| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 365040 | 246 (0.860) | 15 (0.060) | 10/136 | NT | 6.4% | intergenic (+50/+55) | nupC_1/sglT | Nucleoside permease NupC/Sodium/glucose cotransporter |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 365070 | 233 (0.960) | intergenic (+80/+25) | nupC_1/sglT | Nucleoside permease NupC/Sodium/glucose cotransporter | |||||
Only 100 of 107 total aligned reads displayed.
TTCAACTCTAGCTTCAATCATTTCAGGATCAATCATTGGCTTAGTATTGTAAATGAATCGAAGTACCTAAATTAAATTCATGGCAAAGCTAAACCCCGTCAC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/364939‑365040‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aaaccccgtcacTAAGTTATGATGCGCTGTTGCGCCAACTTGGTGACGGGGTTTAGCTTTGCCATGAATTTAATTTAGGTACTTCGATTCATTTACAATACT < USA300TCH1516_ALE/365070‑364981 TTCAACTCTAGCTTCAATCATTTCAGGATCAATCATTGGCTTAGTATTGTAAATGAATCGAAGTACCTAAATTAAATTCATGGCAAAGCTA > 2:619782/1‑91 CAACTCTAGCTTCAATCATTTCAGGATCAATCATTGGCTTAGTATTGTAAATGAATCGAAGTACCTAAATTAAATTCATGGCAAAGCTAAA > 1:5119641/1‑91 CAACTCTAGCTTCAATCATTTCAGGATCAATCATTGGCTTAGTATTGTAAATGAATCGAAGTACCTAAATTAAATTCATGGCAAAGCTAAA > 1:59026/1‑91 AACTCTAGCTTCAATCATTTCAGGATCAATCATTGGCTTAGTATTGTAAATGAATCGAAGTACCTAAATTAAATTCATGGCAAAGCTAAAC < 1:3166498/91‑1 AACTCTAGCTTCAATCATTTCAGGATCAATCATTGGCTTAGTATTGTAAATGAATCGAAGTACCTAAATTAAATTCATGGCAAAGCTAAAC > 1:2317411/1‑91 AACTCTAGCTTCAATCATTTCAGGATCAATCATTGGCTTAGTATTGTAAATGAATCGAAGTACCTAAATTAAATTCATGGCAAAGCTAAAC > 1:4578110/1‑91 AACTCTAGCTTCAATCATTTCAGGATCAATCATTGGCTTAGTATTGTAAATGAATCGAAGTACCTAAATTAAATTCATGGCAAAGCTAAAC < 2:3534092/91‑1 AACTCTAGCTTCAATCATTTCAGGATCAATCATTGGCTTAGTATTGTAAATGAATCGAAGTACCTAAATTAAATTCATGGCAAAGCTAAAC > 1:4020198/1‑91 AACTCTAGCTTCAATCATTTCAGGATCAATCATTGGCTTAGTATTGTAAATGAATCGAAGTACCTAAATTAAATTCATGGCAAAGCTAAAC < 2:3982968/91‑1 AACTCTAGCTTCAATCATTTCAGGATCAATCATTGGCTTAGTATTGTAAATGAATCGAAGTACCTAAATTAAATTCATGGCAAAGCTAAAC > 1:4018802/1‑91 AACTCTAGCTTCAATCATTTCAGGATCAATCATTGGCTTAGTATTGTAAATGAATCGAAGTACCTAAATTAAATTCATGGCAAAGCTAAAC > 2:1619375/1‑91 ACTCTAGCTTCAATCATTTCAGGATCAATCATTGGCTTAGTATTGTAAATGAATCGAAGTACCTAAATTAAATTCATGGCAAAGCTAAACC > 2:4254659/1‑91 ACTCTAGCTTCAATCATTTCAGGATCAATCATTGGCTTAGTATTGTAAATGAATCGAAGTACCTAAATTAAATTCATGGCAAAGCTAAACC > 2:3545300/1‑91 CTCTAGCTTCAATCATTTCAGGATCAATCATTGGCTTAGTATTGTAAATGAATCGAAGTACCTAAATTAAATTCATGGCAAAGCTAAACCC < 1:829402/91‑1 CTCTAGCTTCAATCATTTCAGGATCAATCATTGGCTTAGTATTGTAAATGAATCGAAGTACCTAAATTAAATTCATGGCAAAGCTAAACCC < 1:829741/91‑1 CTCTAGCTTCAATCATTTCAGGATCAATCATTGGCTTAGTATTGTAAATGAATCGAAGTACCTAAATTAAATTCATGGCAAAGCTAAACCC > 1:3553633/1‑91 CTCTAGCTTCAATCATTTCAGGATCAATCATTGGCTTAGTATTGTAAATGAATCGAAGTACCTAAATTAAATTCATGGCAAAGCTAAACCC > 2:1771758/1‑91 CTCTAGCTTCAATCATTTCAGGATCAATCATTGGCTTAGTATTGTAAATGAATCGAAGTACCTAAATTAAATTCATGGCAAAGCTAAACCC > 1:1094461/1‑91 CTCTAGCTTCAATCATTTCAGGATCAATCATTGGCTTAGTATTGTAAATGAATCGAAGTACCTAAATTAAATTCATGGCAAAGCTAAACCC > 1:1952484/1‑91 CTCTAGCTTCAATCATTTCAGGATCAATCATTGGCTTAGTATTGTAAATGAATCGAAGTACCTAAATTAAATTCATGGCAAAGCTAAACCC < 2:2756331/91‑1 TCTAGCTTCAATCATTTCAGGATCAATCATTGGCTTAGTATTGTAAATGAATCGAAGTACCTAAATTAAATTCATGGCAAAGCTAAACCCC < 2:1307863/91‑1 TCTAGCTTCAATCATTTCAGGATCAATCATTGGCTTAGTATTGTAAATGAATCGAAGTACCTAAATTAAATTCATGGCAAAGCTAAACCCC > 2:54952/1‑91 CTAGCTTCAATCATTTCAGGATCAATCATTGGCTTAGTATTGTAAATGAATCGAAGTACCTAAATTAAATTCATGGCAAAGCTAAACCCCG < 1:1539438/91‑1 TAGCTTCAATCATTTCAGGATCAATCATTGGCTTAGTATTGTAAATGAATCGAAGTACCTAAATTAAATTCATGGCAAAGCTAAACCCCGT > 1:2321134/1‑91 TAGCTTCAATCATTTCAGGATCAATCATTGGCTTAGTATTGTAAATGAATCGAAGTACCTAAATTAAATTCATGGCAAAGCTAAACCCCGT > 1:2685244/1‑91 TAGCTTCAATCATTTCAGGATCAATCATTGGCTTAGTATTGTAAATGAATCGAAGTACCTAAATTAAATTCATGGCAAAGCTAAACCCCGT < 1:1729763/91‑1 TAGCTTCAATCATTTCAGGATCAATCATTGGCTTAGTATTGTAAATGAATCGAAGTACCTAAATTAAATTCATGGCAAAGCTAAACCCCGT > 1:1645261/1‑91 AGCTTCAATCATTTCAGGATCAATCATTGGCTTAGTATTGTAAATGAATCGAAGTACCTAAATTAAATTCATGGCAAAGCTAAACCCCGTC > 2:5262925/1‑91 AGCTTCAATCATTTCAGGATCAATCATTGGCTTAGTATTGTAAATGAATCGAAGTACCTAAATTAAATTCATGGCAAAGCTAAACCCCGTC > 2:1328118/1‑91 AGCTTCAATCATTTCAGGATCAATCATTGGCTTAGTATTGTAAATGAATCGAAGTACCTAAATTAAATTCATGGCAAAGCTAAACCCCGTC > 1:5134032/1‑91 GCTTCAATCATTTCAGGATCAATCATTGGCTTAGTATTGTAAATGAATCGAAGTACCTAAATTAAATTCATGGCAAAGCTAAACCCCGTCA < 2:445284/91‑1 GCTTCAATCATTTCAGGATCAATCATTGGCTTAGTATTGTAAATGAATCGAAGTACCTAAATTAAATTCATGGCAAAGCTAAACCCCGTCA > 1:4560552/1‑91 GCTTCAATCATTTCAGGATCAATCATTGGCTTAGTATTGTAAATGAATCGAAGTACCTAAATTAAATTCATGGCAAAGCTAAACCCCGTCA > 1:2801367/1‑91 GCTTCAATCATTTCAGGATCAATCATTGGCTTAGTATTGTAAATGAATCGAAGTACCTAAATTAAATTCATGGCAAAGCTAAACCCCGTCA > 1:1750827/1‑91 CTTCAATCATTTCAGGATCAATCATTGGCTTAGTATTGTAAATGAATCGAAGTACCTAAATTAAATTCATGGCAAAGCTAAACCCCGTCAC < 2:5335462/91‑1 CTTCAATCATTTCAGGATCAATCATTGGCTTAGTATTGTAAATGAATCGAAGTACCTAAATTAAATTCATGGCAAAGCTAAACCCCGTCAC > 1:233089/1‑91 CTTCAATCATTTCAGGATCAATCATTGGCTTAGTATTGTAAATGAATCGAAGTACCTAAATTAAATTCATGGCAAAGCTAAACCCCGTCAC < 1:4954126/91‑1 TTCAATCATTTCAGGATCAATCATTGGCTTAGTATTGTAAATGAATCGAAGTACCTAAATTAAATTCATGGCAAAGCTAAACCCCGTCACT > 2:135891/1‑91 TTGGCTTAGTATTGTAAATGAATCGAAGTACCTAAATTAAATTCATGGCAAAGCTAAACCCCGTCACTAAGTTATGATGCGCTGTTGCGCC < 1:2584433/91‑1 TTGGCTTAGTATTGTAAATGAATCGAAGTACCTAAATTAAATTCATGGCAAAGCTAAACCCCGTCACTAAGTTATGATGCGCTGTTGCGCC > 2:2782983/1‑91 GCTTAGTGTTGTAAACGAATCGGAGTACCTAAATTAAATTCATGGCAAAGCTAAACCCCGTCACTATGTTATGATGCGCTGTTGCGCCAAC < 2:4640720/91‑1 CTTAGTATTGTAAATGAATCGAAGTACCTAAATTAAATTCATGGCAAAGCTAAACCCCGTCACTAAGTTATGATGCGCTGTTGCGCCAACT < 1:1448384/91‑1 CTTAGTATTGTAAATGAATCGAAGTACCTAAATTAAATTCATGGCAAAGCTAAACCCCGTCACTAAGTTATGATGCGCTGTTGCGCCAACT < 2:3480565/91‑1 TTAGTATTGTAAATGAATCGAAGTACCTAAATTAAATTCATGGCAAAGCTAAACCCCGTCACTAAGTTATGATGCGCTGTTGCGCCAACTT < 2:4841906/91‑1 TTAGTATTGTAAATGAATCGAAGTACCTAAATTAAATTCATGGCAAAGCTAAACCCCGTCACTAAGTTATGATGCGCTGTTGCGCCAACTT < 2:25158/91‑1 TTAGTATTGTAAATGAATCGAAGTACCTAAATTAAATTCATGGCAAAGCTAAACCCCGTCACTAAGTTATGATGCGCTGTTGCGCCAACTT < 1:1463946/91‑1 TTAGTATTGTAAATGAATCGAAGTACCTAAATTAAATTCATGGCAAAGCTAAACCCCGTCACTAAGTTATGATACGCTGTTGCGCCAACTT < 1:4278874/91‑1 ATTGTAAATGAATCGAAGTACCTAAATTAAATTCATGGCAAAGCTAAACCCCGTCACTAAGTTATGATGCGCTGTTGCGCCAACTTGGTGA < 1:3844922/91‑1 AAATGAATCGAAGTACCTAAATTAAATTCATGGCAAAGCTAAACCCCGTCACTAAGTTATGATGCGCTGTTGCGCCAACTTGGTGACGGGG < 1:1128898/91‑1 GAAGTACCTAAATTAAATTCATGGCAAAGCTAAACCCCGTCACTAAGTTATGATGCGCTGTTGCGCCAACTTGGTGACGGGGTTTAGCTTT < 1:135891/91‑1 GAAGTACCTAAATTAAATTCATGGCAAAGCTAAACCCCGTCACTAAGTTATGATGCGCTGTTGCGCCAACTTGGTGACGGGGTTTAGCTTT < 1:2947717/91‑1 AAATTAAATTCATGGCAAAGCTAAACCCCGTCACTAAGTTATGATGCGCTGTTGCGCCAACTTGGTGACGGGGTTTAGCTTTGCCATGAAT < 1:2782983/91‑1 AATTAAATTCATGGCAAAGCTAAACCCCGTCACTAAGTTATGATGCGCTGTTGCGCCAACTTGGTGACGGGGTTTAGCTTTGCCATGAATT < 1:4773976/91‑1 AAACCCCGTCACTAAGTTATGATGCGCTGTTGCGCCAACTTGGTGACGGGGTTTAGCTTTGCCATGAATTTAATTTAGGTACTTCGATTCA > 2:1020086/1‑91 AAACCCCGTCACTAAGTTATGATGCGCTGTTGCGCCAACTTGGTGACGGGGTTTAGCTTTGCCATGAATTTAATTTAGGTACTTCGATTCA < 2:1818438/91‑1 AACCCCGTCACTAAGTTATGATGCGCTGTTGCGCCAACTTGGTGACGGGGTTTAGCTTTGCCATGAATTTAATTTAGGTACTTCGATTCAT > 2:222543/1‑91 AACCCCGTCACTAAGTTATGATGCGCTGTTGCGCCAACTTGGTGACGGGCTTTAGCTTTGCCATGAATTTAATTTAGGTACTTCGATTCAT > 2:5636289/1‑91 AACCCCGTCACTAAGTTATGATGCGCTGTTGCGCCAACTTGGTGAAGGGGTTTAGCTTTGCCATTAATCTAATTTGGGTACTTCGATTCAT > 2:5551220/1‑91 ACCCCGTCACTAAGTTATGATGCGCTGTTGCGCCAACTTGGTGACGGGGTTTAGCTTTGCCATGAATTTAATTTAGGTACTTCGATTCATT > 1:681544/1‑91 CCCCGTCACTAAGTTATGATGCGCTGTTGCGCCAACTTGGTGACGGGGTTTAGCTTTGCCATGAATTTAATTTAGGTACTTCGATTCATTT > 1:3566047/1‑91 CCCCGTCACTAAGTTATGATGCGCTGTTGCGCCAACTTGGTGACGGGGTTTAGCTTTGCCATGAATTTAATTTAGGTACTTCGATTCATTT > 1:1683400/1‑91 CCCGTCACTAAGTTATGATGCGCTGTTTCGCCAACTTGGTGACGGGGTTTAGCTTTGCCATGAATTTAATTTCGGTACTTCGATTCATTTc > 2:647055/1‑90 CCCGTCACTAAGTTATGATGCGCTGTTGCGCCAACTTGGTGACGGGGTTTAGCTTTGCCATGAATTTAATTTAGGTACTTCGATTCATTTA > 2:5522131/1‑91 CCCGTCACTAAGTTATGATGCGCTGTTGCGCCAACTTGGTGACGGGGTTTAGCTTTGCCATGAATTTAATTTAGGTACTTCGATTCATTTA < 1:2380792/91‑1 CCCGTCACTAAGTTATGATGCGCTGTTGCGCCAACTTGGTGACGGGGTTTAGCTTTGCCATGAATTTAATTTAGGTACTTCGATTCATTTA < 2:1408963/91‑1 CCGTCACTAAGTTATGATGCGCTGTTGCGCGAACTTGGTGACGGGGTTTAGCTTTGCCATGAATTTAATTTAGGTACTTCGATTCATTTAC < 1:4346951/91‑1 CCGTCACTAAGTTATGATGCGCTGTTGCGCCAACTTGGTGACGGGGTTTAGCTTTGCCATGAATTTAATTTAGGTACTTCGATTCATTTAC > 2:3692246/1‑91 CCGTCACTAAGTTATGATGCGCTGTTGCGCCAACTTGGTGACGGGGTTTAGCTTTGCCATGAATTTAATTTAGGTACTTCGATTCATTTAC > 1:894191/1‑91 CCGTCACTAAGTTATGATGCGCTGTTGCGCCAACTTGGTGACGGGGTTTAGCTTTGCCATGAATTTAATTTAGGTACTTCGATTCATTTAC > 2:3452939/1‑91 CCGTCACTAAGTTATGATGCGCTGTTGCGCCAACTTGGTGACGGGGTTTAGCTTTGCCATGAATTTAATTTAGGTACTTCGATTCATTTAC < 2:712091/91‑1 CCGTCACTAAGTTATGATGCGCTGTTGCGCCAACTTGGTGACGGGGTTTAGCTTTGCCATGAATTTAATTTAGGTACTTCGATTCATTTAC > 1:1194714/1‑91 CCGTCACTAAGTTATGATGCGCTGTTGCGCCAACTTGGTGACGGGGTTTAGCTTTGCCATGAATTTAATTTAGGTACTTCGATTCATTTAC > 1:2872897/1‑91 CCGTCACTAAGTTATGATGCGCTGTTGCGCCAACTTGGTGACGGGGTTTAGCTTTGCCATGAATTTAATTTAGGTACTTCGATTCATTTAC > 1:324780/1‑91 CCGTCACTAAGTTATGATGCGCTGTTGCGCCAACTTGGTGACGGGGTTTAGCTTTGCCATGAATTTAATTTAGGTACTTCGATTCATTTAC > 1:4088017/1‑91 CCGTCACTAAGTTATGATGCGCTGTTGCGCCAACTTGGTGACGGGGTTTAGCTTTGCCATGAATTTAATTTAGGTACTTCGATTCATTTAC < 2:1263274/91‑1 CCGTCACTAAGTTATGATGCGCTGTTGCGCCAACTTGGTGACGGGGTTTAGCTTTGCCATGAATTTAATTTAGGTACTTCGATTCATTTAC < 2:2077381/91‑1 CCGTCACTAAGTTATGATGCGCTGTTGCGCCAACTTGGTGACGGGATTTAGCTTTTCCATGAATTTAATTTAGGTACTTCGATTCATTTAC < 2:5437971/91‑1 CCGTCACTAAGTTATGATGCGCTGTTGCGCCAACTTGGCGACGGGGTTTAGCTTTGCCATGAATTTAATTTAGGTACTTCGATTCATTTAC > 2:2760602/1‑91 CCGTCACTAAGTTATGATGCGCTGTTGCGACAACTTGGTGACGGGGTTTAGCTTTGCCATGAATTTAATTTAGGTACTTCGATTCATTTAC < 2:2589132/91‑1 CGTCACTAAGTTATGATGCGCTGTTGCGCCAACTTGGTGACGGGGTTTAGCTTTGCCATGAATTTAATTTAGGTACTTCGATTCATTTACA < 2:2407946/91‑1 CGTCACTAAGTTATGATGCGCTGTTGCGCCAACTTGGTGACGGGGTTTAGCTTTGCCATGAATTTAATTTAGGTACTTCGATTCATTTACA > 2:2419476/1‑91 CGTCACTAAGTTATGATGCGCTGTTGCGCCAACTTGGTGACGGGGTTTAGCTTTGCCATGAATTTAATTTAGGTACTTCGATTCATTTACA < 2:742013/91‑1 CGTCACTAAGTTATGATGCGCTGTTGCGCCAACTTGGTGACGGGGTTTAGCTTTGCCATGAATTTAATTTAGGTACTTCGATTCATTTACA > 1:783691/1‑91 CGTCACTAAGTTATGATGCGCTGTTGCGCCAACTTGGTGACGGGGTTTAGCTTTGCCATGAATTTAATTTAGGTACTTCGATTCATTTACA < 2:2771565/91‑1 CGTCACTAAGTTATGATGCGCTGTTGCGCCAACTTGGTGACGGGGTTTAGCTTTGCCATGAATTTAATTTAGGTACTTCGATTCATTTACA > 1:1588457/1‑91 CGTCACTAAGTTATGATGCGCTGTTGCGCCAACTTGGTGACGGGGTTTAGCTTTGCCATGAATTTAATTTAGGTACTTCGATTCATTTACA < 2:2527859/91‑1 CGTCACTAAGTTATGATGCGCTGTTGCGCCAACTTGGTGACGGGGTTTAGCTTTGCCATGAATTTAATTTAGGTACTTCGATTCATTTACA < 2:3445/91‑1 CGTCACTAAGTTATGATGCGCTGTTGCGCCAACTTGGTGACGGGGTTTAGCTTTGCCATGAATTTAATTTAGGTACTTCGATTCATTTACA < 1:347848/91‑1 GTCACTAAGTTATGATGCGCTGTTGCGCCAACTTGGTGACGGGGTTTAGCTTTGCCATGAATTTAATTTAGGTACTTCGATTCATTTACAA > 2:201684/1‑91 GTCACTAAGTTATGATGCGCTGTTGCGCCAACTTGGTGACGGGGTTTAGCTTTGCCATGAATTTAATTTAGGTACTTCGATTCATTTACAA > 1:396211/1‑91 TCACTAAGTTATGATGCGCTGTTGCGCCAACTTGGTGACGGGGTTTAGCTTTGCCATGAATTTAATTTAGGTACTTCGATTCATTTACAAT > 2:590475/1‑91 TCACTAAGTTATGATGCGCTGTTGCGCCAACTTGGTGACGGGGTTTAGCTTTGCCATGAATTTAATTTAGGTACTTCGATTCATTTACAAT > 2:4439289/1‑91 CACTAAGTTATGATGCGCTGTTGCGCCAACTTGGTGACGGGGTTTAGCTTTGCCATGAATTTAATTTAGGTACTTCGATTCATTTACAATA > 2:5303417/1‑91 CACTAAGTTATGATGCGCTGTTGCGCCAACTTGGTGACGGGGTTTAGCTTTGCCATGAATTTAATTTAGGTACTTCGATTCATTTACAATA > 2:5302653/1‑91 CACTAAGTTATGATGCGCTGTTGCGCCAACTTGGTGACGGGGTTTAGCTTTGCCATGAATTTAATTTAGGTACTTCGATTCATTTACAATA > 2:3231489/1‑91 CACTAAGTTATGATGCGCTGTTGCGCCAACTTGGTGACGGGGTTGAGCTTTGCCATGAATTTAATTTAGGTACTTCGATTCATTTACAATA < 2:4636586/91‑1 ACTAAGTTATGATGCGCTGTTGCGCCAACTTGGTGACGGGGTTTAGCTTTGCCATGAATTTAATTTAGGTACTTCGATTCATTTACAATAC > 1:1464930/1‑91 CTAAGTTATGATGCGCTGTTGCGCCAACTTGGTGACGGGGTTTAGCTTTGCCATGAATTTAATTTAGGTACTTCGATTCATTTACAATACT < 1:358252/91‑1 CTAAGTTATGATGCGCTGTTGCGCCAACTTGGTGACGGGGTTTAGCTTTGCCATGAATTTAATTTAGGTACTTCGATTCATTTACAATACT < 1:2062548/91‑1 CTAAGTTATGATGCGCTGTTGCGCCAACTTGGTGACGGGGTTTAGCTTTGCCATGAATTTAATTTAGGTACTTCGATTCATTTACAATACT < 1:4645071/91‑1 TTCAACTCTAGCTTCAATCATTTCAGGATCAATCATTGGCTTAGTATTGTAAATGAATCGAAGTACCTAAATTAAATTCATGGCAAAGCTAAACCCCGTCAC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/364939‑365040‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aaaccccgtcacTAAGTTATGATGCGCTGTTGCGCCAACTTGGTGACGGGGTTTAGCTTTGCCATGAATTTAATTTAGGTACTTCGATTCATTTACAATACT < USA300TCH1516_ALE/365070‑364981 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |