| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2483085 = | 346 (1.200) | 20 (0.080) | 11/136 | NT | 6.8% | intergenic (+5/‑158) | hssS/USA300HOU_RS12790 | Heme sensor protein HssS/putative HTH‑type transcriptional regulator |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2483126 = | 256 (1.050) | intergenic (+46/‑117) | hssS/USA300HOU_RS12790 | Heme sensor protein HssS/putative HTH‑type transcriptional regulator | |||||
Only 100 of 124 total aligned reads displayed.
TTTGTTGAATGGTAGAAATTAAATGTTAAGTGGCTAGAAAGCGCTAATCAATATAAAAGATACCTCCTGAAATAAAAACAGAAATGTTT‑‑‑TTTCAGGAGGTA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/2483185‑2483085‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tttcaggaggtaTCTTTTATATTGATTAGCGCTTTCTAGCCACTTAACATTTAATTTCTACCATTCAACAAAATTTAAATATATCGATGGTCATTTATGGTT > USA300TCH1516_ALE/2483126‑2483215 TTTGTTGAATGGTAGAAATTAAATGTTAAGTGGCTAGAAAGCGCTAATCAATATAAAAGATACCTCCTGAAATAAAAACAGAAATGTTT‑‑‑TT < 2:226663/91‑1TTTGTTGAATGGTAGAAATTAAATGTTAAGTGGCTAGAAAGCGCTAATCAATATAAAAGATACCTCCTGAAATAAAAACAGAAATGTTT‑‑‑TT < 2:4052155/91‑1 TTGTTGAATGGTAGAAATTAAATGTTAAGTGGCTAGAAAGCGCTAGCCAATATAAAAGATACCTCCTGAAATAAAAACAGAAATGTTT‑‑‑TTT < 2:5470459/91‑1 TTGTTGAATGGTAGAAATTAAATGTTAAGTGGCTAGAAAGCGCTAATCAATATAAAAGATACCTCCTGAAATAAAAACAGAAATGTTT‑‑‑TTT > 2:47457/1‑91 TTGTTGAATGGTAGAAATTAAATGTTAAGTGGCTAGAAAGCGCTAATCAATATAAAAGATACCTCCTGAAATAAAAACAGAAATGTTT‑‑‑TTT 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |