| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2733760 | 268 (0.930) | 12 (0.050) | 9/146 | NT | 4.6% | intergenic (+73/+56) | cocE/panD | Cocaine esterase/Aspartate 1‑decarboxylase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2733780 | 259 (0.990) | intergenic (+93/+36) | cocE/panD | Cocaine esterase/Aspartate 1‑decarboxylase | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
TAATCATTCCTATCGTTAATTGATATGCAGCAATTACGGTCGCTTTTGATTAAAAGTGACATAGTGATAGGACTGTATAACAAGAGAAAGCCACAC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/2733665‑2733760‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gccacacCTTGGTTTAAGATTCCAAGCGTGTGGCTTTCTCTTGTTATACAGTCCTATCACTATGTCACTTTTAATCAAAAGCGACCGTAATTGCTGC < USA300TCH1516_ALE/2733780‑2733691 TAATCATTCCTATCGTTAATTGATATGCAGCAATTACGGTCGCTTTTGATTAAAAGTGACATAGTGATAGGACTGTATAACAAGAGAAAGC > 2:2604025/1‑91TAATCATTCCTATCGTTAATTGATATGCAGCAATTACGGTCGCTTTTGATTAAAAGTGACATAGTGATAGGACTGTATAACAAGAGAAAGC > 1:405293/1‑91TAATCATTCCTATCGTTAATTGATATGCAGCAATTACGGTCGCTTTTGATTAAAAGTGACATAGTGATAGGACTGTATAACAAGAGAAAGC < 2:3721655/91‑1 AATCATTCCTATCGTTAATTGATATGCAGCAATTACGGTCGCTTTTGATTAAAAGTGACATAGTGATAGGACTGTATAACAAGAGAAAGCC < 1:3237028/91‑1 AATCATTCCTATCGTTAATTGATATGCAGCAATTACGGTCGCTTTTGATTAAAAGTGACATAGTGATAGGACTGTATAACAAGAGAAAGCC < 1:5133615/91‑1 AATCATTCCTATCGTTAATTGATATGCAGCAATTACGGTCGCTTTTGATTAAAAGTGACATAGTGATAGGACTGTATAACAAGAGAAAGCC < 2:4054480/91‑1 AATCATTCCTATCGTTAATTGATATGCAGCAATTACGGTCGCTTTTGATTAAAAGTGACATAGTGATAGGACTGTATAACAAGAGAAAGCC > 1:4264452/1‑91 AATCATTCCTATCGTTAATTGATATGCAGCAATTACGGTCGCTTTTGATTAAAAGTGACATAGTGATAGGACTGTATAACAAGAGAAAGCC > 1:2173956/1‑91 AATCATTCCTATCGTTAATTGATATGCAGCAATTACGGTCGCTTTTGATTAAAAGTGACATAGTGATAGGACTGTATAACAAGAGAAAGCC < 1:2145333/91‑1 AATCATTCCTATCGTTAATTGATATGCAGCAATTACGGTCGCTTTTGATTAAAAGTGACATAGTGATAGGACTGTATAACAAGAGAAAGCC > 2:2525033/1‑91 ATCATTCCTATCGTTAATTGATATGTAGCAATTACGGTCGCTTTTGATTAAAAGTGACATAGTGATAGGACTGTATAACAAGAGAAAGCCA > 1:4020046/1‑91 ATCATTCCTATCGTTAATTGATATGCAGCAATTACGGTCGCTTTTGATTAAAAGTGACATAGTGATAGGACTGTATAACAAGAGAAAGCCA > 1:1905877/1‑91 ATCATTCCTATCGTTAATTGATATGCAGCAATTACGGTCGCTTTTGATTAAAAGTGACATAGTGATAGGACTGTATAACAAGAGAAAGCCA > 1:2180719/1‑91 ATCATTCCTATCGTTAATTGATATGCAGCAATTACGGTCGCTTTTGATTAAAAGTGACATAGTGATAGGACTGTATAACAAGAGAAAGCCA > 2:4993234/1‑91 ATCATTCCTATCGTTAATTGATATGCAGCAATTACGGTCGCTTTTGATTAAAAGTGACATAGTGATAGGACTGTATAACAAGAGAAAGCCA > 1:810144/1‑91 TCATTCCTATCGTTAATTGATATGCAGCAATTACGGTCGCTTTTGATTAAAAGTGACATAGTGATAGGACTGTATAACAAGAGAAAGCCtg < 1:1400210/91‑3 TCATTCCTATCGTTAATTGATATGCAGCAATTACGGTCGCTTTTGATTAAAAGTGACATAGTGATAGGACTGTATAACAAGAGAAAGCCAC > 1:4632301/1‑91 TCATTCCTATCGTTAATTGATATGCAGCAATTACGGTCGCTTTTGATTAAAAGTGACATAGTGATAGGACTGTATAACAAGAGAAAGCCAC < 2:4131168/91‑1 CATTCCTATCGTTAATTGATATGCAGCAATTACGGTCGCTTTTGATTAAAAGTGACATAGTGATAGGACTGTATAACAAGAGAAAGCCACA > 1:3615910/1‑91 CATTCCTATCGTTAATTGATATGCAGCAATTACGGTCGCTTTTGATTAAAAGTGACATAGTGATAGGACTGTATAACAAGAGAAAGCCACA < 1:899750/91‑1 CATTCCTATCGTTAATTGATATGCAGCAATTACGGTCGCTTTTGATTAAAAGTGACATAGTGATAGGACTGTATAACAAGAGAAAGCCACA > 1:2086405/1‑91 CATTCCTATCGTTAATTGATATGCAGCAATTACGGTCGCTTTTGATTAAAAGTGACATAGTGATAGGACTGTATAACAAGAGAAAGCCACA > 1:916543/1‑91 CATTCCTATCGTTAATTGATATGCAGCAATTACGGTCGCTTTTGATTAAAAGTGACATAGTGATAGGACTGTATAACAAGAGAAAGCCACA > 2:1393804/1‑91 ATTCCTATCGTTAATTGATATGCAGCAATTACGGTCGCTTTTGATTAAAAGTGACATAGTGATAGGACTGTATAACAAGAGAAAGCCACAC < 1:4215408/91‑1 ATTCCTATCGTTAATTGATATGCAGCAATTACGGTCGCTTTTGATTAAAAGTGACATAGTGATAGGACTGTATAACAAGAGAAAGCCACAC < 2:5281871/91‑1 TAATTGATATGCAGCAATTACGGTCGCTTTTGATTAAAAGTGACATAGTGATAGGACTGTATAACAAGAGAAAGCCACACCTTGGTTTAAG < 2:4461108/91‑1 TGATATGCAGCAATTACGGTCGCTTTTGATTAATAGTGACATAGTGATAGGACTGTATAACAAGAGAAAGCCACACCTTGGTTTAAGATTC < 2:4117648/91‑1 TGATATGCAGCAATTACGGTCGCTTTTGATTAAAAGTGACATAGTGATAGGACTGTATAACAAGAGAAAGCCACACCTTGGTTTAAGATTC < 2:4117649/91‑1 GATATGCAGCAATTACGGTCGCTTTTGATTAAAAGTGACATAGTGATAGGACTGTATAACAAGAGAAAGCCACACCTTGGTTTAAGATTCC < 1:1656652/91‑1 GATATGCAGCAATTACGGTCGCTTTTGATTAAAAGTGACATAGTGATAGGACTGTATAACAAGAGAAAGCCACACCTTGGTTTAAGATTCC < 2:4617328/91‑1 ATATGCAGCAATTACGGTCGCTTTTGATTAAAAGTGACATAGTGATAGGACTGTATAACAAGAGAAAGCCACACCTTGGTTTAAGATTCCA < 1:1610662/91‑1 ATGCAGCAATTACGGTCGCTTTTGATTAAAAGTGACATAGTGATAGGACAGTATAACAAGAGAAAGCCACACCTTGGTTTAAGATTCCAAG < 1:5582806/91‑1 CAATTACGGTCGCTTTTGATTAAAAGTGACATAGTGATAGGACTGTATAACAAGAGAAAGCCACACCTTGGTTTAAGATTCCAAGCGTGTG < 1:1185414/91‑1 AATTACGGTCGCTTTTGATTAAAAGTGACATAGTGATAGGACTGTATAACAAGAGAAAGCCACACCTTGGTTTAAGATTCCAAGCGTGTGG < 2:3944007/91‑1 AATTACGGTCGCTTTTGATTAAAAGTGACATAGTGATAGGACTGTATAACAAGAGAAAGCCACACCTTGGTTTAAGATTCCAAGCGTGTGG < 2:3943505/91‑1 ACGGTCGCTTTTGATTAAAAGTGACATAGTGATAGGACTGTATAACAAGAGAAAGCCACACCTTGGTTTAAGATTCCAAGCGTGTGGCTTT < 1:3494787/91‑1 AGTGATAGGACTGTATAACAAGAGAAAGCCACACCTTGGTTTAAGATTCCAAGCGTGTGGCTTTCTCTTGTTATACAGTCCTATCACTATG < 2:1224171/91‑1 aagtGCCACACCTTGGTTTAAGATTCCAATCGTGTGGCTTTCTCTTGTTATACAGTCCTATCACTATGTCACTTTTAATCAAAAGCGACCG < 2:432569/87‑1 GCCACACCTTGGTTTAAGATTCCAAGCGTGTGGCTTTCTCTTGTTATACAGTCCTATCACTATGTCACTTTTAATCAAAAGCGACCGTAAT > 1:563671/1‑91 GCCACACCTTGGTTTAAGATTCCAAGCGTGTGGCTTTCTCTTGTTATACAGTCCTATCACTATGTCACTTTTAATCAAAAGCGACCGTAAT > 1:4105369/1‑91 GCCACACCTTGGTTTAAGATTCCAAGCGTGTGGCTTTCTCTTGTTATACAGTCCTATCACTATGTCACTTTTAATCAAAAGCGACCGTAAT > 1:2883036/1‑91 GCCACACCTTGGTTTAAGATTCCAAGCGTGTGGCTTTCTCTTGTTATACAGTCCTATCACTATGTCACTTTTAATCAAAAGCGACCGTAAT < 2:5105477/91‑1 GCCACACCTTGGTTTAAGATTCCAAGCGTGTGGCTTTCTCTTGTTATACAGTCCTATCACTATGTCACTTTTAATCAAAAGCGACCGTAAT < 2:2956704/91‑1 CCACACCTTGGTTTAAGATTCCAAGCGTGTGGCTTTCTCTTGTTATACAGTCCTATCACTATGTCACTTTTAATCAAAAGCGACCGTAATT < 2:4132171/91‑1 CCACACCTTGGTTTAAGATTCCAAGCGTGTGGCTTTCTCTTGTTATACAGTCCTATCACTATGTCACTTTTAATCAAAAGCGACCGTAATT > 2:5629085/1‑91 CCACACCTTGGTTTAAGATTCCAAGCGTGTGGCTTTCTCTTGTTATACAGTCCTATCACTATGTCACTTTTAATCAAAAGCGACCGTAATT > 1:1156645/1‑91 CCACACCTTGGTTTAAGATTCCAAGCGTGTGGCTTTCTCTTGTTATACAGTCCTATCACTATGTCACTTTTAATCAAAAGCGACCGTAATT > 2:741263/1‑91 CCACACCTTGGTTTAAGATTCCAAGCGTGTGGCTTTCTCTTGTTATACAGTCCTATCACTATGTCACTTTTAATCAAAAGCGACCGTAATT < 1:1448881/91‑1 CCACACCTTGGTTTAAGATTCCAAGCGTGTGGCTTTCTCTTGTTATACAGTCCTATCACTATGTCACTTTTAATCAAAAGCGACCGTAATT > 2:1132635/1‑91 CCACACCTTGGTTTAAGATTCCAAGCGTGTGGCTTTCTCTTGTTATACAGTCCTATCACTATGTCACTTTTAATCAAAAGCGACCGTAATT < 1:847489/91‑1 CCACACCTTGGTTTAAGATTCCAAGCGTGTGGCTTTCTCTTGTTATACAGTCCTATCACTATGTCACTTTTAATCAAAAGCGACCGTAATT > 1:5134908/1‑91 CCACACCTTGGTTTAAGATTCCAAGCGTGTGGCTTTCTCTTGTTATACAGTCCTATCACTATGTCACTTTTAATCAAAAGCGACCGTAATT < 1:1969596/91‑1 CCACACCTTGGTTTAAGATTCCAAGCGTGTGGCTTTCTCTTGTTATACAGTCCTATCACTATGTCACTTTTAATCAAAAGCGACCGTAATT < 1:3734264/91‑1 CACACCTTGGTTTAAGATTCCAAGCGTGTGGCTTTCTCTTGTTATACAGTCCTATCACTATGTCACTTTTAATCAAAAGCGACCGTAATTG > 1:5379783/1‑91 CACACCTTGGTTTAAGATTCCAAGCGTGTGGCTTTCTCTTGTTATACAGTCCTATCACTATGTCACTTTTAATCAAAAGCGACCGTAATTG > 1:4981053/1‑91 CACACCTTGGTTTAAGATTCCAAGCGTGTGGCTTTCTCTTGTTATACAGTCCTATCACTATGTCACTTTTAATCAAAAGCGACCGTAATTG > 2:5186946/1‑91 CACACCTTGGTTTAAGATTCCAAGCGTGTGGCTTTCTCTTGTTATACAGTCCTATCACTATGTCACTTTTAATCAAAAGCGACCGTAATTG < 1:4391338/91‑1 CACACCTTGGTTTAAGATTCCAAGCGTGTGGCTTTCTCTTGTTATACAGTCCTATCACTATGTCACTTTTAATCAAAAGCGACCGTAATTG > 1:2809844/1‑91 CACACCTTGGTTTAAGATTCCAAGCGTGTGGCTTTCTCTTGTTATACAGTCCTATCACTATGTCACTTTTAATCAAAAGCGACCGTAATTG > 2:5186135/1‑91 ACACCTTGGTTTAAGATTCCAAGCGTGTGGCTTTCTCTTGTTATACAGTCCTATCACTATGTCACTTTTAATCAAAAGCGACCGTAATTGC > 1:5453306/1‑91 CACCTTGGTTTAAGATTCCAAGCGTGTGGCTTTCTCTTGTTATACAGTCCTATCACTATGTCACTTTTAATCAAAAGCGACCGTAATTGCT > 1:4627267/1‑91 CACCTTGGTTTAAGATTCCAAGCGTGTGGCTTTCTCTTGTTATACAGTCCTATCACTATGTCACTTTTAATCAAAAGCGACCGTAATTGCT < 1:2178073/91‑1 CACCTTGGTTTAAGATTCCAAGCGTGTGGCTTTCTCTTGTTATACAGTCCTATCACTATGTCACTTTTAATCAAAAGCGACCGTAATTGCT > 2:2445848/1‑91 CACCTTGGTTTAAGATTCCAAGCGTGTGGCTTTCTCTTGTTATACAGTCCTATCACTATGTCACTTTTAATCAAAAGCGACCGTAATTGCT > 2:3919736/1‑91 ACCTTGGTTTAAGATTCCAAGCGTGTGGCTTTCTCTTGTTATACAGTCCTATCACTATGTCACTTTTAATCAAAAGCGACCGTAATTGCTG < 1:496826/91‑1 CCTTGGTTTAAGATTCCAAGCGTGTGGCTTTCTCTTGTTATACAGTCCTATCACTATGTCACTTTTAATCAAAAGCGACCGTAATTGCTGC < 1:1991376/91‑1 TAATCATTCCTATCGTTAATTGATATGCAGCAATTACGGTCGCTTTTGATTAAAAGTGACATAGTGATAGGACTGTATAACAAGAGAAAGCCACAC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/2733665‑2733760‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gccacacCTTGGTTTAAGATTCCAAGCGTGTGGCTTTCTCTTGTTATACAGTCCTATCACTATGTCACTTTTAATCAAAAGCGACCGTAATTGCTGC < USA300TCH1516_ALE/2733780‑2733691 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |