGCCATGTTCACCTTGTTTAAAATCAAGGTTTGTAA > 2:4387859/1‑91 CCTGTTTATAGTAAGCATTATTTAGCTTCAAATAATTGATCGCCAAATGAAATGTTGCCATGTTCACCTTGTTTAAAATCAAGGTTTGTAA < 1:839963/91‑1 CCTGTTTATAGTAAGCATTATTCAGCTTCAAATAATTGATCGCCAAATGAAATGTTGCCATGTTCACCTTGTTTAAAATCAAGGTTTGTAA < 2:5566701/91‑1 CTGTTTATAGTAAGCATTATTTAGCTTCAAATAATTGATCGCCAATTGAAATGTTGCCATGTTCGCCTAGTTTAAGATCAAGGTTTGTAAT > 2:5552910/1‑91 CTGTTTATAGTAAGCATTATTTAGCTTCAAATAATTGATCGCCAAATGAAATGTTGCCATGTTCACCTTGTTTAAAATCAAGGTTTGTAAT > 2:4235109/1‑91 CTGTTTATAGTAAGCATTATTTAGCTTCAAATAATTGATCGCCAAATGAAATGTTGCCATGTTCACCTTGTTTAAAATCAAGGTTTGTAAT > 2:837338/1‑91 TGTTTATAGTAAGCATTATTTAGCTTCAAATAATTGATCGCCAAATGAAGTGTTGCCATGTTCACCTTGTTTAAAATCAAGGTTTGTAATG < 1:5585664/91‑1 TGTTTATAGTAAGCATTATTTAGCTTCAAATAATTGATCGCCAAATGAAATGTTGCCATGTTCACCTTGTTTAAAATCAAGGTTTGTAATG < 2:4656503/91‑1 TGTTTATAGTAAGCATTATTTAGCTTCAAATAATTGATCGCCAAATGAAATGTTGCCATGTTCACCTTGTTTAAAATCAAGGTTTGTAATG < 1:2843512/91‑1 TGTTTATAGTAAGCATTATTTAGCTTCAAATAATTGATCGCCAAATGAAATGTTGCCATGTTCACCTTGTTTAAAATCAAGGTTTGTAATG < 2:1429022/91‑1 TGTTTATAGTAAGCATTATTTAGCTTCAAATAATTGATCGCCAAATGAAATGTTGCCATGTTCACCTTGTTTAAAATCAAGGTTTGTAATG > 1:5364113/1‑91 TGTTTATAGTAAGCATTATTTAGCTTCAAATAATTGATCGCCAAATGAAATGTTGCCATGTTCACCTTGTTTAAAATCAAGGTTTGTAATG > 2:5577030/1‑91 TGTTTATAGTAAGCATTATTTAGCTTCAAATAATTGATCGCCAAATGAAATGTTGCCATGTTCACCTTGTTTAAAATCAAGGTTTGTAATG < 1:2293896/91‑1 GTTTATAGTAAGCATTATTTAGCTTCAAATAATTGATCGCCAAATGAAATGTTGCCATGTTCACCTTGTTTAAAATCAAGGTTTGTAATGT > 2:4219558/1‑91 GTTTATAGTAAGCATTATTTAGCTTCAAATAATTGATCGCCAAATGAAATGTTGCCATGTTCACCTTGTTTAAAATCAAGGTTTGTAATGT < 2:3512944/91‑1 TTTATAGTAAGCATTATTTAGCTTCAAATAATTGATCGCCAAATGCAATGTTGCCATGTTCACCTTGTTTAAAATCAAGGTTTGTAATGTT > 2:5470427/1‑91 TTTATAGGAAGCATTATTTAGCTTCAAATAATTGATCGCCAAATGAAATGTTGCCATGTTCACCTTGTTTAAAATCAAGGTTTGTAATGTT < 1:2217141/91‑1 TTATAGTAAGCATTATTTAGCTTCAAATAATTGATCGCCAAATGAAATGTTGCCATGTTCACCTTGTTTAAAATCAAGGTTTGTAATGTTT > 2:2415713/1‑91 TTATAGTAAGCATTATTTAGCTTCAAATAATTGATCGCCAAATGAAATGTTGCCATGTTCACCTTGTTTAAAATCAAGGTTTGTAATGTTT > 2:3561551/1‑91 TATAGTAAGCATTATTTAGCTTCAAATAATTGATCGCCAAATGAAATGTTGCCATGTTCACCTTGTTTAAAATCAAGGTTTGTAATGTTTC > 2:5279686/1‑91 TATAGTAAGCATTATTTAGCTTCAAATAATTGATCGCCAAATGAAATGTTGCCATGTTCACCTTGTTTAAAATCAAGGTTTGTAATGTTTC > 1:3442810/1‑91 TATAGTAAGCATTATTTAGCTTCAAATAATTGATCGCCAAATGAAATGTTGCCATGTTCACCTTGTTTAAAATCAAGGTTTGTAATGTTTC > 1:3741603/1‑91 TATAGTAAGCATTATTTAGCTTCAAATAATTGATCGCCAAATGAAATGTTGCCATGTTCACCTTGTTTAAAATCAAGGTTTGTAATGTTTC > 1:2657789/1‑91 TATAGTAAGCATTATTTAGCTTCAAATAATTGATCGCCAAATGAAATGTTGCCATGTTCACCTTGTTTAAAATCAAGGTTTGTAATGTTTC > 1:4619376/1‑91 TATAGTAAGCATTATTTAGCTTCAAATAATTGATCGCCAAATGAAATGTTGCCATGTTCACCTTGTTTAAAATCAAGGTTTGTAATGTTTC > 1:4218002/1‑91 TATAGTAAGCATTATTTAGCTTCAAATAATTGATCGCCAAATGAAATGTTGCCATGTTCACCTTGTTTAAAATCAAGGTTTGTAATGTTTC < 1:3811009/91‑1 AACATGGCAACATTTCATTTGGCGATCAATTATTTGAAGCTAAATAATGCTTACTATAAACAGGTGCGTATACCTTCATAAGGTGACGCGCCTGTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/221274‑221178‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑cctgtttATAGTAAGCATTATTTAGCTTCAAATAATTGATCGCCAAATGAAATGTTGCCATGTTCACCTTGTTTAAAATCAAGGTTTGTAATGTTTC > USA300TCH1516_ALE/221218‑221307 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |