| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2740966 = | 384 (1.340) | 11 (0.050) | 10/132 | NT | 4.1% | intergenic (+8/+73) | yhdG_2/USA300HOU_RS14115 | putative amino acid permease YhdG/Isoleucine 2‑epimerase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2741016 = | 201 (0.850) | intergenic (+58/+23) | yhdG_2/USA300HOU_RS14115 | putative amino acid permease YhdG/Isoleucine 2‑epimerase | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 376 total aligned reads displayed.
AATGACGTAGCTGAATACCACCCACCAAAATAAAAAATAAAAAAAATCATTTCCCATCTGATTAACATCCAGATGTGGAAATGATTTTTTATTTTATATTAAGATAATCGCTATTACCAACCTTGTCCAGATATGTCATATTGATCTAAGTTACCTGCTTCCAAAGCAGTCAGTGCATCTT > USA300TCH1516_ALE/2740926‑2741106 | aaTGACGTAGCTGAATACCACCCACCAAAATAAAAAATAAAAAAAATCATTTCCCATCTGATTAACATCCAGATGTGGAAATGATTtttta < 1:4243122/91‑1 (MQ=255)aaTGACGTAGCTGAATACCACCCACCAAAATAAAAAATAAAAAAAATCATTTCCCATCTGATTAACATCCAGATGTGGAAATGATTtttta > 1:1701266/1‑91 (MQ=255) aTGACGTAGCTGAATAACACCCAACAAAATAAAAAATAAAAAAAATCATTTCCTATCTGATTAACATCCAGATGTGGAAATGATTttttat < 2:2228423/91‑1 (MQ=255) tGACGTAGCTGAATACCACCCACCAAAATAAAAAATAAAAAAAATCATTTCCCATCTGATTAACATCCAGATGTGGAAATGATTttttatt < 1:321031/91‑1 (MQ=255) gACGTAGCTGAATACCACCCACCAAAATAAAAAATAAAAAAAATCATTTCCCATCTGATTAACATCCAGATGTGGAAATGATTttttattt > 1:5085983/1‑91 (MQ=255) gACGTAGCTGAATACCACCCACCAAAATAAAAAATAAAAAAAATCATTTCCCATCTGATTAACATCCAGATGTGGAAATGATTttttattt < 2:1328759/91‑1 (MQ=255) aCGTATCAGAATACAAACCACCAAAATAAAAAATAAAAAAAATCATTTCCCATCTGATTAACATCCAGATGTGGAAATGATTttttatttt < 2:2785902/91‑1 (MQ=255) aCGTAGCTGAATACCACCCACCAAAATAAAAAATAAAAAAAATCATTTCCCATCTGATTAACATCCAGATGTGGAAATGATTttttatttt > 1:3055031/1‑91 (MQ=255) aCGTAGCTGAATACCACCCACCAAAATAAAAAATAAAAAAAATCATTTCCCATCTGATTAACATCCAGATGTGGAAATGATTttttatttt < 1:535609/91‑1 (MQ=255) aCGTAGCTGAATACCACCCACCAAAATAAAAAATAAAAAAAATCATTTCCCATCTGATTAACATCCAGATGTGGAAATGATTttttatttt > 1:5447011/1‑91 (MQ=255) cGTAGCTGAATACCACCCACCAAAATAAAAAATAAAAAAAATCATTTCCCATCTGATTAACATCCAGATGTGGAAATGATTttttatttta > 1:1675546/1‑91 (MQ=255) gTAGCTGAATACCACCCACCAAAATAAAAAATAAAAAAAATCATTTCCCATCTGATTAACATCCAGATGTGGAAATGATTTtttattttat > 2:1080261/1‑91 (MQ=255) tAGCTGAATACCACCCACCAAAATAAAAAATAAAAAAAATCATTTCCCATCTGATTAACATCCAGATGTGGAAATGATTTTTTATTTtata < 2:669705/91‑1 (MQ=255) aGCTGAATACCACCCACCAAAATAAAAAATAAAAAAAATCATTTCCCATCTGATTAACATCCAGATGTGGAAATGATTTTTTATTTTatat > 2:4945791/1‑91 (MQ=255) tGAATACCACCCACCAAAATAAAAAATAAAAAAAATCATTTCCCATCTGATTAACATCCAGATGTGGAAATGATTTTTTATTTTATATTaa > 2:2099937/1‑91 (MQ=255) gAATACCACCCACCAAAATAAAAAATAAAAAAAATCATTTCCCATCTGATTAACATCCAGATGTGGAAATGATTTTTTATTTTATATTAAg < 1:1748950/91‑1 (MQ=255) gAATACCACCCACCAAAATAAAAAATAAAAAAAATCATTTCCCATCTGATTAACATCCAGATGTGGAAATGATTTTTTATTTTATATTAAg < 1:4353296/91‑1 (MQ=255) aTACCACCCACCAAAATAAAAAATAAAAAAAATCATTTCCCATCTGATTAACATCCAGATGTGGAAATGATTTTTTATTTTATATTAAGAt > 1:3292633/1‑91 (MQ=255) accaccCACCAAAATAAAAAATAAAAAAAATCATTTCCCATCTGATTAACATCCAGATGTGGAAATGATTTTTTATTTTATATTAAGATaa > 2:2841365/1‑91 (MQ=255) ccacccacCAAAATAAAAAATAAAAAAAATCATTTCCCATCTGATTAACATCCAGATGTGGAAATGATTTTTTATTTTATATTAAGATAAt > 2:906919/1‑91 (MQ=255) acccaccAAAATAAAAAATAAAAAAAATCATTTCCCATCTGATTAACATCCAGATGTGGAAATGATTTTTTATTTTATATTAAGATAATCg > 1:3124765/1‑91 (MQ=255) cccaccAAAATAAAAAATAAAAAAAATCATTTCCCATCTGATTAACATCCAGATGTGGAAATGATTTTTTATTTTATATTAAGATAATCGc > 2:4524803/1‑91 (MQ=255) ccaccaAAATAAAAAATAAAAAAAATCATTTCCCATCTTATTAACATCCAGATGTGGAAATGATTTTTTATTTTATATTAAGATAATCGCt < 1:4702268/91‑1 (MQ=255) ccaccaAAATAAAAAATAAAAAAAATCATTTCCCATCTGATTAACATCCAGATGTGGAAATGATTTTTTATTTTATATTAAGATAATCGCt < 1:970601/91‑1 (MQ=255) ccaccaAAATAAAAAATAAAAAAAATCATTTCCCATCTGATTAACATCCAGATGTGGAAATGATTTTTTATTTTATATTAAGATAATCGCt < 1:5112335/91‑1 (MQ=255) ccaccaAAATAAAAAATAAAAAAAATCATTTCCCATCTGATTAACATCCAGATGTGGAAATGATTTTTTATTTTATATTAAGATAATCGCt < 1:4490376/91‑1 (MQ=255) ccaccaAAATAAAAAAAAAAAAAAATCATTTCCCATCTGATTAACATCCAGATGTGGAAATGATTTTTTATTTTATATTAAGATAATCGCt < 2:5061020/91‑1 (MQ=255) acaacaAAATAACAAAAAAAAAAAATCATTTCCCATCTGATTAACATCCAGATGTGGAAATGATTTTTTATTTTATATTAAGATAATCGCt < 2:3616573/87‑1 (MQ=255) aaaaaaaataaaaaataaAAAAAATCATTTCCCATCTGATTAACATCCAGATGTGGAAATGATTTTTTATTTTATATTAAGATAATCGCTa < 2:3530827/87‑1 (MQ=255) ccaAAATAAAAAATAAAAAAAATCATTTCCCATCTGATTAACATCCAGATGTGGAAATGATTTTTTATTTTATATTAAGATAATCGCTAtt < 1:2319026/91‑1 (MQ=255) ccaAAATAAAAAATAAAAAAAATCATTTCCCATCTGATTAACATCCAGATGTGGAAATGATTTTTTATTTTATATTAAGATAATCGCTAtt < 2:230967/91‑1 (MQ=255) ccaAAATAAAAAATAAAAAAAATCATTTCCCATCTGATTAACATCCAGATGTGGAAATGATTTTTTATTTTATATTAAGATAATCGCTAtt > 1:4186681/1‑91 (MQ=255) caAAATAAAAAATAAAAAAAATCATTTCCCATCTGATTAACATCCAGATGTGGAAATGATTTTTTATTTTATATTAAGATAATCGCTATTa > 1:3726086/1‑91 (MQ=255) aaataaaaaataaaAAAAATCATTTCCCATCTGATTAACATCCAGATGTGGAAATGATTTTTTATTTTATATTAAGATAATCGCTATTAcc > 1:106013/1‑91 (MQ=255) aaataaaaaataaaAAAAATCATTTCCCATCTGATTAACATCCAGATGTGGAAATGATTTTTTATTTTATATTAAGATAATCGCTATTAcc < 2:2527087/91‑1 (MQ=255) aaataaaaaataaaAAAAATCATTTCCCATCTGATTAACATCCAGATGTGGAAATGATTTTTTATTTTATATTAAGATAATCGCTATTAcc < 1:1879604/91‑1 (MQ=255) aaataaaaaataaaAAAAATCATTTCCCATCTGATTAACATCCAGATGTGGAAATGATTTTTTATTTTATATTAAGATAATCGCTATTAcc > 2:3144747/1‑91 (MQ=255) aaataaaaaataaaAAAAATCATTTCCCATCTGATTAACATCCAGATGTGGAAATGATTTTTTATTTTATATTAAGATAATCGCTATTAcc > 2:732397/1‑91 (MQ=255) aaataaaaaataaaAAAAATCATTTCCCATCTGATTAACATACAGATGAGGAAATGATTTATTATTTTATATTAAGATAATCGCTATTAcc > 2:5595854/1‑91 (MQ=255) aataaaaaataaaaAAAATCATTTCCCATCTGATTAACATCCAGATGTGGAAATGATTTTTTATTTTATATTAAGATAATCGCTATTACCa < 2:5183709/91‑1 (MQ=255) aataaaaaataaaaAAAATCATTTCCCATCTGATTAACATCCAGATGTGGAAATGATTTTTTATTTTATATTAAGATAATCGCTATTACCa < 2:5022768/91‑1 (MQ=255) aataaaaaataaaaAAAATCATTTCCCATCTGATTAACATCCAGATGTGGAAATGATTTTTTATTTTATATTAAGATAATCGCTATTACCa > 1:5234390/1‑91 (MQ=255) ataaaaaataaaaaAAATCATTTCCCATCTGATTAACATCCAGATGTGGAAATGATTTTTTATTTTATATTAAGATAATCGCTATTACCaa < 2:4437273/91‑1 (MQ=255) aaaaaataaaaaaAATCATTTCCCATCTGATTAACATCCAGATGTGGAAATGATTTTTTATTTTATATTAAGATAATCGCTATTACCAAcc < 2:2201743/91‑1 (MQ=255) aaaaaataaaaaaAATCATTTCCCATCTGATTAACATCCAGATGTGGAAATGATTTTTTATTTTATATTAAGATAATCGCTATTACCAAcc < 1:1149317/91‑1 (MQ=255) aaaaataaaaaaAATCATTTCCCATCTGATTAACATCCAGATGTGGAAATGATTTTTTATTTTATATTAAGATAATCGCTATTACCAACCt > 1:2615204/1‑91 (MQ=255) aaaaataaaaaaAATCATTTCCCATCTGATTAACATCCAGATGTGGAAATGATTTTTTATTTTATATTAAGATAATCGCTATTACCAACCt < 2:5405856/91‑1 (MQ=255) aaaaataaaaaaAATCATTTCCCATCTGATTAACATCCAGATGTGGAAATGATTTTTTATTTTATATTAAGATAATCGCTATTACCAACCt < 1:3249965/91‑1 (MQ=255) aaaaataaaaaaAATCATTTCCCATCTGATTAACATCCAGATGTGGAAATGATTTTTTATTTTATATTAAGATAATCGCTATTACCAACCt > 1:3971508/1‑91 (MQ=255) aaataaaaaaAATCATTTCCCATCTGATTAACATCCAGATGTGGAGATGATTTTTTATTTTATATTAAGATAATCGCTATTACCAACCttt > 2:5473152/1‑90 (MQ=255) aaataaaaaaAATCATTTCCCATCTGATTAACATCCAGATGTGGAAATGATTTTTTATTTTATATTAAGATAATCGCTATTACCAACCTTg < 1:3454391/91‑1 (MQ=255) aataaaaaaAATCATTTCCCATCTGATTAACATCCAGATGTGGAAATGATTTTTTATTTTATATTAAGATAATCGCTATTACCAACCTTGt > 1:2017036/1‑91 (MQ=255) ataaaaaaAATCATTTCCCATCTGATTAACATCCAGATGTGGAAATGATTTTTTATTTTATATTAAGATAATCGCTATTACCAACCTTGTc > 2:3765035/1‑91 (MQ=255) taaaaaatcatttccacatctggatgttaatcagatgggaaatgattttttttATTTTATATTAAGATAATCGCTATTACCAACCTTGTcc > 2:4366051‑M2/54‑91 (MQ=255) AAAAATCATTTCCCATCTGATTAACATCCAGATGTGGAAATGATTTTTTATTTTATATTAAGATAATCGCTATTACCAACCTTGTCCAGat > 1:5635986‑M1/1‑91 (MQ=255) AAAAATCATTTCCCATCTGATTAACATCCAGATGTGGAAATGATTTTTTATTTTATATTAAGATAATCGCTATTACCAACCTTGTCCAGat < 1:3698579‑M1/91‑1 (MQ=255) AAAAATCATTTCCCATCTGATTAACATCCAGATGTGGAAATGATTTTTTATTTTATATTAAGATAATCGCTATTACCAACCTTGTCCAGat > 1:3510498‑M1/1‑91 (MQ=255) AAAATCATTTCCGATCTGATTAACATCCAGATGTGGAAATGATTTTTTATTTTATATTAAGATAATCGCTATTACCAACCTTGTCCAGata < 2:5259386‑M1/91‑1 (MQ=255) AAAATCATTTCCCATCTGATTAACATCCAGATGTGGAAATGATTTTTTATTTTATATTAAGATAATCGCTATTACCAACCTTGTCCAGata < 1:1574953‑M1/91‑1 (MQ=255) AAAATCATTTCCCATCTGATTAACATCCAGATGTCAAAATGATTTTTTATTTTATACTAAGATAAACGCTATTACCAACCTTGTCCAGata > 2:4735961‑M1/1‑91 (MQ=255) AATCATTTCCCATCTGATTAACATCCAGATGTGGAAATGATTTTTTATTTTATATTAAGATAATCGCTATTACCAACCTTGTCCAGATATg > 2:1992096‑M1/1‑91 (MQ=255) ATCATTTCCCATCTGATTAACATCCAGATGTGGAAATGATTTTTTATTTTATATTAAGATAATCGCTATTACCAACCTTGTCCAGATATGt > 1:2167561‑M1/1‑91 (MQ=255) tcatttccacatctggatgttaatcagatgggaaatgattttttATTTTATATTAAGATAATCGCTATTACCAATCTTTTCTAGATATGTc > 2:1174243‑M2/45‑91 (MQ=255) TCATTTCCCATCTGATTAACATCCAGATGTGGAAATGATTTTTTATTTTATATTAAGATAATCGCTATTACCAACCTTGACCAGATATGTc > 2:5609258‑M1/1‑91 (MQ=255) catttccacatctggatgttaatcagaagggaaatgattttttATTTTATATTAAGATAATCGCTATTACCAACCTTGTCCAGATATGTCa > 2:3465378‑M2/44‑91 (MQ=255) CATTTCCCATCTGATTAACATCCAGATGTGGAAATGATTTTTTATTTTATATTAAGATAATCGCTATTACCAACCTTGTCCAGATATGTCa > 2:1799082‑M1/1‑91 (MQ=255) ATTTCCCATCTGATTAACATCCAGATGTGGAAATGATTTTTTATTTTATATTAAGATAATCGCTATTACCAACCTTGTCCAGATATGTCat > 1:683495‑M1/1‑91 (MQ=255) TTTCCCATCTGATTAACATCCAGATGTGGAAATGATTTTTTATTTTATATTAAGATAATCGCTATTACCAACCTTGTCCAGATATGTCata < 2:4174610‑M1/91‑1 (MQ=255) TTTCCCATCTGATTAACATCCAGATGTGGAAATGATTTTTTATTTTATATTAAGATAATCGCTATTACCAACCTTGTCCAGATATGTCata < 1:2550608‑M1/91‑1 (MQ=255) TTTCCCATCTGATTAACATCCAGATGTGGAAATGATTTTTTATTTTATATTAAGATAATCGCTATTACCAACCTTGTCCAGATATGTCata > 2:1392361‑M1/1‑91 (MQ=255) TTCCCATCTGATTAACATCCAGATGTGGAAATGATTTTTTATTTTATATTAAGATAATCGCTATTACCAACCTTGTCCAGATATGTCatat < 2:1493118‑M1/91‑1 (MQ=255) TTCCCATCTGATTAACATCCAGATGTGGAAATGATTTTTTATTTTATATTAAGATAATCCCTATTACCAACCTTGTCCAGATATGTCatat < 1:5236128‑M1/91‑1 (MQ=255) gATTAACATCCAGATGTGGAAATGATTTTTTATTTTATATTAAGATAATCGCTATTACCAACCTTGTCCAGATATGTCATATTGATCTAAg > 1:4910240/1‑91 (MQ=255) aTTAACATCCAGATGTGGAAATGATTTTTTATTTTATATTAAGATAATCGCTATTACCAACCTTGTCCCGATATGTCATATTGATCTAAGt < 1:1348217/91‑1 (MQ=255) aTTAACATCCAGATGTGGAAATGATTTTTTATTTTATATTAAGATAATCGCTATTACCAACCTTGTCCAGATATGTCATATTGATCTAAGt > 2:3891607/1‑91 (MQ=255) aTTAACATCCAGATGTGGAAATGATTTTTTATTTTATATTAAGATAATCGCTATTACCAACCTTGTCCAGATATGTCATATTGATCTAAGt < 1:2294262/91‑1 (MQ=255) ttAACATCCAGATGTGGAAATGATTTTTTATTTTATATTAAGATAATCGCTATTACCAACCTTGTCCAGATATGTCATATTGATCTAAGtt < 1:152089/91‑1 (MQ=255) gatgttaatcagatgggaaatgattttttATTTTATATTAAGATAATCGCTATTACCAACCTTGTCCAGATATGTCATATTGATCTAAGtt > 1:2886787‑M2/30‑91 (MQ=255) 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ttttATTTTATATTAAGATAATCGCTATTACCAACCTTGTCCAGATATGTCATATTGATCTAAGTTACCTGCTTCCAAAGCAGTCAGTGCa > 1:3006790‑M2/5‑91 (MQ=255) ttttATTTTATATTAAGATAATCGCTATTACCAACCTTGTCCAGATATGTCATATTGATCTAAGTTACCTGCTTCCAAAGCAGTCAGTGCa > 1:3890330‑M2/5‑91 (MQ=255) ttATTTTATATTAAGATAATCGCTATTACCAACCTTGTCCAGATATGTCATATTGATCTAAGTTACCTGCTTCCAAAGCAGTCAGTGCATc < 2:2691160‑M2/89‑1 (MQ=255) attttatATTAAGATAATCGCTATTACCAACCTTGTCCAGATATGTCATATTGATCTAAGTTACCTGCTTCCAAAGCAGTCAGTGCAtctt < 2:4293776/91‑1 (MQ=255) attttatATTAAGATAATCGCTATTACCAACCTTGTCCAGATATGTCATATTGATCTAAGTTACCTGCTTCCAAAGCAGTCAGTGCAtctt < 2:3284197/91‑1 (MQ=255) attttatATTAAGATAATCGCTATTACCAACCTTGTCCAGATATGTCATATTGATCTAAGTTACCTGCTTCCAAAGCAGTCAGTGCAtctt < 2:2567092/91‑1 (MQ=255) | AATGACGTAGCTGAATACCACCCACCAAAATAAAAAATAAAAAAAATCATTTCCCATCTGATTAACATCCAGATGTGGAAATGATTTTTTATTTTATATTAAGATAATCGCTATTACCAACCTTGTCCAGATATGTCATATTGATCTAAGTTACCTGCTTCCAAAGCAGTCAGTGCATCTT > USA300TCH1516_ALE/2740926‑2741106 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |