| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 286957 | 235 (0.820) | 19 (0.080) | 10/140 | NT | 7.7% | intergenic (+36/‑303) | rihA/manR_1 | Pyrimidine‑specific ribonucleoside hydrolase RihA/Transcriptional regulator ManR |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 286973 | 252 (1.000) | intergenic (+52/‑287) | rihA/manR_1 | Pyrimidine‑specific ribonucleoside hydrolase RihA/Transcriptional regulator ManR | |||||
Only 100 of 395 total aligned reads displayed.
TGATGTTGAAGAAGTGTGGAACTTGATAGACCATAAGTTACGTACATACGAATAATAATACTTAATTAAATAGATACAGTTAACCCTAAGGCGCCTGATATAAGCGTCCTTAGGGTTTTTGTATTGGGTTACAATGGTCATGACAATTTGATAATGATTGAGATATGTATGTTAAAAATGC > USA300TCH1516_ALE/286867‑287047 | gATGTTGAAGAAGTGTGGAACTTGATAGACCATAAGTTACGTACATACGAATAATAATACTTAATTAAATAGATACAGTTAACCCTAAGgc > 2:1892191/1‑91 (MQ=255) tGTTGAAGAAGTGTGGAACTTGATAGACCATAAGTTACGTACATACGAATAATAATACTTAATTAAATAGATACAGTTAACCCTAAGgcgc < 1:1090625/91‑1 (MQ=255) tGTTGAAGAAGTGTGGAACTTGATAGACCATAAGTTACGTACATACGAATAATAATACTTAATTAAATAGATACAGTTAACCCTAAGgcgc < 2:5067594/91‑1 (MQ=255) tGTTGAAGAAGTGTGGAACTTGATAGACCATAAGTTACGTACATACGAATAATAATACTTAATTAAATAGATACAGTTAACCCTAAGgcgc > 1:2915555/1‑91 (MQ=255) tGTTGAAGAAGTGTGGAACTTGATAGACCATAAGTTACGTACATACGAATAATAATACTTAATTAAATAGATACAGTTAACCCTAAGgcgc < 2:2818693/91‑1 (MQ=255) gTTGAAGAAGTGTGGAACTTGATAGACCATAAGTTACGTACATACGAATAATAATACTTAATTAAATAGATACAGTTAACCCTAAGGCGcc > 1:3384436/1‑91 (MQ=255) ttGAAGAAGTGTGGAACTTGATAGACCATAAGTTACGTACATACGAATAATAATACTTAATTAAATAGATACAGTTAACCCTAAGGCGCCt > 1:2995375/1‑91 (MQ=255) tGAAGAAGTGTGGAACTTGATAGACCATAAGTTACGTACATACGAATAATAATACTTAATTAAATAGATACAGTTAACCCTAAGGCGCCTg < 1:1574598/91‑1 (MQ=255) tGAAGAAGTGTGGAACTTGATAGACCATAAGTTACGTACATACGAATAATAATACTTAATTAAATACATACAGTTAACCCTAAGGCGCCTg > 1:5337665/1‑91 (MQ=255) aagaagTGTGGAACTTGATAGACCATAAGTTACGTACATACGAATAATAATACTTAATTAAATAGATACAGTTAACCCTAAGGCGCCTGat < 2:2065677/91‑1 (MQ=255) gaagTGTGGAACTTGATAGACCATAAGTTACGTACATACGAATAATAATACTTAATTAAATAGATACAGTTAACCCTAAGGCGCCTGatat > 1:1880414/1‑91 (MQ=255) tgtgGAACTTGATAGACCATAAGTTACGTACATACGAATAATAATACTTAATTAAATAGATACAGTTAACCCTAAGGCGCCTGATATAAGc > 2:2426270/1‑91 (MQ=255) tgtgGAACTTGATAGACCATAAGTTACGTACATACGAATAATAATACTTAATTAAATAGATACAGTTAACCCTAAGGCGCCTGATATAAGc > 1:2765939/1‑91 (MQ=255) gtgGAACTTGATAGACCATAAGTTACGTACATACGAATAATAATACTTAATTAAATAGATACAGTTAACCCTAAGGCGCCTGATATAAGCg < 1:4438918/91‑1 (MQ=255) gtgGAACTTGATAGACCATAAGTTACGTACATACGAATAATAATACTTAATTAAATAGATACAGTTAACCCTAAGGCGCCTGATATAAGCg > 1:805065/1‑91 (MQ=255) tgGAACTTGATAGACCATAAGTTACGTACATACGAATAATAATACTTAATTAAATAGATACAGTTAACCCTAAGGacgcttatatcaggcg < 2:3097691‑M1/91‑17 (MQ=255) tgGAACTTGATAGACCATAAGTTACGTACATACGAATAATAATACTTAATTAAATAGATACAGTTAACCCTAAGGCGCCTGATATAAGCGt > 1:102558/1‑91 (MQ=255) tgGAACTTGATAGACCATAAGTTACGTACATACGAATAATAATACTTAATTAAATAGATACAGTTAACCCTAAGGCGCCTGATATAAGCGt > 1:3778169/1‑91 (MQ=255) tgGAACTTGATAGACCATAAGTTACGTACATACGAATAATAATACTTAATTAAATAGATACAGTTAACCCTAAGGCGCCTGATATAAGCGt > 2:4787388/1‑91 (MQ=255) tgGAACTTGATAGACCATAAGTTACGTACATACGAATAATAATACTTAATTAAATAGATACAGTTAACCCTAAGGCGCCTGATATAAGCGt > 2:3016228/1‑91 (MQ=255) ggAACTTGATAGACCATAAGTTACGTACATACGAATAATAATACTTAATTAAATAGATACAGTTAACCCTAAGGCGCCTGATATAAGCGTc < 2:32888‑M2/91‑2 (MQ=255) aaCTTGATAGACCATAAGTTACGTACATACGAATAATAATACTTAATTAAATAGATACAGTTAACCCTAAGGacgcttatatcaggcgcct < 2:3521520‑M1/91‑20 (MQ=255) aCTTGATAGACCATAAGTTACGTACATACGAATAATAATACTTAATTAAATAGATACAGTTAACCCTAAGGCGCCTGATATAAGCGTcctt > 2:4287576‑M2/1‑87 (MQ=255) aCTTGATAGACCATAAGTTACGTACATACGAATAATAATACTTAATTAAATAGATACAGTTAACCCTAAGGCGCCTGATATAAGCGTcctt > 1:896438‑M2/1‑87 (MQ=255) aCTTGATAGACCATAAGTTACGTACATACGAATAATAATACTTAATTAAATAGATACAGTTAACCCTAAGGCGCCTGATATAAGCGTcctt > 1:1823831‑M2/1‑87 (MQ=255) tGATAGACCATAAGTTACGTACATACGAATAATAATACTTAATTAAATAGATACAGTTAACCCTAAGGCGCCTGATATAAGCGTccttagg > 1:743462‑M2/1‑84 (MQ=255) gATAGACCATAAGTTACGTACATACGAATAATAATACTTAATTAAATAGATACAGTTAACCCTAAGGCGCCTGATATAAGCGTccttaggg < 2:84235‑M2/91‑9 (MQ=255) aTAGACCATAAGTTACGTACATACGAATAATAATACTTAATTAAATAGATACAGTTAACCCTAAGGCGCCTGATATAAGCGTccttagggt < 1:3744621‑M2/91‑10 (MQ=255) aTAGACCATAAGTTACGTACATACGAATAATAATACTTAATTAAATAGATACAGTTAACCCTAAGGCGCCTGATATAAGCGTccttagggt < 2:248894‑M2/91‑10 (MQ=255) aTAGACCATAAGTTACGTACATACGAATAATAATACTTAATTAAATAGATACAGTTAACCCTAAGGCGCCTGATATAAGCGTccttagggt < 1:4509396‑M2/91‑10 (MQ=255) tAGACCATAAGTTACGTACATACGAATAATAATACTTAATTAAATAGATACAGTTAACCCTAAGGCGCCTGATATAAGCGTccttagggtt > 2:178197‑M2/1‑81 (MQ=255) tAGACCATAAGTTACGTACATACGAATAATAATACTTAATTAAATAGATACAGTTAACCCTAAGGCGCCTGATATAAGCGTccttagggtt > 1:1751809‑M2/1‑81 (MQ=255) aGACCATAAGTTACGTACATACGAATAATAATACTTAATTAAATAGATACAGTTAACCCTAAGGCGCCTGATATAAGCGTCCTTAGGGttt > 1:5406124/1‑91 (MQ=255) aGACCATAAGTTACGTACATACGAATAATAATACTTAATTAAATAGATACAGTTAACCCTAAGGCGCCTGATATAAGCGTCCTTAGGGttt > 1:4266657/1‑91 (MQ=255) gACCATAAGTTACGTACATACGAATAATAATACTTAATTAAATAGATACAGTTAACCCTAAGGCGCCTGATATAAGCGTCCTTAGGGtttt > 2:131822/1‑91 (MQ=255) aCCATAAGTTACGTACATACGAATAATAATACTTAATTAAATAGATACAGTTAACCCTAAGGCGCCTGATATAAGCGTCCTTAGGGttttt < 1:1965940/91‑1 (MQ=255) cATAAGTTACGTACATACGAATAATAATACTTAATTAAATAGATACAGTTAACCCTAAGGCGCCTGATATAAGCGTCCTTAGGGTTTTTGt > 2:568054/1‑91 (MQ=255) cATAAGTTACGTACATACGAATAATAATACTTAATTAAATAGATACAGTTAACCCTAAGGCGCCTGATATAAGCGTCCTTAGGGTTTTTGt < 2:878542/91‑1 (MQ=255) tAAGTTACGTACATACGAATAATAATACTTAATTAAATAGATACAGTTAACCCTAAGGCGCCTGATATAAGCGTCCTTAGGGTTTTTGTAt < 1:325107/91‑1 (MQ=255) tAAGTTACGTACATACGAATAATAATACTTAATTAAATAGATACAGTTAACCCTAAGGCGCCTGATATAAGCGTCCTTAGGGTTTTTGTAt > 1:702001/1‑91 (MQ=255) aGTTACGTACATACGAATAATAATACTTAATTAAATAGATACAGTTAACCCTAAGGCGCCTGATATAAGCGTCCTTAGGGTTTTTGTATTg < 2:5009947/91‑1 (MQ=255) aGTTACGTACATACGAATAATAATACTTAATTAAATAGATACAGTTAACCCTAAGGCGCCTGATATAAGCGTCCTTAGGGTTTTTGTATTg > 1:3094221/1‑91 (MQ=255) aCGTACATACGAATAATAATACTTAATTAAATAGATACAGTTAACCCTAAGGCGCCTGATATAAGCGTCCTTAGGGTTTTTGTATTGGGtt < 1:3480653/91‑1 (MQ=255) gTACATACGAATAATAATACTTAATTAAATAGATACAGTTAACCCTAAGGCGCCTGATATAAGCGTCCTTAGGGTTTTTGTATTGGGTTAc < 2:3910195/91‑1 (MQ=255) aTACGAATAATAATACTTAATTAAATAGATACAGTTAACCCTAAGGCGCCTGATATAAGCGTCCTTAGGGTTTTTGTATTGGGTTACAATg > 1:3559221/1‑91 (MQ=255) aTACGAATAATAATACTTAATTAAATAGATACAGTTAACCCTAAGGCGCCTGATATAAGCGTCCTTAGGGTTTTTGTATTGGGTTACAATg > 2:444903/1‑91 (MQ=255) cGAATAATAATACTTAATTAAATAGATACAGTTAACCCTAAGGCGCCTGATATAAGCGTCCTTAGGGTTTTTGTATTGGGTTACAATGGTc > 1:3628315/1‑91 (MQ=255) cGAATAATAATACTTAATTAAATAGATACAGTTAACCCTAAGGCGCCTGATATAAGCGTCCTTAGGGTTTTTGTATTGGGTTACAATGGTc > 2:2747874/1‑91 (MQ=255) gAATAATAATACTTAATTAAATAGATACAGTTAACCCTAAGGacgcttatatcaggcgccttagggttaactgtatctatttaattaagta < 2:290013‑M1/91‑50 (MQ=255) gAATAATAATACTTAATTAAATAGATACAGTTAACCCTAAGGCGCCTGATATAAGCGTCCTTAGGGTTTTTGTATTGGGTTACAATGGTCa > 2:618063/1‑91 (MQ=255) ataataataCTTAATTAAATAGATACAGTTAACCCTAAGGCGCCTGATATAAGCGTCCTTAGGGTTTTTGTATTGGGTTACAATGGTCATg < 1:2649376/91‑1 (MQ=255) aataataCTTAATTAAATAGATACAGTTAACCCTAAGGCGCCTGATATAAGCGTCCTTAGGGTTTTTTTATTTGTTTACAATGGTCATGaa > 2:2260705/1‑90 (MQ=255) aataataCTTAATTAAATAGATACAGTTAACCCTAAGGCGCCTGATATAAGCGTCCTTAGGGTTTTTGTATTGGGTTACAATGGTCATGAc > 2:3566719/1‑91 (MQ=255) ataataCTTAATTAAATAGATACAGTTAACCCTAAGGCGCCTGATATAAGCGTCCTTAGGGTTTTTGTATTGGGTTACAATGGTCATGACa > 1:4850866/1‑91 (MQ=255) aataCTTAATTAAATAGATACAGTTAACCCTAAGGCGCCTGATATAAGCGTCCTTAGGGTTTTTGTATTGGGTTACAATGGTCATGACAAt > 1:2389402/1‑91 (MQ=255) aataCTTAATTAAATAGATACAGTTAACCCTAAGGCGCCTGATATAAGCGTCCTTAGGGTTTTTGTATTGGGTTACAATGGTCATGACAAt > 1:5646903/1‑91 (MQ=255) ataCTTAATTAAATAGATACAGTTAACCCTAAGGCGCCTGATATAAGCGTCCTTAGGGTTTTTGTATTGGGTTACAATGGTCATGACAAtt > 2:3454312/1‑91 (MQ=255) taCTTAATTAAATAGATACAGTTAACCCTAAGGCGCCTGATATAAGCGTCCTTAGGGTTTTTGTATTGGGTTACAATGGTCATGACAAttt > 1:4767338/1‑91 (MQ=255) ttaattaaATAGATACAGTTAACCCTAAGGCGCCTGATATAAGCGTCCTTAGGGTTTTTGTATTGGGTTACAATGGTCATGACAATTTGAt < 2:1444354/91‑1 (MQ=255) ttaattaaATAGATACAGTTAACCCTAAGGCGCCTGATATAAGCGTCCTTAGGGTTTTTGTATTGGGTTACAATGGTCATGACAATTTGAt > 2:5509389/1‑91 (MQ=255) attaaATAGATACAGTTAACCCTAAGGCGCCTGATATAAGCGTCCTTAGGGTTTTTGTATTGGGTTACAATGGTCATGACAATTTGATAAt < 2:4544587/91‑1 (MQ=255) attaaATAGATACAGTTAACCCTAAGGCGCCTGATATAAGCGTCCTTAGGGTTTTTGTATTGGGTTACAATGGTCATGACAATTTGATAAt > 1:864162/1‑91 (MQ=255) attaaATAGATACAGTTAACCCTAAGGCGCCTGATATAAGCGTCCTTAGGGTTTTTGTATTGGGTTACAATGGTCATGACAATTTGATAAt > 1:2049291/1‑91 (MQ=255) taaATAGATACAGTTAACCCTAAGGCGCCTGATATAAGCGTCCTTAGGGTTTTTGTATTGGGTTACAATGGTCATGACAATTTGATAATGa > 1:2558956/1‑91 (MQ=255) aaTAGATACAGTTAACCCTAAGGCGCCTGATATAAGCGTCCTTAGGGTTTTTGTATTGGGTTACAATGGTCATGACAATTTGATAATGAtt < 1:390960/91‑1 (MQ=255) aaTAGATACAGTTAACCCTAAGGCGCCTGATATAAGCGTCCTTAGGGTTTTTGTATTGGGTTACAATGGTCATGACAATTTGATAATGAtt < 2:2612000/91‑1 (MQ=255) aTAGATACAGTTAACCCTAAGGCGCCTGATATAAGCGTCCTTAGGGTTTTTGTATTGGGTTACAATGGTCATGACAATTTGATAATGATTg > 2:5179369/1‑91 (MQ=255) aTAGATACAGTTAACCCTAAGGCGCCTGATATAAGCGTCCTTAGGGTTTTTGTATAGGGTTACAATGGTCATGACAATTTGATAATGATTg > 2:4133677/1‑91 (MQ=255) aTAGATACAGTTAACCCTAAGGCGCCGGATATAAGCGTCCTTAGGGTTTTTGTATTGGGTTACAATGGTCATGACAATTTGATAATGATTg < 2:2134903/91‑1 (MQ=255) tAGATACAGTTAACCCTAAGGCGCCTGATATAAGCGTCCTTAGGGTTTTTGTATTGGGTTACAATGGTCATGACAATTTGATAATGATTga > 2:537282/1‑91 (MQ=255) tAGATACAGTTAACCCTAAGGCGCCTGATATAAGCGTCCTTAGGGTTTTTGTATTGGGTTACAATAGTCATGACAATTTGATAATGATTga > 2:5240523/1‑91 (MQ=255) gATACAGTTAACCCTAAGGCGCCTGATATAAGCGTCCTTAGGGTTTTTGTATTGGGTTACAATGGTCATGACAATTTGATAATGATTgaga > 2:2305579/1‑91 (MQ=255) tACAGTTAACCCTAAGGCGCCTGATATAAGCGTCCTTAGGGTTTTTGTATTGGGTTACAATGGTCATGACAATTTGATAATGATTGAGata > 2:1098967/1‑91 (MQ=255) aCAGTTAACCCTAAGGCGCCTGATATAAGCGTCCTTAGGGTTTTTGTATTGGGTTACAATGGTCATGACAATTTGATAATGATTGAGatat < 1:220119/91‑1 (MQ=255) cAGTTAACCCTAAGGCGCCTGATATAAGCGTCCTTAGGGTTTTTGTATTGGGTTACAATGGTCATGACAATTTGATAATGATTGAGAtatg > 2:1211822/1‑91 (MQ=255) aGTTAACCCTAAGGCGCCTGATATAAGCGTCCTTAGGGTTTTTGTATTGGGTTACAATGGTCATGACAATTTGATAATGATTGAGAtatgt > 2:3213003/1‑91 (MQ=255) aGTTAACCCTAAGGCGCCTGATATAAGCGTCCTTAGGGTTTTTGTATTGGGTTACAATGGTCATGACAATTTGATAATGATTGAGAtatgt > 2:1777404/1‑91 (MQ=255) aGTTAACCCTAAGGCGCCTGATATAAGCGTCCTTAGGGTTTTTGTATTGGGTTACAATGGTCATGACAATTTGATAATGATTGAGAtatgt < 2:3867196/91‑1 (MQ=255) aGTTAACCCTAAGGCGCCTGATATAAGCGTCCTTAGGGTTTTTGTATTGGGTTACAATGGTCATGACAATTTGATAATGATTGAGAtatgt > 2:4335920/1‑91 (MQ=255) gTTAACCCTAAGGCGCCTGATATAAGCGTCCTTAGGGTTTTTGTATTGGGTTACAATGGTCATGACAATTTGATAATGATTGAGAtatgta > 2:4216262/1‑91 (MQ=255) aaCCCTAAGGacgcttatatcaggcgccttagggttaactgtatctatttaattaagtattattattcgtatgtacgtaacttatggtcta < 1:2820509‑M1/91‑82 (MQ=255) aaCCCTAAGGCGCCTGATATAAGCGTCCTTAGGGTTTTTGTATTGGGTTACAATGGTCATGACAATTTGATAATGATTGAGATatgtatgt > 1:135654/1‑91 (MQ=255) aaCCCTAAGGCGCCTGATATAAGCGTCCTTAGGGTTTTTGTATTGGGTTACAATGGTCATGACAATTTGATAATGATTGAGATatgtatgt < 1:245425/91‑1 (MQ=255) aCCCTAAGGCGCCTGATATAAGCGTCCTTAGGGTTTTTGTATTGGGTTACAATGGTCATGACAATTTGATAATGATTGAGATATGTATGtt > 1:3962796/1‑91 (MQ=255) cccTAAGGacgcttatatcaggcgccttagggttaactgtatctatttaattaagtattattattcgtatgtacgtaacttatggtctatc < 1:4073342‑M1/91‑84 (MQ=255) cccTAAGGacgcttatatcaggcgccttagggttaactgtatctatttaattaagtattattattcgtatgtacgtaacttatggtctatc < 2:752743‑M1/91‑84 (MQ=255) cccTAAGGacgcttatatcaggcgccttagggttaactgtatctatttaattaagtattattattcgtatgtacgtaacttatggtctatc < 1:5374063‑M1/91‑84 (MQ=255) ccTAAGGacgcttatatcaggcgccttagggttaactgtatctatttaattaagtattattattcgtatgtacgtaacttatggtctatca < 1:5301712‑M1/91‑85 (MQ=255) ccTAAGGacgctcatatcaggcgccttagggttaactgtatctatttaattaagtattattattcgtatgtacgtaacttatggtctatca < 2:3752001‑M1/91‑85 (MQ=255) cTAAGGCGCCTGATATAAGCGTCCTTAGGGTTTTTGTATTGGGTTACAATGGTCATGACAATTTGATAATGATTGAGATATGTATGTTaaa > 1:2346640/1‑91 (MQ=255) aaGGacgcttctatcaggcgccttagggttaactgtatctatttaattaagtattattattcgtatgtacgtaacttatggtctatcaagt > 2:4693751‑M1/1‑4 (MQ=255) aaGGacgcttatatcaggcgccttagggttaactgtatctatttaattaagtattattattcgtatgtacgtaacttatggtctatcaagt < 2:4272444‑M1/91‑88 (MQ=255) aaGGacgcttatatcaggcgccttagggttaactgtatctatttaattaagtattattattcgtatgtacgtaacttatggtctatcaagt > 2:5325504‑M1/1‑4 (MQ=255) aGGCGCCTGATATAAGCGTccttagggttaactgtatctatttaattaagtattattattcgtatgtacgtaacttatggtctatcaagtt < 1:4156027‑M2/91‑73 (MQ=255) aGGCGCCTGATATAAGCGTCCTTAGGGTTTTTGTATTGGGTTACAATGGTCATGACAATTTGATAATGATTGAGATATGTATGTTAAAAAt > 1:1242073/1‑91 (MQ=255) aGGCGCCTGATATAAGCGTCCTTAGGGTTTTTGTATTGGGTTACAATGGTCATGACAATTTGATAATGATTGAGATATGTATGTTAAAAAt > 2:4969545/1‑91 (MQ=255) ggCGCCTGATATAAGCGTCCTTAGGGTTTTTGTATTGGGTTACAATGGTCATGACAATTTGATAATGATTGAGATATGTATGTTAAAAATg > 1:5131348/1‑91 (MQ=255) ggCGCCTGATATAAGCGTCCTTAGGGTTTTTGTATTGGGTTACAATGGTCATGACAATTAGATAATGATTGAGATATGTATGTTAAAAATg < 1:5514291/91‑1 (MQ=255) gcgcCTGATATAAGCGTCCTTAGGGTTTTTGTATTGGGTTACAATGGTCATGACAATTTGATAATGATTGAGATATGTATGTTAAAAATGc < 1:2585/91‑1 (MQ=255) gacgcttatatcaggcgccttagggttaactgtatctatttaattaagtattattattcgtatgtacgtaacttatggtctatcaagttcc < 1:1984660‑M1/91‑91 (MQ=255) | TGATGTTGAAGAAGTGTGGAACTTGATAGACCATAAGTTACGTACATACGAATAATAATACTTAATTAAATAGATACAGTTAACCCTAAGGCGCCTGATATAAGCGTCCTTAGGGTTTTTGTATTGGGTTACAATGGTCATGACAATTTGATAATGATTGAGATATGTATGTTAAAAATGC > USA300TCH1516_ALE/286867‑287047 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |