| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2483085 = | 346 (1.200) | 20 (0.080) | 11/136 | NT | 6.8% | intergenic (+5/‑158) | hssS/USA300HOU_RS12790 | Heme sensor protein HssS/putative HTH‑type transcriptional regulator |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2483126 = | 256 (1.050) | intergenic (+46/‑117) | hssS/USA300HOU_RS12790 | Heme sensor protein HssS/putative HTH‑type transcriptional regulator | |||||
Only 100 of 470 total aligned reads displayed.
AATTGCATCATGGTACAATCCAATTCACACAAAGTAACGAGTATGTAACCACCTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAA‑‑‑AAACATTTCTGTTTTTATTTCAGGAGGTATCTTTTATATTGATTAGCGCTTTCTAGCCACTTAACATTTAATTTCTACC > USA300TCH1516_ALE/2482995‑2483175 | aaccataaatgaccatcgatatatttaaattttgttgaatggtagaaattaaatgttaagtggctagaaagcgctaataaatataaaagat < 2:3754336‑M1/1‑1 (MQ=255) aTTGCATCATGGTACAATCCAATTCACACAAAGTAACGAGTATGTAACCACCTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTa > 2:5001869/1‑91 (MQ=255) aTTGCATCATGGTACAATCCAATTCACACAAAGTAACGAGTATGTAACCACCTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTa > 1:2011090/1‑91 (MQ=255) aTTGCATCATGGTACAATCCAATTCACACAAAGTAACGAGTATGTAACCACCTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTa > 2:3655118/1‑91 (MQ=255) ccataaatgaccatcgatatatttaaattttgttgaatggtagaaattaaatgttaagtggctagaaagcgctaatcaatataaaagaTAc < 2:133032‑M1/3‑1 (MQ=255) tGCATCATGGTACAATCCAATTCACACAAAGTAACGAGTATGTAACCACCTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTAcc < 2:3294709/91‑1 (MQ=255) tGCATCATGGTACAATCCAATTCACACAAAGTAACGAGTATGTAACCACCTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTAcc < 2:3925824/91‑1 (MQ=255) gCATCATGGTACAATCCAATTCACACAAAGTAACGAGTATGTAACCACCTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTAcct > 1:5199159/1‑91 (MQ=255) gCATCATAGTACAATCCAAATCACACAAAGTAACGAGTATGTAACCACCTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCTCTTTAATCTCTaaaa < 2:4340261/91‑4 (MQ=255) taaatgaccatcgatatatttaaattttgttgaatggtagaaattaaatgttaagtggctagaaagcgctaatcaatataaaagaTAcctc < 1:3779886‑M1/6‑1 (MQ=255) catcatGGTACAATCCAATTCACACAAAGTAACGAGTATGTAACCACCTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTAcctc > 1:138098/1‑91 (MQ=255) atcatGGTACAATCCAATTCACACAAAGTAACGAGTATGTAACCACCTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTAcctcc > 1:3166214/1‑91 (MQ=255) aaatgaccatcgatatatttaaattttgttgaatggtagaaattaaatgttaagtggctagaaagcgctaatcaatataaaagaTAcctcc < 2:865742‑M1/7‑1 (MQ=255) aaatgaccatcgatatatttaaattttgttgaatggtagaaattaaatgttaagtggctagaaagcgctaatcaatataaaagaTAcctcc > 2:3413942‑M1/85‑91 (MQ=255) aatgaccatcgatatatttaaattttgttgaatggtagaaattaaatgttaagtggctagaaagcgctaatcaatataaaagaTAcctcct < 1:1464336‑M1/8‑1 (MQ=255) atgaccatcgatatatttaaattttgttgaatggtagaaattaaatgttaagtggctagaaagcgctaatcaatataaaagaTACCTCCTg > 2:3111834‑M1/83‑91 (MQ=255) atgaccatcgatatatttaaattttgttgaatggtagaaattaaatgttaagtggctagaaagcgctaatcaatataaaagaTACCTCCTg > 2:2891750‑M1/83‑91 (MQ=255) atgaccatcgatatatttaaattttgttgaatggtagaaattaaatgttaagtggctagaaagcgctaatcaatataaaagaTACCTCCTg > 2:2385354‑M1/83‑91 (MQ=255) tgaccatcgatatatttaaattttgttgaatggtagaaattaaatgttaagtggctagaaagcgctaatcaatataaaagaTACCTCCTGa < 2:2991350‑M1/10‑1 (MQ=255) tgaccatcgatatatttaaattttgttgaatggtagaaattaaatgttaagtggctagaaagcgctaatcaatataaaagaTACCTCCTGa < 2:1883758‑M1/10‑1 (MQ=255) gaccatcgatatatttaaattttgttgaatggtagaaattaaatgttaagtggctagaaagcgctaatcaatataaaagaTACCTCCTGaa < 1:4901710‑M1/11‑1 (MQ=255) accatcgatatatttaaattttgttgaatggtagaaattaaatgttaagtggctagaaagcgctaatcaatataaaagaTACCTCCTGaaa < 2:1454907‑M1/12‑1 (MQ=255) accatcgatatatttaaattttgttgaatggaagaaattaaatgtcaagtggctagaaagcgctaatcaatataaaagaTACCTCCTGaaa < 1:3054072‑M1/12‑1 (MQ=255) accatcgatatatttaaaatttgttgaatggtagaaattaaatgttaagtcgctataaagcgcgattcaataaaaaagaTACCTCCTGaaa > 2:5303422‑M1/80‑91 (MQ=255) cAATCCAATTCACACAAAGTAACGAGTATGTAACCACCTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAA‑‑‑AAAc < 2:4160843/91‑1 (MQ=255) aTCCAATTCACGCAAAGTAACGAGTATGTAACAACCTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAA‑‑‑AAACAt > 2:5607982/1‑91 (MQ=255) aTCCAATTCACACAAAGTAACGAGTATGTAACCACCTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAA‑‑‑AAACAt > 1:4548110/1‑91 (MQ=255) aTCCAATTCACACAAAGTAACGAGTATGTAACCACCTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAA‑‑‑AAACAt > 2:3578772/1‑91 (MQ=255) aTCCAATTCACACAAAGTAACGAGTATGTAACCACCTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAA‑‑‑AAACAt > 1:565814/1‑91 (MQ=255) aTCCAATTCACACAAAGTAACGAGTATGTAACCACCTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAA‑‑‑AAACAt > 2:2015898/1‑91 (MQ=255) aTCCAATTCACACAAAGTAACGAGTATGTAACCACCTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAA‑‑‑AAACAt > 2:3265955/1‑91 (MQ=255) aTCCAATTCACACAAAGTAACGAGTATGTAACCACCTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAA‑‑‑AAACAt < 1:2046583/91‑1 (MQ=255) ccAATTCACACAAAGTAACGAGTATGTAACCACCTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAA‑‑‑AAACAttt > 1:4365988/1‑91 (MQ=255) ccAATTCACACAAAGTAACGAGTATGTAACCACCTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAA‑‑‑AAACAttt > 1:3657341/1‑91 (MQ=255) ccAATTCACACAAAGTAACGAGTATGTAACCACCTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAA‑‑‑AAACAttt > 1:4799467/1‑91 (MQ=255) aTTCACACAAAGTAACGAGTATGTAACCACCTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAA‑‑‑AAACATTTCTg < 2:1791131/91‑1 (MQ=255) tCACACAAAGTAACGAGTATGTAACCACCTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAA‑‑‑AAACATTTCTGtt < 1:1924996/91‑1 (MQ=255) cacacaAAGTAACGAGTATGTAACCACCTTTACTATTACACTGCCAAATGATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAA‑‑‑AAACATTTCTGttt < 2:3801159/91‑1 (MQ=255) cacacaAAGTAACGAGTATGTAACCACCTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAA‑‑‑AAACATTTCTGttt > 2:1165524/1‑91 (MQ=255) aaattttgttgaatggtagaaattaaatgttaagtggctagaaagcgctaatcaatataaaagaTACCTCCCGAAA‑‑‑AAACATTTCTGtttt > 1:298459‑M1/65‑91 (MQ=255) cacaAAGTAACGAGTATGTAACCACCTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAA‑‑‑AAACATTTCTGttttt < 1:1805690/91‑1 (MQ=255) cacaAAGTAACGAGTATGTAACCACCTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAA‑‑‑AAACATTTCTGttttt < 1:3548497/91‑1 (MQ=255) cacaAAGTAACGAGTATGTAACCACCATTACTACTACACTGCCAAATAATTCACTTTACTCTCTAACTACTGAAA‑‑‑AAACATTTCTGttttt < 1:2726515/91‑1 (MQ=255) attttgttgaatggtagaaattaaatgttaagtggctagaaagcgctaatcaatataaaagaTACCTCCTGAAA‑‑‑AAACATTTCTGTTTTTa > 2:1546812‑M1/63‑91 (MQ=255) attttgttgaatggtagaaattaaatgttaagtggctagaaagcgctaaccaatataaaagaTACCTCCTGAAA‑‑‑AAACATTTCTGTTTTTa > 2:5219714‑M1/63‑91 (MQ=255) acaAAGTAACGAGTATGTAACCACCTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAA‑‑‑AAACATTTCTGTTTTTa < 1:5036280/91‑1 (MQ=255) acaAAGTAACGAGTATGTAACCACCTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAA‑‑‑AAACATTTCTGTTTTTa > 2:1001351/1‑91 (MQ=255) acaAAGTAACGAGTATGTAACCACCTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAA‑‑‑AAACATTTCTGTTTTTa < 1:856198/91‑1 (MQ=255) acaAAGTAACGAGTATGTAACCACCATTACTATTCCACTGCCAAATAATTCACTTTGATCTCTACCTCCTGAAA‑‑‑AAACATTTCTGTTTTTa > 2:4710519/1‑91 (MQ=255) aCGAGTATGTAACCACCTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAA‑‑‑AAACATTTCTGTTTTTATTTCagga < 2:248181/91‑1 (MQ=255) aCGAGTATGTAACCACCTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAA‑‑‑AAACATTTCTGTTTTTATTTCagga > 1:1014361/1‑91 (MQ=255) cGAGTATGTAACCACCTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAA‑‑‑AAACATTTCTGTTTTTATTTCaggag > 2:2758837/1‑91 (MQ=255) cGAGTATGTAACCACCTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAA‑‑‑AAACATTTCTGTTTTTATTTCaggag > 1:3970775/1‑91 (MQ=255) cGAGTATGTAACCACCTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAA‑‑‑AAACATTTCTGTTTTTATTTCaggag > 1:1161990/1‑91 (MQ=255) gAGTATGTAACCACCTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAA‑‑‑AAACATTTCTGTTTTTATTTCaggagg > 1:4766113/1‑91 (MQ=255) gTATGTAACCACCTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAA‑‑‑AAACATTTCTGTTTTTATTTCAGGAGGTa > 1:4321952/1‑91 (MQ=255) tagaaattaaatgttaagtggctagaaagcgctaatcaatataaaagaTACCTCCTGAAA‑‑‑AAACATTTCTGTTTTTATTTCAGGAGGTATc > 1:3906475‑M1/49‑91 (MQ=255) agaaattaaatgttaagtggctagaaagcgctaatcaatataaaagaTACCTCCTGAAA‑‑‑AAACATTTCTGTTTTTATTTCAGGAGGTATCt > 1:2807111‑M1/48‑91 (MQ=255) gTAACCACCTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAA‑‑‑AAACATTTCTGTTTTTATTTCAGGAGGTATCtt < 2:1687871/91‑1 (MQ=255) tAACCACCTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAA‑‑‑AAACATTTCTGTTTTTATTTCAGGAGGTATCttt < 2:2632670/91‑1 (MQ=255) accaccTTTACTATTACACTGCCAAATAATTGACTTTAATCTCTACCTCCTGAAA‑‑‑AAACATTTCTGTTTTTATTTCAGGAGGTATCTTTta > 1:5530007/1‑91 (MQ=255) accaccTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAA‑‑‑AAACATTTCTGTTTTTATTTCAGGAGGTATCTTTta < 1:3322328/91‑1 (MQ=255) caccTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAA‑‑‑AAACATTTCTGTTTTTATTTCAGGAGGTATCTTTtata > 2:1205670/1‑91 (MQ=255) cTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAA‑‑‑AAACATTTCTGTTTTTATTTCAGGAGGTATCTTTTATATTg < 1:3088821/91‑1 (MQ=255) tttACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAA‑‑‑AAACATTTCTGTTTTTATTTCAGGAGGTATCTTTTATATTGa > 2:582174/1‑91 (MQ=255) tttACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAA‑‑‑AAACATTTCTGTTTTTATTTCAGGAGGTATCTTTTATATTGa < 1:141802/91‑1 (MQ=255) ttACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAA‑‑‑AAACATTTCTGTTTTTATTTCAGGAGGTATCTTTTATATTGAt < 1:5357468/91‑1 (MQ=255) tACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAA‑‑‑AAACATTTCTGTTTTTATTTCAGGAGGTATCTTTTATATTGAtt > 1:1883758/1‑91 (MQ=255) aCTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAA‑‑‑AAACATTTCTGTTTTTATTTCAGGAGGTATCTTTTATATTGATTa > 1:3406021/1‑91 (MQ=255) cTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAA‑‑‑AAACATTTCTGTTTTTATTTCAGGAGGTATCTTTTATATTGATTAg < 1:2879731/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |