| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2740966 = | 384 (1.340) | 11 (0.050) | 10/132 | NT | 4.1% | intergenic (+8/+73) | yhdG_2/USA300HOU_RS14115 | putative amino acid permease YhdG/Isoleucine 2‑epimerase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2741016 = | 201 (0.850) | intergenic (+58/+23) | yhdG_2/USA300HOU_RS14115 | putative amino acid permease YhdG/Isoleucine 2‑epimerase | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 114 total aligned reads displayed.
CAATATGACATATCTGGACAAGGTTGGTAATAGCGATTATCTTAATATAAAATAAAAAATCATTTCCACATCTGGATGTTAATCAGATGGGAAATGA‑‑TTTTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/2741068‑2740966‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ggaaatga‑‑ttttttATTTTATATTAAGATAATCGCTATTACCAACCTTGTCCAGATATGTCATATTGATCTAAGTTACCTGCTTCCAAAGCAGTCAGTGCATCT > USA300TCH1516_ALE/2741016‑2741105 CAATATGACATATCTGGACAAGGTTGGTAATAGCGATTATCTTAATATAAAATAAAAAATCATTTCCACATCTGGATGTTAATCAGATGGG > 2:1289573/1‑91 AATATGACATATCTGGACAAGGTTGGTAATAGCGATTATCTTAATATAAAATAAAAAATCATTTCCACATCTGGATGTTAATCAGATGGGA < 2:5416147/91‑1 AATATGACATATCTGGACAAGGTTGGTAATAGCGATTATCTTAATATAAAATAAAAAATCATTTCCACATCTGGATGTTAATCAGATGGGA > 2:1807836/1‑91 AATATGACATATCTGGACAAGGTTGGTAATAGCGATTATCTTAATATAAAATAAAAAATCATTTCCACATCTGGATGTTAATCAGATGGGA > 1:4843039/1‑91 ATATGACATATCTTGACAAGGTTGGTAATAGCGATTATCTTAATATAAAATAAAAAATCATTTCCACATCTGGATGTTAATCAGATGGGAA < 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USA300TCH1516_ALE/2741016‑2741105 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |