| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1058109 | 220 (0.770) | 19 (0.070) | 12/144 | NT | 8.2% | intergenic (+150/+57) | slyA_2/atl_1 | Transcriptional regulator SlyA/Bifunctional autolysin |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1058143 | 225 (0.870) | intergenic (+184/+23) | slyA_2/atl_1 | Transcriptional regulator SlyA/Bifunctional autolysin | |||||
Only 100 of 302 total aligned reads displayed.
GAATTACAAGCAAAAGTAGCGGTGATTGTTAAAATTGATGGTAAACAATCACCGCTATTTTTGCTTGTGTATGTATAAAAAAGGGATCAAAGGTCATCCCCCATGATTGATAGTGGGGGATGACTTTTGATCCTATGTTCATGTTGCTTATTTATATTGTGGGATGTCGAAGTATTTGCCG > USA300TCH1516_ALE/1058019‑1058199 | aaTTACAAGCAAAAGTAGCGGTGATTGTTAAAATTGATGGTAAACAATCACCGCTATTTTTGCTTGTGAATGTATAAAAAAGGGATCAAAg < 2:4704949/91‑1 (MQ=255) aTTACAAGCAAAAGTAGCGGTGATTGTTAAAATTGATGGTAAACAATCACCGCTATTTTTGCTTGTGTATGTATAAAAAAGGGATCAAAgg > 2:1834725/1‑91 (MQ=255) ttACAAGCAAAAGTAGCGGTGATTGTTAAAATTGCTGGTAAACAATCACCGCTATTTTTGCTTGTGTATGTATAAAAAAGGGATCAGAGGt > 2:3334502/1‑91 (MQ=255) ttACAAGCAAAAGTAGCGGTGATTGTTAAAATTGATGGTAAACAATCACCGCTATTTTTGCTTGTGTATGTATAAAAAAGGGATCAAAGGt > 1:3573411/1‑91 (MQ=255) tgaCAAGCAAAAGTAGCGGTGGTGGGTAGGATGGATGGTAGACAGTGAGGGGTATGGTGGCTGGTGTATGTATAAAAAAGGAATCAAAGGt < 2:2641155/89‑1 (MQ=255) cAAGCAAAAGTAGCGGTGATTGTTAAAATTGATGGTAAACAATCACCGCTATTTTTGCTTGTGTATGTATAAAAAAGGGATCAAAGGTCAt > 1:4625969/1‑91 (MQ=255) aaGCAAAAGTAGCGGTGATTGTTAAAATTGATGGTAAACAATCACCGCTATTTTTGCTTGTGTATGTATAAAAAAGGGATCAAAGGTCATc > 1:4811129/1‑91 (MQ=255) aaGCAAAAGTAGCGGTGATTGTTAAAATTGATGGTAAACAATCACCGCTATTTTTGCTTGTGTATGTATAAAAAAGGGATCAAAGGTCATc > 1:3504888/1‑91 (MQ=255) aaGCAAAAGTAGCGGCGATTGTTAAAATTGATGGTAAACAATCACCGCTATTCTTGCTAGTGTATGTATAAAAAAGGGATCAAAGGTCATc > 2:479122/1‑91 (MQ=255) aGCAAAAGTAGCGGTGATTGTTAAAATTGATGGTAAACAATCACCGCTATTTTTGCTTGTGTATGTATAAAAAAGGGATCAAAGGTCATcc > 2:3641207/1‑91 (MQ=255) gCAAAAGTAGCGGTGATTGTTAAAATTGATGGTAAACAATCACCGCTATTTTTGCTTGTGTATGTATAAAAAAGGGATCAAAGGTCATccc > 2:414366/1‑91 (MQ=255) aaaaaGAAGCGGTGAATGTTAAAATTAAAAGTAAACAATCACCGCTATTTTTGTTAGAAAAAAAAAAAAAAAGGGATCAAAGGTCATcccc < 2:2220741/90‑1 (MQ=255) aaaaGTAGCGGTGATTGTTAAAATTGATGGTAAACAATCACCGCTATTTTTGCTTGTGTATGTATAAAAAAGGGATCAAAGGTCATccccc > 1:3326535/1‑91 (MQ=255) aaaGTAGCGGTGATTGTTAAAATTGATGGTAAACAATCACCGCTATTTTTGCTTGTGTATGTATAAAAAAGGGATCAAAGGTCATCCCCCa > 1:5260289/1‑91 (MQ=255) 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ttGTTAAAATTGATGGTAAACAATCACCGCTATGTTTGCTTGTGTATGTATAAAAAAGGGATCAAAGGTCATCCCCCATGATTGATAGTgg < 2:2081797/91‑1 (MQ=255) tGTTAAAATTGATGGTAAACAATCACCGCTATTTTTGCTTGTGTATGTATAAAAAAGGGATCAAAGGTCATCCCCCATGATTGATAGTggg < 2:3587248/91‑1 (MQ=255) gTTAAAATTGATGGTAAACAATCACCGCTATTTTTGCTTGTGTATGTATAAAAAAGGGATCAAAGGTCATCCCCCATGATTGATAGTgggg < 1:614085/91‑1 (MQ=255) ttAAAATTGATGGTAAACAATCACCGCTATTTTTGCTTGTGTATGTATAAAAAAGGGATCAAAGGTCATCCCCCATGATTGATAGTggggg > 1:3833584/1‑91 (MQ=255) ttAAAATTGATGGTAAACAATCACCGCTATTTTTGCTTGTGTATGTATAAAAAAGGGATCAAAGGTCATCCCCCATGATTGATAGTggggg < 1:580972/91‑1 (MQ=255) tAAAATTGATGGTAAACAATCACCGCTATTTTTGCTTGTGTATGTATAAAAAAGGGATCAAAagtcatcccccactatcaatcatggggga < 1:5451424‑M1/91‑30 (MQ=255) tAAAATTGATGGTAAACAATCACCGCTATTTTTGCTTGTGTATGTATAAAAAAGGGATCAAAGGTCATCCCCCATGATTGATAGTGGGGGa > 1:1428625/1‑91 (MQ=255) aaaaTTGATGGTAAACAATCACCGCTATTTTTGCTTGTGTATGTATAAAAAAGGGATCAAAGGTCATCCCCCATGATTGATAGTGGGGGAt > 1:3669119/1‑91 (MQ=255) aaaTTGATGGTAAACAATCACCGCTATTTTTGCTTGTGTATGTATAAAAAAGGGATCAAAagtcatcccccactatcaatcatgggggatg < 1:755830‑M1/91‑32 (MQ=255) aaaTTGATGGTAAACAATCACCGCTATTTTTGCTTGTGTATGTATAAAAAAGGGATCAAAGGTCATCCCCCATGATTGATAGTGGGGGATg < 1:3977847/91‑1 (MQ=255) aaTTGATGGTAAACAATCACCGCTATTTTTGCTTGTGTATGTATAAAAAAGGGATCAAAagtcatcccccactatcaatcatgggggatga < 2:776666‑M1/91‑33 (MQ=255) aaTTGATGGTAAACAATCACCGCTATTTTTGCTTGTGTATGTATAAAAAAGGGATCAAAagtcatcccccactatcaatcatgggggatga < 1:4096482‑M1/91‑33 (MQ=255) aaTTGATGGTAAACAATCACCGCTATTTTTGCTTGTGTATGTATAAAAAAGGGATCAAAGGTCATCCCCCATGATTGATAGTGGGGGATGa < 2:1725823/91‑1 (MQ=255) aaTTGATGGTAAACAATCACCGCTATTTTTGCTTGTGTATGTATAAAAAAGGGATCAAAGGTCATCCCCCATGATTGATAGTGGGGGATGa > 2:1092479/1‑91 (MQ=255) aaTTGATGGTAAACAATCACCGCTATTTTTGCTTGTGTATGTATAAAAAAGGGATCAAAGGTCATCCCCCATGATTGATAGTGGGGGATGa < 1:2529528/91‑1 (MQ=255) atgaaTGGTAAACAAACGCCGCTATTTATGCTTGTGTATGTATAAAAAAGGGATCAAAGGTCATCCCCCATGATTGATAGTGGGGGATGAc < 2:4419116/87‑1 (MQ=255) 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ataAAAAAGGGATCAAAGGTCATCCCCCATGATTGATAGTGGGGGATGACTTTTGATCCTATGTTCATGTTGCTTATTTATATTGTGGGAt > 1:234125/1‑91 (MQ=255) taAAAAAGGGATCAAAGGTCATCCCCCATGATTGATAGTGGGGGATGACTTTTGATCCTATGTTCATGTTGCTTATTTATATTGTGGGATg > 1:4819105/1‑91 (MQ=255) aaaGGGATCAAAGGTCATCCCCCATGATTGATAGTGGGGGATGACTTTTGATCCTATGTTCATGTTGCTTATTTATATTGTGGGATGTCGa > 2:381547/1‑91 (MQ=255) aaaGGGATCAAAGGTCATCCCCCATGATTGATAGTGGGGGATGACTTTTGATCCTATGTTCATGTTGCTTATTTATATTGTGGGATGTCGa < 1:1495919/91‑1 (MQ=255) aaaGGGATCAAAGGTCATCCCCCATGATTGATAGTGGGGGATGACTTTTGATCCTATGTTCATGTTGCTTATTTATATTGTGGGATGTCGa < 1:3494161/91‑1 (MQ=255) gggATCAAAGGTCATCCCCCATGATTGATAGTGGGGGATGACTTTTGATCCTATGTTCATGTTGCTTATTTATATTGTGGGATGTCGAAGt > 1:518750/1‑91 (MQ=255) gggATCAAAGGTCATCCCCCATGATTGATAGTGGGGGATGACTTTTGATCCTATGTTCATGTTGCTTATTTATATTGTGGGATGTCGAAGt > 1:691860/1‑91 (MQ=255) gggATCAAAGGTCATCCCCCATGATTGATAGTGGGGGATGACTTTTGATCCTATGTTCATGTTGCTTATTTATATTGTGGGATGTCGAAGt > 2:3989302/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |