| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 286957 | 235 (0.820) | 19 (0.080) | 10/140 | NT | 7.7% | intergenic (+36/‑303) | rihA/manR_1 | Pyrimidine‑specific ribonucleoside hydrolase RihA/Transcriptional regulator ManR |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 286973 | 252 (1.000) | intergenic (+52/‑287) | rihA/manR_1 | Pyrimidine‑specific ribonucleoside hydrolase RihA/Transcriptional regulator ManR | |||||
TACAGCAGTTGATGTTGAAGAAGTGTGGAACTTGATAGACCATAAGTTACGTACATACGAATAATAATACTTAATTAAATAGATACAGTTAACCCTAAGG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/286858‑286957‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aaccctaaggACGCTTATATCAGGCGCCTTAGGGTTAACTGTATCTATTTAATTAAGTATTATTATTCGTATGTACGTAACTTATGGTCTATCAAGTTCC < USA300TCH1516_ALE/286973‑286884 TACAGCAGTTGATGTTGAAGAAGTGTGGAACTTGATAGACCATAAGTTACGTACATACGAATAATAATACTTAATTAAATAGATACAGTTA > 1:642667/1‑91 ACAGCAGTTGATGTTGAAGAAGTGTGGAACTTGATAGACCATAAGTTACGTACATACGAATAATAATACTTAATTAAATAGATACAGTTAA > 2:3020130/1‑91 ACAGCAGTTGATGTTGAAGAAGTGTGGAACTTGATAGACCATAAGTTACGTACATACGAATAATAATACTTAATTAAATAGATACAGTTAA < 1:501653/91‑1 ACAGCAGTTGATGTTGAAGAAGTGTGGAACTTGATAGACCATAAGTTACGTACATACGAATAATAATACTTAATTAAATAGATACAGTTAA < 1:967945/91‑1 CAGCAGTTGATGTTGAAGAAGTGTGGAACTTGATAGACCATAAGTTACGTACATACGAATAATAATACTTAATTAAATAGATACAGTTAAC > 1:1078038/1‑91 CAGCAGTTGATGTTGAAGAAGTGTGGAACTTGATAGACCATAAGTTACGTACATACGAATAATAATACTTAATTAAATAGATACAGTTAAC > 1:1075997/1‑91 CAGCAGTTGATGTTGAAGAAGTGTGGAACTTGATAGACCATAAGTTACGTACATACGAATAATAATACTTAATTAAATAGATACAGTTAAC < 1:4826000/91‑1 AGCAGTTGATGTTGAAGAAGTGTGGAACTTGATAGACCATAAGTTACGTACATACGAATAATAATACTTAATTAAATAGATACAGTTAACC < 2:4712063/91‑1 AGCAGTTGATGTTGAAGAAGTGTGGAACTTGATAGACCATAAGTTACGTACATACGAATAATAATACTTAATTAAATAGATACAGTTAACC < 2:198203/91‑1 GCAGTTGATGTTGAAGAAGTGTGGAACTTGATAGACCATAAGTTACGTACATACGAATAATAATACTTAATTAAATAGATACAGTTAACCC < 2:355100/91‑1 GCAGTTGATGTTGAAGAAGTGTGGAACTTGATAGACCATAAGTTACGTACATACGAATAATAATACTTAATTAAATAGATACAGTTAACCC > 1:2449130/1‑91 CAGTTGATGTTGAAGAAGTGTGGAACTTGATAGACCATAAGTTACGTACATACGAATAATAATACTTAATTAAATAGATACAGTTAACCCT < 2:1826438/91‑1 AGTTGATGTTGAAGAAGTGTGGAACTTGATAGACCATAAGTTACGTACATACGAATAATAATACTTAATTAAATAGATACAGTTAACCCTA > 1:4169999/1‑91 AGTTGATGTTGAAGAAGTGTGGAACTTGATAGACCATAAGTTACGTACATACGAATAATAATACTTAATTAAATAGATACAGTTAACCCTA > 1:4287199/1‑91 AGTTGATGTTGAAGAAGTGTGGAACTTGATAGACCATAAGTTACGTACATACGAATAATAATACTTAATTAAATAGATACAGTTAACCCTA < 1:3110248/91‑1 GTTGATGTTGAAGAAGTGTGGAACTTGATAGACCATAAGTTACGTACATACGAATAATAATACTTAATTAAATAGATACAGTTAACCCTAA < 1:2734129/91‑1 GTTGATGTTGAAGAAGTGTGGAACTTGATAGACCATAAGTTACGTACATACGAATAATAATACTTAATTAAATAGATACAGTTAACCCTAA < 2:1159193/91‑1 GTTGATGTTGAAGAAGTGTGGAACTTGATAGACCATAAGTTACGTACATACGAATAATAATACTTAATTAAATAGATACAGTTAACCCTAA < 1:3305437/91‑1 GTTGATGTTGAAGAAGTGTGGAACTTGATAGACCATAAGTTACGTACATACGAATAATAATACTTAATTAAATAGATACAGTTAACCCTAA < 2:2098073/91‑1 TTGATGTTGAAGAAGTGTGGAACTTGATAGACCATAAGTTACGTACATACGAATAATAATACTTAATTAAATAGATACAGTTAACCCTAAG < 1:229287/91‑1 TTGATGTTGAAGAAGTGTGGAACTTGATAGACCATAAGTTACGTACATACGAATAATAATACTTAATTAAATAGATACAGTTAACCCTAAG < 1:3573291/91‑1 TGATGTTGAAGAAGTGTGGAACTTGATAGACCATAAGTTACGTACATACGAATAATAATACTTAATTAAATAGATACAGTTAACCCTAAGG > 1:5410109/1‑91 TGATGTTGAAGAAGTGTGGAACTTGATAGACCATAAGTTACGTACATACGAATAATAATACTTAATTAAATAGATACAGTTAACCCTAAGG < 2:4128418/91‑1 TGATGTTGAAGAAGTGTGGAACTTGATAGACCATAAGTTACGTACATACGAATAATAATACTTAATTAAATAGATACAGTTAACCCTAAGG > 2:905065/1‑91 TGATGTTGAAGAAGTGTGGAACTTGATAGACCATAAGTTACGTACATACGAATAATAATACTTAATTAAATAGATACAGTTAACCCTAAGG > 1:3545371/1‑91 TGATGTTGAAGAAGTGTGGAACTTGATAGACCATAAGTCACGTACATACGAATAATAATACTTAATTAAATAGATACAGTTAACCCTAAGG > 2:3322445/1‑91 GAAGAAGTGTGGAACTTGATAGACCATAAGTTACGTACATACGAATAATAATACTTAATTAAATAGATACA‑AAAACCCTAAGGACGCTTAT < 1:2668186/91‑1 AAGTGTGGAACTTGATAGACCATAAGTTACGTACATACGAATAATAATACTTAATTAAATAGATACAGTTAACCCTAAGGACGCTTATATC < 2:2899767/91‑1 TGTGGAACTTGATAGACCATAAGTTACGTACATACGAATAATAATACTTAATTAAATAGATACAGTTAACCCTAAGGACGCTTATATCAGG < 2:350315/91‑1 TGTGGAACTTGATAGACCATAAGTTACGTACATACGAATAATAATACTTAATTAAATAGATACAGTTAACCCTAAGGACGCTTATATCAGG < 1:5377051/91‑1 GTGGAACTTGATAGACCATAAGTTACGTACATACGAATAATAATACTTAATTAAATAGATACAGTTAACCCTAAGGACGCTTATATCAGGC < 2:2744304/91‑1 GTGGAACTTGATAGACCATAAGTTACGTACATACGAATAATAATACTTAATTAAATAGATACAGTTAACCCTAAGGACGCTTATATCAGGC < 1:153057/91‑1 GTGGAACTTGATAGACCATAAGTTACGTACATACGAATAATAAGACTTAATTAAATAGCTACAGTTAACCCTAAGGACGCTTATATCAGGC < 2:1607564/91‑1 TGGAACTTGATAGACCATAAGTTACGTACATACGAATAATAATACTTAATTAAATAGATACAGTTAACCCTAAGGACGCTTATATCAGGCG < 2:3097691/91‑1 TGGAACTTGATAGACCATAAGTTACGTACATACGAATAATAATACTTAATTAAATAGATACAGTTAACCCTAAGGACGCTTATATCAGGCG < 1:2663841/91‑1 GGAACTTGATAGACCATAAGTTACGTACATACGAATAATAATACTTAATTAAATAGATACAGTTAACCCTAAGGACGCTTATATCAGGCGC < 1:5357541/91‑1 AACTTGATAGACCATAAGTTACGTACATACGAATAATAATACTTAATTAAATAGATACAGTTAACCCTAAGGACGCTTATATCAGGCGCCT < 2:3521520/91‑1 AACTTGATAGACCATAAGTTACGTACATACGAATAATAATACTTAATTAAATAGATACAGTTAACCCTAAGGACGCTTATATCAGGCGCCT < 1:4156027/91‑1 AACTTGATAGACCATAAGTTACGTACATACGAATAATAATACGTAATTAAATAGATACAGTTAACCCTAAGGACGCTTATATCAGGCGCCT < 1:5488211/91‑1 acgTGATAGACCATAAGATACGTACGTCCAAAAAATAATACTTAATTAAATAGATACAGTTAAACCTAAGGACGCTTATATCAGGCGCCTT < 2:2112887/88‑1 ACTTGATAGACCATAAGTTACGTACATACGAATAATAATACTTAATTAAATAGATACAGTTAACCCTAAGGACGCTTATATCAGGCGCCTT < 1:4503357/91‑1 ACTTGATAGACCATAAGTTACGTACATACGAATAATAATACTTAATTAAATAGATACAGTTAACCCTAAGGACGCTTATATCAGGCGCCTT < 1:3831466/91‑1 GATAGACCATAAGTTACGTACATACGAATAATAATACTTAATTAAATAGATACAGTTAACCCTAAGGACGCTTATATCAGGCGCCTTAGGG < 1:4416529/91‑1 GATAGACCATAAGTTACGTACATACGAATAATAATACTTAATTAAATAGATACAGTTAACCCTAAGGACGCTTATATCAGGCGCCTTAGGG < 1:1954014/91‑1 GAATAATAATACTTAATTAAATAGATACAGTTAACCCTAAGGACGCTTATATCAGGCGCCTTAGGGTTAACTGTATCTATTTAATTAAGTA < 2:290013/91‑1 AACCCTAAGGACGCTTATATCAGGCGCCTTAGGGTTAACTGTATCTATTTAATTAAGTATTATTATTCGTATGTACGTAACTTATGGTCTA > 2:5327836/1‑91 AACCCTAAGGACGCTTATATCAGGCGCCTTAGGGTTAACTGTATCTATTTAATTAAGTATTATTATTCGTATGTACGTAACTTATGGTCTA > 1:1751809/1‑91 AACCCTAAGGACGCTTATATCAGGCGCCTTAGGGTTAACTGTATCTATTTAATTAAGTATTATTATTCGTATGTACGTAACTTATGGTCTA < 2:4417351/91‑1 AACCCTAAGGACGCTTATATCAGGCGCCTTAGGGTTAACTGTATCTATTTAATTAAGTATTATTATTCGTATGTACGTAACTTATGGTCTA < 2:4142410/91‑1 AACCCTAAGGACGCTTATATCAGGCGCCTTAGGGTTAACTGTATCTATTTAATTAAGTATTATTATTCGTATGTACGTAACTTATGGTCTA > 2:177755/1‑91 AACCCTAAGGACGCTTATATCAGGCGCCTTAGGGTTAACTGTATCTATTTAATTAAGTATTATTATTCGTATGTACGTAACTTATGGTCTA > 2:178197/1‑91 AACCCTAAGGACGCTTATATCAGGCGCCTTAGGGTTAACTGTATCTATTTAATTAAGTATTATTATTCGTATGTACGTAACTTATGGTCTA < 1:2820509/91‑1 ACCCTAAGGACGCTTATATCAGGCGCCTTAGGGTTAACTGTATCTATTTAATTAAGTATTATTATTCGTATGTACGTAACTTATGGTCTAT < 2:248894/91‑1 ACCCTAAGGACGCTTATATCAGGCGCCTTAGGGTTAACTGTATCTATTTAATTAAGTATTATTATTCGTATGTACGTAACTTATGGTCTAT < 1:4509396/91‑1 ACCCTAAGGACGCTTATATCAGGCGCCTTAGGGTTAACTGTATCTATTTAATTAAGTATTATTATTCGTATGTACGTAACTTATGGTCTAT < 1:3744621/91‑1 CCCTAAGGACGCTTATATCAGGCGCCTTAGGGTTAACTGTATCTATTTAATTAAGTATTATTATTCGTATGTACGTAACTTATGGTCTATC < 2:3199739/91‑1 CCCTAAGGACGCTTATATCAGGCGCCTTAGGGTTAACTGTATCTATTTAATTAAGTATTATTATTCGTATGTACGTAACTTATGGTCTATC < 2:3866430/91‑1 CCCTAAGGACGCTTATATCAGGCGCCTTAGGGTTAACTGTATCTATTTAATTAAGTATTATTATTCGTATGTACGTAACTTATGGTCTATC < 2:752743/91‑1 CCCTAAGGACGCTTATATCAGGCGCCTTAGGGTTAACTGTATCTATTTAATTAAGTATTATTATTCGTATGTACGTAACTTATGGTCTATC < 2:84235/91‑1 CCCTAAGGACGCTTATATCAGGCGCCTTAGGGTTAACTGTATCTATTTAATTAAGTATTATTATTCGTATGTACGTAACTTATGGTCTATC < 1:4073342/91‑1 CCCTAAGGACGCTTATATCAGGCGCCTTAGGGTTAACTGTATCTATTTAATTAAGTATTATTATTCGTATGTACGTAACTTATGGTCTATC < 1:5374063/91‑1 CCTAAGGACGCTTATATCAGGCGCCTTAGGGTTAACTGTATCTATTTAATTAAGTATTATTATTCGTATGTACGTAACTTATGGTCTATCA < 1:5301712/91‑1 CCTAAGGACGCTTATATCAGGCGCCTTAGGGTTAACTGTATCTATTTAATTAAGTATTATTATTCGTATGTACGTAACTTATGGTCTATCA > 2:5036266/1‑91 CCTAAGGACGCTTATATCAGGCGCCTTAGGGTTAACTGTATCTATTTAATTAAGTATTATTATTCGTATGTACGTAACTTATGGTCTATCA > 1:725901/1‑91 CCTAAGGACGCTTATATCAGGCGCCTTAGGGTTAACTGTATCTATTTAATTAAGTATTATTATTCGTATGTACGTAACTTATGGTCTATCA > 1:743462/1‑91 CCTAAGGACGCTCATATCAGGCGCCTTAGGGTTAACTGTATCTATTTAATTAAGTATTATTATTCGTATGTACGTAACTTATGGTCTATCA < 2:3752001/91‑1 TAAGGACGCTTATATCAGGCGCCTTAGGGTTAACTGTATCTATTTAATTAAGTATTATTATTCGTATGTACGTAACTTATGGTCTATCAAG > 1:775681/1‑91 AAGGACGCTTCTATCAGGCGCCTTAGGGTTAACTGTATCTATTTAATTAAGTATTATTATTCGTATGTACGTAACTTATGGTCTATCAAGT > 2:4693751/1‑91 AAGGACGCTTATATCAGGCGCCTTAGGGTTAACTGTATCTATTTAATTAAGTATTATTATTCGTATGTACGTAACTTATGGTCTATCAAGT > 2:5325504/1‑91 AAGGACGCTTATATCAGGCGCCTTAGGGTTAACTGTATCTATTTAATTAAGTATTATTATTCGTATGTACGTAACTTATGGTCTATCAAGT < 2:5004454/91‑1 AAGGACGCTTATATCAGGCGCCTTAGGGTTAACTGTATCTATTTAATTAAGTATTATTATTCGTATGTACGTAACTTATGGTCTATCAAGT > 2:4611903/1‑91 AAGGACGCTTATATCAGGCGCCTTAGGGTTAACTGTATCTATTTAATTAAGTATTATTATTCGTATGTACGTAACTTATGGTCTATCAAGT > 1:896438/1‑91 AAGGACGCTTATATCAGGCGCCTTAGGGTTAACTGTATCTATTTAATTAAGTATTATTATTCGTATGTACGTAACTTATGGTCTATCAAGT > 2:4287576/1‑91 AAGGACGCTTATATCAGGCGCCTTAGGGTTAACTGTATCTATTTAATTAAGTATTATTATTCGTATGTACGTAACTTATGGTCTATCAAGT < 2:4272444/91‑1 AAGGACGCTTATATCAGGCGCCTTAGGGTTAACTGTATCTATTTAATTAAGTATTATTATTCGTATGTACGTAACTTATGGTCTATCAAGT > 1:1823831/1‑91 AAGGACGCTTATATCAGGCGCCTTAGGGTTAACTGTATCTATTTAATTAAGTATTATTATTCGTATGTACGTAACTTATGGTCTATCAAGT > 2:3515800/1‑91 AAGGACGCTTATATCAGGCGCCTTAGGGTTAACTGTATCTATTTAATTAAGTATTATTATTCGTATGTACGTAACTTATGGTCTATCAAGT > 2:1985438/1‑91 AGGACGCTTATATCAGGCGCCTTAGGGTTAACTGTATCTATTTAATTAAGTATTATTATTCGTATGTACGTAACTTATGGTCTATCAAGTT > 1:4218527/1‑91 GGACGCTTATATCAGGCGCCTTAGGGTTAACTGTATCTATTTAATTAAGTATTATTATTCGTATGTACGTAACTTATGGTCTATCAAGTTC < 1:2565524/91‑1 GGACGCTTATATCAGGCGCCTTAGGGTTAACTGTATCTATTTAATCAAGTATTATTATTCGTATGTACGTAACTTATGGTCTATCAAGTTC < 2:5471807/91‑1 GACGCTTATATCAGGCGCCTTAGGGTTAACTGTATCTATTTAATTAAGTATTATTATTCGTATGTACGTAACTTATGGTCTATCAAGTTCC < 2:4310856/91‑1 GACGCTTATATCAGGCGCCTTAGGGTTAACTGTATCTATTTAATTAAGTATTATTATTCGTATGTACGTAACTTATGGTCTATCAAGTTCC < 1:1984660/91‑1 GACGCTTATATCAGGCGCCTTAGGGTTAACTGTATCTATTTAATTAAGTATTATTATTCGTATGTACGTAACTTATGGTCTATCAAGTTCC < 1:2633728/91‑1 GACGCTTATATCAGGCGCCTTAGGGTTAACTGTATCTATTTAATTAAGTATTATTATTCGTATGTACGTAACTTATGGTCTATCAAGTTCC < 1:1817396/91‑1 GACGCTTATATCAGGCGCCTTAGGGTTAACTGTATCTATTTAATTAAGTATTATTATTCGTATGTACGTAACTTATGGTCTATCAAGTTCC < 1:2383636/91‑1 GACGCTTATATCAGGCGCCTTAGGGTTAACTGTATCTATTTAATTAAGTATTATTATTCGTATGTACGTAACTTATGGTCTATCAAGTTCC < 2:32888/91‑1 TACAGCAGTTGATGTTGAAGAAGTGTGGAACTTGATAGACCATAAGTTACGTACATACGAATAATAATACTTAATTAAATAGATACAGTTAACCCTAAGG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/286858‑286957‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aaccctaaggACGCTTATATCAGGCGCCTTAGGGTTAACTGTATCTATTTAATTAAGTATTATTATTCGTATGTACGTAACTTATGGTCTATCAAGTTCC < USA300TCH1516_ALE/286973‑286884 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |