| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1058109 | 220 (0.770) | 19 (0.070) | 12/144 | NT | 8.2% | intergenic (+150/+57) | slyA_2/atl_1 | Transcriptional regulator SlyA/Bifunctional autolysin |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1058143 | 225 (0.870) | intergenic (+184/+23) | slyA_2/atl_1 | Transcriptional regulator SlyA/Bifunctional autolysin | |||||
GAATCATGAATTACAAGCAAAAGTAGCGGTGATTGTTAAAATTGATGGTAAACAATCACCGCTATTTTTGCTTGTGTATGTATAAAAAAGGGATCAAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/1058012‑1058109‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ggatcaaaAGTCATCCCCCACTATCAATCATGGGGGATGACCTTTGATCCCTTTTTTATACATACACAAGCAAAAATAGCGGTGATTGTTTACCATC < USA300TCH1516_ALE/1058143‑1058055 GAATCATGAATTACAAGCAAAAGTAGCGGTGATTGTTAAAATTGATTGTAAACAATCACCGCTATTTTTGCTTGTGTATGTATAAAAAAGG < 2:5478355/91‑1GAATCATGAATTACAAGCAAAAGTAGCGGTGATTGTTAAAATTGATGGTAAACAATCACCGCTATTTTTGCTTGTGTATGTATAAAAAAGG < 2:90296/91‑1GAATCATGAATTACAAGCAAAAGTAGCGGTGATTGTTAAAATTGATGGTAAACAATCACCGCTATTTTTGCTTGTGTATGTATAAAAAAGG < 2:577974/91‑1GAATCATGAATTACAAGCAAAAGTAGCGGTGATTGTTAAAATTGATGGTAAACAATCACCGCTATTTTTGCTTGTGTATGTATAAAAAAGG < 1:4765595/91‑1GAATCATGAATTACAAGCAAAAGTAGCGGTGATTGTTAAAATTGATGGTAAACAATCACCGCTATTTTTGCTTGTGTATGTATAAAAAAGG < 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |