| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2733754 = | 244 (0.850) | 7 (0.030) | 7/146 | NT | 2.8% | intergenic (+67/+62) | cocE/panD | Cocaine esterase/Aspartate 1‑decarboxylase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2733788 = | 259 (0.990) | intergenic (+101/+28) | cocE/panD | Cocaine esterase/Aspartate 1‑decarboxylase | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 382 total aligned reads displayed.
TTACGGTCGCTTTTGATTAAAAGTGACATAGTGATAGGACTGTATAACAAGAGAAAGCCACACGCTTGGAATCTTAAACCAAGGTGTGGCCCTTTTTATTATTGATGGCTATTTAATTTTATAACACTATCGTATTTTCTTTTTCATGAATCATTTCAATAATGACATTATCTTCATTCAT > USA300TCH1516_ALE/2733698‑2733878 | ttACGGTCGCTTTTGATTAAAAGTGACATAGTGATAGGACTGTATAACAAGAGAAAGCCACACGCTTGGAATCTTAAACCAAGGTGTGGcc < 1:3327301/91‑1 (MQ=255) aCGGTCGCTTTTGATTAAAAGTGACATAGTGATAGGACTGTATAACAAGAGAAAGCCACACGCTTGGAATCTTAAACCAAGGTGTGGCCCt > 2:2487103/1‑91 (MQ=255) cGGTCGCTTTTGATTAAAAGTGACATAGTGATAGGACTGTATAACAAGAGAAAGCCACACGCTTGGAATCTTAAACCAAGGTGTGGCCCtt > 1:1505697/1‑91 (MQ=255) cGGTCGCTTTTGATTAAAAGTGACATAGTGATAGGACTGTATAACAAGAGAAAGCCACACGCTTGGAATCTTAAACCAAGGTGTGGCCCtt > 1:2842218/1‑91 (MQ=255) ggTCGCTTTTGATTAAAAGTGACATAGTGATAGGACTGTATAACAAGAGAAAGCCACACGCTTGGAATCTTAAACCAAGGTGTGGCCCttt > 2:3450842/1‑91 (MQ=255) ggTCGCTTTTGATTAAAAGTGACATAGTGATAGGACTGTATAACAAGAGAAAGCCACACGCTTGGAATCTTAAACCAAGGTGTGGCCCttt > 2:4897828/1‑91 (MQ=255) gTCGCTTTTGATTAAAAGTGACATAGTGATAGGACTGTATAACAAGAGAAAGCCACACGCTTGGAATCTTAAACCAAGGTGTGGCCCtttt > 1:5135986/1‑91 (MQ=255) gTCGCTTTTGATTAAAAGTGACATAGTGATAGGACTGTATAACAAGAGAAAGCCACACGCTTGGAATCTTAAACCAAGGTGTGGCCCtttt < 2:697780/91‑1 (MQ=255) tCGCTTTTGATTAAAAGTGACATAGTGATAGGACTGTATAACAAGAGAAAGCCACACGCTTGGAATCTTAAACCAAGGTGTGGCCCttttt < 2:2008626/91‑1 (MQ=255) cTTTTGATTAAAAGTGACATAGTGATAGGACTGTATAACAAGAGAAAGCCACACGCTTGGAATCTTAAACCAAGGTGTGGCCCTTTttatt < 2:801180/91‑1 (MQ=255) cTTTTGATTAAAAGTGACATAGTGATAGGACTGTATAACAAGAGAAAGCCACACGCTTGGAATCTTAAACCAAGGTGTGGCCCTTTttatt < 2:4138198/91‑1 (MQ=255) cTTTTGATTAAAAGTGACATAGTGATAGGACTGTATAACAAGAGAAAGCCACACGCTTGGAATCTTAAACCAAGGTGTGGCCCTTTttatt < 1:2031724/91‑1 (MQ=255) tttGATTAAAAGTGACATAGTGATAGGACTGTATAACAAGAGAAAGCCACACGCTTGGAATCTTAAACCAAGGTGTGGCCCTTTTtattat < 1:2694938/91‑1 (MQ=255) ttGATTAAAAGTGACATAGTGATAGGACTGTATAACAAGAGAAAGCCACACGCTTGGAATCTTAAACCAAGGTGTGGCCCTTTTTattatt < 2:1661965/91‑1 (MQ=255) tGATTAAAAGTGACATAGTGATAGGACTGTATAACAAGAGAAAGCCACACGCTTGGAATCTTAAACCAAGGTGTGGCCCTTTTTATTATTg < 2:730088/91‑1 (MQ=255) gATTAAAAGTGACATAGTGATAGGACTGTATAACAAGAGAAAGCCACACGCTTGGAATCTTAAACCAAGGTGTGGCCCTTTTTATTATTGa > 1:5407222/1‑91 (MQ=255) gATTAAAAGTGACATAGTGATAGGACTGTATAACAAGAGAAAGCCACACGCTTGGAATCTTAAACCAAGGTGTGGCCCTTTTTATTATTGa > 1:2615998/1‑91 (MQ=255) aTTAAAAGTGACATAGTGATAGGACTGTATAACAAGAGAAAGCCACACGCTTGGAATCTTAAACCAAGGTGTGGCCCTTTTTATTATTGAt > 2:5137352/1‑91 (MQ=255) aaGTGACATAGTGATAGGACTGTATAACAAGAGAAAGCCACACGCTTGGAATCTTAAACCAAGGTGTGGCCCTTTTTATTATTGATGGCTa > 2:4741571/1‑91 (MQ=255) gTGACATAGTGATAGGACTGTATAACAAGAGAAAGCCACACGCTTGGAATCTTAAACCAAGGTGTGGCCCTTTTTATTATTGATGGCTAtt < 1:4195569/91‑1 (MQ=255) tGACATAGTGATAGGACTGTATAACAAGAGAAAGCCACACGCTTGGAATCTTAAACCAAGGTGTGGCCCTTTTTATTATTGATGGCTAttt > 1:4790786/1‑91 (MQ=255) gACATAGTGATAGGACTGTATAACAAGAGAAAGCCACACGCTTGGAATCTTAAACCAAGGTGTGGCCCTTTTTATTATTGATGGCTATTTa < 1:4377715/91‑1 (MQ=255) cATAGTGATAGGACTGTATAACAAGAGAAAGCCACACGCTTGGAATCTTAAACCAAGGTGTGGCCCTTTTTATTATTGATGGCTATTTAAt < 2:1864834/91‑1 (MQ=255) cATAGTGATAGGACTGTATAACAAGAGAAAGCCACACGCTTGGAATCTTAAACCAAGGTGTGGCCCTTTTTATTATTGATGGCTATTTAAt < 1:1152086/91‑1 (MQ=255) aTAGTGATAGGACTGTATAACAAGAGAAAGCCACACGCTTGGAATCTTAAACCAAGGTGTGGCCCTTTTTATTATTGATGGCTATTTAAtt < 2:4174335/91‑1 (MQ=255) tAGTGATAGGACTGTATAACAAGAGAAAGCCACACGCTTGGAATCTTAAACCAAGGTGTGGCCCTTTTTATTATTGATGGCTATTTAAttt > 2:3179169/1‑91 (MQ=255) aGTGATAGGACTGTATAACAAGAGAAAGCCACACGCTTGGAATCTTAAACCAAGGTGTGGCCCTTTTTATTATTGATGGCTATTTAAtttt > 2:3028654/1‑91 (MQ=255) aGTGATAGGACTGTATAACAAGAGAAAGCCACACGCTTGGAATCTTAAACCAAGGTGTGGCCCTTTTTATTATTGATGGCTATTTAAtttt > 1:55627/1‑91 (MQ=255) aGTGATAGGACTGTATAACAAGAGAAAGCCACACGCTTGGAATCTTAAACCAAGGTGTGGCCCTTTTTATTATTGATGGCTATTTAAtttt > 2:903774/1‑91 (MQ=255) gTGATAGGACTGTATAACAAGAGAAAGCCACACGCTTGGAATCTTAAACCAAGGTGTGGCCCTTTTTATTATTGATGGCTATTTAATTTta > 2:855661/1‑91 (MQ=255) tGATAGGACTGTATAACAAGAGAAAGCCACACGCTTGGAATCTTAAACCAAGGTGTGGCCCTTTTTATTATTGATGGCTATTTAATTTtat > 2:4077057/1‑91 (MQ=255) aGGACTGTATAACAAGAGAAAGCCACACGCTTGGAATCTTAAACCAAGGTGTGGCCCTTTTTATTATTGATGGCTATTTAATTTTATAaca > 1:4647105/1‑91 (MQ=255) aCTGTATAACAAGAGAAAGCCACACGCTTGGAATCTTAAACCAAGGTGTGGCCCTTTTTATTATTGATGGCTATTTAATTTTATAACACTa < 2:1077929/91‑1 (MQ=255) aCTGTATAACAAGAGAAAGCCACACGCTTGGAATCTTAAACCAAGGTGTGGCCCTTTTTATTATTGATGGCTATTTAATTTTATAACACTa > 2:5041730/1‑91 (MQ=255) tGTATAACAAGAGAAAGCCACACGCTTGGAATCTTAAACCAAGGTGTGGCCCTTTTTATTATTGATGGCTATTTAATTTTATAACACTATc > 1:951737/1‑91 (MQ=255) tGTATAACAAGAGAAAGCCACACGCTTGGAATCTTAAACCAAGGTGTGGCCCTTTTTATTATTGATGGCTATTTAATTTTATAACACTATc > 2:4099434/1‑91 (MQ=255) tataACAAGAGAAAGCCACACGCTTGGAATCTTAAACCAAGGTGTGGCCCTTTTTATTATTGATGGCTATTTAATTTTATAACACTATCGt > 1:2959752/1‑91 (MQ=255) taACAAGAGAAAGCCACACGCTTGGAATCTTAAACCAAGGTGTGGCCCTTTTTATTATTGATGGCTATTTAATTTTATAACACTATCGTAt < 1:2246801/91‑1 (MQ=255) taACAAGAGAAAGCCACACGCTTGGAATCTTAAACCAAGGTGTGGCCCTTTTTATTATTGATGGCTATTTAATTTTATAACACTATCGTAt > 2:494589/1‑91 (MQ=255) taACAAGAGAAAGCCACACGCTTGGAATCTTAAACCAAGGTGTGGCCCTTTTTATTATTGATGGCTATTTAATTTTATAACACTATCGTAt < 2:2070849/91‑1 (MQ=255) taACAAGAGAAAGCCACACGCTTGGAATCTTAAACCAAGGTGTGGCCCTTTTTATTATTGATGGCTATTTAATTTTATAACACTATCGTAt < 1:817660/91‑1 (MQ=255) taACAAGAGAAAGCCACACGCTTGGAATCTTAAACCAAGGTGTGGCCCTTTTTATTATTGATGGCTATTTAATTTTATAACACTATCGTAt > 1:1781604/1‑91 (MQ=255) aCAAGAGAAAGCCACACGCTTGGAATCTTAAACCAAGGTGTGGCCCTTTTTATTATTGATGGCTATTTAATTTTATAACACTATCGTAttt < 2:2693445/91‑1 (MQ=255) aCAAGAGAAAGCCACACGCTTGGAATCTTAAACCAAGGTGTGGCCCTTTTTATTATTGATGGCTATTTAATTTTATAACACTATCGTAttt < 1:2301945/91‑1 (MQ=255) aCAAGAGAAAGCCACACGCTTGGAATCTTAAACCAAGGTGTGGCCCTTTTTATTATTGATGGCTATTTAATTTTATAACACTATCGTAttt > 1:1557363/1‑91 (MQ=255) aCAAGAGAAAGCCACACGCTTGGAATCTTAAACCAAGGTGTGGCCCTTTTTATTATTGATGGCTATTTAATTTTATAACACTATCGTAttt < 2:448023/91‑1 (MQ=255) aCAAGAGAAAGCCACACGCTTGGAATCTTAAACCAAGGTGTGGCCCTTTTTATTATTGATGGCTATTTAATTTTATAACACTATCGTAttt > 1:650201/1‑91 (MQ=255) cAAGAGAAAGCCACACGCTTGGAATCTTAAACCAAGGTGTGGCCCTTTTTATTATTGATGGCTATTTAATTTTATAACACTATTGTAtttt < 2:4013760/91‑1 (MQ=255) cAAGAGAAAGCCACACGCTTGGAATCTTAAACCAAGGTGTGGCCCTTTTTATTATTGATGGCTATTTAATTTTATAACACTATCGTAtttt < 1:1266342/91‑1 (MQ=255) cAAGAGAAAGCCACACGCTTGGAATCTTAAACCAAGGTGTGGCCCTTTTTATTATTGATGGCTATTTAATTTTATAACACTATCGTAtttt > 1:1892834/1‑91 (MQ=255) cAAGAGAAAGCCACACGCTTGGAATCTTAAACCAAGGTGTGGCCCTTTTTATTATTGATGGCTATTTAATTTTATAACACTATCGTAtttt < 1:312256/91‑1 (MQ=255) gagaAAGCCACACGCTTGGAATCTTAAACCAAGGTGTGGCCCTTTTTATTATTGATGGCTATTTAATTTTATAACACTATCGTATTTTCtt > 2:1288272/1‑91 (MQ=255) agaAAGCCACACGCTTGGAATCTTAAACCAAGGTGTGGCCCTTTTTATTATTGATGGCTATTTAATTTTATAACACTATCGTATTTTCttt > 1:3459842/1‑91 (MQ=255) agaAAGCCACACGCTTGGAATCTTAAACCAAGGTGTGGCCCTTTTTATTATTGATGGCTATTTAATTTTATAACACTATCGTATTTTCttt > 1:1949890/1‑91 (MQ=255) gaAAGCCACACGCTTGGAATCTTAAACCAAGGTGTGGCCCTTTTTATTATTGATGGCTATTTAATTTTATAACACTATCGTATTTTCtttt > 1:3966017/1‑91 (MQ=255) gaAAGCCACACGCTTGGAATCTTAAACCAAGGTGTGGCCCTTTTTATTATTGATGGCTATTTAATTTTATAACACTATCGTATTTTCtttt > 1:4889496/1‑91 (MQ=255) aaGCCACACGCTTGGAATCTTAAACCAAGGTGTGGCCCTTTTTATTATTGATGGCTATTTAATTTTATAACACTATCGTATTTTCTTTTTc > 2:4602779/1‑91 (MQ=255) aGCCACTCGCTTGGAATCTTAAACCATGGTGTTGCCCTTTTTATTATTGATGGCTATTTAATTTTATAACACTATCGTATTTTCTTTTTCa < 2:3576454/91‑1 (MQ=255) aGCCACACGCTTGGAATCTTAAACCAAGGTGTGGCCCTTTTTATTATTGATGGCTATTTAATTTTATAACACTATCGTATTTTCTTTTTCa > 2:1511278/1‑91 (MQ=255) aGCCACACGCTTGGAATCTTAAACCAAGGTGTGGCCCTTTTTATTATTGATGGCTATTTAATTTTATAACACTATCGTATTTTCTTTTTCa > 1:1622492/1‑91 (MQ=255) aGCCACACGCTTGGAATCTTAAACCAAGGTGTGGCCCTTTTTATTATTGATGGCTATTTAATTTTATAACACTATCGTATTTTCTTTTTCa < 2:3826749/91‑1 (MQ=255) aGCCACACGCTTGGAATCTTAAACCAAGGTGTGGCCCTTTTTATTATTGATGGCTATTTAATTTTATAACACTATCGTATTTTCTTTTTCa > 2:3927756/1‑91 (MQ=255) GCCACACGCTTGGAATCTTAAACCAAGGTGTGGCCCTTTTTATTATTGATGGCTATTTAATTTTATAACACTATCGTATTTTCTTTTTCAt > 2:2979842‑M1/1‑91 (MQ=255) GCCACACGCTTGGAATCTTAAACCAAGGTGTGGCCCTTTTTATTATTGATGGCTATTTAATTTTATAACACTATCGTATTTTCTTTTTCAt > 1:406632‑M1/1‑91 (MQ=255) GCCACACGCTTGGAATCTTAAACCAAGGTGTGGCCCTTTTTATTATTGATGGCTATTTAATTTTATAACACTATCGTATTTTCTTTTTCAt < 2:2335930‑M1/91‑1 (MQ=255) GCCACACGCTTGGAATCTTAAACCAAGGTGTGGCCCTTTTTATTATTGATGGCTATTTAATTTTATAACACTATCGTATTTTCTTTTTCAt > 1:2567258‑M1/1‑91 (MQ=255) GCCACACGCTTGGAATCTTAAACCAAGGTGTGGCCCTTTTTATTATTGATGGCTATTTAATTTTATAACACTATCGTATTTTCTTTTTCAt < 1:5321173‑M1/91‑1 (MQ=255) CCACACGCTTGGAATCTTAAACCAAGGTGTGGCCCTTTTTATTATTGATGGCTATTTAATTTTATAACACTATCGTATTTTCTTTTTCATg < 1:3729503‑M1/91‑1 (MQ=255) CCACACGCTTGGAATCTTAAACCAAGGTGTGGCCCTTTTTATTATTGATGGCTATTTAATTTTATAACACTATCGTATTTTCTTTTTCATg < 1:1458510‑M1/91‑1 (MQ=255) CACACGCTTGGAATCTTAAACCAAGGTGTGGCCCTTTTTATTATTGATGGCTATTTAATTTTATAACACTATCGTATTTTCTTTTTCATGa < 1:1671037‑M1/91‑1 (MQ=255) ACACGCTTGGATTCTTAAACCAAGGTGTGGCCCTTTTTATTATTGATGGCTATTGAATTTTATAACACTATCGTATTTTCTTTTTCATGaa > 2:2578596‑M1/1‑91 (MQ=255) CACGCTTGGAATCTTAAACCAAGGTGTGGCCCTTTTTATTATTGATGGCTATTTAATTTTATAACACTATCGTATTTTCTTTTTCATGAAt > 1:614864‑M1/1‑91 (MQ=255) gCTTGGAATCTTAAACCAAGGTGTGGCCCTTTTTATTATTGATGGCTATTTAATTTTATAACACTATCGTATTTTCTTTTTCATGAATCAt < 2:1991376/91‑1 (MQ=255) gCTTGGAATCTTAAACCAAGGTGTGGCCCTTTTTATTATTGATGGCTATTTAATTTTATAACACTATCGTATTTTCTTTTTCATGAATCAt < 1:361923/91‑1 (MQ=255) gCTTGGAATCTTAAACCAAGGTGTGGCCCGTTTTATTATTGATGGCTATTTAATTTTATAACACTATCGTATTTTCTTTTTCATGAATCAt < 1:4993234/91‑1 (MQ=255) tggtttaagattccaagcgtgtggcCCTTTTTATTATTGATGGCTATTTAATTTTATAACACTATCGTATTTTCTTTTTCATGAATCAttt > 1:3170793‑M2/26‑91 (MQ=255) tGGAATCTTAAACCAAGGTGTGGCCCTTTTTATTATTGATGGCTATTTAATTTTATAACACTATCGTATTTTCTTTTTCATGAATCATTTc < 1:5215580/91‑1 (MQ=255) gAATCTTAAACCAAGGTGTGGCCCTTTTTATTATTGATGGCTATTTAATTTTATAACACTATCGTATTTTCTTTTTCATGAATCATTTCaa > 1:416103/1‑91 (MQ=255) 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aCCAAGGTGTGGCCCTTTTTATTATTGATGGCTATTTAATTTTATAACACTATCGTATTTTCTTTTTCATGAATCATTTCAATAATGACAt > 1:349953/1‑91 (MQ=255) aaGGTGTGGCCCTTTTTATTATTGATGGCTATTTAATTTTATAACACTATCGTATTTTCTTTTTCATGAATCATTTCAATAATGACATTag < 2:4056327/91‑2 (MQ=255) aaGGTGTGGCCCTTTTTATTATTGATGGCTATTTAATTTTATAACACTATCGTATTTTCTTTTTCATGAATCATTTCAATAATGACATTAt > 2:242353/1‑91 (MQ=255) aGGTGTGGCCCTTTTTATTATTGATGGCTATTTAATTTTATAACACTATCGTATTTTCTTTTTCATGAATCATTTCAATAATGACATTATc < 2:2240813/91‑1 (MQ=255) gtgtggcCCTTTTTATTATTGATGGCTATTTAATTTTATAACACTATCGTATTTTCTTTTTCATGAATCATTTCAATAATGACATTATCtt < 2:2956407‑M2/84‑1 (MQ=255) gtgtggcCCTTTTTATTATTGATGGCTATTTAATTTTATAACACTATCGTATTTTCTTTTTCATGAATCATTTCAATAATGACATTATCtt < 2:5294218‑M2/84‑1 (MQ=255) gtgtggcCCTTCTTATTATTGATGGCTATTTAATTTTATAAGACTATCGTATTTTCTTTTTCATGAATCATTTCAATAATGACATTATCtt < 2:5628473‑M2/84‑1 (MQ=255) tgtggcCCTTTTTATTATTGATGGCTATTTAATTTTATAACACTATCGTATTTTCTTTTTCATGAATCATTTCAATAATGACATTATCttc < 1:2525033‑M2/85‑1 (MQ=255) tggcCCTTTTTATTATTGATGGCTATTTAATTTTATAACACTATCGTATTTTCTTTTTCATGAATCATTTCAATAATGACATTATCttcat < 2:4269190‑M2/87‑1 (MQ=255) tggcCCTTTTTATTATTGATGGCTATTTAATTTTATAACACTATCGTATTTTCTTTTTCATGAATCATTTCAATAATGACATTATCttcat < 2:553208‑M2/87‑1 (MQ=255) ggcCCTTTTTATTATTGATGGCTATTTAATTTTATAACACTATCGTATTTTCTTTTTCATGAATCATTTCAATAATGACATTATCttcatt > 1:215825‑M2/4‑91 (MQ=255) ggcCCTTTTTATTATTGATGGCTATTTAATTTTATAACACTATCGTATTTTCTTTTTCATGAATCATTTCAATAATGACATTATCttcatt < 1:110007‑M2/88‑1 (MQ=255) gcCCTTTTTATTATTGATGGCTATTTAATTTTATAACACTATCGTATTTTCTTTTTCATGAATCATTTCAATAATGACATTATCttcattc < 1:389718‑M2/89‑1 (MQ=255) ccTTTTTATTATTGATGGCTATTTAATTTTATAACACTATCGTATTTTCTTTTTCATGAATCATTTCAATAATGACATTATCTtcattcat < 2:1432155/91‑1 (MQ=255) | TTACGGTCGCTTTTGATTAAAAGTGACATAGTGATAGGACTGTATAACAAGAGAAAGCCACACGCTTGGAATCTTAAACCAAGGTGTGGCCCTTTTTATTATTGATGGCTATTTAATTTTATAACACTATCGTATTTTCTTTTTCATGAATCATTTCAATAATGACATTATCTTCATTCAT > USA300TCH1516_ALE/2733698‑2733878 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |