| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2733754 = | 244 (0.850) | 7 (0.030) | 7/146 | NT | 2.8% | intergenic (+67/+62) | cocE/panD | Cocaine esterase/Aspartate 1‑decarboxylase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2733788 = | 259 (0.990) | intergenic (+101/+28) | cocE/panD | Cocaine esterase/Aspartate 1‑decarboxylase | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
TGATTCATGAAAAAGAAAATACGATAGTGTTATAAAATTAAATAGCCATCAATAATAAAAAGGGCCACACCTTGGTTTAAGATTCCAAGCGTGTGGC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/2733850‑2733754‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gtgtggcCCTTTTTATTATTGATGGCTATTTAATTTTATAACACTATCGTATTTTCTTTTTCATGAATCATTTCAATAATGACATTATCTTCATTCA > USA300TCH1516_ALE/2733788‑2733877 TGATTCATGAAAAAGAAAATACGATAGTGTTATAAAATTAAATAGCCATCAATAATAAAAAGGGCCACACCTTGGTTTAAGATTCCAAGCG > 1:39089/1‑91TGATTCATGAAAAAGAAAATACGATAGTGTTATAAAATTAAATAGCCATCAATAATAAAAAGGGCCACACCTTGGTTTAAGATTCCAAGCG < 2:2644827/91‑1TGATTCATGAAAAAGAAAATACGATAGTGTTATAAAATTAAATAGCCATCAATAATAAAAAGGGCCACACCTTGGTTTAAGATTCCAAGCG < 1:4381601/91‑1TGATTCATGAAAAAGAAAATACGATAGTGTTATAAAATTAAATAGCCATCAATAATAAAAAGGGCCACACCTTGGTTTAAGATTCCAAGCG < 2:2029508/91‑1 GATTCATGAAAAAGAAAATACGATAGTGTTATAAAATTAAATAGCCATCAATAATAAAAAGGGCCACACCTTGGTTTAAGATTCCAAGCGT > 1:5201298/1‑91 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |